基于数据库对子宫肌瘤和子宫肉瘤诊治的关键基因进行生物信息学分析

目的 探讨子宫肌瘤和子宫肉瘤发生发展的相关基因。方法 从GEO数据库下载芯片数据集GSE31699、GSE593、GSE64763、GSE68295,在R语言中分别分析子宫肌瘤瘤组织与正常子宫肌层的差异表达基因(differentially expressed gene, DEGs),子宫肉瘤癌组织与正常子宫肌层的DEGs。使用DAVID数据库对DEGs进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析，并在STRING网站进行蛋白网络分析，通过Cytoscape软件分别筛选出关键基因，基于TCGA和GTEx数据库验证DEGs在子宫肉瘤中的表达和诊断效能。结果 筛选到子宫肌瘤瘤组织与正常子宫肌层的DEGs 45个，其主要参与雌激素激活信号通路；获得子宫肉瘤癌组织与正常子宫肌层的DEGs 104个，其主要参与细胞周期信号通路。获得子宫肌瘤瘤组织和子宫肉瘤癌组织共同表达的DEGs 5个，差异表达的DEGs 7个。在子宫肉瘤癌组织和正常子宫肌层中这12个DEGs的表...     

基于生物信息与机器学习分析类风湿关节炎疾病特征基因与免疫细胞的关系

目的：利用生物信息学与机器学习方法探求类风湿关节炎（RA）的发病机制、特征基因与免疫浸润表现，并寻找特征基因与免疫细胞的相关性。方法：从GEO数据库获取RA相关芯片，利用R语言分析基因差异，并对其进行GO与KEGG富集分析；使用机器学习方法，即LASSO回归与SVM-RFE法筛选疾病特征基因，运用ROC曲线与样本芯片检测特征基因准确性，利用CIBERSORT算法分析RA免疫浸润情况，并分析特征基因与免疫细胞的相关性。结果：GSE12021和GSE55235共获得90个差异基因，包含64个上调和26个下调差异表达基因；GO分析共得到主要条目209个，主要涉及机体白细胞激活、淋巴细胞活化、B细胞受体信号通路等；KEGG分析显示趋化因子信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、PPAR信号通路等通路与RA密切相关；机械学习方法筛选出IGHM、SLAMF8、CXCL10、FNDC4、AIM2、EGR1、AKR1B10等10个关键基因，ROC曲线与样本芯片检测疾病特征基因为IGHM、SLAMF8、CXCL10、AIM2、AKR1B10；免疫浸润结果显示RA滑膜组织与正常组织中的浆细胞...     

胃相关性疾病伴肠上皮化生差异表达基因及中药预测的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法筛选胃相关性疾病伴肠上皮化生（IM）的关键基因与通路,探讨其发病机制及潜在治疗靶点,进而预测治疗IM的中药。方法：从公共基因芯片数据库（GEO）数据库中下载包含IM患者的胃黏膜基因表达谱数据,利用Rstudio3.5.2筛选出IM组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因（DEGs）;使用DAVID 6.8数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白相互作用（PPI）网络,明确关键基因及核心功能模块;通过将关键基因与医学本体信息检索平台（Coremine Medical）相对应,筛选治疗IM的中药。结果：纳入2个包含IM的基因芯片数据集GSE78523和GSE60427,将2个数据集中IM相关的DEGs取交集获得135个基因,其中上调基因90个、下调基因45个。GO分析结果显示,DEGs主要涉及消化、细胞增殖的调控、细胞间黏附、钠离子跨膜转运、钾离子转运、胆囊收缩素信号通路、单核细胞趋化性、白细胞迁移、细胞外泌体等功能。KEGG通路富集结果显示DEGs显著富集于胃酸分泌、氮代谢、肾素-血管紧张素系统、蛋白...     

胶原诱导性关节炎大鼠滑膜双向凝胶电泳图谱建立及差异分析

目的类风湿关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)是一个多基因多因素参与的病理过程。实验中通过建立与RA发病机制相似的胶原诱导性关节炎(Collagen-induced arthritis,CIA)大鼠动物模型,运用蛋白质组技术对正常大鼠和CIA大鼠模型不同时间点滑膜组织的蛋白质点进行比较分析,为鉴定CIA大鼠滑膜病变相关蛋白质及研究RA发病机制奠定基础。方法用牛Ⅱ型胶原和完全福氏佐剂建立CIA大鼠模型,采用一步抽提法抽提滑膜蛋白质,运用固相pH梯度双向凝胶电泳分离各组大鼠滑膜组织的总蛋白质,用PDquest软件分析图谱,比较差异蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flightmass spectrometry,MALDI-TOF-MS)得到相应肽质指纹图谱,用Mascot查询软件搜索数据库,鉴定部分差异蛋白质。结果成功建立了CIA大鼠模型,获得分辨率较高、重复性较好的大鼠滑膜组织双向电泳凝胶图谱。正常组与25、35和45天模型组大鼠滑膜组织凝胶图谱的平均蛋白质点数分别为1070±41、1049±22、1079±44和1088±39。在4个组均有表达差异的蛋白质点中随机取20个点进行肽质指纹图分析,鉴定了部分与细胞代谢、信号转导及结构相关的差异表达蛋白质。结论建立了分辨率较高且重复性较好的正常大鼠与CIA大鼠不同时间点滑膜组织的双向凝胶电泳图谱,鉴定了一些与CIA大鼠滑膜病变相关的差异表达蛋白质,为识别RA病变相关蛋白质及推断RA病变过程奠定基础。     

基于GEO数据库筛选川崎病的差异表达基因及通路的研究

目的 应用生物信息学方法分析与川崎病发病可能相关的基因及蛋白信号通路。方法 从综合基因表达数据库中下载川崎病基因表达数据集GSE18606和GSE68004。利用GEO2R工具对数据集进行预处理，筛选差异基因，将两者进行交集，得到差异表达基因（DEGs）。利用R软件富集分析DEGs的生物学功能和信号通路，利用STRING数据库和cytoscape软件构建并改进蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，在mirdip数据库中预测核心基因对应的靶miRNAs。结果 在GSE18606和GSE68004数据集中共筛选出269个DEGs;DEGs的生物学功能主要包括免疫反应、中性粒细胞活化、细胞因子产生的正向调控、免疫反应T细胞活化、分泌颗粒膜和葡萄糖结合免疫受体活性等；信号通路主要包括造血细胞系、白细胞内皮细胞迁移、Toll样受体信号通路、胰岛素信号通路和T细胞受体信号通路；PPI网络包含218个DEGs和674对互相作用关系，其中STAT3、FGR、IL7R、HOOK3、MAPK14、LILRB2、CD2、CSF3R、SOCS3、GZMA、H2AC20、GZMK、H2BC5、ITK共14个为网络中...     

胃低级别上皮内瘤变芯片数据的生物信息学分析

目的利用生物信息学技术分析与胃低级别上皮内瘤变(LGIN)发病相关的重要信号通路并筛选出关键基因,以期为LGIN的精确诊断及早期干预提供新的理论依据。方法选择美国国立生物中心的基因表达汇总(GEO)数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),经挑选、核实后选择GES55696芯片数据集,应用GEO2R在线工具筛选慢性胃炎与LGIN的差异表达基因(DEGs),使用可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对差异基因进行功能注释和通路分析,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并用其筛选出关键基因。结果获得数据集GSE55696,其中包括19个慢性胃炎样本、19个LGIN样本。共获取808个DEGs,其中524个表达上调,284个表达下调。慢性胃炎与LGIN之间的DEGs被富集在42个不同的基因本体(GO)子集中,包括生物过程(BP)、细胞成分(CC)和分子功能(MF)三个方面。DEGs主要富集在脂肪的消化吸收、维生素的消化吸收、胃酸分泌、蛋白质的消化吸收、化学致癌作用的通路。10个关键基因为激肽原1基因(KNG1)(37 Degree)、血清淀粉样蛋白A 1基因(SAA1)(27 Degree)、钙敏感受体基因(CASR)(24 Degree)、神经介素U受体2基因(NMUR2)(24 Degree)、趋化因子C-X-C基序配体1基因(CXCL1)(23 Degree)、载脂蛋白B基因(APOB)(21 Degree)、胰高血糖素原基因(GCG)(19 Degree)、载脂蛋白A1基因(APOA1)(18 Degree)、速激肽受体1基因(TACR1)(18 Degree)、生长抑素基因(SST)(16 Degree)。结论 LGIN的发生、发展主要与脂肪的消化吸收、维生素的消化吸收、胃酸分泌、蛋白质的消化吸收和化学致癌作用的关键通路及KNG1、SAA1、CASR、NMUR2、CXCL1、APOB等关键基因密切相关。     

类风湿关节炎基因差异谱的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法探究类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞差异表达基因及相关信号通路,寻找潜在的类风湿关节炎特异性分子标志物。方法利用R语言limma包等程序方法分析基因芯片GSE21959并筛选差异基因(differentially expressed genes,DEGs),利用DAVID数据库分析DEGs获得其GO富集分析和KEGG信号通路分析的结果。利用STRING数据库构建蛋白互作网络,再将结果导入Cytoscape软件中模块化核心基因并绘制蛋白互作网络图。结果筛选获得了123个差异基因,其中表达上调的基因38个,表达下调的基因85个。GO富集分析表明DEGs主要参与了趋化因子调节、CXCR趋化因子受体结合和血管生成正向调控等生物学过程,KEGG信号通路富集分析主要包括了趋化因子信号通路、Rap1信号通路和血管平滑肌收缩等信号通路。模块化分析获得了7个核心基因分别为:CXCL1、CXCL8、CXCL6、ADRA2A、ADCY8、S1PR1和SAA1。结论通过生物信息学分析获得类风湿关节炎的DEGs、核心基因、生物学过程和信号通路等信息,为探究类风湿关节炎的发病机制、发现诊断标志物和探索新治疗靶点提供理论依据与新的方向。     

糖尿病肾病肾小管病变关键基因的预测北大核心CSCD

目的:基于生物信息学探索糖尿病肾病(DKD)肾小管差异表达基因(DEGs)与相关信号通路,结合蛋白互作(PPI)网络分析与比较毒理基因组学数据库(CTD)筛选在DKD肾小管病变中发挥关键作用的基因。方法:选取基因表达公共数据库(GEO)中芯片数据集GSE30529与Karolinska肾脏研究中心RNA-seq数据集,采用R4.03软件的“limma”和“DESeq2”包分析两个数据集共有的DEGs,设定筛选阈值为差异倍数≥2,P<0.05。应用clusterProfiler包进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,STRING数据库建立PPI网络,Cytoscape和CTD筛选DKD核心基因。结果:共得到277个DEGs,DEGs的GO分析主要表现于细胞外基质组织,涉及免疫反应、中性粒细胞激活、免疫效应调节等生物学过程。KEGG信号通路分析结果表明,吞噬小体、补体及凝血级联反应、趋化因子信号通路、糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路及NF-κB信号通路参与DKD肾小管病变的发生、发展。通过PPI网络及CTD数据库联合分析筛选出CXCL1、CXCL8、CCL5、FN1及EGF共5个关键基因。结论:本研究从转录组水平对两个不同来源数据集进行联合分析,有利于了解DKD肾小管病变发生的潜在分子机制,为进一步研究提供了有意义的线索。     

多重生物信息分析预测免疫相关基因FN1为干燥综合征发病核心基因北大核心CSCD

目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路。方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs)。多重生物信息分析软件对GSE97614数据进行分析。DAVID在线软件对DEGs进行GO分析及KEGG信号通路预测。STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析。Cytoscape对互作网络结果进行可视化处理,并应用内置软件cytohubba筛选出SS发病的核心基因。结果:GSE97614包含9例SS患者及3例正常对照者,共对32321个基因进行检测,limma数据包均一化数据处理并筛选出96个差异上调和65个差异下调表达的基因。基因热图显示全部DEGs具有可聚类性。GO分析主要富集于细胞外基质、细胞外间隙及整合素结合过程。信号通路主要富集于MAPK通路及VEGF通路。PPI网络显示共有141个基因间存在224条联系,cytohubba计算出FN1、IL1B、TIMP1、THBS1、PLAU、SERPINE1、FOS、ITGB3、VCAN、ADAMTS1为前10位发病核心基因。其中FN1综合分析得分为32分,ADAMTS1综合分析得分为10分。结论:多重生物信息分析发现免疫相关基因FN1为SS发病过程的核心基因,可能作为SS快速诊断和治疗的血清标志物及潜在的药物干预靶点。     

慢性移植肾肾病患者外周血差异表达基因的分析

分析慢性移植肾肾病(CAN)患者与移植物功能稳定肾移植受者外周血基因表达差异,探索CAN免疫致病机制。从GEO数据库获取GSE12187和GSE22229两个肾移植受者外周血的基因芯片表达谱数据集,选取其中13个CAN样本为实验组,15个移植物功能稳定的样本为对照组。以SAM筛选两组样本的差异表达基因。应用DAVID及GENECODIS网络工具对差异基因进行功能富集分析。通过Cytoscape软件的MiMI插件进行差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。SAM筛选出上调基因168个,下调基因141个。基因富集结果显示,上调基因主要为调控转录和翻译过程的基因,而下调基因参与广泛信号传导通路以及基因表达的调控。Cytoscape软件的PPI分析筛选出19个CAN相关核心基因。CAN患者与移植肾功能稳定受者的免疫功能状态存在显著差异;CAN致病机制涉及免疫细胞复杂的基因表达调控及细胞增值、凋亡、迁移等广泛的信号传导通路变化;免疫细胞在基因的转录、RNA加工、翻译及蛋白质代谢等环节的改变可能在CAN的致病中发挥了关键作用;TAGAP、EIF3F、NUDT21、PAPOLA、RPL等CAN核心基因的免疫调控机制需要深入探索。     

动脉型肺动脉高压分子标志基因的筛选与鉴定

目的：本研究旨在筛选和鉴定参与动脉型肺动脉高压（pulmonary arterial hypertension,PAH）发病的关键基因及相关信号通路,为进一步的转化医学研究提供新靶点。方法：从美国国立生物技术信息中心的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获取人GSE113439、GSE117261、GSE48149和GSE53408基因芯片数据集,经过数据筛选后确定PAH组103例和对照组56例进行比较分析。采用NetworkAnalyst软件筛选差异基因（differentially expressed genes,DEGs）,Enrichr和Metascape进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析,STRING和Cytoscape建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络确定潜在的枢纽基因。采用野百合碱构建PAH大鼠模型,通过测量血液动力学参数与组织形态学观察造模是否成功...     

基于生物信息学筛选与分析胰腺癌的生物标志物半胱氨酸蛋白酶抑制剂S北大核心CSCD

目的:应用生物信息学方法分析筛选与胰腺癌(PAAD)发生发展相关的基因,探究半胱氨酸蛋白酶抑制剂S(CST4)在PAAD中的表达、预后价值及生物学功能。方法:选取GEO数据库胰腺癌芯片GSE15471和GSE16515为研究对象,并筛选出两个芯片数据集共同的差异表达基因(DEGs)作为关键基因。应用GEDS分析CST4 mRNA在TCGA和CCLE数据库的表达情况,并通过GEPIA2进一步分析CST4在消化系统肿瘤及正常组织中的差异表达。应用Kaplan-Meier Plotter分析CST4mRNA表达与TCGA数据库中PAAD患者五年总生存率及无复发生存率的关系。TIMER2数据库分析PAAD患者CST4 mRNA表达与多种免疫细胞浸润情况的相关性。通过STRING构建CST4蛋白互作网络并进行GO功能富集分析。结果:筛选两个GEO数据芯片的DEGs,韦恩图取交集后获得关键基因CST4。基于TCGA和GTEx数据库分析显示CST4在PAAD中的表达明显高于正常胰腺组织。CST4表达水平与患者的预后呈负相关,与肿瘤相关成纤维细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞免疫浸润情况呈正相关。PPI网络图显示CST1、CSTA、CSTB、CTSB、CTSL与CST4相互作用连接度较高,GO分析提示CST4基因的表达与细胞蛋白质分解代谢过程、内肽酶活性的调节、细胞凋亡通路等密切相关。结论:CST4在PAAD组织中表达升高且高表达组患者预后不良,CST4有望成为PAAD诊断及患者不良预后潜在的生物标志物。     

乳头状甲状腺癌差异表达基因的筛选及生存分析

目的利用生物信息学方法筛选乳头状甲状腺癌（PTC）的关键基因及其所在信号通路，探讨其致癌机制。方法 从基因表达综合数据库（GEO）的两个测序平台的7个GSE芯片中获得PTC和癌旁组织样本的数据。首先利用R语言分别筛选出两个测序平台样本的差异基因，然后通过Metascape和STRING对差异基因进行生物学功能、信号通路分析和蛋白质-蛋白质相互作用分析,最后利用Cytoscape 3.5.1软件筛选出关键基因。结果 两个测序平台的样本求交集共获得302个差异表达基因，其中149个基因上调，153个基因下调，利用Cytoscape 3.5.1软件筛选出15个关键基因，其中12个关键基因位于细胞外基质受体相互作用信号通路中。利用UALCAN数据库对15个关键基因进行生存分析，其中4个基因的表达水平变化与患者的生存时间紧密相关。结论 利用生物信息学技术对来自7个PTC基因芯片数据集的信息进行分析，弥补了小样本结果的不一致性，提高了结果的可靠性和稳定性，并且筛选出了15个关键基因，发现了细胞外基质受体相互作用信号通路在甲状腺癌的发生发展中的重要作用。     

利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因

目的利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出鼻咽癌转移相关的核心基因和相关信号通路,为寻找鼻咽癌转移早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 GSE103611的表达芯片从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载,该数据库中包含48个样本,包括24个原发鼻咽癌样本和24个放疗后转移的鼻咽癌样本。整理微阵列数据集获得差异表达基因(DEGs)与本课题组前期构建的相对于CNE-2侵袭转移能力更强的CNE-2SI细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组数据库(KEGG)对共同差异基因进行富集并利用DAVIDE在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作(PPI)网络由STRING数据库构建。Hub基因分析通过Cytoscape软件中的cytoHubba插件制作。关键基因的生存分析通过Kaplan Meier-plotter数据库分析获得。结果 GSE103611数据集中共鉴定出差异基因共3301个,其中上调506个,2795个基因被下调。本课题组的芯片中差异基因共2691个,其中上调1349个,1342个基因被下调。两个芯片共同上调基因47个,下调基因135个,共计182个。GO分析表明共同差异基因的生物学功能主要集中在基本的生物学过程和细胞黏附;主要的细胞成分包括细胞膜和细胞质;分子功能包括ATP结合等(P 0.05)。KEGG通路分析显示这些共同差异基因主要参与脂类代谢、MAPK信号通路和细胞黏附信号通路(P0.05)。CytoHubba插件分析从PPI网络中找到前20个具有高度关联性的核心基因。生存分析发现CXCL10、CUL7、PLCB2可能与在鼻咽癌不良预后相关(P 0.05)。结论利用生物信息学分析筛查鼻咽癌转移相关DEGs和通路可以帮助了解鼻咽癌转移发生的分子机制,对鼻咽癌转移的早期诊断具有临床意义。     

CD38在类风湿关节炎外周血与滑膜组织中的表达

CD38是单链Ⅱ型跨膜蛋白,为B淋巴细胞活化的标记物。类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是自身免疫性疾病,病变滑膜内存在大量B淋巴细胞增生。本研究通过对RA患者外周血及滑膜中的CD38进行表达分析从而探寻RA发病的免疫机制。应用流式细胞术检测RA患者(N=103)及正常人(N=120)外周血中CD38的表达;采用免疫组织化学法分别对5例RA患者、骨关节炎(osteoarthritis,OA)患者及强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者滑膜组织中CD38的表达进行检测;将靶向CD38的SiRNA转入RA患者滑膜成纤维细胞(RASF)(N=5)后,ELISA法检测培养基中TNF-α、IL-1α和IL-β的表达。流式结果显示RA患者外周血中CD38+(P=1.92E-09)、CD3+CD38+(P=0.019)和CD56+CD38+(P=0.007)亚群细胞表达率明显升高,且CD38+细胞的表达率与RA患者类风湿因子(RF)水平显著相关(P=0.026);免疫组织化学结果表明CD38在RA患者滑膜中特异性高表达;ELISA实验证实:对CD38基因进行SiRNA干扰后,RASF培养基中的IL-1α和IL-1β表达水平显著降低。该项研究表明:CD38基因的表达增加可能参与RA患者的免疫激活。     

利用生物信息学分析鉴定原位骨肉瘤以及肺转移的信号通路和核心基因

目的应用综合生物信息学来识别骨肉瘤中涉及的肺转移的关键致病基因并揭示潜在的分子机制。方法 GSE85537的表达谱从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载,该数据库包含6个样品,包括3个原位骨肉瘤样品和3个骨肉瘤肺转移样品。整理微阵列数据集以获得差异表达的基因(DEG),并通过生物信息学方法进行深入分析。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组(KEGG)途径对DEGs富集并通过DAVID在线进行分析。DEG的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络由STRING数据库构建。MCODE分析通过Cytoscape软件中的MCODE插件制作。关键基因的生存分析通过在线(http://www.ualcan.path.edu/index.html)分析获得。结果从GEO数据集中共鉴定出差异基因662个,其中234个基因被上调,428个基因被下调,通过基因拓扑学分析从PPI网络中鉴定出DEG中最密切相关的137个基因。其中38个基因被上调,99个基因被下调。GO分析表明DEGs的生物学功能主要集中在血管生成,转录中RNA聚合酶II启动子的正向调节。主要的细胞成分包括外泌体和细胞外基质。分子功能包括ATP结合。KEGG通路分析显示这些DEG主要参与PI3K-Akt信号通路和肿瘤信号通路。MCODE插件分析从PPI网络中检测到3个重要模块,此外选择了15个具有高度关联性的差异基因,并经过总体存活率和相关性分析,发现基因ACTA2可能在防治骨肉瘤肺转移中发生作用。结论利用生物信息学分析筛查骨肿瘤转移前后的DEGs和通路可以帮助了解骨肉瘤转移发生的分子机制,对早期诊断和预防骨肉瘤转移具有临床意义,并提供有效的指导治疗骨肉瘤转移的联合用药。     

肥胖患者性别差异的基因表达谱数据分析

目的 采用生物信息学手段对男女肥胖患者与正常人群的差异基因进行分析,研究肥胖个体脂肪细胞基因表达在性别上的差异.方法 从公共数据库基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载肥胖相关数据集,采用Qlucore Omics Explorer(QOE)、DAIVID在线分析,并利用蛋白质相互作用数据库分子作用数据库(MINT)进行蛋白质作用网络分析.结果 在女性患者中,99条基因表达上调,79条下调,男性患者中有39条高表达基因,23条下调基因.GO分析显示女性肥胖患者的差异基因所涉及GO类别较男性患者多,两组蛋白质作用网络核心节点差异较大,FYN与PDIA3分别是男性女性蛋白质作用网络中重要节点.结论 肥胖发生机制存在性别差异,针对节点FYN与PDIA3的后续研究可能对肥胖的发生机制及相应并发症的研究起到重要作用.     

基于WGCNA分析狼疮肾炎的关键基因

目的：筛选狼疮肾炎（LN）潜在的高风险致病基因及生物学过程和通路,为LN的发病机制提供理论依据。方法：从高通量基因表达（GEO）数据库中下载GSE86425数据集,使用R语言“WGCNA”包分析正常肾脏组织和LN肾脏组织中共表达基因的变化。使用“clusterProfiler”包对与LN高度相关的模块进行功能富集分析。利用“LIMMA”包筛选出差异表达基因（DEGs）,筛选出二者的共同致病基因并导入STRING数据库中进行蛋白-蛋白网络互作（PPI）分析,最后导入Cytoscape软件中筛选出关键基因（Hub）。采用RT-PCR进一步验证SNF1裸鼠对照组和LN组肾脏组织中Hub基因的表达水平。结果：获得1个与LN高度相关的模块（brown模块,Cor=0.86,P<1e-200）,其主要参与T细胞活化、细胞因子产生的正向调节、细胞外基质结构成分等。共筛选出294个DEGs,主要与白细胞迁移、中性粒细胞趋化作用、细胞因子介导的信号传导途径、对防御反应的正向调节等生物过程等有关。并筛选出Trim30a、Cxcl10、Irf7和Stat1 4个Hub基因。RT-PCR证实这些基因在L...     

类风湿性关节炎滑膜组织中PTTG1和MMP—2的表达及意义

目的 检测类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者滑膜被覆细胞及滑膜下组织中垂体肿瘤转化基因1(pituitary tumor transforming gene 1,PTTG1)及MMP-2的表达及分布状况,探讨其在RA发病中的作用.方法 采用免疫组化SP法检测68例RA患者,14例骨性关节炎(osteoarthritis,OA)患者滑膜被覆细胞及滑膜下组织中PTTG1及MMP-2的表达状况.结果 PTTG1在RA组、OA组阳性率分别为64.7%和21.4%;MMP-2在RA组、OA组阳性率分别为73.5%和28.6%,差异具有统计学意义(P<0.05),且PTTG1和MMP-2之间表达具有相关性(rs=0.776,P<0.05).结论 PTTG1和MMP-2在RA组滑膜组织的表达均明显升高,且二者之间的表达具有相关性,从而证实其在RA的发病机制中可能具有一定的作用.