益心健脾方“异病同治”冠心病和慢性心力衰竭网络药理学机制研究

目的 应用网络药理学探究益心健脾方治疗冠心病及慢性心力衰竭的作用机制。方法 借助中药系统药理学（traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP）数据库、中药综合数据库（traditional Chinese medicine integrated database,TCMID）等结合文献资料筛选益心健脾方的活性成分靶标,应用人类基因数据库（the human gene database,GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（online mendelian inheritance in man,OMIM）等检索疾病靶标。STRING平台结合Cytoscape软件构建“药物-成分-靶标-疾病”网络图和蛋白互作网络。使用DAVID数据库等进行基因本体（gene ontology,GO）功能和京都基因与基因组百科全书（kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路分析。关键成分与关键靶标利用AutoDuck工具进行分子对接。结果 得到益心健脾方潜在靶点265个,其“异病同治”的共同靶点106个;关键活性成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等,核心靶点分别是SRC、AKT1、MAPK1、TP53等;生物过程涉及基因表达的正调控、凋亡过程的负调控、信号转导等方式,参与脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化及炎症反应等途径;分子对接验证关键成分槲皮素、山奈酚与SRC、AKT1、MAPK1靶点稳定对接。结论 本研究揭示益心健脾方“异病同治”冠心病和慢性心力衰竭多成分、多靶点、多通路的作用机制,为探索其新的临床应用提供依据。     

解郁方治疗脑卒中后抑郁的网络药理学和分子对接研究

摘要：目的：基于网络药理学与分子对接技术,探究解郁方治疗卒中后抑郁（Post stroke Depression,PSD）的作用机制。方法:挖掘TCMSP和BATMAN-TCM筛选解郁方有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、TTD、OMIM、PharmGKB、Drugbank数据库获取治疗PSD的相关靶点,两者交集得到药物-疾病交集靶点,在String12.0数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction,PPI）,通过Cytoscape3.9.1筛选出核心成分与靶点。利用R语言对核心基因进行GO及KEGG通路富集分析;通过AutoDock vina1.5.6分子对接,并利用Pymol 2.5进行可视化。结果：解郁方活性核心成分为汉黄芩素、甘草查尔酮A、木犀草素等,核心靶点为TP53、MYC、STAT3、MAPK1、MAPK3、AKT1、ESR1、BCL2、FOS、HSP90AA1、CDKN1A,主要通路为PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果分析显示,木犀草素与MAPK1、汉黄芩素与TP53结合最为稳定。结论：解郁方能够治疗PSD,其作用机制可能通过MAPK1、TP53、STAT3核心靶点调控PI3K-Akt信号通路,进而抑制体内炎症反应与氧化应激反应,改善神经功能有关。     

文冠木活性成分抗衰老作用机制的网络药理学研究

目的：利用网络药理学和分子对接技术研究文冠木活性成分的抗衰老机制。方法：基于TCMSP数据库及文献报道获取文冠木主要化学成分,将口服生物利用度（OB）、类药性（DL）设定为筛选参数,寻找活性成分,并通过Swiss Target Prediction数据库进行靶标预测;从TTD、GAD、PharmGkb数据库收集抗衰老的靶标;将活性成分靶标与抗衰老靶标取交集,在STRING数据库中将该交集绘制蛋白互作PPI网络,得到核心靶标;对核心靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;使用Cytoscape 构建“中药-活性成分-靶标-疾病-通路”网络得到核心成分,并对核心成分与核心靶标的结合模式进行分子对接验证。结果：获取金圣草黄素、槲皮素、山奈酚等29个化合物为文冠木抗衰老主要活性成分;筛选到AKT1、TNF、EGFR等30个基因为文冠木抗衰老的核心靶标。核心靶标主要涉及化学反应、离子束缚、胞质部分的活动等生物过程,通过参与PI3K-Akt 信号通路,脂质和动脉粥样硬化,癌症蛋白聚糖,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂抗性等来发挥抗衰老的作用。分子对接结果显示,排名前三的化合物与核心靶标AKT1、TNF、EGFR均能自由结合。结论：本研究证实文冠木的活性成分可通过多靶标、多通路发挥抗衰老作用,为未来深入研究文冠木在抗衰老和化妆品领域的作用提供科学依据。     

槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的作用机制

目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并可视化,并用Autodock＿vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归...     

雷忠义国医大师治疗痰瘀互结型冠心病的用药规律及作用机制探讨

目的 基于数据挖掘和网络药理学方法探讨雷忠义国医大师治疗痰瘀互结型冠心病的用药规律及作用机制。方法 收集雷忠义国医大师门诊治疗冠心病的中药处方,利用中医传承辅助平台对其进行频数统计、关联规则、聚类分析,结合访谈提取出核心方;采用网络药理学方法筛选出核心方主要成分、关键靶点,并对关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析,最后利用计算机辅助技术分子对接进行验证。结果 数据挖掘纳入中药处方79个,共涉及药物188味,出现频次较高的药物为丹参、五味子、麦冬等,药性以温性居多,五味以苦味、辛味为主,分析后提取出核心方;网络药理学筛选出核心方药物成分121个、作用靶点467个,疾病靶点2802个,交集靶点248个;发现槲皮素、豆甾醇、木犀草素、丹参酮ⅡA、β-谷甾醇为治疗冠心病的主要成分,关键靶点为AKT1、IL6、TNF、TP53、VEGFA等;主要通路涉及脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化、PI3K-Akt、TNF、IL-17等信号通路;分子对接结果显示主要成分与核心靶点结合比较稳定。结论 雷忠义国医大师治疗痰瘀互结型冠心病以化痰宣痹,活血化瘀为法,同时兼补气阴,其核心方为丹参、麦冬...     

基于网络药理学和分子对接探讨中药丹参治疗股骨头坏死的作用机制

目的　利用网络药理学和分子对接探讨中药丹参治疗股骨头坏死（ONFH）的作用机制。方法　通过中药 系统药理学数据库和分析平台TCMSP筛选丹参有效活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、NCBI和DisGeNET数据 库收集ONFH疾病靶点。利用jevnn获取丹参与ONFH交集靶点,并进行GO和KEGG富集分析,利用Cytoscape软件绘出 “成分-靶点-疾病”的网络图,最后对药物核心成分与交集靶点进行分子对接验证。结果　筛选出丹参与ONFH的交集 靶点有 74 个,包括EZH2、CYP19A1、EGFR、PTPN6、OPRM1 等。丹参抗ONFH核心成分有 19 个,包括木犀草素、紫丹 参素C、异丹参酮II、丹参酮IIA等;存在潜在调控通路共 237 个,主要为AGE/RAGE、流体剪切应力、动脉粥样硬化、TNF 等信号通路。分子对接显示丹参酮IIA、木犀草素与EZH2 之间有结合活性,丹参酮IIA、木犀草素与EGFR之间有强烈的 结合活性。结论　丹参可以通过多个成分、多个靶点途径发挥治疗ONFH的作用,主要与促血管内皮增殖、影响骨细胞分 化及调节血流动力学等机制有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗更年期高血压的作用机制

目的采用网络药理学和分子对接的方法研究二至丸治疗更年期高血压的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选二至丸的有效成分及靶点,通过Uniprot数据库将靶点名称校正为标准的基因名。通过Gene Cards和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)数据库检索更年期高血压的疾病靶点,通过韦恩图得到交集靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-交集靶点"网络,采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行聚类分析。运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"药物-成分-靶点-通路"图。通过Autodock vina软件对筛选的靶点和有效成分进行分子对接验证。结果经筛选得到二至丸中有效成分共23个,其靶点共192个,疾病靶点1189个,取交集后获得126个靶点。根据GO和KEGG富集分析,涉及的主要生物过程有细胞增殖和凋亡、对一氧化氮生成的正调控等,主要通路包括Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示MAPK1、RELA、AKT1与槲皮素、木犀草素、山柰酚有较高的结合活性。结论二至丸中可能主要通过抗炎、抗氧化、抗平滑肌增殖等作用来改善血压水平。     

基于生物分子网络调控研究柴芪益肝方治疗肝纤维化的作用机制

目的基于生物分子网络研究柴芪益肝方治疗肝纤维化的作用机制。方法检索TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction数据库,挖掘柴芪益肝方的潜在活性成分及其作用靶点,并基于OMIM和Gene Cards数据库筛选肝纤维化的相关靶点。运用String数据库和Cytoscape软件对PPI进行可视化及拓扑学分析。借助clusterprofile对交集靶点行GO分析以及KEGG富集分析,运用Autodckvina软件进行分子对接。结果筛选出柴芪益肝方137种潜在活性成分以及257个对应靶点,肝纤维化相关靶点6807个,其抗纤维化作用可能与丝裂原激活蛋白激酶MAPK1/3/8、原癌基因酪氨酸激酶Src、激活子蛋白c-Jun、热休克蛋白HSP90α、表皮生长因子受体、p53抑癌基因、血管内皮生长因子、连环蛋白β1、肝细胞生长因子等靶点有关。柴芪益肝方抗纤维化的靶点显著富集于PI3K-Akt、TNF、IL-17、MAPK/NF-κB、HIF-1α/VEGF等信号通路中。分子对接结果表明,柴芪益肝方的主要活性成分槲皮素、白藜芦醇、山柰酚、木犀草素、丹参酮ⅡA等对丝裂原激活蛋白激酶MAPK1/3/8、原癌基因酪氨酸激酶Src、激活子蛋白c-Jun、热休克蛋白HSP90α、表皮生长因子受体、p53抑癌基因、血管内皮生长因子、连环蛋白β1等靶点表现出显著性亲和作用。结论柴芪益肝方中槲皮素、白藜芦醇、山柰酚、木犀草素、丹参酮ⅡA等活性成分可能作用于丝裂原激活蛋白激酶MAPK1/3/8、原癌基因酪氨酸激酶Src、激活子蛋白c-Jun、热休克蛋白HSP90α、表皮生长因子受体、连环蛋白β1、肝细胞生长因子等靶点,参与PI3K-Akt、TNF、IL-17、MAPK/NF-κB、HIF-1α/VEGF等信号通路,调控氧化应激反应、肝脏炎症反应、肝再生等生物过程,最终发挥治疗肝纤维化的作用。     

基于网络药理学研究抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术分析抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的作用机制。方法通过TCMSP、HERB数据库筛选出抵当芪桂汤的有效成分;使用UniProt数据库下载相关基因靶点。通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGKB、DrugBank数据库筛选出糖尿病周围神经病变的基因靶点;取抵当芪桂汤药物成分与糖尿病周围神经病变的交集靶点,根据交集靶点进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路分析;通过分子对接实验进行验证。结果 筛选得到抵当芪桂汤有效化合物123个,药物与疾病的交集靶点214个,通过网络图分析得到抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变有效药物成分为槲皮素（quercetin）、熊果酸（ursolic acid）、D-甘露醇（D-mannitol）、山柰酚（kaempferol）等,有效基因靶点为SRC、STAT3、MAPK3、PIK3CA、MAPK1和AKT1等,主要涉及通路为PI3K-AKT信号通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症、内分泌抵抗、HIF-1信号通路等;分子对接结果表明：槲...     

基于网络药理学和分子对接探讨鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学、芯片分析和分子对接方法探究鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药高通量实验和参考指南数据库（HERB）和中国知识资源总库（CNKI）收集鳖甲煎丸活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM和DrugBank数据库收集肝癌疾病靶点,取二者交集靶点作为潜在靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建鳖甲煎丸-活性成分-潜在靶点-肝癌网络和蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心成分和核心靶点,结合GEO芯片筛选核心作用靶点,与核心成分进行分子对接验证。结果 筛选得到鳖甲煎丸活性成分152个,治疗肝癌潜在靶点221个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡等生物过程,细胞核、细胞质等细胞组分,蛋白结合、酶结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能,KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素与核心作用靶点MAPK1、MYC、EGFR、FOS对接结合稳定。结论 鳖甲煎丸可能通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路,作用于MAP...     

仙鹤草干预溃疡性结肠炎的有效活性成分分析及体外作用靶点研究

目的 体外水平初步探究仙鹤草有效活性成分治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用机制。方法 通过数据库筛选仙鹤草的有效活性成分并获得仙鹤草-UC交集靶点,对其靶点进行KEGG和GO通路富集分析,通过分子对接筛选出结合紧密的靶标蛋白。体外构建RAW264.7和Caco-2细胞模型,验证筛选出来的有效活性成分对炎症因子、巨噬细胞极化和肠紧密连接蛋白表达的影响。结果 仙鹤草主要活性成分为:木犀草素、山柰酚、槲皮素、儿茶素、鞣花酸,以上成分能明显调控巨噬细胞极化和炎症因子IL-1β、IL-6、TNF-α、iNOS、CD86的表达,但是对肠紧密连接蛋白水平没有明显改善。其重要靶标基因为:MMP3、MMP2、BCL2L1、CD40、FOS,主要富集在NF-κB、PI3K-Akt、MAPK、HIF-1、TGF-β等信号通路上。结论 仙鹤草有效成分能降低炎症水平,调节巨噬细胞极化,其机制可能是通过调控MMP3、MMP2、BCL2L1、CD40、FOS等基因从而调控NF-κB、PI3K-Akt、MAPK、HIF-1、TGF-β等信号通路达到治疗UC的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨散偏汤治疗偏头痛的作用靶点与分子机制

[目的] 运用网络药理学方法与分子对接技术预测散偏汤治疗偏头痛(migraine)的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库对散偏汤进行活性成分筛选。通过STRING 11.5数据库构建蛋白互作网络,并得到药物靶向基因;通过OMIM、GeneCards数据库筛选偏头痛的疾病靶点基因;利用Rx64 4.1.1软件构建韦恩图,得到散偏汤治疗偏头痛的潜在靶点,进行GO及KEGG富集分析并制作气泡图,相关结果用Cytoscape 3.7.1构建"药物-成分-疾病-通路"网络,并进行可视化研究。利用 PyMOL和AutoDock Vina等软件对散偏汤活性成分与核心靶蛋白进行分子对接。[结果] 散偏汤治疗偏头痛的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,潜在治疗靶点主要包括PTGS2、MAPK1、MAPK3、GSK3β、AKT1、HSP90AA1、ESR1等,主要涉及脂质和动脉硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt、IL-17、TNF、MAPK等信号通路。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素和山奈酚与关键核心靶点PTGS2、MAPK1、MAPK3有较好的结合力。[结论] 通过网络药理学研究,初步预测了散偏汤治疗偏头痛的作用机制可能主要与调节炎症因子,改善神经源性炎症相关,也能够起到调节免疫功能与激素水平、维持血管稳态等作用,体现了中药方剂"多成分-多靶点-多通路"的药效作用特点,为后续临床应用与研究提供理论参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨解毒通利方治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...     

基于网络药理学和分子对接探讨独活续断汤治疗腰椎间盘突出症作用机制

目的 从网络药理学和分子对接角度探讨独活续断汤治疗腰椎间盘突出症（lumbar disc herniation,LDH）的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索获得候选中药成分,并借助SwissTargetPrediction、TargetNet、CTD、GeneCards、DisGeNET等数据库对药物成分靶点和腰椎间盘突出症靶标进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶标取交集,通过CytoScape 3.8.0软件进行可视化构建“中药-有效成分-治疗靶点”网络,借助STRING 11.0数据库构建PPI蛋白互作网络,并进行拓扑分析,筛选出网络中发挥重要作用的蛋白质。将潜在治疗靶点导入RStudio软件并利用clusterProfiler包对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用AutoDock Vina(Vina)平台分子对接,对活性化合物和关键靶点相结合的活性进行验证。结果通过筛选共获得116个潜在治疗靶点。独活续断汤中槲皮素、山柰酚、β谷甾醇等成分对AKT1、IL6、STAT3、TP53、MAPK1、VEGFA等相关...     

基于网络药理学及分子对接方法分析佩兰治疗2型糖尿病作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接方法分析佩兰治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Drugbamk、Uni Prot数据库筛选出佩兰的活性成分及靶点;采用GeneCards、CTD及OMIM数据库获取T2DM相关基因,并与药物靶点相互映射,得到共同靶点;采用STRING数据库及Cytoscape 3.6.1软件构建相互作用的网络图并进行拓扑分析,对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用Autodock Tools进行模拟分子对接验证。结果 佩兰治疗T2DM的主要化学成分有7个,包括木犀草素、豆甾醇、谷甾醇等;涉及36个潜在核心靶点,包括EGFR、CCND1、VEGFA、CASP3、ERBB2、IL6、AR、MDM2、PPARG、RELA等; GO功能富集分析结果主要涉及基因的转录、核受体活性、激素的受体结合及神经递质等生物学过程; KEGG通路富集分析主要涉及MAPK、PI3K-Akt等信号通路;分子对接结果表明,佩兰的主要活性成分木犀草素、豆甾醇与10个靶标蛋白对接良好。结论 佩兰通过多靶点、多通路发挥降糖、抗炎、调节脂质代谢、改善胰岛素抵抗等生物学作用,为临床用药提供了理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探究知葛通脉颗粒治疗糖尿病下肢动脉粥样硬化性病变的作用机制

目的 借助网络药理学研究方法,初步探索知葛通脉颗粒治疗2型糖尿病下肢动脉粥样硬化性病变的靶点和机制,为进一步研究提供相关理论支持和线索。方法 通过TCMSP数据库检索、文献补充,筛选知葛通脉颗粒有效成分及效用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库挖掘2型糖尿病LEAD靶点,取药物与疾病的交集靶点;利用STRING11.5制作PPI网络图,并通过PPI网络拓扑关系分析知葛通脉颗粒治疗2型糖尿病LEAD的关键靶点;构建“药物-成分-靶点”关系图,筛选中药颗粒核心成分。在Metascape平台进行GO、KEGG富集分析,探索药物治疗疾病的潜在机制,构建“成分-靶点-通路”图。最后,通过AutoDockTools 1.5.6进行分子对接,验证药物活性成分与疾病靶点之间的反应活性。结果 研究获得知葛通脉颗粒有效成分71种,潜在靶点261个,与DLEAD交集靶点107个,筛选出核心成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、去水淫羊藿黄素、薯蓣皂苷元、β-谷甾醇、金圣草素、豆甾醇,关键靶点AKT1、IL-6、TNF、TP53、VEGFA、IL-1B。相关作用通路有183条,作用通路...     

基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出柴胡-黄芩药对中的化学成分及其对应靶点,将Uni Prot数据库筛选的相关药物靶点和Genecards数据库筛选的鼻窦炎疾病靶点相交集;运用STRING平台构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;采用Metascape平台对靶点进行GO富集分析,并借助DAVID数据库对靶点进行KEGG富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建成分-靶点-通路网络图,最后使用Autodock软件对关键靶点及化合物进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果筛选出相关化合物39个,成分靶点与疾病靶点相交得出92个靶标。其主要活性成分为槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、β-谷甾醇这六种。其核心基因为TP53,AKT1,MAPK1,PIK3CG,PTGS2,HSP90AA1等六个。在分子对接中,其主要活性成分与关键靶点对接结果能量均低于-5 kJ/mol。结论通过网络药理学和分子对接系统研究了柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的潜在有效成分和作用机制,为今后进行深入机制研究提供了依据。     

基于网络药理学探讨益骨汤防治骨质疏松症的靶标和机制研究

  目的  探讨益骨汤防治骨质疏松的物质基础及其靶标,阐明益骨汤防治骨质疏松症的潜在靶点和作用机制。  方法  通过TCMSP等数据库筛选益骨汤组分中的活性成分及其作用靶点。通过OMIM、GeneCards等数据库预测益骨汤治疗骨质疏松症的相关靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。利用Cytoscape软件构建益骨汤组分治疗骨质疏松症的成分作用靶点网络,采用STRING数据库构建PPI网络,利用通过生物学信息注释数据库分析靶点的GO富集和KEGG信号通路。  结果  共纳入益骨汤6味中药相关的有效活性成分159个,589个药物靶标,按照君臣佐使配对,其中334个靶点有相互作用关系;蛋白互作分析提示INS、AKT1、IL6、MAPK3、VEGFA等为蛋白互作网络中的核心靶点;靶标富集结果显示3 148个GO术语被显著富集(均P < 0.05);PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、Wnt信号通路、破骨细胞分化等175个信号通路被显著富集(均P < 0.05)。  结论  中药复方君臣佐使配伍可以转换为靶标相互作用的化合物形式,阐明益骨汤的物质基础及配伍机制。益骨汤组分靶标和通路不仅具有调节成骨细胞和破骨细胞功能的双重作用,还通过影响和干预骨微循环境,体现补肾健脾活血法治疗骨质疏松的物质基础,符合骨质疏松的病理生理机制。      

基于网络药理学与分子对接技术探讨开郁种玉汤治疗不孕症作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探讨开郁种玉汤治疗不孕症的生物信息学基础及分子机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得开郁种玉汤组方药物的活性成分及靶点蛋白,构建“活性成分-靶点”网络,通过GeneCards数据库获取不孕症相关靶点。将开郁种玉汤与不孕症靶点绘制韦恩图取交集,通过STRING 11.0b数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选关键靶点。利用DAVID 6.8数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,将活性成分进行分子对接验证。结果 筛选出开郁种玉汤58个活性成分,共对应604个靶点,获得开郁种玉汤治疗不孕症相关靶点150个,开郁种玉汤治疗不孕症的关键成分可能为槲皮素、木犀草素、山柰酚等,关键靶点可能为AKT1、TNF、TP53等;开郁种玉汤可能影响与不孕症相关的RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症反应、蛋白结合、酶结合过程等多条生物过程及分子功能,以及PI3K-Akt信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,活性成分与关键靶点对接良好。结论 开郁种玉汤治疗不孕症有多成分、多靶点、多通路的特点,通过抗生殖系统局部炎症、调节氧化应激、...