吉林省麻疹野病毒的基因型别和基因特征

目的 阐明吉林省流行麻疹野病毒的基因型别和基因特征,为制定麻疹防控策略措施提供科学依据.方法 用逆转录-聚合酶链反应.限制性片段长度多态性分析(RT-PCR-RFLP)方法对2001-2006年分离的38株麻疹病毒进行基因分型;选择麻疹病毒代表株RT-PCR扩增N基因C-末端450个核苷酸,对比野毒和疫苗株核苷酸和氨基酸同源性,并构建N基因亲缘关系树.结果 经RT-PCR-RFLP基因定型,38株麻疹病毒分离珠均为H1基因型;对其中的29株进一步进行N基因C-末端450个核苷酸的序列测定和分析证实均为H1基因型的H1a亚型.吉林分离株与我国麻疹疫苗S191株450个核苷酸同源性为88.0%～89.4%,所提示氨基酸的同源性为91.8%～92.7%;吉林省内分离株核苷酸平均变异小于1.4%.结论 H1a基因亚型为吉林省近年来流行的麻疹野病毒绝对优势基因亚型.不同年份存在相同麻疹病毒的持续循环传播,同一年份也存有H1a亚型内不同病毒的共循环;与其他省之间存在相同麻疹病毒引起的传播链.     

引起乌鲁木齐成人麻疹暴发的麻疹病毒基因特征分析

目的 分析引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒的基因特征.方法 用Vero/Slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析.结果 共分离到11株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0～0.2%,均为H1基因型中的H1a基因亚型.11株麻疹野病毒与H1基因型代表株（Chin9372）的核苷酸和氨基酸差异分别为：2.2%～2.4%之间和4.0%～4.6%之间.结论 引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒为H1a基因亚型.     

吉林省2013年麻疹病毒核蛋白基因推导的氨基酸位点变异分析

目的 研究吉林省2013年麻疹病毒核蛋白（Nucleoprotein,NP）氨基酸位点的变异.方法 对吉林省2013年麻疹病例咽拭子标本用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增NP基因片段,将麻疹病毒RT-PCR阳性产物进行测序,分析其NP基因推导的氨基酸序列变异情况.结果 吉林省2013年麻疹病毒均为H1a基因亚型.以吉林省2001年麻疹病毒NP基因推导的氨基酸序列为基准,2013年50份麻疹病毒RT-PCR阳性标本中有部分标本在4个氨基酸位点出现变异;在其中3个出现变异的氨基酸位点422位点（G→S）、457位点（S→G）、497位点（R→K）上,2001-2008年33株麻疹病毒中仅有个别毒株出现该3个位点的变异,而2009年、2010年、2013年在该3个位点发生如上变异的麻疹毒株所占比例分别为100％、76.9％以及32.0％ ～32.6％;在第430位点,仅2013年有44.0％的麻疹病毒阳性标本出现P→S的变异.结论 吉林省2013年麻疹病毒呈现NP的氨基酸位点变异多样化,提示要关注NP的氨基酸变异趋势.     

陕西省2010-2012年柯萨奇病毒A组16型VP1基因特征分析

目的 对陕西省2010-2012年来源于手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例的科萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CVA16）毒株的VP1基因特征进行分析,以阐明其分子流行病学特征.方法 利用特异性引物对分离鉴定为CVA16的21株病毒进行VP1编码区扩增.对阳性产物进行序列测定,并用MEGA软件进行序列的生物信息学分析.结果 根据亲缘性分析,本研究的CVA16分别属于B1a和B1b基因亚型,其中仅2011年分离自宝鸡市的10株属于B1a基因亚型,分离自其他4个地市的11株则属于B1b基因亚型.B1a和B1b基因亚型内核苷酸序列同源性分别为99.9％ ～100％和92.93％ ～ 100％.不同基因亚型毒株间核苷酸序列差异为8.43％～9.45％.结论 2010-2012年,属于B1a和B1b基因亚型的CVA16在陕西省共同循环,其中B1b基因亚型流行范围较广,可能为陕西省的优势亚型.     

昆明地区麻疹野病毒株基因型检测

目的检测昆明地区麻疹病毒的优势基因型,为麻疹监测和防治提供依据。方法采集2008年昆明地区临床诊断为麻疹的30例患儿,其中男性18例,女性12例;年龄51天～3岁,0～1岁(≤1岁)的患儿19例,1～2岁(≤2岁)的患儿9例,2～3岁(≤3岁)的患儿2例,平均患病年龄15个月。采集急性传染期静脉血2 mL,应用酶联免疫吸附分析(ELISA)检测麻疹病毒血清IgM抗体;同时收集患儿的尿液标本,运用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增标本中所分离到的麻疹野病毒株核蛋白(N)基因羧基末端的543个核苷酸,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并与麻疹病毒基因库中的参考株进行比较。结果从30份麻疹患儿尿液标本中分离到7份麻疹野病毒阳性;出疹后6 d的尿液标本中仍可检出麻疹野病毒;将其4株麻疹野病毒的核蛋白(N)羧基末端的543个核苷酸与Genebank中的麻疹病毒的23个参考株进行基因亲缘性关系比较,与世界卫生组织(WHO)的H1、H2基因型参考株China 93-7、China 94-1所对应的核苷酸序列的遗传距离分别为0.031～0.047和0.332～0.398;而与H1a的遗传距离最近,为0.010～0.033;4株麻疹野病毒N基因羧基末端543个核苷酸的同源性为96.0%～98.9%;与H1标准株China 93-7和H1a标准株China 93-2的核苷酸同源性分别为95.9%～99.7%和96.9%～99.8%。结论2008年昆明地区所检测到的麻疹野病毒的优势基因型为H1a基因型。     

RT-PCR-RFLP用于麻疹病毒疫苗株和H1基因型的分析

目的 建立RT-PCR-RFLP方法 用于天津地区2002-2008年流行的麻疹野病毒基因型研究.方法 采集疑似麻疹患者的尿标本和咽拭子,传代细胞分离病毒.提取病毒液中的RNA,用一步RT-PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(nucleoprotein,N)基因C端594个核苷酸片段,扩增产物经Bcn I酶切后琼脂糖凝胶电泳进行限制性片段多态性分析(RFLP),同时与序列分析进行对比验证.根据结果 构建基因系统发生树进行亲缘关系和遗传距离分析.结果 2002-2008年189份标本,分离获得69株麻疹病毒,N基因C端RT-PCR检测全部阳性,RFLP分析H1a是优势流行亚型,占98.55%(68/69),仅1株(1.45%)为H1b基因亚型,分型结果 与序列测定完全一致.系统发生树分析显示H1a亚型毒株分为2个亚枝,变异范围为0.2%～3.8%,存在不同病毒株引起的传播链共循环.结论 基于Bcn I限制性内切酶的RT-PCR-RFLP方法 能够特异性区分A基因型、H1a、H1b基因亚型,具有快速、简便、准确和经济的优点,更适用于国内大规模麻疹病毒的监测.     

2009年深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2％ ～98.1％,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9％ ～98.1％,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2％～100％;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100％),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2％ ～97.1％.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100％.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.     

广东省2005-2007年麻疹病原学监测

目的 开展有效的麻疹病原学监测,分离麻疹病毒,了解广东省2005-2007年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据.方法 用Veto/Slam细胞从暴发和散发麻疹疑似病例的咽拭子和尿液标本中分离麻疹病毒,并对所有分离到的麻疹病毒通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,扩增出核蛋白(N)基因碳末端450个核苷酸片段,对其产物测定基因序列以定型.结果 2005-2007年共收到380份标本,包括咽拭子或尿液标本.共分离到82株麻疹野病毒.2005年病毒分离率为23.58%,2006年病毒分离率为17.11%,2007年病毒分离率为39.13%.病毒分离成功率与病例出疹天数和标本的采集质量有密切关系.结论 我省已经掌握了麻疹病毒的分离和分子生物学鉴定技术,分离率较高;我省多年来流行的麻疹毒株均为H1基因型,与国内流行的优势基因型一致.     

2004-2005年中国A(H1N1)亚型流感病毒抗原性及基因特性研究

目的 阐明2004-2005年中国流行的A（H1N1）亚型流感病毒血凝素抗原性及其基因变异情况.方法 对2004-2005年分离的A（H1N1）亚型毒株先进行单向血凝抑制试验;在此基础上选取不同时间、地点的A（H1N1）亚型流感毒株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析.结果 单向血凝抑制实验结果表明,2004年A（H1N1）亚型病毒株对鉴定血清的血凝抑制效价与A/Shanghai/1/1999（H1N1）毒株没有4倍差异;2005年分离的A（H1H1）亚型毒株中有62株（占6.2%）病毒与A/Shanghai/1/1999（H1N1）毒株本身的血凝抑制效价相比有4倍差异.HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,我国2005年分离到的A（H1N1）亚型流感病毒株有以下位点发生变异,54 K＞R、90T＞K、101Y＞H、149R＞K、169V＞A、190D＞N、212R＞K、219K＞R、245W＞R、246Y＞F、258T＞N、318V＞A,其中54、190位氨基酸位于抗原决定簇.结论 我国2005年分离的A（H1N1）亚型流感毒株基因特性和抗原性已开始发生变异.     

Genetic and antigenic characterization of measles viruses that circulated in Korea during the 2000-2001 epidemic

Despite the marked reduction in the incidence of measles in Korea by the introduction of measles vaccine, a large measles epidemic occurred during 2000-2001. During the epidemic, more than 55,000 measles cases were reported and at least 7 children were dead. In this study, we analyzed the genetic and antigenic properties of 15 measles viruses that isolated during the epidemic. Sequence analyses of entire hemagglutinin (H) and nucleoprotein (N) genes of the viruses indicated that all Korean isolates had a high degree of homology (>99.8%) when compared with each other. They differed from other wild-type viruses by as much as 6.8% in the H gene and 6.5% in the N gene at the nucleotide level. The deduced amino acid variability was up to 6.4% for the H protein and up to 6.5% for the N protein. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences and deduced amino acid sequences of the H and N genes revealed that all Korean viruses were grouped into the genotype H1. This strongly demonstrated that single genotype of measles virus has been circulated in Korea during the 2000-2001 epidemic. Plaque reduction neutralizing antibody titers against vaccine strains, Edmonston and Schwarz, and recently isolated Korean strains were measured using sera from vaccinees and recently infected children. Although sera of recently infected children demonstrated higher neutralizing antibody titers against wild-type strains than against vaccine strains, both sera neutralized both strains and the reciprocal geometric mean titers (GMTs) were not significantly different against both strains.     

2011年云南楚雄地区狂犬病疫情分子流行病学研究

目的 针对2011年发生于云南楚雄地区的狂犬病疫情开展分子流行病学调查分析.方法 通过直接免疫荧光试验(DFA)和RT-PCR方法对采集样本进行检测.采用DNAstar中MegAlign软件和MEGA 3.1软件Neighbour-joining(NJ)方法分别进行病毒样本N基因的同源性分析和系统进化分析.结果 在23份脑组织或脑脊液标本中,11份实验室检测结果为阳性,阳性率为47.8％.核蛋白(N)基因同源性结果表明,来自犬只的病毒样本与基因Ⅰ型Asia 1a亚型病毒同源性最高,核苷酸同源性为99.2％ ～ 99.4％之间,与Asia 2c基因亚型病毒核苷酸同源性为88.5％～89.6％.进化树分析结果表明,本研究分离到的病毒样本与Yunnan-ZT07处于同一进化分支内.结论 引发本次疫情的狂犬病毒属于基因Ⅰ型Asia 1a亚群,且此次疫情可能与2007年云南昭通流行毒株Yunnan-ZT07的输入关系密切.     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的比较2010年广州市分离到的甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因和2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒HA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状病人的咽拭子标本,用H1N1流感特异性引物进行PCR检测,扩增分离到的H1N1病毒HA片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和分析,并用生物信息学方法对抗原位点和糖基化位点进行分析。结果共收集到426份标本,甲型流感阳性211份,其中H1N1流感4株,与2009年分离的甲型H1N1流感相比,有12个氨基酸碱基位点发生了有意义突变,其中6个位点位于抗原位点上;4株毒株HA基因145位氨基酸都发生了变异;其中2株毒株在第180位氨基酸位点的抗原位点发生了变异。进化分析表明4株毒株与2009年中国大陆分离的8株毒株进化关系较远。结论 2010年广州市甲型H1N1毒株与2009年相比发生了较大变异。HA基因145位和180位氨基酸位点变异对H1N1毒株抗原变异有重要意义。本文分离的A/Guangdong/ZS03/2010（H1N1）和A/Guangdong/ZS01/2010（H1N1）毒株可能已经发生了抗原性漂移。     

2008至2009年北京地区分离的肠道病毒71型全基因组序列分析

目的了解2008至2009年从北京地区手足口病（HFMD）患儿分离到的肠道病毒71型（EV71）全基因组序列特点（未包括多聚腺苷尾）,以探讨基因序列的改变是否与病毒的致病性有关。方法选取首都儿科研究所病毒研究室2008年分离到的5株EV71毒株和2009年分离到的4株EV71毒株,其中4株来源于重症HFMD患儿（伴高热、持续抽搐及意识丧失等中枢神经系统症状）,5株来源于轻症HFMD患儿。设计覆盖病毒全基因组的10对特异性引物,对9株EV71毒株进行RT-PCR扩增、全基因组序列测定和分析。结果 9株EV71毒株的全基因组长度为7406bp或7405bp,部分毒株在5′UTR存在1处1个碱基的缺失。9株EV71毒株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为96.3%～99.4%和98.2%～99.6%,在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为96.9%～99.9%和98.3%～100.0%。重症HFMD来源的4株毒株中有3株在VP2蛋白第144位及3D聚合酶（3Dpol）第140和263位同时出现相同的氨基酸变异（T144S、R140K和I263V）,并且在5′UTR区第208和254位同时出现相同的碱基变异（G208A和A254G）。9株EV71毒株的全基因组与C4亚型毒株具有最高的核苷酸同源性,在VP1区为94.3%～95.5%;在3D及3′UTR区与CV-A16/G10的同源性（84.3%～85.0%和89.0%～91.5%）高于与EV71-B型、A型及C型（C1～3、C5）的同源性。VP1和3D基因的遗传进化分析显示,9株EV71毒株与C4亚型毒株属同一分支。结论 VP2蛋白第144位氨基酸突变（T→S）、3Dpol第140和263位氨基酸突变（R→K和I→V）及5′UTR区第254位碱基突变（A→G）可能与EV71感染后引起的不同临床症状有关。根据VP1核苷酸序列,2008至2009年北京地区流行的EV71属于C4亚型;非结构蛋白基因在EV71进化中可能有一定的作用。     

2010—2011年北京市四次甲型H1N1流感病毒抗体水平动态变化分析

目的了解和掌握北京市不同人群对甲型H1N1流感的免疫水平。方法在2010年1月-2011年4月期间,四次采用多阶段分层随机抽样方法,在北京市六个区分年龄组随机选取调查对象进行问卷调查,并采集血清标本进行甲型H1N1流感病毒抗体检测。结果共选取调查对象18264名。5456名（28．9％）调查对象体内甲型H1N1流感病毒抗体为阳性。总体人群甲型H1N1流感抗体滴度主要集中在1：40—1：320,其中抗体滴度为1：40的人数占总体阳性数的比例达41．61％。同一时间点不同年龄组问、同一年龄组的不同时间点间,血凝抑制（HI）保护性抗体阳性率、抗体GMT水平比较的差异均有统计学意义（P〈0．05）。HI保护性抗体阳性率和抗体GMT存在地区差异（P〈0．05）。不同职业人群间HI保护性抗体阳性率和抗体GMT水平比较差异存在统计学意义（P〈0．05）。结论目前北京市人群中已有超过25％的人群具有甲型H1N1流感病毒保护性抗体,甲型H1N1流感疫苗接种与HI抗体阳性存在相关性,普通人群中已经建立了一定的免疫屏障,但抗体滴度水平较低。