PCR-CTPP在DNA 碱基切除修复基因SNP分型中的应用

目的：分析两对引物‐聚合酶链式反应（PCR‐CTPP）在碱基切除修复（BER）途径基因单核苷酸多态性（SNP）分型中的应用,为发现新的SNP检测方法提供实验依据。方法采用PCR‐CTPP扩增BER途径关键蛋白OGG1、XRCC1及APE14个常见SNP位点OGG1 Ser326Cys、XRCC1 Arg399Gln、APE1 Asp148Glu及‐141T／G（位于启动子区域）的DNA片段,凝胶电泳显像后判读基因型,同时与DNA测序的方式比对各基因位点的准确性。结果 PCR‐CTPP方法基因分型结果与DNA测序得到的基因分型结果完全一致。结论 PCR‐CTPP技术可靠、快速,其广泛应用能够有助于基因SNP的分型研究。     

焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关SNP位点分型

阿司匹林的抗血小板作用在临床存在显著的个体差异,而rs5918、rs12041331和rs730012 3个单核苷酸多态性位点与阿司匹林的药效和不良反应有着密切的联系。本文基于PCR结合焦磷酸测序技术,建立了阿司匹林相关SNP位点的基因分型方法。自主设计扩增引物和测序引物;优化PCR扩增条件,使3个位点能够在相同的条件下扩增并通过梯度稀释基因组DNA检测方法的灵敏度;最后,分别基于本文建立的新方法和Sanger测序技术对20例临床样本进行3个位点的基因分型,验证该方法的准确性。结果显示,本文成功建立了阿司匹林个体化用药相关SNP位点的基因分型方法,检测下限低至0.4 ng 基因组DNA,用两种方法对20例临床样本进行3个位点的基因分型,结果完全一致,说明该方法有较高的准确性。     

DNA甲基化转移酶3B基因和多巴胺D1受体基因交互作用与精神分裂症的关系

目的 探讨DNA甲基化转移酶3B(DNMT3B)基因与多巴胺D1受体(DRD1)基因交互作用对精神分裂症患病风险的影响.方法 选取DNMT3B基因2个标签SNP(rs2424908和rs6119954)以及DRD1基因5个标签SNP(rs4532、rs5326、rs2168631、rs6882300和rs267418),采用TaqMan探针SNP基因分型技术对365例精神分裂症患者和365名健康对照者进行检测,使用多因子降维法软件(MDR)分析基因-基因交互作用.结果 DNMT3B基因rs6119954位点基因型分布在患者组与对照组之间差异有统计学意义(χ2=8.06,P=0.018);MDR分析结果显示DNMT3B与DRD1基因相互作用存在于两位点模型(rs6119954-rs267418)(OR=1.79,95%CI:1.29～2.47;χ2=12.51,P=0.0004),三位点模型(rs6119954-rs5326-rs267418)(OR=2.36,95%CI:1.73～3.22;χ2=29.33,P＜0.0001)以及四位点模型(rs2424908-rs6119954-rs5326-rs267418)(OR=3.08,95% CI:2.24～4.24;χ2=48.88,P＜0.0001).结论 DNMT3B与DRD1基因存在交互作用,并可能增加精神分裂症的发病风险.     

HMGB1基因SNP位点实时荧光PCR检测方法的建立

目的建立基于Taq Man探针实时荧光PCR技术的高迁移率族蛋白1(high mobility group box-1 protein,HMGB1)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测方法。方法收集2014年4月在深圳口岸医院体检的健康人群样本20份,选择HMGB1基因上的2个SNP位点设计常规PCR和实时荧光PCR扩增引物和Taq Man探针,采用基因测序和实时荧光PCR方法对样本进行SNP分型。结果实时荧光PCR方法SNP分型结果显示,在20份样本中的HMGB1基因rs1412125位点检测到TT基因型11例,CC基因型1例,TC基因型8例;HMGB1基因rs3742305位点检测到GG基因型15例,GC基因型5例,未发现CC基因型。这一结果与基因测序方法结论完全一致。结论基于Taq Man探针技术的实时荧光PCR方法进行HMGB1基因SNP分型简单、快速、高效,可用于人群大规模样本的SNP筛查,具有广泛应用的价值。     

IL28B基因多态性与慢性乙型肝炎病人对干扰素应答的关系

目的探讨IL28B基因单核苷酸多态性位点(SNP)rs12979860和rs8099917与e抗原阳性慢性乙型病毒性肝炎病人对干扰素治疗应答反应性的关系。方法采集入组的82例应用干扰素治疗的病人的外周血(38例对干扰素应答,44例对干扰素不应答)。提取全基因组DNA,并扩增IL28B基因。SNP rs8099917用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法分型,SNP rs12979860直接测序分型。对分型结果进行统计学分析。结果在干扰素治疗应答组,SNP rs8099917基因型TT,TG+GG的比例分别是81.6%(31/38)和18.4%(7/38),等位基因G的基因频率是9.2%(7/76),在干扰素治疗非应答组,SNP rs8099917基因型TT,TG+GG的比例分别是97.7%(43/44),2.3%(1/44),等位基因G的基因频率是1.1%(1/88),两组间的差异有统计学差异(基因型P=0.014;基因频率P=0.025)。SNP rs12979860基因型CT的比例和等位基因T频率在干扰素治疗应答组和非应答组均无显著差异(P>0.05)。结论 SNP rs8099917可能与e抗原阳性慢乙肝病人对干扰素治疗应答反应性存在相关性,等位基因G可能预示着干扰素治疗的成功应答,该位点基因型检测对于接受干扰素治疗的慢性HBV感染者可能有一定的疗效预测价值。     

RAD 51C基因rs 112832782多态位点与卵巢癌易感相关性研究

目的:对比两组研究对象外周血RAD 51C外显子区SNPs位点差异,寻找卵巢癌发病风险的遗传标记物。方法:将新发卵巢癌患者107例设为观察组,相应医院定期常规体检的健康妇女213例设为对照组。提取两组研究对象外周血全基因组DNA,选择RAD 51C基因外显子区SNPs位点rs 112832782和rs 35151472,Primer-blast设计引物,PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳检测,达到标准后测序,进行SNP分型,比较两组外周血各型SNP比例是否有显著差异。结果:观察组患者与对照组间rs 112832782差异显著(P<0.01)。结论:RAD 51C基因rs 112832782可以作为卵巢癌易感性的潜在遗传标记物。     

HRM-非标记探针法检测IL-15基因SNPs方法的建立

目的建立用于检测白细胞介素-15(IL-15)基因单核苷酸多态性(SNP)位点的高分辨率熔解曲线(HRM)-非标记探针的方法。方法采用HRM-非标记探针法及小片段扩增法对80名健康儿童IL-15基因4个SNPs位点进行基因分型,采用基因测序法进行验证并同时与小片段扩增法分型结果进行比较。结果 HRM-非标记探针法与基因测序分型结果一致,准确率为100%;未加入温度内标的小片段扩增法不能区分野生纯合子和突变纯和子。结论 HRM-非标记探针法是对已知SNP位点突变研究的一种廉价、简便、准确的基因分型技术,适合于对已知的SNP位点或基因突变进行分型和检测。     

盐析法快速提取口腔拭子DNA

目的建立盐析法快速从口腔拭子中提取基因组DNA的方法。方法首先以细胞裂解液和蛋白酶K消化口腔上皮细胞,然后用5 mol/L NaCl沉淀蛋白质,用异丙醇沉淀DNA,最后用70%乙醇洗涤得到的DNA并将其溶于TE(10mmol/L Tris-HCl,1 mmol/L EDTA,pH 8.0)中。用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对TP53基因的rs1042522和CHRNA3基因的rs12910984位点进行分型。对不同基因型的样本测序验证。结果单支口腔拭子提取得到的DNA量在0.68～2.56μg之间,D260/D280比值在1.77～1.94之间。经PCR扩增和酶切消化,10个样本的两个单核苷酸多态性都得到了清楚分型。酶切结果与测序结果吻合。结论本实验所建立的盐析法可以快速、简便、经济地从口腔拭子得到高质量的基因组DNA。     

IL23R基因多态性与北京人群强直性脊柱炎患病风险的关联性研究

目的探讨白细胞介素23受体(Interleukin 23 Receptor,IL23R)基因两个单核苷酸多态性(Single Nucle-otide Polymorphism,SNP)rs10489629与rs10889677和北京人群强直性脊柱炎(AS)患病风险的关系。方法采用病例-对照设计方法,以161例AS患者以及40岁以上、性别匹配的167例正常个体为研究对象,PCR-HRM基因分型法结合测序法检测两个SNP的基因型,分析2个SNP的等位基因分布频率以及其在显性、隐性遗传模型下的基因型分布情况,并探索两位点间的交互作用。结果①两位点A等位基因在病例-对照组间的分布差异均有统计学意义(rs10489629:P=0.031;OR=1.479;95%CI:1.036-2.112;rs10889677:P=0.038;OR=1.439;95%CI:1.019-2.707)。②在隐性遗传模型下,两位点的AA基因型在病例-对照组间的分布差异也具有统计学意义(rs10489629:P=0.009;OR=1.792;95%CI:1.153-2.786;rs10889677:P=0.019;OR=1.685;95%CI:1.088-3.593)。③rs10489629及rs10889677间不存在交互作用。结论 IL23R基因SNP rs10489629及rs10889677与北京人群AS患病风险均存在相关性,rs10489629(A→G)与AS负相关,而rs10889677(C→A)则与AS正相关。     

IGFBP1基因两个单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌没有关联

目的:检测类胰岛素生长因子结合蛋白1(IGFBP1)基因单核苷酸多态性(SNP)rs4619和rs1065780与食管鳞状细胞癌的关系.方法:应用TaqMan方法对77例食管鳞状细胞癌患者和466例正常人进行基因分型,并用非条件性Logistic回归分析所检测的SNP与食管鳞状细胞癌的关系.结果:所检测的两个SNP与食管鳞状细胞癌的发病没有关联.结论:SNP rs4619和rs1065780在食管鳞状细胞癌的发病过程中不起主要作用.     

新疆维、汉民族KCNE2和KCNE3基因多态性与房颤的相关性研究

目的：探讨新疆维、汉不同民族KCEN2、KCNE3基因标签SNP与房颤的关系.方法：采用病例对照研究方法,收集新疆医科大学第一附属医院心脏中心、和田地区人民医院心脏内科等科室.按照与病例组民族和性别相同,年龄相同或相近的原则选出对照.使用DNA提取试剂盒提取外周血DNA,然后对单核苷酸多态性进行检测,分析维吾尔族和汉族KCNE2（rs9984281）、KCNE3（rs9516）、KCNE3（rs10898993）、KCNE3 （rs 3867279）、KCNE3 （rs626930）与房颤的关系进行统计分析.结果：（1）维吾尔族KCNE2 （rs9984281）、KCNE3 SNP1 （rs9516）、SNP2 （rs626930）、SNP3（rs3867279）、SNP4（rs10898993）与房颤无关.（2）汉族KCNE2 （rs9984281）、KCNE3 SNP1 （rs9516）、SNP2 （rs626930）、SNP3（rs3867279）、SNP4（rs10898993）与房颤无关.结论：在KCNE基因家族中无论是维吾尔族还是汉族,KCNE2（rs9984281）、KCNE3 SNP1 （rs9516）、SNP2（rs626930）、SNP3（rs3867279）、SNP4（rs10898993）与房颤患病均无关.     

ApoAI基因rsI2721026多态性与长沙汉族人群脑出血的关系及其对血脂的影响

目的：探讨载脂蛋白tAI（apolipoprotein AI,Ap0AI）基因rsl2721026单核苷酸多态性与长沙地区汉族人群脑出血及血脂水平的关系。方法：利用单碱基延伸技术与DNA测序结合相互印证的方法检测长沙地区汉族人群273例脑出血患者及140例正常对照的Ap0AI基因rsl2721026单核苷酸多态性。采用氧化酶法测定三酰甘油（TG）、总胆固醇（TC）、HDL—C及LDL—C水平。结果：脑出血组ApoAI基因rsl2721026多态基因型及等位基因频率分布与对照组比较差异无统计学意义（p〉0．05）;脑出血组及对照组TT基因型亚组的HDL—C水平明显高于GT／GG基因型亚组（p〈o．05）,两组不同基因型亚组间TG,TC,LDL—C水平差异无统计学意义（p〉0．05）。结论：ApoAI基因rsl2721026多态性可能与长沙地区汉族人群脑出血的发病无关,但可能影响其HDL—C水平。     

MTAP基因单核苷酸多态性rs7850937与脑梗死的相关性

目的：探讨甲硫腺苷磷酸化酶（MTAP）基因单核苷酸多态性（SNP）rs7850937与脑梗死的关系。方法：采用聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法在273例脑梗死患者和344例正常对照中对rs7850937进行基因分型,并用Logistic回归分析其与脑梗死的关系。结果：MTAP基因SNP rs7850937基因型和等位基因频率在病例组和对照组的分布差异有统计学意义。Logistic回归分析显示MTAP基因rs7850937位点AG＋AA基因型是脑梗死发病的独立危险因素。结论：MTAP基因rs7850937可能在脑梗死的发病中起到了一定的作用。     

COX-2基因单核苷酸多态性rs3218625与胃癌的关联研究

目的：探讨环氧化酶2（COX-2）基因单核苷酸多态性（SNP）rs3218625 G〉A与胃癌的关系。方法：采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法在253例胃癌患者和243例正常对照中进行基因分型,并用非条件性Logistic回归分析SNP rs3218625与胃癌发病风险的关系。结果：SNP rs3218625与胃癌关联,AG基因型携带者胃癌的发病风险增高（OR=2.463,95%CI=1.027~5.910）。结论：SNP rs3218625可能在胃癌的发病中起到一定作用。     

MTAP基因多态性rs3802392与缺血性卒中的关系

目的：探讨甲硫腺苷磷酸化酶（ Methylthioadenonine Phosphorylase,MTAP）基因多态性rs3802392与缺血性卒中的相关性。方法：采用聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性（ PCR-RFLP ）方法对273例缺血性卒中患者和344例健康人的 rs3802392进行基因分型,并用 Logistic 回归方法分析其与缺血性卒中的关系。结果：MTAP 基因rs3802392基因型和等位基因频率在病例组和对照组的分布差异有统计学意义,MTAP基因rs3802392位点GA＋GG基因型是缺血性卒中发病的独立危险因素。结论：MTAP基因rs3802392可能在缺血性卒中的发病中起一定作用。     

白介素10基因启动子多态性与首发精神分裂症及利培酮疗效的关联

目的 探讨白介素10（interleukin-10,IL-10）基因启动子多态性与首发精神分裂症患者及利培酮疗效的关系.方法 513例首发精神分裂症患者（患者组）和627个健康对照（对照组）为研究对象,通过聚合酶链式反应与限制性片段长度多态性基因分型技术对IL-10基因标签单核酸多态性位点-592A/C（rs1800872）、-1082A/G（rs 1800896）、-819T/C（rs1800871）进行基因分型.513例患者使用利培酮治疗8周,以阳性与阴性症状量表（Positive and Negative Syndrome Scale,PANSS）评定疗效.结果 在rs1800896患者组与对照组在基因型（332：166：15,453：161：13;x2 =7.55,df=2,P=0.02）与等位基因（830：196,1067：187;x2=7.09,df=1,P=0.008,OR=1.35,95％ CI=1.08～1.68）差异有统计学意义,但是在Bonferroni多重校正后仅等位基因差异有统计学意义（P=0.024）.在rs1800872与rs1800871患者组与对照组在基因型与等位基因均差异无统计学意义（P＞0.05）.单倍型频率在患者组与对照组差异无统计学意义（P＞0.05）.利培酮总疗效有效组（381例）与无效组（132例）相比,rs1800872、rs1800896、rs1800871在基因型[分别为134：209：38,61：59：12;x2=5.16,df=2,P=0.08;244：129：8,88：37：7;x2 =4.57,df=2,P=0.10;188：158：35,54：64：14;x2=2.80,df=2,P=0.25]与等位基因[分别为477：285,181：83;x2=3.03,f=1,P=0.08;617：145,213：51;x2=0.01,df=1,P=0.92; 534：228,172：92;x2=2.22,df=1,P=0.14]频率分布均差异无统计学意义（P＞0.05）,但在ATC单倍型差异有统计学意义（x2=7.501,P=0.006,OR（95％ CI）=2.420[1.262～4.640]）.结论 IL-10基因rs1800896多态性可能与精神分裂症的易感性有关,利培酮治疗精神分裂症的临床疗效与ATC单倍型有关,ATC单倍型可能是利培酮总体疗效好的预测因子.     

PSCA基因多态性与胃癌的关联研究

目的：探讨前列腺干细胞抗原（ PSCA）基因单核苷酸多态性（ SNP）rs2976392 G〉A与胃癌的关系。方法：采用TaqMan方法在288例胃癌患者和281例正常对照中进行基因分型,并用非条件性Logistic回归分析SNP rs2976392与胃癌发病风险的关系。结果：SNP rs2976392与胃癌的发病风险没有关联。结论：SNP rs2976392可能在胃癌的发病中不起主要作用。     

朝鲜族2型糖尿病与诸微效基因多态性的相关性及交互作用

[目的]探讨朝鲜族SLC30A8,CDKN2A/B,HHEX和IRS-l等基因多态性与2型糖尿病(T2DM)的相关性及交互作用.[方法]用多因子降维法(MDR)分析313例朝鲜族T2DM患者及178例健康对照者的SLC30A8(rs13266634),CDKN2A/B(rs10811661),HHEX(rs7923837)和IRS-l(rs1801278)等基因多态性的交互作用.[结果]朝鲜族T2DM患者CDKN2A/B(rs10811661)基因的T等位基因频率与对照组比较差异有统计学意义(P<0.01).3位点rs13266634-rs10811661-rs7923837模型为最佳模型(P=0.000 3;Odd Ratio:2.063 2;95%CI:1.391 4³.059 4),且交叉验证一致性系数最大(10/10).[结论]朝鲜族T2DM患者CDKN2A/B(rs10811661)基因的T等位基因可能与T2DM易感性相关.rs13266634,rs10811661,rs7923837基因位点之间可能存在基因-基因交互作用,rs13266634与rs7923837 2个SNP间的交互作用占主导地位.     

NRG1-ErbB4基因多态性与局灶性癫痫易感性的关系

  目的  研究云南地区患有局灶性癫痫人群的神经调节因子1（Neuregulin-1，NRG1）及其受体ErbB4基因的多态现象与局灶性癫痫易感性的关系。  方法  采用癫痫病例组和健康对照组对比分析，通过Snapshot检测方法，对云南地区的70例局灶性癫痫患者、64例健康对照者进行基因多态现象检测分析，研究对象样本均来自2020年3月到7月昆明医科大学第一附属医院。  结果  发现局灶性癫痫与NRG1（SNP rs35753505, T > C）的多态现象有相关性，NRG1（SNP rs35753505, T > C）基因型（P = 0.007）和等位基因（P = 0.005）的分布差异有统计学意义（P < 0.05）。与此同时，本研究还对NRG1下游受体ErbB4的基因多态性进行分析，发现ErbB4（SNPrs839523，G > A）基因型（P = 0.026）和等位基因（P = 0.013）、（SNPrs707284，A > G）基因型（P = 0.038）和等位基因（P = 0.018）的分布差异有统计学意义（P < 0.05），并且发现SNP rs707284携带的G/G基因型OR值为3.656（95% CI = 1.160-11.525）。  结论  携带突变纯合子G/G基因型的人群患癫痫的易感性较高，NRG1-ErbB4基因多态现象可能共同参与了局灶性癫痫的发生。     

FOXP3基因多态性与儿童ITP发病及进展的相关性研究

目的通过对儿童免疫性血小板减少症（immune thrombocytopenia,ITP）患儿Forkhead Box P3（FOXP3）基因单核苷酸多态性检测、了解儿童ITP发病并随访疾病进展情况,探讨FOXP3基因多态性与儿童ITP发生、发展的关系,以期为开展儿童ITP的靶向治疗提供一定理论依据。方法 328例ITP患儿作为实验组,219例健康志愿者作为对照组。实验组根据病程及转归又分为两组（病程在12个月以内组、病程在12个月以上组）。利用Sequenom SNP位点分型检测方法分别检测FOXP3基因rs3761547、rs3761548、rs2232365 3个位点单核苷酸多态性。结果 1）rs2232365位点在性别年龄均匹配实验组AG基因型频率较正常对照组明显增高（P=0.013）,其他2个位点单核苷酸多态性在两组之间差异无统计学意义。2）rs3761547位点在12个月以上组GG基因型及G等位基因较12月以内组明显增高（P=0.008,0.001）;rs2232365位点A与G基因频率在不同病程间差异有统计学意义（P=0.033）。结论 FOXP3 rs2232365位点携带AG基因型可能为ITP发病的易感因素。携带FOXP3 rs3761547 GG基因型及G等位基因、rs2232365位点G等位基因的ITP患儿更易发展为慢性,病程迁延。rs2232365位点单核苷酸多态性与儿童ITP的发生发展均相关,可能是疾病机制的关键。