上海地区2004年至2008年甲型流行性感冒病毒亚型的分布

目的 分析近5年上海地区甲型流行性感冒(流感)病毒亚型的分布并探究其原因.方法 对上海地区流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者,采集咽拭子标本接种犬肾细胞(MDCK),直接荧光免疫法鉴定阳性分离株型别,多重RT-PCR鉴定亚型.结果 2004年至2005年初的季节性流感以A/H3N2为主;2005年末至2006年中期的季节性流感以A/H1N1为主;2006年末到2007年10月份分离到的流感毒株基本为A/H3N2亚型;2008年1月至5月份,人群流感病毒分离株仍以A/H3N2处于优势地位,但从2008年7月开始的季节性流感则以A/H1N1占绝对优势.结论 近5年上海地区季节性流感主要为甲型流感病毒H3N2和H1N1亚型,但在不同年份的季节性流感中流行强度有所不同.     

上海地区2009年人群甲型流行性感冒病毒抗体水平检测分析

Objective To know the levels of antibodies against influenza A virus subtypes H1 and H3 of population in Shanghai during 2009, and the detection of antibodies against avian influenza virus subtypes H5 and H9 in population which contacts with avian. Methods The serological survey of the antibodies against influenza A viruses subtypes H1, H3, H5 and H9 in 356 close contacts with avian (professional population) and 332 general subjects (general population) at various age groups were carried out using hemagglutinin inhibit (HI) test. Results The positive rates of antibodies against influenza virus A/Brisbane/59/2007 (H1N1) in general population and professional population were 82.8% (275/332) and 73.9% (263/356), respectively; those of A/Brisbane/10/2007 (H3N2)were 50.6% (168/332) and 54.8% (195/356), respectively. The positive rate of antibodies against influenza virus A/Brisbane/59/2007 (H1N1 )was significantly higher than that of influenza A viruses subtype H3, which was consistent with etiological survey of influenza virus in Shanghai during 2008.The positive rates of antibodies against influenza A virus subtype H5 in professional population and general population were 4.2% (15/356) and 0.3% (1/332), respectively; those of influenza A virus subtype H9 were 34.6% (123/356) and 2.4% (8/332), respectively. The positive rates of antibodies against influenza virus A/Brisbane/59/2007 (H1N1 ) and A/Brisbane/10/2007 (H3N2) in age groups of 6 months-5 years and ≥60 years were lower than other age groups. Conclusions The immune protective response against seasonal influenza A subtype H1 and H3 of population in Shanghai is high,while those of children and the elders were low. The levels of antibodies against influenza A viruses subtype H5 and H9 in professinal population present obviously ascending trend, which indicates that the etiological and serological survey of influenza virus in this population should be enhanced.     

北京市5岁及以上常住人口疫苗接种前新型甲型H1N1流感病毒人群抗体水平分析

目的 了解北京市5岁及以上常住人口接种新型甲型H1N1流感(简称甲型流感)病毒疫苗前的人群抗体水平,为确定防控重点人群提供依据. 方法 2009年10至12月选择未接种疫苗、未明确诊断为甲型流感的北京市常住人口,按照年龄组进行分层,用血凝抑制试验检测新型甲型H1N1流感病毒抗体(简称抗体),使用抗体几何平均滴度进行不同人群的比较. 结果 共监测3499名调查对象,平均抗体水平为1:8.03,阳性率为11.06%(387/3499);5～19岁人群抗体水平和阳性率较高,其抗体水平均>1:8.9,抗体阳性率均>12%. 结论 不同人群抗体水平受该人群疫情流行强度的影响,学生人群抗体水平和阳性率高与学校疫情流行强度高有关;北京市采取的重点人群和全人群的免疫策略正确,但目前人群免疫力尚未达到理想状态,甲型流感仍有可能在北京市流行.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

甲型H1N1与季节性H1N1流感病毒血凝素基因比较分析

目的分析泰安市2008～2009年度季节性流感与2009年度甲型H1N1流感病原学检测结果 ,比较季节性H1N1与甲型H1N1血凝素基因变异情况。方法选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过RealtimePCR进行病毒检测,用MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增血凝素HA1片段的基因并测序,利用生物信息学进行序列分析。结果 2008～2009年共检测鼻咽拭子标本283份,分离出流感病毒33株,分离阳性率为11.67%,其中季节性H1N1亚型31株。2009年5月1日～12月31日,检测鼻咽拭子标本996份,流感核酸检测阳性417份,阳性率为41.86%,其中甲型H1N1337份,季节性H1N1亚型1份。6株季节性H1N1病毒均在多个氨基酸位点上发生变异,与疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)比较,有11个位点发生了突变,其中5个位点位于抗原决定簇上;测序成功的6株甲型H1N1病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区。结论 2008～2009年度季节性H1N1为优势株,甲流暴发后,甲型H1N1成为绝对优势毒株。季节性H1N1分离株有多处氨基酸替换,抗原决定簇B区变异频繁;甲型H1N1病毒分离株的基因有变异,但关键位点第222位仍为D(天冬氨酸),与疫苗株相比抗原决定簇的关键位点变化不大。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。     

Th17淋巴细胞对甲型H1N1流行性感冒病毒清除作用的探讨

目的 探讨甲型H1N1流行性感冒(流感)患者Th17淋巴细胞表型、比例及其与病毒清除之间的关系.方法 将甲型H1N1流感患者70例、季节性流感患者30例、健康对照者68例分别纳入3组.通过细胞内染色,流式细胞技术测定3组人群外周血Th1、Th2、Th17、调节性T细胞(Treg)淋巴细胞比例;ELISA法测定血浆及外周血单个核细胞(PBMC)培养上清液中的IFN-γ、转化生长因子-β(TGF-β)、IL-6水平;RT-PCR检测鼻咽拭子甲型H1N1流感病毒载量.统计学方法采用单因素方差分析和线性相关分析.结果 甲型H1N1流感患者Th17淋巴细胞比例为(2.740±0.210)%,较健康对照者的(3.443±0.154)%及季节性流感患者的(3.443±0.277)%显著下降(F=4.242,P＜0.05),而3组间Th1、Th2、Treg淋巴细胞比例无明显差异;甲型H1N1流感患者血浆TGF-β水平为(10±8)ng/mL,较健康者的(43±32)ng/mL及季节性流感患者的(18±10)ng/mL显著下降(F=17.72,P＜0.01);甲型H1N1流感患者PBMC中TGF-β水平为(782±736)pg/mL,较健康者的(1462±315)pg/mL及季节性流感患者的(1481±348)pg/mL显著下降(F=5.730,P＜0.01);Th17淋巴细胞比例与病毒清除时间呈负相关(r=-0.38,P=0.02).结论 甲型H1N1流感患者Th17淋巴细胞比例显著降低,且与TGF-β水平密切相关,其降低可能导致机体延长排毒时间.     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况.方法 从2009年广东省新型甲型H1N1流感患者中分离到病毒毒株共69株,提取病毒总RNA,RT-PCR扩增NA基因,并测序分析;同时从美国国立生物技术信息中心基因库检索获得 52株不同年代、不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒同源性较高,为87.1%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守;具有8个糖基化位点,其中5个位点有不同程度的氨基酸替换,但与2001年禽H5N1毒株的糖基化位点的氨基酸相同.结论 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒高度同源,与NA抑制剂的特异性结合位点未发生变化.     

儿童甲型H1N1流行性感冒病毒相关性肺炎的临床特征

目的 了解儿童甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒相关性肺炎的临床流行特征.方法 通过描述性研究对2009年上海复旦大学附属儿科医院收治的30例甲型H1N1流感病毒所致肺炎的患儿做临床及流行病学分析.中位数比较采用秩和检验,率的比较采用精确卡方检验.结果 30例确诊为甲型H1N1流感合并肺炎的患儿中,年龄中位数为5.9岁,5例有基础疾病史,占16.7%.有明确发热病例暴露史的20例,占66.7%.所有患儿均有发热和咳嗽,11例伴气促,占36.7%,10例伴喘息,占33.3%.11例患儿WBC＜4.0×109/L,占36.7%,2例PLT减少,占6.7%.所有患儿入院时胸部X线片提示肺部有单侧或双侧片状渗出性病灶,4例危重症患儿肺部多处大片状渗出伴肺水肿,占13.3%,1例危重症肺炎患儿发病后3个月和9个月复查胸部CT提示不同程度肺纤维化,占3.3%,3例同时伴纵隔积气和皮下积气,占10.0%,6例并发急性呼吸衰竭,占20.0%,3例伴支气管哮喘急性发作,占10.0%,1例合并脑炎,占3.3%.所有患儿均给予奥司他书和抗菌药物治疗,4例接受机械通气,均治愈或好转出院.发病2 d内和2 d后接受奥司他韦治疗的患儿的热程中位数比较差异有统计学意义(2 d比5 d,Z=-8.015,P＜0.01).结论 学龄前和学龄儿童易感染甲型H1N1流感病毒,可并发严重的肺部疾病.在发病早期采用奥司他韦治疗,可缩短热程,降低危重并发症的发生.     

上海地区甲型H1N1流行性感冒流行病学调查和临床特征分析

目的 了解上海地区新型甲型H1N1流行性感冒(流感)的流行病学和临床特征,提高临床医师对本病的认识.方法 采用描述性流行病学方法对上海市公共卫生临床中心2009年5月23日至6月30日收治确诊的100例甲型H1N1流感患者资料进行回顾性分析.结果 本组患者男58例,女42例,年龄4～75岁.96例为输入性病例,主要来自澳大利亚、美国、加拿大.临床主要表现为流感样症状,包括发热、咳嗽、咽痛,其他症状有咳痰、流涕、咽痒、鼻塞、头痛和全身酸痛等,体征有咽部充血、扁桃体肿大等.外周血WBC总数正常或偏低.部分患者CD4+T淋巴细胞低于正常下限水平.胸部CT检查主要表现为肺纹理增粗、肺炎、胸膜增厚、胸膜炎.治疗首选奥司他韦,不良反应少见,多数患者可以耐受.本病预后良好,所有患者治愈出院.结论 新型甲型H1N1流感传染性强,并可影响机体细胞免疫功能,但症状轻微,早期采用奥司他韦抗病毒治疗,疗效满意.疾病防控部门应加强监测,积极应对本次甲型H1N1流感大流行.     

H6N1亚型禽流感病毒跨种属传播研究进展

禽流感病毒H6N1亚型广泛存在于水禽和陆禽,是最常分离到的甲型流感病毒亚型,遗传分析表明该病毒可能是高致病禽流感病毒H5N1的前体。随着病毒基因的持续进化,H6N1可跨种间屏障传播至哺乳动物,其对于哺乳动物小鼠、猪和雪貂已经具有较强感染能力。血清流行病学调查结果显示少数人H6禽流感病毒抗体阳性,2013年5月,我国台湾出现全球首例人类感染H6N1亚型流感病毒。因此,H6N1病毒宿主范围不断扩大,在这些宿主内可发生病毒基因突变、基因重配,进而演变为具有感染人类潜能的新变异株的可能。本文从病原学、流行病学、病毒感染哺乳动物和人类等方面对H6N1亚型禽流感病毒的研究进展进行综述,以期为H6N1禽流感病毒的防控提供参考。     

2007--2008年上海市H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化

目的对分离自上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV（2007年5株、2008年6株）进行了PB2,PBl,HA,NP和NA的测序,以阐明2007年至2008年上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT—PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这11个毒株的PB2,PBl,HA,NP和NA并进行了序列测定。结果对HA基因进行遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck／Bei／1／94系。这11个毒株的5个片段的组成有两种方式。结论上海活禽批发市场的1l株H9N2亚型AIV毒株中已包含了H5的片段,所以在今后的工作中加强H9N2亚型禽流感流行病学监测是非常必要的。     

1株重组H6N2禽流感病毒全基因组特征分析

目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据。方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征。结果A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)毒株各基因片段最大相似度毒株均为国内H6N2禽流感病毒,核苷酸最大相似性在96.85%~98.22%之间,氨基酸最大相似性在96.30%~99.30%之间。各基因片段均属于欧亚谱系,HA、PB2、PB1、PA、M、NS基因归属于ST339-like分支,NP基因归属于HN573-like分支,发生多分支进化来源的重组。NA基因在HxN2亚型基因中归属于H6N2分支。该病毒为禽源低致病性病毒,但在PB2-89位、PB1-473位、PB1-F2蛋白、PA-409位、M1-30/215位、NS1-42/205位均发生对哺乳动物致病性增强的氨基酸变异。结论 广州地区禽类市场监测发现的1株重组H6N2禽流感病毒,属于禽源低致病性病毒,但存在发生跨宿主传播的潜在风险,需加强监测。     

Large Scale Genome Analysis Shows that the Epitopes for Broadly Cross-Reactive Antibodies Are Predominant in the Pandemic 2009 Influenza Virus A H1N1 Strain

The past pandemic strain H1N1 (A (H1N1)pdm09) has now become a common component of current seasonal influenza viruses. It has changed the pre-existing immunity of the human population to succeeding infections. In the present study, a total of 14,210 distinct sequences downloaded from National Center for Biotechnology Information (NCBI) database were used for the analysis. The epitope compositions in A (H1N1)pdm09, classic seasonal strains, swine strains as well as highly virulent avian strain H5N1, identified with the aid of the Immune Epitope DataBase (IEDB), were compared at genomic level. The result showed that A (H1N1) pdm09 contains the 90% of B-cell epitopes for broadly cross-reactive antibodies (EBCA), which is in consonance with the recent reports on the experimental identification of new epitopes or antibodies for this virus and the binding tests with influenza virus protein HA of different subtypes. Our analysis supports that high proportional EBCA depends on the epitope pattern of A (H1N1)pdm09 virus. This study may be helpful for better understanding of A (H1N1)pdm09 and the production of new influenza vaccines.