12株腹泻病人粪便样本中弓形杆菌全基因组结果分析

目的 了解腹泻病人粪便中弓形杆菌菌株的遗传信息,分析其毒力和耐药基因,了解其MLST型别。方法 采用双孔滤膜法从腹泻病人粪便中分离弓形杆菌,分离到的菌株进行全基因组测序,对其种属信息、毒力基因、耐药基因和MLST分型进行分析。结果 12株弓形杆菌中,布氏弓形杆菌7株,嗜低温弓形杆菌5株,基本含有弓形杆菌属常见的毒力基因,耐药基因中外排泵相关基因占多数,ST型均为新型。结论 腹泻病人中分离得到的弓形杆菌毒力基因含量丰富,耐药基因预测结果提示其可能具有一定的耐药性。     

2014-2019年阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的分子特征分析

目的 比较分析阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的毒力基因、分子型别,建立阜阳市单增李斯特菌分子特征信息数据库,为防控单增李斯特菌病提供科学依据。方法 对阜阳市2014-2019年分离自食品和病人的55株单增李斯特菌,用聚合酶链反应(PCR)检测其毒力基因prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型及同源性分析;用多位点序列分型(MLST)技术进行分子分型和聚类分析。结果 55株单增李斯特菌全部携带prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA基因;PFGE将其分为21个带型,相似度60.3%~100%;MLST将其分为14个ST型,ST9型为优势型别;3株病人分离菌株的PFGE带型和ST型互不相同,其中2株病人来源菌株分别与食品分离株具有相同PFGE带型和ST型。结论 阜阳市食品和病人中分离的单增李斯特菌均携带6个毒力基因,食品分离菌株的分子型别呈现出多样性,其中存在同型别单增李斯特菌持续性污染现象,病人分离菌株具有与食品来源菌株相同的PFGE带型和ST型,提示食源性感染的风险较高。     

北京市顺义区零售生猪肉中小肠结肠炎耶尔森菌的检测与病原特征分析

目的 获得北京市顺义区零售市场生猪肉中小肠结肠炎耶尔森菌的分布及病原特征。方法 采集样本,应用细菌增菌培养并同时对增菌液进行荧光PCR预筛查的方法检测小肠结肠炎耶尔森菌。对于鉴定阳性菌株应用传统PCR及多重荧光PCR方法分析5种毒力基因的分布特征。应用肉汤稀释法获得分离菌株的耐药特征并应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行菌株分子分型。结果 70份样本中19份增菌液foxA基因实时荧光PCR筛查阳性,阳性率为27.14%(19/70)。19份foxA筛查阳性标本培养获得小肠结肠炎耶尔森菌。19株菌对头孢唑啉、氨苄西林、头孢西丁、氨苄西林/舒巴坦耐药率分别为97.74%、84.21%、47.39%和42.11%,其携带毒力基因特征均为ail-/ystA-/ystB+/yadA-/virF-。17株菌完成PFGE检测并被分为15种带型。结论 针对增菌液进行荧光PCR预筛查,可提高食品样本中小肠结肠炎耶尔森菌分离培养的检出率。菌株毒力基因的荧光PCR组合检测可快速获得分离菌株的毒力特征。本次研究中分离自本地区零售生猪肉中的小肠结肠炎耶尔森菌未发现显著遗传聚集性特征。     

山东地区屠宰场猪肉污染沙门氏菌菌株毒力基因筛查与ERIC-PCR分型

目的 了解生猪屠宰加工过程中沙门氏菌的污染状况、分离菌株的毒力基因携带情况及其溯源性追踪。方法 应用液相芯片法对分离沙门氏菌进行血清分型,并对分离菌株进行毒力基因筛查,通过基因间重复序列为引物的聚合酶链式反应(ERIC—PCR)分型技术对代表性沙门氏菌分离株进行基因分型,并用NTSYS-pc2.10软件进行聚类分析。结果 1 480份样品共得到298株沙门氏菌菌株,分离率为20.14%;98.32%的分离菌株携带肠毒素stn基因;96%以上的分离菌株携带毒力岛SPI1、SPI5核心蛋白基因mogA、araB以及菌毛基因;选择实验的沙门氏菌遗传相似性在70%~100%之间,共分为 9个基因型。结论 山东地区屠宰环节猪肉中分离沙门氏菌携带多种耐药基因和毒力基因,德尔卑、鼠伤寒沙门氏菌占试验菌株的45.97%。     

食源性单增李斯特菌14种潜在毒力基因的检测

目的 了解新疆生产建设兵团食源性单核细胞增生性增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)潜在毒力基因分布情况。方法 以54株食源性LM DNA为模板,针对14个潜在毒力基因设计特异性引物并利用PCR技术检测潜在毒力基因。结果 54株分离株均携带潜在毒力基因,其中5563分离株携带率最高,为57.14%(8/14),21L662分离株携带率最低,为21.43%(3/14),其余分离株携带率在28.57%(4/14) ~50%(7/14)之间。潜在毒力基因检出率不同,其中寡肽转运蛋白、内化素样蛋白、细胞壁表面锚定家族蛋白、单价阳离子/H+逆向转运蛋白、肽聚糖结合蛋白、组氨酸代谢系统、合成致死KAR3样蛋白、精氨酸/鸟氨酸逆向转运蛋白、ABC转运蛋白、Ⅱ型限制酶修饰系统Sau3 Al,磷酸葡萄糖转移酶系统基因的检出率分别是98.15%、81.48%、77.78%、64.81%、59.26%、53.70%、51.85%、35.19%、12.96%、9.26%、9.26%,芳香族氨基酸合成因子,EsaC蛋白类似物,差向异构酶/脱水酶家族蛋白和转录调控因子3种潜在毒力基因未检出。结论 检测食品源LM分离株14种潜在毒力基因的分布,为研究LM致病性和食品LM的溯源奠定了基础。     

成都市人源沙门菌基因组特征分析

目的 基于全基因组测序技术,探究成都市人源沙门菌的基因组特征, 为监测与预防沙门菌感染提供资料。方法 收集35株成都市人源沙门菌(分离自腹泻患者粪便)进行全基因组测序。根据测序数据,进行血清型预测、耐药基因及可移动遗传元件预测、毒力因子注释及分布分析。结果 35株沙门菌分离株经全基因组测序,共预测到5种血清型,包括15株I 4,[5],12:i:-沙门菌(13株为ST34、2株为新ST型)、12株鼠伤寒沙门菌(ST19)、5株肠炎沙门菌(ST11)、2株德比沙门菌(ST40)与1株火鸡沙门菌(ST463)。35株沙门菌分离株共预测到10类42种不同的耐药基因,其中氨基糖苷类aac(6')-Iaa携带率为100%(35/35)。I 4,[5],12:i:-沙门菌的耐药基因、质粒及插入序列数目及种类多于其他血清型菌株。I 4,[5],12:i:-、鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌的毒力因子数目大于其他血清型菌株。部分鼠伤寒沙门菌有更高的毒力质粒、质粒编码菌毛和血清抗性毒力因子分布。结论 成都市人源沙门菌不同血清型菌株之间耐药基因、可移动遗传元件、毒力因子分布差异明显,值得在转录组、蛋白组进一步探究其耐药与毒力机制。     

1例产后哺乳期腹泻患者分离单增李斯特菌的生物学特征分析

目的 分析1例单增李斯特菌所致产后哺乳期腹泻患者的临床特征、病原学、菌株的毒力基因携带及分子特征。方法 搜集病例的临床相关信息;采用选择性增菌和显色培养基分离单增李斯特菌,用VITEK- 2 COMPACT30 全自动细菌分析仪鉴定分离菌株,采用单增李斯特菌诊断血清对分离株进行血清分型,使用脉冲场凝胶电泳技术及多位点序列分型技术进行分子分型,应用PCR检测毒力基因,并用E-test方法检测分离菌株对5种抗生素的药物敏感性。结果 产后哺乳期患者食用甜瓜和冰箱冷藏的酸奶后引起不能自限的腹泻,检测结果证实病原为4b血清型、ST145序列型单增李斯特菌。分离菌株携带毒力基因plcB、act、hly、iap、prfA、inlA,对青霉素、氨苄西林、美罗培南、红霉素和复方磺胺均敏感。结论 单增李斯特菌引起的腹泻患者容易漏诊,加强孕妇等高危人群腹泻患者粪便标本中单增李斯特菌的检测,对于单增李斯特菌病病人的及时治疗,预防不良预后具有重要的公共卫生意义,尤其对这一特殊型别单增李斯特菌在我国引起的病例感染应引起重视,其可能的感染来源和致病风险值得进一步的研究。     

内蒙古东部部分奶牛场奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌的分离鉴定及毒力基因检测北大核心CSCD

目的检测内蒙古东部奶牛场奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌感染情况,并鉴定其毒力基因携带情况。方法采集61份临床型乳房炎奶牛的牛奶样品进行金黄色葡萄球菌的分离鉴定。利用PCR方法检测分离株金黄色葡萄球菌的nuc、clfA、fnbA、fnbB、tsst-1、sea、seb、sec、sed、seg、see、seh、sei、和sej 14种毒力基因,并对其中1株进行16S rRNA基因序列分析、生化检测、药敏试验以及动物致病性试验。结果成功分离到20株金黄色葡萄球菌。从分离菌中共检测到11种毒力基因,其中nuc、clfA、fnbB、sea、sed、sei 6种毒力基因检出率均超过50%。随机挑选1株分离菌,将其命名为TLXG01。16S rRNA基因序列分析显示,分离菌与已报道的MF511713.1 H2处于同一分支且相似度均高于99%。药敏敏验显示,该分离菌对14种常用抗生素敏感,对多粘菌素和链霉素耐药。动物致病性试验显示,该分离株对小鼠具有较强的致病性。结论内蒙古东部5个奶牛场乳房炎奶牛均有金黄色葡萄球菌感染,该病原菌携带毒力基因的数量和种类不同,且存在多种毒力基因组合,可为当地奶牛场奶牛金黄色葡萄球菌性乳房炎的防治提供参考。     

宁波地区耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌的分子生物学特征研究

目的 研究宁波地区耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae, CR-hvKP)分子流行特征,为宁波地区CR-hvKP院内防控及临床治疗提供理论依据。方法 从宁波地区3家医院收集150株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,用PCR筛选出CR-hvKP;再用PCR检测其耐药基因和毒力基因。结果 150株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌中检出14株CR-hvKP,占比为9.33%;主要标本类型为血流感染6株和痰液5株;临床科室分布以ICU(5株)为主,其次为呼吸科(3株)和血液科(3株)。14株CR-hvKP拉丝试验阳性,荚膜血清型以K2为主,整合子均为intI1型;碳青霉烯类耐药基因以KPC-2为主,且发现3株同时携带KPC-2和NDM-1耐药基因;14株CR-hvKP均携带rmpA、kpn、entB、wabG、ureA、fimH毒力基因,其中2株aerobactin基因阳性。结论 宁波地区出现的CR-hvKP以K2荚膜型为主,耐药情况严重,且同时携带耐药及毒力基因,提示临床须合理使用抗生素,加强耐药监测及院感防控,以减少CR-hvKP的传播。     

一起由产气荚膜梭菌和肠聚集性大肠埃希菌共感染导致的聚集性腹泻事件病原学分析

目的 对一起产气荚膜梭菌和肠聚集性大肠埃希菌(PFGE)混合感染导致的腹泻暴发事件进行病原学分析。方法 采集暴发事件的病例粪便样本;病原体筛查使用实时荧光PCR方法;细菌分离使用培养法;菌株毒力基因鉴定使用普通PCR方法;菌株抗生素敏感性测试使用微量肉汤稀释法,菌株分子分型使用脉冲场凝胶电泳方法。 结果 9份粪便样本核酸中,6份肠聚集性大肠埃希菌astA+(+:基因阳性),8份样本产气荚膜梭菌cpa+,5份样本同时检出2种病原体。6份粪便标本分离到肠聚集性大肠埃希菌,均astA+;8份粪便标本分离到产气荚膜梭菌,其中2株cpa+/cpe+,6株cpa+/β2+。6株肠聚集大肠埃希菌分为2种PFGE带型,其中5株同带型,也为同种耐药表型(AMP-CFZ);8株产气荚膜梭菌分为3种PFGE带型,其中6株cpa+/β2+的菌株同带型。 本次腹泻暴发事件可能由2种病原体混合感染导致。     

Low virulence but potentially fatal outcome-Listeria ivanovii

Of the six known species of Listeria, Listeria monocytogenes is classified as the only human pathogen causing listeriosis, a highly fatal, opportunistic infection contracted via food. Listeria ivanovii is the only other pathogenic species of the genus and is considered to be specific to ruminants, except for extremely rare cases of infection in humans. We report here on a 64-year-old male patient with L. ivanovii who responded favorably to treatment with intravenous ampicillin.     

中国单增李斯特菌的基因组特征研究

目的 分析我国146株单增李斯特菌的基因组特征,了解不同家系和克隆群菌株遗传特征的差异。方法 从NCBI数据库收集我国146株不同来源、省份和分离时间的单增李斯特菌基因组数据,利用生物信息学分析软件分别对其进行基因组注释、系统发育树构建和遗传元件分析。结果 本研究中相同家系、血清型和克隆群的单增李斯特菌在系统发育进化树上聚在一起,这种分布与菌株的来源和分离省份无关,提示单增李斯特菌基因组结构具有一定的稳定性。单增李斯特菌均携带毒力岛LIPI-1,部分家系Ⅰ菌株(如CC3和CC87)携带毒力岛LIPI-3和LIPI-4,具有潜在的致病风险。大多数家系Ⅱ菌株携带质粒和环境抗性基因,有助于提高对不良环境的耐受力。食品来源的菌株中inlA基因提前终止突变发生率较高,可能减弱菌株的毒力。结论 我国单增李斯特菌主要以家系Ⅰ和家系Ⅱ菌株为主,两者在毒力基因、环境抗性基因和质粒携带方面均具有差异,显示不同亚型菌株的毒力和环境适应性存在差异,为我国单增李斯特菌的监测和李斯特菌病的防控提供了参考数据。     

青藏高原牦牛携带屎肠球菌及其毒力基因和耐药性检测

目的 了解青藏高原牦牛携带屎肠球菌(Enterococcus faecium)情况,以及耐药性和毒力基因。方法 使用链球菌培养基分离细菌;使用生化反应和16s rDNA序列分析方法鉴定;采用PCR方法检测从牦牛粪便中分离的屎肠球菌携带细胞溶血素(cytolysin,cylA)、明胶酶E(gelatinase, gelE)、表面蛋白(enterococcal surface protein, esp)、胶质蛋白粘附素collagen-binding-adhesin of Enterococcal faecium,acm)、聚集物质(aggregation substance, asa1)及透明质酸酶(hyalronidase,hyl)6种毒力基因的情况;应用K-B纸片法对屎肠球菌分离株进行16种抗生素的敏感性分析;参照PulseNet 脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)实验方法对屎肠球菌分离株进行PFGE分型分析。结果 我们从320份牦牛粪便分离到33株屎肠球菌。这些菌株中毒力基因asa1的阳性率最高,为6.1%,acm和hyl次之,均为3.0%,其他毒力基因皆未检出。33株牦牛屎肠球菌中,有19株菌株具有抗生素耐药性,包括4株多重耐药菌株和15株单耐菌株。牦牛屎肠球菌对利福平耐药率最高,为48.5%;对其他抗生素的耐药率从高到低依次为青霉素G15.2%、四环素12.1%、强力霉素12.1%、红霉素9.1%、环丙沙星6.1%、氨苄西林6.1%、高浓度庆大霉素6.1%、磷霉素6.1%、左氧氟沙星6.1%。所有菌株对万古霉素、替拉考宁和氯霉素均敏感。细菌染色体DNA酶切片段的PFGE分析发现,33株屎肠球菌分离株共产生30种PFGE带型,可分为A-H 8个聚类群,耐药菌株分布在6个聚类群中。结论 青藏高原牦牛携带屎肠球菌,呈现高度遗传多态性,部分菌株携带毒力基因,对多种抗生素耐药。研究提示,屎肠球菌可能会通过牦牛相关食品传播。     

基于全基因组测序的甲型副伤寒沙门菌暴发疫情分离株分子特征研究

目的 分析一起甲型副伤寒暴发疫情菌株的分子分型特征,为病原菌的确定和暴发疫情的防控提供科学依据。方法 利用生化试验、血清学试验对病原菌进行鉴定,并将分离到的病原菌进行微量肉汤稀释法药物敏感性试验、PFGE分子分型分析、全基因组测序,利用全基因组数据与沙门菌MLST标准数据库比对获得序列型别(ST)、cgMLST序列号以及rMLST序列号并进行聚类分析,通过细菌基因组分析平台fIDBA分析病原菌的耐药、毒力相关基因。结果 11株沙门菌血清型均为甲型副伤寒沙门菌,具有100%相似性的PFGE带型,MLST、cgMLST、rMLST的型别均分别为ST129型、cgST-2191型、rST3678型,表明此次暴发疫情菌株从分子特征角度可诊断为同一传染源导致。对萘啶酸100%耐药,对链霉素100%中介。发现本次疫情菌株基因组均携带29种耐药基因。通过毒力因子数据库比对,均携带21类250种已知毒力基因,其中以Ⅲ型分泌系统、粘附、鞭毛等最为常见。结论 本次暴发疫情是由共同来源的、具有相同分子分型特征的甲型副伤寒沙门菌引起。在病原溯源研究中,应用全基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、亲缘关系及毒力基因、耐药基因携带情况,可以作为替代PFGE、MLST的技术用于更精准的传染病分子流行病学调查分析研究。     

福建省不产毒O1群霍乱弧菌分子特征分析

目的 调查福建省近年从病人和外环境中分离到的不产毒O1群霍乱弧菌的毒力基因分布特征,分析菌株间的遗传相似度。方法 运用PCR扩增技术分别检测15株不产毒O1群霍乱弧菌的毒力相关基因tcpA、rstR、hlyA、zot、ace、toxR、ctxA,并通过脉冲肠凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型。结果15株不产毒O1群霍乱弧菌各毒力相关基因的阳检数分别为hly-ET(8/15)、tcpA-CL(6/15)、hly-Cl(4/15)、ace(3/15)、toxR(3/15),其余毒力基因均为阴性。按照100%的相似度,PFGE分为12个基因型别,无集中优势的PFGE型别;根据TENOVER原则有两个相对优势的G1、G2 PFGE群。结论 不产毒的O1群霍乱菌株不同程度地携带有相关的毒力因子,病人株和环境株毒力基因分布无明显差异,不产毒O1群霍乱菌株存在基因组多态性。     

马鞍山市志贺菌福氏4c亚型毒力基因检测及分子分型研究

目的了解马鞍山市志贺菌福氏4 c(ShigellaF4c)分离株的毒力基因的流行模式及分子分型的特点,掌握Shi-gellaF4c在该市的流行状况。方法使用常规法进行菌株分离培养、使用全自动微生物鉴定系统进行生化鉴定,鉴定为志贺菌的阳性菌株使用PCR检测ShigellaF4c的ipa H、ial、set、sen四种毒力基因及应用PFGE进行分子分型。结果 ipa H、ial、set、sen四种毒力基因在76株ShigellaF4c的携带率分别为100%、97.4%、96.1%、90.8%,其中67株ShigellaF4c四种毒力基因全为阳性,占88.2%;本地区ShigellaF4c携带毒力基因模式分成五大类型,Ⅰ型是主要毒力基因模式。PFGE电泳条带图谱显示,ShigellaF4c中100%相同的菌株数较少;100%相同的都为同一年代,91%相同的菌株出现跨年度;不同年代分离株无完全相同基因型,地域方面没有明显联系。结论马鞍山地区S.F4c分离株携带ipa H、ial、set、sen四种毒力基因普遍存在,毒力强是本地区ShigellaF4c主要特征之一;ShigellaF4c在本地区无显著的流行迹象,属于散在发病。     

The pathogenic potential of different pulsed-field gel electrophoresis types of Listeria monocytogenes strains isolated from food in Northeast Bosnia and Herzegovina

Listeria monocytogenes is often present in meat and meat products that are sold in the area of northeast Bosnia and Herzegovina. The major objective of this study was to examine the virulence of L. monocytogenes strains isolated from these types of food in that geographic area. Polymerase chain reaction was used to detect eight genes responsible for virulence of this pathogen, namely, prfA, inlA, inlB, hly, plcA, plcB, actA, and mpl. All examined isolates were confirmed to possess the eight virulence genes. Ten different pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) macrorestriction profiles were recognized among 19 L. monocytogenes strains after restriction with two different endonucleases (ApaI and AscI). The pathogenicity of three different PFGE types of L. monocytogenes was confirmed through in vivo tests, which were performed on female white mice (Pasteur strain), and it ranged from 3.55 × 10(8) LD50 to 1.58 × 10(10) LD50. All of the three different PFGE types of L. monocytogenes were regarded as moderately virulent in relation to the reference strain L. monocytogenes Scott A. This result might be one of the reasons for the absence of reported listeriosis in northeast Bosnia and Herzegovina, despite the high degree of food contamination with this pathogen.