一段检测锥虫特异性核酸靶序列的筛选及评价

目的以60S核糖体蛋白L44(60S RPL44)基因为靶基因,筛选出一段可特异性检测锥虫属(Trypanosoma)原虫的核酸靶序列,并对其敏感度和特异性进行初步评价。方法将布氏锥虫指名亚种(T.brucei brucei)的60S RPL44基因序列与公共数据库中田鼠巴贝虫(Babesia microti)、杜氏利什曼原虫(Leishmania donovani)、间日疟原虫(Plasmodium vivax)、恶性疟原虫(P.falciparum)和刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)等24种非锥虫属常见的血源性原虫,以及8种锥虫属内其他种的同源序列进行比对。同时,利用Primer Premier 6对布氏锥虫指名亚种的60S RPL44基因序列设计多对引物,结合序列比对结果和各引物评价情况,从中筛选出一对评价情况良好且理论上仅能扩增锥虫属靶序列的引物。利用该对引物检测布氏锥虫指名亚种、布氏锥虫罗德西亚种(T.b.rhodesiense)、刚果锥虫(T.congolense)、伊氏锥虫(T.evansi)以及上述5种其他属原虫,评价其特异性。采用梯度稀释(10 ng/μl、1 ng/μl、100 pg/μl、10 pg/μl、1 pg/μl)的伊氏锥虫基因组DNA为模板评价其敏感度。结果选出一段基于60S RPL44的特异性序列,针对该序列的扩增引物为P1:5′-CCTGATGAAAGGTGCAATG-3′,P2:5′-CGTTTTCGCCTTCTTGTGGA-3′。该引物扩增布氏锥虫指名亚种、布氏锥虫罗德西亚种、刚果锥虫、伊氏锥虫的DNA均为阳性,扩增片段长156 bp;扩增田鼠巴贝虫、杜氏利什曼原虫、间日疟原虫、恶性疟原虫、刚地弓形虫等非锥虫属原虫均为阴性;该引物检测伊氏锥虫DNA的敏感度为10 pg/μl。结论筛选获得一段敏感度较高、特异性强的检测锥虫属原虫的核酸靶标序列。     

标签引物-套式/多重PCR检测恶性疟原虫和间日疟原虫的研究

目的 建立简便、灵敏、低本底、可同时检测恶性疟原虫和间日疟原虫的套式/多重聚合酶链反应（PCR）系统。 方法 应用标签引物扩增技术、Primer Premier 5.0软件、美国生物信息中心(NCBI-BLAST)网络资源和矩阵试验法优化套式/多重PCR，检测疟疾患者滤纸血样并与镜检结果进行比较。 结果 新建立的标签引物套式/多重PCR，检测模拟现场滤纸血样的敏感性为恶性疟原虫1～2个虫/μl血，间日疟原虫5～10个虫/μl血。检测71份现场采集的镜检疟原虫阳性滤纸血样（恶性疟24份和间日疟47份）的结果与镜检结果的符合率分别为87.5%和100%。 结论 通过标签引物扩增技术优化的套式/多重PCR系统，适用于检测现场采集的滤纸血样，其检出低原虫血症的敏感性和鉴定虫种的准确性均优于镜检法，是很有潜力的疟疾诊断技术。     

单管单轮多重PCR检测4种疟原虫混合血样

目的建立一种可同时检测4种疟原虫单一及混合感染的单管单轮多重PCR技术。方法在快速巢式PCR的基础上,设计折叠引物,优化PCR反应试剂的主要组分浓度及各条引物的退火温度,建立折叠引物多重PCR法(FP-PCR)。利用优化后的FP-PCR法,对间日疟原虫(Plasmodium vivax)、恶性疟原虫(P.falciparum)、卵形疟原虫(P.ovale,包括wallikeri亚种)和三日疟原虫(P.malariae)的单一及混合疟原虫DNA模板进行检测,分析该方法的敏感性和特异性。结果在7次重复实验中,4种疟原虫单一感染检出的最低浓度均接近1个/μl血。此外,在检测2~4种原虫以高、低密度相差100倍的模拟混合感染的滤纸血样中,FP-PCR法正确检出每个组合的所有虫种的成功率为68%(57/84)。在10份健康人滤纸血样中,FP-PCR法除产生少量二聚体外无任何扩增条带。结论 FP-PCR法仅需单管单轮扩增即可同时检测4种人疟原虫单一或混合感染,为疟疾的监测和筛查提供了简便、可靠的诊断方法。     

套式/多重PCR诊断疟疾的敏感性、特异性和稳定性初探

目的 提高标签引物?鄄套式/多重PCR诊断疟疾的敏感性、特异性与稳定性。 方法 用滤纸法采集非疟疾发热病人血样30份及其他传染病（感冒， 流感， 伤寒， 肝炎等）患者血样20份；抽取恶性疟和间日疟各1例患者血4 m1，进行系列稀释制备不同疟原虫含量的感染血样；健康者血样作对照。用热裂解法制备DNA模板，用线粒体细胞色素氧化酶基因作为靶基因，应用相关软件和网络资源（Primer Premier 5.0, PUBMED, NCBI-BLAST和Mfold服务器）设计和优化标签引物?鄄套式/多重PCR，并用于检测所采集制备的各种血样。 结果 间日疟与恶性疟患者血系列稀释为含 1 000、100、10和1个虫/μl后经标签引物?鄄套式/多重PCR检测，恶性疟和间日疟患者各稀释含虫血样分别在611 bp和255 bp出现1条带，能检测到原虫密度均为1个虫/μl血；非疟疾发热病人血样30份及其他传染病患者血样均为阴性；健康者血样未出现扩增条带，每种血样反复测试3次以上均获得同样结果。 结论 经优化的标签引物-套式/多重PCR在疟疾诊断中具有较高的敏感性、特异性和稳定性。     

万孚疟原虫检测试剂盒检测卵形疟原虫效果评价及影响因素分析

目的 目的 评价万孚疟原虫检测试剂盒 （Pf?LDH/Pan?pLDH） 对卵形疟原虫的检测效果, 并分析原虫密度、 疟原虫乳 酸脱氢酶 （pLDH） 浓度和基因多态性等因素对检测结果的影响。方法 方法 按照万孚疟原虫检测试剂盒的操作说明书, 对经 PCR确认的100份卵形疟患者血样进行检测。采用显微镜镜检法计数患者血片的原虫密度, 以ELISA法检测血样中的 pLDH浓度, 以PCR扩增卵形疟原虫LDH （Po?LDH） 基因并测序, 并分析上述3个因素对检出率的影响。结果 结果 万孚疟原 虫检测试剂盒对上述100份卵形疟患者血样的总体检出率为70.0% （70/100）。当原虫密度 ≤ 500个/μl时, 检出率为 27.3%; 原虫密度> 500个/μl时, 检出率为75.0%～75.4%。当pLDH浓度较低时 （A值 ≤ 0.100）, 检出率为6.7%; pLDH达 到一定浓度时 （A值 > 0.100）, 检出率为95.1%～100%。Po?LDH基因序列分析结果显示所有卵形疟样本可分为2种亚 型, 分别为卵形疟原虫curtisi亚种 （P. o. curtisi） 和卵形疟原虫wallikeri亚种 （P. o. wallikeri）。2种亚型的LDH基因同源 性为97%, 共有24个单核苷酸多态性 （SNP）, 其中3个SNPs为非同义突变, 其余均为同义突变。2种亚型的LDH编码氨 基酸序列同源性为99%, 共有3个氨基酸的差异。万孚疟原虫检测试剂盒对P. o. curtisi的检出率为73.1% （38/52）, 对 P. o. wallikeri的检出率为66.7% （32/48）, 两者差异无统计学意义 （P > 0.05）。结论 结论 万孚疟原虫检测试剂盒对卵形疟原虫的 检测效果优于大部分同类产品, 其检出率与原虫密度、 pLDH浓度关系密切, 与pLDH基因多态性无关。     

基于无性期18S rDNA特异性引物检测5种疟原虫qPCR的建立和应用

目的建立基于疟原虫无性期(A期)18S rDNA检测感染人的5种疟原虫的qPCR，并评价其检测效果。方法从GenBank中下载5种疟原虫A期、子饱子期(S期)、卵囊期(O期)和人的18S rDNA序列进行比对，划分保守区和变异区，在保守区设计疟原虫属特异性引物，在变异区设计种特异性引物。以5种疟原虫DNA、田鼠巴贝虫和婴儿利什曼原虫DNA为模板进行qPCR扩增，筛选特异性引物对。应用qPCR法筛选特异性引物对的最佳退火延伸温度和引物浓度。分别构建5种原虫A期18S rDNA短片段(筛选出的引物对扩增产物)和长片段(属特异性引物扩增产物)质粒，以连续浓度梯度的短片段质粒DNA[(5×10¹)～(5×10⁸)拷贝/μl]、长片段质粒DNA[(5×10⁴)～(5×10⁹)拷贝/μl]为模板分别进行qPCR扩增，测定筛选出的引物对的扩增效率、最低检出限[包括最低质粒浓度、循环数阈值(Ct值)、变异系数]、无扩增时非目标DNA的最高浓度、可检出的混合DNA中不同虫种间的最大拷贝浓度比值。以5倍稀释的18份疟原...     

生物素化质粒PFrep20探针检测恶性疟原虫感染的实验研究

Bio-11-dUTP经切口平移法标记于ρPFrep20探针,自身杂交敏感度为10ρg;检出血培养云南株Pf(恶性疟原虫)和病人血样中Pf密度低限分别为1/10~5和1/10~4(虫/红细胞);病人血样中最低Pf检出数为12000个;检测30份云南省恶性疟患者血样,28份阳性;检测20份云南省和海南省间日疟患者血样、29份正常人血样均为阴性;与三种动物疟原虫及人白细胞的DNA未发现杂交反应。表明ρPFrep20对云南株Pf具高度同源性和特异性,生物素化此探针检测Pf具较高敏感性。     

生物素化质粒rep20探针检测恶性疟原虫感染的研究

Bio—ll—dUTP经切口平移法标记于质粒rep20,自身杂交敏感度为100pg。检出云南株Pf(恶性疟原虫)培养血和病人血样中pf密度低限分别为1/10~5和1/10~4(虫/红细胞),病人血样中最低pf检出数为12000个。检测30份云南省恶性疟患者血样,28份阳性;检测20份云南省和海南省问日疟患者血样、29份正常人血样均为阴性;与三种动物疟原虫及人白细胞的DNA未出现杂交反应。表明质粒rep20对云南株pf具有高度同源性和特异性,该生物素化探针检测Pf具较高敏感性。     

聚合酶链反应检测献血者的疟疾感染

在疟疾地方性流行的国家,存在经输血传染疟疾的危险。当供血者的疟原虫密度很低时,现有镜检和免疫学检测方法均难以检出。如以显微镜检查厚血片则原虫密度需达5个虫/μl,且要求检查100个视野。聚合酶链反应(PCR)结合适宜引物探针则远比厚血片检查为敏感,曾报道应用以中度重复序列DNA探针pBRK1—14为引物的PCR,在20μl血中即可检出一个恶性疟原虫。     

检测4种人体疟原虫多重PCR体系的建立和应用

目的应用新建的多重PCR体系检测4种人体疟原虫。方法应用DNAman软件比较分析4种人体疟原虫的18S r DNA基因序列,采用Oligo 6.0软件,在其第5和第6保守区间的变异区设计4条下游引物序列,并以含4种疟原虫18S r DNA部分序列的质粒DNA为模板,检测多重PCR体系的特异性和敏感性。此外,将新建的多重PCR体系与NP-1993体系的第1轮属特异引物组合,形成新的巢式PCR扩增体系(M-Nest体系),并用该体系和新建的多重PCR体系对不同稀释倍数的恶性疟和间日疟患者血样DNA进行扩增,检测这两种体系的敏感性。应用M-Nest体系和NP-1993体系检测广西2013年自加纳疟疾高流行区返乡人员的307份血样,比较两者的检测结果是否一致。最后,应用M-Nest和NP-2002体系对广西2014年1~5月份报告的66份镜检以卵形疟原虫感染为主的血样进行复核,比较两者的检测结果是否一致。结果应用新建的多重PCR体系得到的恶性疟原虫、三日疟原虫、卵形疟原虫和间日疟原虫的扩增片段大小分别为268、446、394和323 bp,且不同原虫的扩增条带恰好位于50 bp DNA标志物条带之间,更易于区分,但不同疟原虫的Tm值较为接近,不易区分和鉴别虫种。新建体系对4种疟原虫18S r DNA基因的最低检出浓度分别为:恶性疟原虫5.58×102拷贝/μl,三日疟原虫1.56×103拷贝/μl,卵形疟原虫1.66×103拷贝/μl,间日疟原虫1.80×102拷贝/μl。新建体系对恶性疟原虫血样的最低检测浓度为1.43×102~8.84×103拷贝/μl或5.10×10~4.92×102个原虫/μl,高于间日疟原虫的17.4~69.1拷贝/μl和13.5~83.2个原虫/μl。与单独的多重PCR体系相比,应用M-Nest检测体系将对疟原虫的最低检测浓度降低了10~100倍。M-Nest体系和NP-1993体系对从加纳返乡的307份血样的检测结果不一致,并且M-Nest体系还检测到2例卵形疟原虫感染,而NP-1993体系则未能检测到该感染。此外,M-Nest体系和NP-2002体系对66份镜检以卵形疟原虫感染为主的血样的复核结果一致。结论新建的多重PCR检测体系可同时检测4种人体疟原虫,具有良好的现场适用性。     

快速诊断试剂盒在疟疾诊断中的应用效果

目的 探讨疟疾快速诊断试剂盒临床应用效果,为临床应用提供参考。方法 快速诊断试剂盒与镜检法对103 例疟疾、疑似疟疾进行检测对比分析。结果 镜检疟原虫阳性23 例（Pf 11 例、Pv10 例、Pm 和Po 各1 例）,阳性率22.33%;快速诊断试剂盒检测疟原虫阳性22 例（Pf 11 例、Pv 10 例、Pm 1例）,阳性率21.36%,卵形疟未检出。两方法检出阳性率无统计学意义（χ2=0.33,P>0.05）。该试剂的总灵敏性95.65% ,总特异性97.50% ,阳性预测值91.67% ,阴性预测值98.73% ,漏检率4.35% ,误诊率2.50%。结论 疟疾快速诊断试剂盒具有良好的疟疾诊断效果和简便、快速等优点,非常适合镜检技术和条件不足的基层医疗、预防机构开展疟疾检测。     

薄层色谱法检测恶性疟原虫乳酸脱氢酶的研究

目的建立一种敏感、简便、快速的恶性疟诊断方法.方法应用薄层色谱法检测体外培养的不同虫株恶性疟原虫感染红细胞中的恶性疟原虫乳酸脱氢酶(LDH-p).结果该方法的敏感度可达10个原虫/μl～20个原虫/μl血.检测感染期相同、原虫密度均为5%的恶性疟原虫FCC-1/HN株、FCC-1/AH株、FCC/YN株感染红细胞的最高阳性稀释度不同,提示不同虫株恶性疟原虫体内的LDH可能存在着差异.整个检测过程30min,不需特殊设备,费用低廉.结论薄层色谱法检测恶性疟原虫乳酸脱氢酶敏感、简便、快速.     

PCR检测Pf60.1基因诊断恶性疟实验方法研究

为探讨通过PCR技术检测Pf60.1基因来诊断恶性疟的可行性,采用PCR技术检测了4年前采集贮存的20例疑似疟疾病人的血样。阳性对照为恶性疟原虫FCC1／HN培养株;阴性对照为食蟹猴疟原虫、间日疟原虫及非疟区的正常供血员血样。结果为FCC1／HN株、12例镜检定为恶性疟和2例混合感染的血样扩增出长度为313bp～320bp的特定Pf60.1基因片段;而阴性对照均未产生DNA带型。此结果说明检测Pf60kD中的Pf60.1基因片段的方法稳定性好,特异性强和敏感性高,是恶性疟诊断的理想方法之一。     

疟疾复合PCR检测系统的建立

目的：建立简易、快速的复合ＰＣＲ系统,用于检测间日疟、恶性疟及混合感染。方法：以疟原虫小亚单位核糖体核糖核酸基因为靶片段,设计疟原虫属特异性上游引物Ｓ１和间日疟原虫、恶性疟原虫种特异性下游引物Ｓ２和Ｓ３,建立双温度点复合ＰＣＲ扩增系统并用于临床血样的检测。结果：从间日疟原虫和恶性疟原虫感染血样中分别扩增出７０５ｂｐ和５７５ｂｐ特定扩增带,而食蟹猴疟原虫、诺氏疟原虫及健康人血样均未见扩增带。检测原虫水平达２－１０虫／μｌ全血。限制性内切酶酶切分析证实扩增产物为目的片段。检测１０４份镜检确诊疟疾患者血样,其中８１份与镜检结果相符,并查出镜检未发现的１７份混合感染和２份虫种鉴别失误的恶性疟。结论：本系统敏感性高,特异性强,操作简便,可在一次扩增中同时检出间日疟和恶性疟两种原虫。     

关于间日疟原虫体外培养的若干理论性问题

自烛缸法成功地培养恶性疟原虫(Pf)后,间日疟原虫(Pv)的体外培养却屡遭失败。作者认为对某些值得仔细考虑的理论问题的研究,可能有助于Pv体外培养技术的建立,并认为在培养任何一种原虫时,均须仔细研究宿主与寄生虫的关系。Pf的滋养体和裂殖体系在内脏毛细血管和窦状隙内发育成熟的,而Pv则在周围血及内脏内发育,表明这两种原虫发育所需的二氧化碳和氧压要求不一。Pf和Pv的生理特点有所不同,寄生Pf的红细胞缩小,而寄生Pv的则胀大,Pf的染色质和胞浆少于Pv,Pv的红内期发育时间长于Pf。因此Pv所需的能量酶和氨基酸可能多于Pf,这也可能是Pv体外培养失败的原因。据此认为,烛缸法不适于PV的培养,建议研制可交替充以氮和二氧化碳以及氮和氧的混合气体系的培养系,从而改变氧和二氧化碳的含量,以模拟人体动静脉内红细胞所     

薄层色谱法检测恶性疟原虫乳酸脱氢酶的研究

目的 建立一种敏感、简便,快速的恶性疟诊断方法。方法 应用薄层色谱法检测体外培养的不同虫株恶性疟原虫感染红细胞中的恶性疟 原虫乳酸脱氢酶（LDH-p)。结果 该方法的敏感度可达10个原虫/μl-20个原虫/μl血。检测感染期相同,原虫密度均为5%的恶性疟原虫FCC-1/HN株、FCC-1/AH株,FCC/YN株感染红细胞的最高阳性稀释度不同,提示不同虫株恶性疟原虫体内的LDH可能存在着差异。整个检测过程30min,不需特殊设备,费用低廉。结论 薄层色谱法检测恶性疟原虫乳酸脱氢酶敏感、简便、快速。     

基于荧光重组酶介导等温扩增技术的利什曼原虫核酸检测方法的建立

目的　建立一种基于荧光重组酶介导等温扩增（recombinase⁃aided isothermal amplification, RAA）技术的检测利什曼原虫核酸的方法。方法　针对利什曼原虫内转录间隔基因序列1（ITS1）基因设计用于RAA检测的特异性引物和探针,通过引物配对筛选、引物和探针浓度优化,建立检测利什曼原虫核酸的荧光RAA法。分别以构建的含利什曼原虫ITS1基因序列的不同拷贝数重组质粒和不同浓度利什曼原虫基因组DNA为模板进行RAA扩增,评估其检测灵敏度;以田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫、杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫等其他经输血传播的寄生虫基因组DNA为模板进行RAA扩增,评价其检测特异度。结果　从9对引物组合中筛选出1对最佳引物对后,引物和探针终浓度经优化分别确定为0.3 μmol/L和0.08 μmol/L。所建立的荧光RAA法在39 ℃等温条件下20 min内可完成样本核酸检测。采用建立的RAA法对田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫、杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫等8种寄生虫基因组DNA进行检测,杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫基因组DNA在5 min内即出现明显荧光信号,与田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫无交叉反应。以含利什曼原虫ITS1基因序列的重组质粒为模板,荧光RAA法最低检测限为10 拷贝/μL;以利什曼原虫基因组DNA为模板,荧光RAA法最低检测限为1 fg/μL。结论　成功建立了一种基于荧光RAA法的利什曼原虫核酸检测技术,该方法反应快速、操作简便、灵敏度和特异度均较高,可用于利什曼原虫病流行区现场筛查。     

PCR扩增环子孢子蛋白基因3' 端片段用于检测恶性疟原虫的初步研究

目的 :建立 PCR检测恶性疟原虫的新方法。方法 :作者采用自行设计并合成的一对恶性疟原虫特异引物 ,经 PCR扩增环子孢子蛋白 ( CSP)基因 3 端保守区序列 2 4 5bp片段 ,观察了它的特异性、敏感性和稳定性。结果 :1从 4株培养的恶性疟原虫和 2例恶性疟患者血样中均扩增出约 2 4 5bp的 DNA目的片段 ,用业已鉴定的 CSP基因序列作模板再行扩增证实其为恶性疟原虫CSP基因片段 ;2对间日疟原虫、利什曼原虫、弓形虫和健康人血样进行 PCR反应 ,均未见扩增条带 ;3本检测系统可检出恶性疟原虫感染血样中 0 .18个原虫所含的 DNA模板 ;4采用不同方法制备模板及不同反应方式均能获得满意结果 ;结论 :PCR扩增恶性疟原虫 CSP基因 3 端片段用于恶性疟原虫检测具有灵敏、高度特异且稳定性好等优点。     

PCR检测Pf60.1基因诊断恶性疟实验方法研究

为探讨通过PCR检测Pf60.1基因来诊断恶性疟的可行性,采用PCR检测了4年前采集贮存的20例疑似疟疾病人的血样,阳性对照为生疟原虫FCC1／HN培养株;阴性对照为食蟹猴疟原虫、间日疟原虫及非疟区的正常供血员血样。结果为FCC1／HN株、12例镜检定为恶性疟和2例混合感染的血样扩增出长度为313bp-320bp的特定Pf60.1基因片段,而阴性对照均未产生DNA带型。此结果说明检测Pf60kD中的Pf60.1基因片的方法稳定性好,特异性强和敏感性高,是恶性疟诊断的理想方法之一。     

PCR扩增环子孢子蛋白基因3’ 端片段用于检测恶性疟原虫的初步研究

目的 :建立 PCR检测恶性疟原虫的新方法。方法 :作者采用自行设计并合成的一对恶性疟原虫特异引物 ,经 PCR扩增环子孢子蛋白 ( CSP)基因 3 端保守区序列 2 4 5bp片段 ,观察了它的特异性、敏感性和稳定性。结果 :1从 4株培养的恶性疟原虫和 2例恶性疟患者血样中均扩增出约 2 4 5bp的 DNA目的片段 ,用业已鉴定的 CSP基因序列作模板再行扩增证实其为恶性疟原虫CSP基因片段 ;2对间日疟原虫、利什曼原虫、弓形虫和健康人血样进行 PCR反应 ,均未见扩增条带 ;3本检测系统可检出恶性疟原虫感染血样中 0 .18个原虫所含的 DNA模板 ;4采用不同方法制备模板及不同反应方式均能获得满意结果 ;结论 :PCR扩增恶性疟原虫 CSP基因 3端片段用于恶性疟原虫检测具有灵敏、高度特异且稳定性好等优点。