基因表达系列分析技术研究进展

基因表达系列分析技术(SAGE)是一种新的基因表达分析技术,它可以大量获取全基因组范围基因表达的类别并量化分析。由于其克服了基因丰度的影响,SAGE在新基因的发现中具有独特的优点。同时,SAGE技术被成功应用于特异组织或细胞的转录组研究、mRNA群体间的全局化比较以及差异表达基因染色体分布的分析。文章主要述及了SAGE技术的原理、特点及其在应用上的最新进展。     

基因表达系列分析及在移植耐受研究中的应用进展

基因表达系列分析（SAGE）是一种能够快速、详细、准确地反映生物体内在不同的发育期及生理病理状态下基因表达水平的高效技术。SAGE不需要已知基因序列，可以发现新的转录本，可以对组织、细胞进行基因表达的定量定性研究，在生物学及医学研究中得到了广泛的应用。     

基因表达系列分析及其应用前景

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression，SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术，它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究，并且可以发现新基因信息，还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响，明确表达基因的功能。本文就SAGE的原理、实验方案、技术发展与演变及其应用前景进行详细介绍。     

基因表达的系统分析在基因组转录谱研究中的应用

基因表达的系统分析技术 (SAGE)是一种全面分析基因表达模式的实验方法。该方法的原理是基于分离出每一m RNA所特有的长 9bp～ 14 bp的标签并将其串联起来进行克隆和测序。该方法不仅可以给出我们一个全面的特定细胞或组织的基因表达谱 ,而且还可以通过对两组处于不同环境中的同一类型细胞的基因表达谱进行比较 ,帮助我们发现那些由于环境的变化而表达发生改变的基因。本文拟就这一高通量方法的原理、应用、不足及其改进等方面的研究情况作以综述     

基因表达的系统分析在基因组转录谱研究中的应用

基因表达的系统分析技术(SAGE)是一种全面分析基因表达模式的实验方法。该方法的原理是基于分离出每一mRNA所特有的长9bp-14bp的标签并将其串联起来进行克隆和测序。该方法不仅可以给出我们一个全面的特定细胞或组织的基因表达谱，而且还可以通过对两组处于不同环境中的同一类型细胞的基因表达谱进行比较，帮助我们发现那些由于环境的变化而表达发生改变的基因。本文拟就这一高通量方法的原理、应用、不足及其改进等方面的研究情况作以综述。     

基因表达系列分析及其应用

基因表达系列分析 (serial analysis of gene expression,SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术 ,它能够直接读出任何一种类型细胞或组织的基因表达信息 ,因此是研究基因表达定性和定量的一种有效工具。近年来人们利用此技术对动植物及人类的基因表达信息进行了广泛的研究 ,本文就 SAGE特点、方法及其应用作一简要介绍。     

JT8基因在冠状动脉疾病患者的成纤维细胞中表达减低

目的:验证JT8基因在冠状动脉疾病患者的成纤维细胞中表达减低。方法:利用逆转录PCR(RT-PCR)与Northern杂交技术对运用微量材料系列性基因表达(SAGE)技术建立的两个SAGE标签库(JT与WY)的真实性与可靠性进行验证。以管家基因磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)和肌动蛋白(β-actin)的mRNA表达水平为对照,比较了在JT库中表达水平比在WY库中高8倍的JT8标签对应基因的表达。结果:RT-PCR与Northern杂交的结果与SAGE技术的研究结果一致,SAGE标签JT8对应基因在患者的成纤维细胞中表达减低。结论: SAGE实验的研究方法是可靠的,其实验结果也是可信的,JT8基因在冠状动脉疾病患者的成纤维细胞中表达降低。SAGE实验的研究数据可以为将来进一步寻找新的致病基因提供线索。     

基因表达系列分析技术的原理及应用进展

生物体的特性由内在基因表达决定。个体发育和疾病发生与基因选择性表达密切相关,因此,要了解生命活动和疾病发生、发展的分子机制,就必须深入了解基因表达的时空性和差异性。基因表达系列分析技术(SAGE)是新近建立的能够定性和定量研究基因表达的有效工具,不仅可提供基因组表达丰度较完整的数量信息,而且还可帮助寻找和发现新基因。     

采用高通量基因芯片筛选乳腺癌分子诊断基因群的研究

早期诊断是提高乳腺癌治愈率和生存率的关键.肿瘤细胞的发生发展过程中涉及复杂的生物学过程.基因芯片技术可以在基因组范围内对组织细胞的基因表达谱进行研究,为肿瘤发生发展中多基因改变的分子机制研究提供了有力的工具[1].我们采用高通量基因表达谱芯片通过比较乳腺原发癌与其配对的癌旁正常乳腺组织基因表达差异筛选乳腺癌相关基因,并探讨其作为乳腺癌分子诊断基因标志群的临床意义.     

传递不平衡在人类基因表达变化中的应用

基因表达的自然变化广泛存在于人类和其他有机体中。事实上,基因表达值常常会受到遗传因素的影响。本文将基因表达阵列（microarray）和遗传连锁分析结合起来,从而发现可能存在的影响基因表达的标记位点。我们采用Dr.Robert C.Elston和他的研究小组开发的遗传流行病学的统计分析系统SAGE（statistical analysis for genetic epidemilolgy）中的TDTEX[transmission/disequilibrium（exact）]模块实现。     

以LongSAGE方法寻找不同菌相生长白念珠菌细胞差异表达基因

目的 以长片段基因表达系列分析技术（LongSAGE）寻找酵母相和菌丝相生长的白念珠菌细胞差异表达基因。方法 采用LongSAGE方法，分别构建白念珠菌酵母相和菌丝相细胞Long—SAGE标签文库，比较文库获得不同菌相生长白念珠菌细胞差异表达基因。结果 成功构建了白念珠菌酵母相和菌丝相细胞的LongSAGE标签文库，比较文库获得了白念珠菌酵母相和菌丝相细胞间差异表达的单基因匹配标签。结论 用LongSAGE方法较完整地获得了白念珠菌酵母相和菌丝相细胞基因表达谱及其丰度的量化信息，文库间比较可获得不同菌相生长白念珠菌差异表达基因。     

人脑胶质瘤基因表达谱芯片的构建和初步验证

目的：构建人脑胶质瘤特异的基因表达谱芯片,促进大规模胶质瘤表达谱的研究。方法：采用389条基因探针,优化基因芯片制作的各个条件：片基、点样液、点样大小、紫外交联、采集信号强度等。使用自制芯片检测20例胶质瘤标本的基因表达谱,并与以前报道的实验结果对比,验证芯片的特异性和灵敏度。结果：构建了针对人脑胶质瘤的基因表达谱芯片,并用于脑胶质瘤的基因表达谱分析,证实本产品可以有效地高通量检测相关基因的表达水平。结论：构建的胶质瘤芯片有望用于胶质瘤基因表达谱分析。     

实验性肺纤维化相关基因的表达谱研究

目的：通过研究小鼠肺纤维化组织和正常肺组织基因的差异表达，寻找与纤维化相关的基因。方法：以包含4 096个cDNA基因表达谱芯片研究不同时间肺纤维化的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达基因271条，包括高表达的炎性基因43条和与细胞外基质代谢有关的基因46条，112条基因表达下降。结论：基于cDNA微矩阵技术的肺纤维化基因表达谱能够高通量筛选与肺纤维化发生密切相关的基因。     

肿瘤基因表达谱——肿瘤免疫学研究的新策略

基因表达谱代表了细胞中基因表达的状况。通过比较肿瘤细胞和相应正常组织细胞的基因表达谱所获得的信息 ,就可获得在肿瘤和正常细胞中差异表达的基因 ,进一步研究这些基因的结构和功能 ,对研究肿瘤的发生发展和肿瘤的临床诊断和治疗都具有重要的意义。本文着重介绍了目前常用的研究肿瘤基因表达谱的各种方法 ,包括 m RNA水平和蛋白质水平肿瘤基因表达谱的研究方法 ,国内外的最新研究进展及应用前景     

应用基因表达谱芯片观察小鼠心肌缺血后基因表达的变化以及四逆汤对其影响

目的:应用基因表达谱芯片观察小鼠心肌缺血后基因表达的变化以及四逆汤对其影响。方法:昆明种小鼠,随机分为对照组、缺血组、缺血加四逆汤组。提取各组心肌组织总RNA,纯化mRNA,与含有2304条小鼠基因的cDNA表达谱芯片进行杂交。结果:小鼠缺血后有33条基因表达下调,70条基因表达上调;服用四逆汤后,相对单纯缺血组而言,有23条基因表达下调,52条基因表达上调。结论:运用基因芯片技术能快速地检测出缺血心肌及四逆汤治疗后心肌基因表达谱的改变,对差异表达基因的研究将有助于进一步了解心肌缺血及四逆汤治疗的分子机制。     

基因芯片技术在肾脏生理、病理研究中的应用

基因芯片技术目前广泛应用于基因序列分析、突变检测、多态性分析、基因组图谱分析以及疾病的基因诊断等方面。基因表达谱芯片和基因诊断芯片是基因芯片的两种重要形式，前者可以提供待测组织的基因表达谱，即组织中基因整体表达情况；后者主要通过检测疾病相关基因突变或者表达情况的改变等信息来诊断疾病。目前将基因芯片技术     

伤寒减毒活疫苗Ty21a免疫前后小鼠肠细胞差异表达的基因

以基因表达谱芯片对Ty2 1a免疫前后小鼠肠细胞 (包括肠粘膜上皮细胞和肠上皮间淋巴细胞 )基因表达的差异性进行研究比较。将 490条经抑制消减杂交法筛选出的与小鼠Ty2 1a免疫相关的cDNA制备成表达谱芯片 ;利用免疫前后小鼠肠细胞的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA上 ,制备成cDNA探针 ,并与表达谱芯片进行杂交及扫描 ,单点重复 2次实验 ,通过计算机数据处理判定基因是否在上述两种细胞群中有表达差异。筛选出差异表达基因共 98条 ,其中 92条为表达上调基因 ,6条为表达降低基因。提示 ,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法 ,可同时定量研究大量的基因表达水平 ,从而鉴定可能参与免疫的基因。     

相关向量机在肿瘤表达谱分类问题中的应用

基因芯片技术能够检测大量基因的表达水平,在肿瘤研究中得到日益广泛的应用。基于基因芯片表达谱的肿瘤分类诊断是肿瘤表达谱研究的一个热点,肿瘤表达谱分类是一个典型的高维度小样本分类问题,描述一个两步策略的分类方法。在测试的基因表达谱中存在大量的非差异表达冗余基因,通过一个有效的基因预选择策略得到一个较小的候选基因子集,然后建立基于相关向量机的分类预测模型。在4个真实的肿瘤表达谱数据上,与几种不同的方法进行比较,结果显示该方法可以得到更好的分类精度,同时表现出很好的稳定性。     

基因表达谱芯片在白血病耐药相关基因研究中的应用

目的探讨基因表达谱芯片技术在白血病耐药相关基因研究中的应用.方法首先采用荧光定量基因扩增技术检测了72例白血病患者的MDR1基因的表达,并利用含有4096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片对其中3例MDR1基因高表达并表现为临床高度耐药的耐药实验组病例及3例MDR1基因低表达且未表现临床耐药的非耐药对照组病例的白血病耐药相关基因进行了研究. 结果基因表达谱分析两次重复实验结果显示总共有150条靶基因(约3.66%)在与以耐药组及非耐药组细胞RNA为模板合成的双探针杂交时表现出较大的差异.结论运用基因芯片对白血病耐药基因表达谱进行分析,能够筛选出白血病耐药相关基因.     

转录因子XBP1S基因表达谱差异分析

目的 应用基因表达谱芯片技术了解XBP1S在肝细胞中可能上调或下调的基因,了解其可能的调节功能线索.方法 构建pcDNA3.1(-)-XBP1S真核表达载体,转染HepG2细胞,同时以空载体pcDNA3.1(-)处理相同细胞系作为对照.48 h后制备细胞裂解液,提取mRNA,应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析.结果 构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定,证实准确无误,提取高质量的总mRNA并进行逆转录成为cDNA,进行基因表达谱芯片技术分析.经过差异基因表达谱的筛选,发现HepG2细胞转染XBP1S以后,有38个基因表达水平显著上调,30个基因表达水平显著下调.结论 成功构建XBP1S的真核表达载体pcDNA3.1(-)-XBP1S,运用基因表达谱芯片技术成功筛选了XBP1S转染细胞后的差异表达基因,这些差异表达基因包括细胞周期、蛋白质的翻译合成及运输、能量代谢、体内免疫调节、细胞凋亡及细胞内的信号转导等方面起重要作用及肿瘤发生相关的基因,为进一步阐明XBP1S可能存在的调控机制及XBP1S蛋白可能的生物学功能提供理论依据.