基于网络药理学六君子汤治疗胃癌的物质基础与作用机制研究

目的 探讨六君子汤治疗胃癌的药效物质基础与潜在的作用机制。方法 依托TCMSP和TCM-MESH数据库平台对六君子汤中的活性成分进行检索和筛选;利用SwissTargetPrediction,TTD,CTD,GeneCards等数据库对六君子汤活性成分以及胃癌相关靶点进行预测和筛选,进而构建活性成分-靶点网络图。对得到的靶点通过STRING进行蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络构建并筛选核心靶点,进而通过ONCOMINE数据库分析核心靶点在胃癌中的表达。利用DAVID在线数据库对靶点进行基因本体论（gene ontology,GO）和KEGG通路富集分析以探讨靶点的生物学意义。对于得到的活性成分,作用于胃癌的靶点以及所富集的通路,构建六君子汤成分-靶点-通路网络图。结果 从六君子汤中筛选得到21个活性有效成分和43个作用于胃癌的相关靶点。靶点的PPI网络分析得到6个核心靶点,在ONCOMINE数据库的胃癌样本和正常样本中均存在显著的表达差异。对靶点的GO和KEGG通路富集分析结果显示这些靶点富集在生物过程的条目有74个,细胞组分的有9个,分子功能的有15个,而富集的KEGG通路有78条,涉及肿瘤、信号通路、病毒致癌、凋亡、癌症中的蛋白多糖等多种与胃癌密切相关的通路。六君子汤成分-靶点-通路网络图揭示了六君子汤中的药效物质和作用靶点,以及靶点与疾病通路之间的互作关系。结论 本研究初步明确了六君子汤通过多成分-多靶点-多通路治疗胃癌的作用机制,为深入研究六君子汤的药效物质基础和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学对参麦注射液缓解CIPN作用机制分析

目的 探讨参麦注射液缓解化疗所致周围神经毒性(CIPN)的作用机制。方法 借助ETCM及TCMSP检索红参及麦冬的化学成分和作用靶点,通过OMIM、Disgenet、GeneCards等多个数据库查询与CIPN相关的基因。运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,并利用String工具获得PPI网络筛选出核心靶点,最后通过Metascape对PPICN的靶蛋白进行基因富集分析。结果 参麦-靶点网络包含38个化合物和相应靶点105个;PPI核心网络包含23个蛋白;GO分析得到条目34个,KEGG通路富集筛选得到9条信号通路（P＜0.01）。结论 参麦注射液中对CIPN关键活性成分源自麦冬的组分占比60%;GO富集分析与KEGG通路分析结果显示参麦注射液通过多靶点与多通路的协同作用缓解CIPN。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于系统药理学的雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制研究

目的 基于系统药理学方法研究雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。方法 基于中药系统药理学平台（TCMSP）数据库和文献搜索,建立雷公藤配伍甘草化学成分库。运用DRAR-CPI、中医分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）等在线预测网站,预测成分靶标,并与疾病靶标取交集得到雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用靶标。通过作用靶标反向筛选潜在活性成分,并用超高效液相色谱-飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF/MS）分析手段对活性成分进行验证。利用GeneMANIA数据库搜索间接靶标并利用蛋白互作筛选关键靶标,采用分子对接技术（SystemsDock）对潜在活性成分和关键靶标进行匹配,验证前期靶标筛选的可靠性以及反向药效团匹配的正确性。通过GO和京都基因与基因组百科全书通路分析（KEGG）生物学注释分析关键作用通路,探讨雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。结果 共得到33个化学成分和47个潜在靶标,其中32个成分31个靶标和35条通路与药对治疗类风湿性关节炎有密切关系,主要涉及花生四烯酸代谢通路、白介素（IL）-17信号通路、核因子（NF）-κB信号通路等炎症通路以及T细胞受体信号通路、C型凝集素受体信号通路等与免疫相关的通路。结论 雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎主要通过炎症与免疫调节等多条途径得以实现。     

基于网络药理学的分心木总黄酮抗2型糖尿病作用机制研究及关于AKT/FoxO1信号通路的细胞实验验证

目的 通过网络药理学研究预测分心木总黄酮（TFDJF）的主要活性成分和作用靶点，探讨其多成分-多靶点-多通路的抗2型糖尿病（T2DM）的作用机制；并选取AKT/FoxO1信号通路进行细胞实验验证。方法 基于文献检索构建分心木黄酮类成分的化学成分数据库，并以"类药五原则"筛选潜在的活性成分，采用PharmMapper服务器反向药效团匹配方法预测活性成分可能的作用靶标，并根据TTD、OMIM数据库中与T2DM相关的靶点，筛选分心木黄酮类成分抗T2DM的作用靶标，通过对靶标的基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，构建活性成分-抗T2DM作用靶点-代谢通路网络图，探讨TFDJF抗T2DM的作用机制。采用系统对接网站进行GSK3B和AKT1对山柰酚的分子对接。并进一步采用细胞实验进行验证：选取HepG2细胞，运用高浓度胰岛素诱导胰岛素抵抗（IR）模型，150 μg/mL TFDJF处理细胞36 h，氧化酶法检测各组细胞的葡萄糖消耗量，Western blotting法检测AKT-FoxO信号通路相关蛋白的表达。结果 共获得分心木潜在的黄酮类活性成分10个，预测成分作用靶标共104个，筛选出与抗T2DM相关的关键靶点15个，KEGG通路富集分析发现TFDJF抗T2DM的作用机制可能与胰岛素、FoxO、AMPK和PI3K-AKT等信号通路有关。山柰酚与GSK3B有强烈的结合活性，与AKT1有较好的结合活性。进一步通过细胞实验验证，TFDJF可显著提高HepG2细胞IR模型葡萄糖消耗量（P<0.01），显著升高AKT蛋白磷酸化水平（P<0.01），显著降低FoxO1蛋白表达水平（P<0.01），验证了网络药理学的部分预测结果。结论 TFDJF抗T2DM的作用机制可能与胰岛素、FoxO、AMPK和PI3K-AKT等信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接的苦参抗乳腺癌潜在机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法 采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分，通过Swiss Target Prediction 数据库对有效活性成分的靶点进行预测，通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点，根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点；采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图，用 STRING数据库分析共有靶点，构建PPI网络图，通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接，同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果 从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个，筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点，其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路，且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示，苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖，诱导细胞凋亡，上调AR蛋白的表达。结论 苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路，调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用，苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。     

基于网络药理学和分子对接的半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制探讨

目的 运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库（Gene Card：The Human GeneDatabase）获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集靶标（基因）”网络图、STRING构建蛋白互作（PPI）网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G：Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果 通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1 188条,其中分子功能59条、生物过程1 086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论 半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。     

加味丹参饮治疗心肌梗死的网络药理学研究

目的 基于网络药理学的方法，分析加味丹参饮对于治疗心肌梗死的潜在作用机制。方法 借助TCMSP、Drugbank、Pubchem、Swiss Target Prediction等数据库及参考文献获取加味丹参饮的有效成分及靶标。通过HPO、OMIM平台检索心肌梗死疾病相关的靶标，并借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络（PPI），获得关键靶标。使用Cytoscape3.6.0软件对加味丹参饮-心肌梗死疾病进行网络可视化，并构建“加味丹参饮-化学成分-靶点”、“疾病-靶点”、“加味丹参饮-相关化学成分-疾病-关键靶点”网络图，使用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物过程和KEGG代谢通路分析。结果 从加味丹参饮中共筛选出94个有效成分，148个与心肌梗死相关的作用靶点，其中有效成分与疾病对应的相同靶点21个，其中包含血管内皮生长因子A（VEGFA）、酪氨酸激酶2（JAK2）、肿瘤坏死因子（TNF）等。经GO和KEGG通路富集分析，靶点主要涉及G蛋白偶联受体信号通路、调节细胞增殖、RNA聚合酶II转录因子活性等功能过程，可能通过调节PI3K-Akt信号通路、微小RNA-癌症相关通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、JAK-STAT信号通路等多条代谢通路来发挥加味丹参饮治疗心肌梗死的作用。结论 通过建立靶点网络图，可从多方位阐明复方加味丹参饮治疗心肌梗死多成分、多靶点的机制，可进一步为深入研究加味丹参饮治疗心肌梗死相关疾病机制提供理论依据。     

基于网络药理学的菊苣抗高脂血症作用机制研究

目的 采用网络药理学方法,揭示菊苣抗高脂血症的活性成分、潜在药物靶点和作用机制。方法 通过公共数据库中获取菊苣的活性成分、潜在药物靶点以及高脂血症的相关基因,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、基因本体（GO）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析。结果 从TCMSP数据库共筛选菊苣活性成分12个,包括β-谷甾醇、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点156个。PPI网络涉及56个潜在药物靶点,Degree值排名前5的核心靶点分别是AKT1、IL6、TP53、TNF、VGEFA。GO功能分析共获得269个条目（P<0.05）,KEGG通路富集得到71条信号通路（P<0.05）,包括VEGF信号通路、脂肪细胞因子信号通路、细胞凋亡等通路。结论 菊苣抗高脂血症是多成分、多靶点、多通路的综合效应,其机制可能与参与脂质合成、炎症反应、细胞凋亡等过程相关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨“半枝莲-山慈菇”抗乳腺癌的作用机制

目的通过网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、山慈菇的有效化学成分及相应靶蛋白。通过DrugBank、Uniprot数据库筛选乳腺癌潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建"化合物–靶点–疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果共筛选出半枝莲中有效化学成分29个,山慈菇中有效化学成分3个;对应潜在作用靶点517个,乳腺癌靶点118个;将"半枝莲–山慈菇"与乳腺癌的靶点对比,获得8个药物–疾病共同靶点,包括雄激素受体(AR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(CASP9)、雌激素受体α(ESR1)、雌激素受体β(ESR2)、钾电压门控通道亚家族H成员2(KCNH2)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)和钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)。GO功能分析得到197个条目,涉及药物代谢等方面。KEGG通路分析得到116个条目,涉及膀胱癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、非洲锥虫病、前列腺癌、结直肠癌、子宫内膜癌等通路。结论研究揭示了"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,并结合分子对接技术,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

基于网络药理学与生物信息学揭示冬凌草调控乳腺癌能量代谢的作用及分子机制

目的 基于网络药理学结合生物信息学、分子对接探究冬凌草调控乳腺癌能量代谢的作用及分子机制。方法 通过多个数据库结合文献查找冬凌草的有效成分,筛选已报道的冬凌草中具有抗肿瘤作用并符合类药五原则的活性成分;利用PubChem数据库、PharmMapper数据库收集冬凌草抗肿瘤活性成分的结构及其潜在靶点。从TCGA和GEO数据库获取乳腺癌样本转录组数据,通过差异表达基因分析及WGCNA挖掘乳腺癌相关靶点,并与冬凌草抗肿瘤活性成分预测靶点匹配映射,获得两者的共同靶点,之后进行GO和KEGG富集分析。使用STRING数据库对共同靶点构建PPI网络,通过Cytoscape软件对网络进行可视化,使用DEGREE和MCC 2种算法分别取PPI网络中排名前10的靶点,两者去重后与富集排名靠前的能量代谢相关通路和生物学过程中的靶点取交集,得到能量代谢相关的关键靶点。随后,通过UALCAN数据库分析能量代谢相关的关键靶点的表达量,利用TIMER数据库分析这些靶点与免疫浸润的关系。最后,将这些靶点与有预测关系的活性成分进行分子对接。结果 选取冬凌草中冬凌草甲素、冬凌草乙素、鲁山冬凌草丙素、β-蒎烯、D-柠檬烯、太白乌霉素A及信阳冬凌草素J共7个活性成分及其潜在靶点368个,与乳腺癌相关靶点映射得到共同靶点34个。GO和KEGG富集分析发现大部分排名靠前的功能/通路与糖、脂代谢相关,从这些功能/通路得到PCK1、ADH1C、AKR1C3、HSD11B1、MAOA、ALDH2、RBP4这7个能量代谢相关的关键靶点,这些靶点在乳腺癌中的mRNA、蛋白水平的表达量均低于正常组织,且均与肿瘤纯度呈负相关;此外,CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞等免疫细胞的浸润程度也会影响乳腺癌患者的预后。分子对接结果表明上述7个有效成分与其有预测关系的靶点有良好结合潜力。结论 冬凌草抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多信号通路协同作用的特征,其可能通过调控乳腺癌的能量代谢实现清热解毒之功,从而发挥抗乳腺癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接的方法探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血（DUB）的潜在作用机制。方法 基于文献研究筛选得到土大黄主要活性成分,利用Swiss Target Prediction平台预测土大黄的作用靶点,利用OMIM、DrugBank、DisGeNet、GeneCards数据库确定DUB的疾病靶点,并通过Venny 2.1.0在线工具将其与土大黄靶点取交集后获得土大黄防治DUB的潜在作用靶点;在STRING数据库进行蛋白互作网（PPI）分析,结合Cytoscape 3.8.2 软件筛选关键靶点。将筛选得到的交集靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后运用AutoDock Tools软件将筛选出的关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 结合文献研究与Swiss Target Prediction平台筛选得到药物活性成分26个,药物靶点392个,疾病靶点436个,共同靶点74个;经PPI及网络拓扑分析后,获取核心靶点7个,分别是信号转导和转录激活因子3（STAT3）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α（PIK3CA）、雌激素受体（ESR1）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、转录因子p65（RELA）;经活性成分–核心靶点网络的构建及网络拓扑分析,得到土大黄防治DUB主要活性成分9个,分别是槲皮素、阿魏酸、豆蔻酸、羟基大黄素、决明柯酮、大黄素甲醚、委陵菜酸、大黄酚、3,4-二羟基苯甲酸乙酯;GO富集到基因功能303个（P＜0.01）,KEGG富集到基因通路122条（P＜0.01）,结果表明,土大黄防治DUB的作用机制是通过调节低氧诱导因子-1（HIF-1）、磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶（p-PI3K）–蛋白激酶B（Akt）等信号通路来发挥防治DUB的作用。分子对接验证结果显示,关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 初步揭示了土大黄防治DUB的有效成分和可能的作用机制,并为深入研究药效物质基础、作用机制以及临床应用提供了科学参考。     

基于网络药理学的肿节风治疗前列腺癌的作用机制探讨

目的利用网络药理学方法探讨肿节风治疗前列腺癌的可能作用机制。方法通过TCMSP、Uniprot、GeneCards在线数据库筛选肿节风活性化合物治疗前列腺癌的潜在靶点,利用Cytoscape软件构建前列腺癌-肿节风-靶点网络图,然后结合STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络;最后利用R软件对靶点进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,并构建靶点通路网络。结果从肿节风中筛选出活性成分10个,其与前列腺癌共同作用靶点170个,GO功能分析发现靶点主要与膜伐、对氧水平、泛素样蛋白连接酶结合等有关。KEGG通路分析发现肿节风治疗前列腺癌主要与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、前列腺癌(PCa)、流体剪切应力(FSS)与动脉粥样硬化(AS)等通路密切相关。结论肿节风活性成分可能通过多靶点、多通路达到治疗及辅助治疗前列腺癌的目的。     

地皮菜抗三阴性乳腺癌作用活性成分的发现与靶点验证

目的 采用网络药理学方法和分子生物学实验探究地皮菜抗三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer,TNBC）的活性成分与靶点。方法 查阅文献并结合实验室前期研究收集地皮菜的活性成分,采用Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测,TTD、Genecards和OMIM数据库获取TNBC靶点。应用STRING在线平台进行蛋白互作,使用Metascape数据库进行KEGG信号通路和GO基因功能富集分析。通过AutoDock软件将地皮菜成分N-乙酰基色胺与靶点AKT1进行分子对接。采用Annexin V-FITC/PI双染色法检测地皮菜活性成分对乳腺癌细胞凋亡的影响。利用RT-qPCR和Western blotting检测地皮菜活性成分抗TNBC的作用机制。结果 网络药理学结果发现N-乙酰基色胺、Scytonemin和Nostocionone等8个有效成分,涉及细胞信号传导和AKT1、STAT3、CCND1等75个关键靶点。KEGG信号通路和GO基因功能富集分析结果涉及癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示N-乙酰基色胺与AKT1的亲和作用较好。N-乙酰基色胺对乳腺癌细胞没有明显的促凋亡作用,Western blotting结果显示N-乙酰基色胺下调了AKTI的蛋白表达量。RT-qPCR结果显示N-乙酰基色胺可以有效降低乳腺癌细胞AKT1的mRNA表达。结论 N-乙酰基色胺可能通过抑制AKT1信号通路抑制TNBC细胞增殖,从而发挥抗TNBC作用。     

基于网络药理学探讨人参调控铁死亡抗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨人参抗阿尔茨海默病的可能靶标及作用机制.方法 利用TCMSP数据库获取人参活性成分及其所对应的靶标.通过GeneCards数据库获取阿尔茨海默病的治疗靶标.利用Venn在线工具获得人参活性成分和阿尔茨海默病的共同作用靶点.运用Cytoscape软件构建人参、活性成分、靶标间相互作用网络关系图...     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。     

基于网络药理学和分子对接研究黄芩治疗白癜风的作用机制

目的 利用网络药理学方法研究黄芩治疗白癜风的作用靶点和机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到黄芩中的活性成分及其作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库检索补充各个活性成分的作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取白癜风的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;将黄芩活性成分和白癜风的交集靶点导入String数据库构建靶点间的蛋白相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape 3.9.1软件,构建"黄芩-活性成分-白癜风靶点"网络并筛选核心靶点;使用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接验证并使用PyMol软件对结果进行可视化处理。结果 共筛选得到黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮等36个活性成分,作用于3 868个潜在靶点,白癜风相关靶点1 349个,黄芩-白癜风的交集靶点113个;PPI网络分析得到肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体(ESR1)共8个核心作用靶点;GO和KEGG富集分析显示,黄芩治疗白癜风主要涉及胰腺癌、内分泌抵抗、神经营养素信号通路、细胞凋亡、乙型肝炎、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮7个核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄芩可能通过调控内分泌、神经、细胞衰老和凋亡以及炎症等方面发挥治疗白癜风的作用,为后续研究黄芩治疗白癜风提供参考。