不同检测方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定结果比较及同源性分析

目的 比较基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、细菌生化鉴定两种方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定能力差异,评价两种方法对鲍曼不动杆菌和大肠埃希菌鉴定的准确性.方法 收集2019年3-4月临床分离的非重复鲍曼不动杆菌敏感菌株、大肠埃希菌敏感菌株各40株,经16S rRNA基因测序鉴定后,分别...     

16S rDNA序列在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的 通过16S rRNA基因序列分析快速鉴定艾伯特埃希菌。方法 以30株疑似艾伯特埃希菌为材料,使用通用引物扩增其16S rRNA基因并进行测序。获得的序列与艾伯特埃希菌型菌株LMG 20976,基因组测序菌株KF1、NBRC107761、TW07627以及其他密切相关的细菌种(大肠埃希菌、赫曼埃希菌、费格森埃希菌、志贺菌和Shimwellia blattae)的16S rRNA基因序列进行比较,并使用N-J法构建进化树来分析其相关性。结果 30株疑似艾伯特埃希菌的16S rRNA基因序列与艾伯特埃希菌参考菌株的序列相似性最高,并与其聚类为一簇,为艾伯特埃希菌。结论 16S rRNA基因测序分析可用于艾伯特埃希菌的快速鉴定。     

大肠埃希菌16S rRNA甲基化酶基因的接合传递及其与整合子的相关性

目的 对临床分离的多重耐药（MDR）大肠埃希菌株的16S rRNA甲基化酶基因特征与接合传递效率进行研究,探讨其与整合子的相关性。 方法 136株MDR大肠埃希菌经PCR筛检16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD;对阳性菌株作整合酶基因intI1、intI2和intI3检测,并扩增Ⅰ类整合子可变区插入片段,对扩增产物进行测序与鉴定所含耐药基因盒;以阳性菌株为供体菌,耐叠氮化钠大肠埃希菌J53为受体菌进行接合试验,并结合质粒图谱对16S rRNA甲基化酶基因进行初步定位。 结果 在136株多重耐药大肠埃希菌中,共检出16S rRNA甲基化酶阳性菌12株（8.8%）,其中,armA阳性3株（2.2%）,rmtB阳性10株（7.4%）,未检出rmtA、rmtC、rmtD基因。阳性菌株均只含Ⅰ类整合子,对其可变区扩增片段（1 000～2 300 bp）的测序结果显示,该区域含有多种耐药基因盒,但不含16S rRNA甲基化酶基因。接合试验与质粒图谱结果初步表明armA和rmtB编码基因位于约23 000 bp的质粒上,接合试验的耐药质粒传递率高达83.3%(10/12)。 结论 在MDR大肠埃希菌中,armA和rmtB编码基因位于约23 000 bp质粒上,其中,rmtB为优势基因,接合试验和质粒图谱证明该类耐药质粒很容易在同种菌间传播。Ⅰ类整合子与16S rRNA甲基化酶基因虽然存在于同一菌体内和/或同处于一个质粒上,但整合子基因盒对该类基因的捕获率很低或根本不捕获。     

VITEK MS质谱仪错误鉴定福氏志贺菌1例

目的了解VITEK MS对1株从血培养分离的福氏志贺菌的鉴定能力。方法采用VITEK MS、Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定仪、血清凝集试验及16S rRNA基因测序进行鉴定;采用VITEK MS分别对福氏志贺菌临床株、福氏志贺菌CMCC51572、大肠埃希菌ATCC8739进行质谱鉴定及蛋白质谱图比较分析。结果 VITEK MS鉴定为大肠埃希菌,可信度为99.9%;Vitek 2 Compact鉴定为志贺菌属,可信度为89.0%;血清学结果为福氏志贺菌3a型;16S rRNA基因测序为志贺菌、福氏志贺菌1a、福氏志贺菌2a、大肠埃希菌,序列同源性达97%以上;福氏志贺菌临床株、福氏志贺菌CMCC51572、大肠埃希菌ATCC8739的蛋白质谱图相似。结论志贺菌和大肠埃希菌在基因角度上符合同一个种,VITEK MS不能区分志贺菌和大肠埃希菌,需要附加生化反应、科玛嘉尿道定位显色培养及血清学试验进行志贺菌的排除。     

泌尿外科临床分离大肠埃希菌的耐药性变迁

摘要 目的 了解医院泌尿外科临床分离的大肠埃希菌分布及耐药性变迁。方法 采用细菌分离鉴定技术,对某医院泌尿外科住院患者送检病原学标本进行检测与分析。结果 从该医院泌尿外科送检标本中共分离出大肠埃希菌381株,其中有31.5%分离自男性患者,65.5%分离自女性患者;产ESBLS菌株由2013年占比为77.8%下降到2016年的47.4%。泌尿外科临床分离的大肠埃希菌对氨基糖苷类、头孢类和喹诺酮类耐药率均比较高;对碳青霉烯类药物高度敏感,但也检出2株耐碳青酶烯类大肠埃希菌。结论 医院泌尿外科临床分离的大肠埃希菌中产ESBLS菌株呈明显下降趋势,但普遍耐药,应加强对抗菌药物分级管理。〖HT〗     

某妇儿医院临床分离大肠埃希菌分布特点及耐药性研究

摘要 目的 了解妇儿医院儿童患者感染大肠埃希菌分布特点及耐药性,为指导临床科学选用抗菌药物提供依据。方法 通过回顾性调查方式,对某妇儿医院住院患儿送检病原学标本检测结果进行统计分析。结果 该医院连续5年从住院患儿感染标本中共分离出大肠埃希菌1 128株,其中鉴定出产ESBLs大肠埃希菌432株,占检出大肠埃希菌总数的38.3%。患儿感染大肠埃希菌主要分离自尿液和痰液,构成比分别为65.4%和44.0%。临床分离的大肠埃希菌对抗菌药物普遍耐药,痰液中分离的菌株耐药率明显高于其他标本分离者。结论 妇儿医院儿童住院患者感染大肠埃希菌中,产ESBLs菌株构成有增高趋势,应加强耐药菌监测和抗菌药物的管理。     

致血液感染的活泼瘤胃球菌的分离与鉴定

目的鉴定1株临床分离活泼瘤胃球菌。方法取2020年8月就诊于海南省人民医院的1例败血症患者的血液标本进行细菌培养、革兰染色,采用Vitek 2 Compact生化鉴定和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)结合16S rRNA PCR扩增及测序鉴定分离株。结果该分离菌为革兰阳性链球菌,专性厌氧,MALDI-TOF MS鉴定置信度为83.7%;16S rRNA PCR产物为1446 bp,与已知活泼瘤胃球菌ATCC 29149^T序列号(NR 036800.1)16S rRNA基因同源性为99%,由分离株的系统进化树可知,该分离菌与标准菌株活泼瘤胃球菌ATCC 29149^T位于同一分支。结论常规生化方法无法鉴定出该菌,16S rRNA检测与MALDI-TOF MS结合可用于活泼瘤胃球菌鉴定。     

用MALDI-TOF MS技术快速鉴定临床分离棒状杆菌属细菌

目的评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)快速鉴定临床分离的非白喉棒状杆菌的价值。方法收集本院58株非白喉棒状杆菌,用MALDI-TOF MS和16S rRNA基因测序两种方法进行鉴定和比较。用MALDI-Biotyper软件构建不同棒状杆菌MALDI-TOF MS蛋白系统发育树。结果 58株非白喉棒状杆菌中,54株MALDI-TOF MS与16S rRNA基因测序鉴定结果一致,包括34株纹带棒状杆菌(Corynebacterium straitum)、11株杰氏棒状杆菌(C.jeikeium)、3株C.resistens、2株解葡萄糖苷棒状杆菌(C.glucuronolyticum)、2株黏金色棒状杆菌(C.aurimucosum)和2株无枝菌酸棒状杆菌(C.amycolatum)。4株16S rRNA基因测序无法鉴定到种的菌株中,MALDI-TOF MS鉴定为2株产黏棒状杆菌(C.mucifaciens)、1株C.singulare和1株假白喉棒状杆菌(C.commune)。结论 MALDI-TOF MS可将棒状杆菌属细菌快速、准确地鉴定到种。     

某院伤口感染ESBLs大肠埃希菌耐药性及危险因素分析

摘要 目的 研究伤口感染产广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌的耐药性及其危险因素。方法 采用回顾性研究方法,对某医院住院患者伤口分泌物分离产广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌耐药性及其引发伤口感染的危险因素进行调查与分析。结果 从该医院住院患者送检伤口分泌物标本中分离出大肠埃希菌116株,其中产ESBLs菌株49例,占分离大肠埃希菌总数的42.24%。产ESBLs菌株对多数常用抗菌药物的耐药率高于非产ESBLs菌株(P<0.05)。多因素分析结果显示,多发伤、多次清创、混合感染、使用三代头孢菌素、住院时间>30 d等因素构成产ESBLs大肠埃希菌伤口感染的独立危险因素。结论 伤口感染产ESBLs大肠埃希菌耐药严重,应采取有效的防控措施,防止耐药菌的流行和播散。     

儿童重症监护病房产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌耐药性分析

摘要 目的 了解宁波地区儿童重症监护病房和新生儿重症监护病房产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌耐药情况,为临床防治感染提供依据。方法 2012年7月-2015年5月收集宁波市妇女儿童医院两类ICU常规分离的大肠埃希菌株,采用全自动微生物鉴定仪进行细菌鉴定;纸片法进行药敏试验;双纸片协同试验检测ESBLs。结果 共检出大肠埃希菌临床分离株102株,标本主要来源于痰液（61.8%）;大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率较高(87.3%);其次为头孢菌素类(69.6%~71.6%);对磺胺类、喹诺酮类及四环素类均有不同程度的耐药（32.4%~79.4%）;对氨基糖苷类及氯霉素类耐药率较低,分别为19.6%和13.7%;未发现碳青霉烯类耐药情况。共检出产ESBLs大肠埃希菌70株,检出率68.6%。产ESBLs菌株对大多数抗菌药物耐药率明显高于非产ESBLs株。新生儿患者非产ESBLs大肠埃希菌检出率较高。结论 在儿童重症监护病房感染中大肠埃希菌耐药较严重,应重视细菌耐药监测,针对性选择敏感抗菌药,降低医院感染发生。     

社区感染与医院内感染大肠埃希菌的比较分析

摘要 目的 了解社区与医院内感染大肠埃希菌的分布及耐药特点。方法 按社区感染与医院内感染进行分类,对临床检出的1 235株大肠埃希菌的分布和耐药情况进行比较分析。结果 1 235株大肠埃希菌中,社区感染占84.5%,医院内感染占15.5%。临床分离的大肠埃希菌标本主要来源于尿液、脓液、分泌物、痰液和血液;社区感染大肠埃希菌标本主要来自胃肠外科、泌尿外科和儿科,医院内感染菌株则主要来源于综合ICU、胃肠外科和神经内科。医院内感染大肠埃希菌患者60岁以上的占47.9%,平均住院费用、平均药品费用、平均抗菌药物费用高于社区感染患者。医院内感染大肠埃希菌对常用抗菌药物的耐药率普遍高于社区感染大肠埃希菌。结论 该院大肠埃希菌感染主要来源于社区感染,但医院内感染菌株在耐药率、患者平均住院日及住院费方面显著高于社区感染,综合ICU及相关外科科室是防控重点,在抗菌药物的选择上应有所区别。     

MALDI-TOF MS技术在鲍曼不动杆菌鉴定及同源性分析中的应用

目的评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对我院鲍曼不动杆菌属的鉴定及同源性分析的能力。方法对2014年9月至2015年2月我院29株经PhoneixTM100全自动微生物鉴定仪鉴定为鲍曼不动杆菌属的菌株进行MALDI-TOF MS鉴定,用MALDI-Biotyper软件进行同源性分析,并用16S rRNA基因测序进行验证。结果 MALDI-TOF MS鉴定结果为鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)26株,院内不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis)3株。MALDI-TOF MS鉴定为院内不动杆菌的3株菌株的16S rRNA基因测序结果显示,2株为院内不动杆菌,1株为鲍曼不动杆菌。26株质谱鉴定为鲍曼不动杆菌的菌株分为2大簇(Ⅰ型,Ⅱ型),Ⅱ型又分为2小簇(Ⅱa、Ⅱb)。Ⅰ型、Ⅱ型分布在我院4个病区。结论MALDI-TOF MS技术鉴定鲍曼不动杆菌精准,可以鉴别鲍曼不动杆菌和院内不动杆菌。MALDI-Biotyper数据库软件进行同源性分析十分快捷。     

某医院临床分离耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌耐药特点及耐药基因分析

摘要 目的 了解医院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(CRE)的菌株分布、耐药特点及主要耐药基因。方法 通过病原菌分离鉴定和基因检测方法，对某医院临床分离的CRE菌株进行病原菌鉴定和药敏试验及基因检测。结果 共分析该医院临床分离的CRE菌株152株，其中肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌分别占50.66%和25.00%。CRE菌株主要分离自重症监护病房和急诊科，分别占30.92%和21.71%。临床分离的CRE菌株对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、哌拉西林、头孢唑啉、头孢曲松、头孢他啶、哌拉西林/他唑巴坦等药物耐药率均超过75%。152株CRE细菌中，blaKPC基因阳性菌株占39.47%，基因blaNDM-1和blaIMP阳性菌株分别占24.34%和21.71%。结论 该医院临床分离CRE菌株多为肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌多重耐药菌株，blaKPC、blaNDM-1和blaIMP为主要耐药基因。     

某医院临床分离大肠埃希菌分布及其耐药性变迁

摘要 目的 了解医院临床分离大肠埃希菌分布及其耐药性变迁,以指导临床合理选择抗菌药物。方法 通过细菌分离培养和药敏试验方法,对某医院患者送检病原学标本进行检测和分析。结果 共收集该医院临床分离大肠埃希菌4 150株,尿液标本居首位,占59.4%；其次是痰液和血液,分别占17.7%和13.1%。临床分离的大肠埃希菌主要来自老年医学科、重症监护病房（ICU）和肾内科。检出产β-内酰胺酶（ESBLs）大肠埃希菌1 940株,占46.7%,分离率呈逐年增加趋势；检出耐碳青霉烯类大肠埃希菌63株,占1.5%。结论 临床分离的大肠埃希菌中,产ESBLs菌株比较高且呈增长趋势,显示该菌耐药严重,应当依据药敏试验结果选择抗菌药物。     

梅里埃MALDI-TOF-MS 系统与VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定仪对临床常见病原菌鉴定的一致性分析

目的　分析梅里埃基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization-time of flightmass spectrometry,MALDI-TOF-MS）系统与VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定仪对临床常见病原菌鉴定的一致性。方法　收集福建医科大学孟超肝胆医院2018 年6 月~ 2019 年3 月来自临床不同标本分离的非重复菌株300 株,分别采用梅里埃MALDI-TOF-MS 系统和VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定仪对病原菌进行鉴定,结果不一致菌株采用16SrDNA 基因测序予以确认,比较两种鉴定方法的准确性与一致性,评估两种方法在鉴定16 株大肠埃希菌的时间和经济成本。结果　300 株临床分离菌中,鉴定到种水平的菌株MALDI-TOF-MS 有268 株(89.33%),VITEK 2 Compact 有266 株(88.67%);鉴定到属水平的菌株MALDI-TOF-MS 有297 株(99.00%),VITEK 2 Compact 有297 株(99.00%);两种方法在种属鉴定的一致性分别为82.67% 与98.33%,MALDI-TOF-MS 的准确性略高于VITEK 2 Compact。两种方法鉴定不一致菌株有39 株(13.00%),与16SrDNA 测序鉴定结果相比,MALDI-TOF MS 的准确率(79.49%) 高于VITEK 2Compact(58.97%)。对16 株大肠埃希菌的鉴定,MALDI-TOF-MS 耗时较VITEK 2 Compact 少3.5h,且成本仅为VITEK2 Compact 的2/5。结论　MALDI-TOF MS 与VITEK 2 Compact 对于临床常见病原菌的鉴定结果较为一致,但MALDITOFMS 准确率更高,且更快速与经济。     

医院感染耐碳青霉烯类肠杆菌科分布及耐药性分析

摘要 目的 了解临床分离耐碳青霉烯类肠杆菌科分布及其耐药情况,为指导临床合理使用抗菌药物提供参考。方法 通过细菌分离鉴定技术,对某医院住院患者送检病原学标本进行检测与分析。结果 从该医院住院患者送检标本中共分离耐碳青霉烯类肠杆菌科（CRE）细菌322株,包括肺炎克雷伯菌198株（含臭鼻克雷伯菌1株）、粘质沙雷菌78株和大肠埃希菌46株。CRE菌株主要分离自重症监护室、神经外科和呼吸内科病房送检的标〖JP2〗本;居首位的标本是痰液,占68.42%。临床分离的CRE菌株对常用抗菌药物高度耐药。结论 医院感染CRE细菌主要是肺炎克雷伯菌、粘质沙雷菌和大肠埃希菌,耐药严重,多见于呼吸道感染,应当依据药敏结果选用抗菌药物。     

某妇幼保健院儿科大肠埃希菌分布与耐药情况调查

摘要 目的 了解某妇幼保健院儿科大肠埃希菌临床分布特征及耐药特点，为临床合理用药提供科学依据。方法 通过细菌分离培养和药敏试验方法，对该院儿科送检病原学标本进行检测和分析。结果 共分离出大肠埃希菌728株，检出率居前3位的科室依次为新生儿科、呼吸内科和肾内免疫科；主要分离自尿液、痰液和血液等标本，2015-2017年产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌的检出率依次为 37.2%、48.3%和39.9%，差异有统计学意义(P<0.05)。新生儿组中检出大肠埃希菌的耐药率明显高于非新生儿组，其中氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦和头孢唑啉等抗菌药物耐药率比较差异有统计学意义(P＜0.05)，对碳青霉烯类药物耐药率最低，但已有4株耐药菌株检出。结论 大肠埃希菌是该院儿科细菌感染的重要致病菌，已有耐碳青霉烯菌株检出，需引起临床重视。     

山东省滨州市某社区来源产ESBLs大肠埃希菌及mcr-1阳性菌株耐药基因分析

目的 分析城市社区居民肠道来源产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）大肠埃希菌和多黏菌素耐药基因mcr-1阳性菌株的分子流行病学特征。方法 本研究对山东省滨州市某城市社区居民粪便样本中分离的16株产ESBL大肠埃希菌进行药物敏感性试验、全基因组测序（WGS）分析和单核苷酸多态性分析（SNPS）。对多黏菌素耐药的产ESBL大肠埃希菌进行S1-PFGE和Southern杂交确定耐药基因的位置,并用接合试验判断基因的可转移性。结果 某城市社区居民肠道来源产ESBL大肠埃希菌的检出率为40.00%,多重耐药菌占75.00%。WGS分析显示,16株ESBL大肠埃希菌携带多种耐药基因、毒力基因。SNPS分析显示16株产ESBL大肠埃希菌聚集成4个簇。mcr-1阳性产ESBL大肠埃希菌携带的耐药基因mcr-1和blaCTX-M均位于质粒上,且均可随质粒发生水平转移。结论 城市社区居民中可检出多黏菌素耐药ESBL大肠埃希菌,基因mcr-1存在水平传播的可能性。     

β-香茅醇对大肠埃希菌杀灭效果的研究

摘要 目的 研究植物成分β 香茅醇对大肠埃希菌的杀灭效果。方法 采用悬液定量杀灭试验方法,计算640、800、960和1 280 mg/L的β 香茅醇溶液对悬液内大肠埃希菌的杀灭对数值,评价杀灭效果。结果 用浓度800 mg/L的β 香茅醇溶液,作用悬液内大肠埃希菌5 min,平均杀灭对数值＞5.00。结论 β 香茅醇对大肠埃希菌具有良好的杀灭效果,可作为一种植物源消毒剂成分进行开发研究。     

MALDI-TOF MS在临床常见菌快速鉴定中的应用研究

目的 评价MALDI-TOF MS在临床常见细菌快速鉴定中的应用.方法 选择浙江大学医学院附属第二医院2008年12月至2009年8月分离自血液、痰液、分泌物和尿液的临床常见细菌和浙江省疾病预防与控制中心收集的沙门菌共426株.包括革兰阳性球菌76株和革兰阴性杆菌350株.采用Vitek系统将细菌鉴定到种,血清凝集试验对沙门菌和志贺菌进行血清分型.PCR扩增91株细菌的16S rDNA基因并测序,所得核苷酸序列与GenBank中的数据库进行比对,确定细菌种类.用MALDI-TOF MS对所有细菌进行快速鉴定,比较不同鉴定方法 之间的符合情况.结果 除沙门菌和志贺菌外的所有革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌的Vitek和MALDI-TOF MS两者的鉴定结果 完全符合.23株沙门菌中只有2株肠炎沙门菌鼠伤寒血清型的3种鉴定方法 结果 相符,另有1株伤寒沙门菌、3株甲型副伤寒沙门菌、1株乙型副伤寒沙门菌、1株肠炎沙门菌和1株肠炎沙门菌病牛血清型的血清凝集结果 与16s rDNA基因测序结果 相符.Vitek及血清凝集试验鉴定为福氏志贺菌的4株菌16s rDNA基因测序和MALDI-TOF MS的鉴定结果 均为大肠埃希菌.结论 MALDI-TOF MS可快速、准确地对细菌进行鉴定,具有良好的重复性,但对沙门菌和志贺菌效果不佳.