北京市2010年一起由CoxA24v引起的急性出血性结膜炎疫情的流行病学及病原学特征分析

目的 了解2010年北京市某职业学院急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)病例的流行病学及病原学特征.方法 对AHC聚集性疫情开展流行病学调查,分析每例患者感染来源,采用描述性流行病学方法进行统计分析.荧光定量RT-PCR检测肠道病毒70型(enterovirus 70,EV70)和柯萨奇病毒A组24型变异株(coxsackvirus A24 variant,CoxA24v),并用Hep-2细胞进行病毒分离,对病毒分离株的VP1全长基因序列进行种系发生分析.结果 某职业学院AHC聚集性病例8天有15例患者发病,检测8例患者眼拭子样本,4例为CoxA24v阳性,共分离获得2株CoxA24v毒株.该2个毒株VP1全长基因序列组内核苷酸同源性为99.7％,与北京市2010年分离毒株亲缘关系最近,与印度2007年部分毒株亲缘关系次之.结论 本起疫情由一个CoxA24v病毒链引起,CoxA24v毒株VP1全长基因序列与2010年北京市株及2007年印度部分分离株有较高同源性.应加强AHC症状监测并密切关注引起该病的肠道病毒的变异,为防制AHC提供科学依据.     

安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

急性出血性结膜炎病原学分子特征分析

目的 检测分析引发浙江省急性出血性结膜炎(AHC)爆发流行的病原学及毒株的分子特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应方法直接从AHC患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物扩增病毒VP1基因和3C区片段,测定核苷酸序列,应用DNAMAN和MEGA软件进行同源性和进化分析.结果 3株浙江CA24v分离株VP1基因全长915个核苷酸(nt).3C区全长549 nt,均没有nt的插人和缺失;浙江分离株Zhejiang/13/08与CA24v原型株EH24/70在VP1和3C区核苷酸同源性分别为85.3%和86.5%,与2005年新加坡分离株Singapore/DSO-26/05和2007年广东分离株Guangdong/332/07株在VP1区和3C区的核苷酸同源性分别为97.0%～99.1%和96.7%～99.5%;浙江CA24v分离株在3C区进化树的Ⅲ基因亚型B分支上(GⅢ/B),在VP1进化树的CA24v Group2分支上.结论 引起2007-2008年浙江省急性出血性结膜炎爆发流行的病原为CA24v GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于新加坡.     

广州市儿童秋冬季诺如病毒感染检测分析

目的 研究广东省广州市5岁以下儿童秋冬季急性病毒性腹泻诺如病毒的感染情况、基因型别和流行优势毒株.方法 采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测诺如病毒(NVs),部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合参考毒株相应的核苷酸序列进行进化分析.结果 NVs的检出率为23.88%(112/469).35株测序病毒之间的核苷酸序列同源性为70.4%～100%,均属于GH遗传组.广州市2003年秋冬季测序的11株NVs 5株为GⅡ-4;5株为GⅡ-3;另1株不能确定其型别;2004年测序的11株10株为GⅡ-4;1株为GⅡ-3;2005年所测序的13株均为GⅡ-4.结论 广州市婴幼儿秋冬季病毒性腹泻存在不同基因型NVs感染,以NV GⅡ组毒株为主,其中GⅡ-4型为流行优势株.     

肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.     

肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.     

肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.     

肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.