基于TCGA和GEO数据挖掘分析NAT1在结肠癌中的表达及预后意义

目的探讨结肠癌癌组织中N-乙酰化转移酶1（NAT1）的表达及其对结肠癌患者预后的影响。 方法通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析NAT1 mRNA在33种肿瘤中的表达情况，并用人类蛋白质图谱（HPA）数据库的免疫组化结果验证NAT1蛋白在结肠癌中的表达。通过肿瘤基因图谱（TCGA）和基因表达综合（GEO）数据库获得NAT1在结肠癌中的表达数据及相关临床特征参数，分析NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的临床特征和总生存期（OS）的关系，并构建预后模型。采用基因集富集分析（GSEA）预测NAT1相关的基因通路。采用CIBERSORT分析NAT1与免疫浸润的关系。 结果TIMER数据库分析结果显示，在13种肿瘤组织中NAT1 mRNA表达水平低于正常对照组织。TCGA数据库结果提示，结肠癌组织中NAT1 mRNA表达水平均明显低于正常对照组织或癌旁正常组织，差异均有统计学意义（均P＜0.01），并在GSE44076、GSE44861和GSE73360中得到验证。HPA数据库的免疫组化结果提示，NAT1蛋白在结肠癌组织中呈低表达。TCGA数据库分析结果提示，NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的N分期、M分期和stage分期均有关（均P＜0.01）。NAT1高表达组患者OS均好于低表达组（均P＜0.05）。单因素Cox分析表明，NAT1 mRNA表达水平是影响结肠癌患者OS的危险因素（P＜0.05），并和其他危险因素构建列线图，同时使用校准曲线和ROC评估了预后模型的特异性和敏感性。选取本院确诊的35例结肠癌患者肿瘤组织作为肿瘤组，选取其癌旁正常组织作为对照组。采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）法检测NAT1表达水平，结果与数据库结果一致（P＜0.05）。GSEA结果提示NAT1高表达样本上调抗坏血酸和醛糖酸盐代谢、戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化、淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢途径、视黄醇代谢、药物代谢相关酶等基因集，而下调糖胺聚糖生物合成途径、Hedgehog信号通路、基底细胞癌、ECM受体作用通路、神经活性配体-受体相互作用途径、Wnt信号通路等基因集。使用CIBERSORT计算每个样品中的免疫细胞浸润，高NAT1组免疫细胞中原始B细胞、静息记忆CD4 T细胞、静息树突状细胞、活化树突状细胞显著增加，而M0巨噬细胞显著减少（均P＜0.05）。 结论结肠癌中NAT1 mRNA表达水平下调，NAT1低表达提示结肠癌患者的预后差，可作为结肠癌患者治疗的潜在靶点。     

泛癌组织中T-box转录因子19基因水平与患者预后和肿瘤免疫微环境的相关性

目的 基于数据库数据分析泛癌组织中T-box转录因子19(TBX19)表达水平与患者预后和肿瘤免疫微环境（免疫细胞浸润、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性）之间的关系。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中获取泛癌组织及相应正常组织中TBX19表达水平，比较不同WHO分级和TNM分期泛癌组织中TBX19表达水平，使用Cox回归分析TBX19表达水平与肿瘤患者预后的关系。基于肿瘤免疫估算数据库（TIMER2）数据，采用Pearson法分析TBX19表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性；在Sanger Box网站中利用TCGA数据库采用Pearson方法分析TBX19表达水平与免疫评分、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性；基于临床生信之家数据库数据，采用Spearman法分析TBX19表达水平与免疫检查点基因的相关性。结果 在膀胱尿路上皮癌、胆管癌、结肠癌（COAD）、结直肠癌（COADREAD）、食管癌、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、混合肾癌、肝细胞癌（LIHC）、肺腺癌、肺鳞癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、直肠腺癌、胃癌、胃和食管癌癌组织中TBX19高表达（P...     

CCL23在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响

目的研究肝细胞癌组织中的表达变化最显著的趋化因子及其对于肝癌患者预后的临床价值。方法通过使用公共数据库筛选出肝细胞癌及癌旁组织中差异最明显的趋化因子—CCL23,使用qPCR以及免疫组化验证其在肝细胞癌组织中的表达,并分析CCL23表达与临床病理特征、肝癌患者预后的关系。结果通过公共数据库发现多种趋化因子在肝癌中发生显著改变,而CCL23在公共数据库及患者的肝细胞癌组织中均显著降低(TCGA、GSE14520、GSE25097:P0.01,GE64041:P=0.0003,GSE57957:P=0.0001,本院:P0.01),肝癌组织中CCL23高表达者术后总体生存期及无复发生存期均显著延长(总体生存期:TCGA:P=0.0026,GSE14520:P=0.0014,本院:P0.01;无复发生存期:TCGA:P=0.0306,GSE14520:P=0.0189,本院:P0.01)。结论肝癌组织中的CCL23表达显著降低,可预测肝细胞癌患者预后并可作为临床治疗的潜在靶标。     

HBV相关肝细胞癌肿瘤组织中热休克蛋白mRNA表达水平与肿瘤分期的相关性分析

目的分析肝细胞癌(HCC)肿瘤组织中热休克蛋白(HSP)mRNA表达水平与HCC肿瘤分期的相关性。方法从NCBI网站的基因表达数据库(GEO)下载GSE14520数据集。从GSE14520基因数据库中获取HSP基因25种,通过与数据库下载的临床资料比对,纳入具有HSP基因mRNA表达水平和有对应临床资料的220例HCC患者。提取220例患者癌组织HSP基因的mRNA表达水平及对应的TNM分期及BCLC分期并进行相关性分析。采用Kruskal-Wallis H非参数检验进行多组间比较,采用单因素及多因素logistic回归分析HSP与HCC肿瘤分期的相关性。结果 HSPA12A、HSPA5、HSP90AA1与HSPA13 mRNA随着TNM分期增高,表达逐渐升高(P值均0.05);HSP90AA1 mRNA随着BCLC分期增高,表达逐渐升高(P0.05)。HSPA4L(OR=1.019,P=0.005)、HSPA12A(OR=1.077,P=0.026)与HSP90AA1(OR=1.001,P=0.002)是影响TNM分期的危险因素;HSPA9 mRNA升高与HCC患者TNM分期呈负相关(OR=0.995,P=0.011)。HSPH1(OR=1.005,P=0.041)、HSPA1B(OR=1.002,P=0.048)与HSPA5(OR=1.000,P=0.001)是影响BCLC分期的危险因素;HSPA9 mRNA升高与肝癌BCLC分期呈负相关(OR=0.995,P=0.005)。结论 HSP与HCC患者肿瘤临床分期存在一定相关性。     

免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌中差异表达及其与预后的相关性

目的分析TCGA数据库中人类乳腺癌组织与癌旁组织基因之间的差异表达,获得免疫相关特异性标志基因,为乳腺癌的分子分型、免疫治疗等提供参考依据。方法利用TCGA数据库1 075例乳腺癌样本中的RNA-Seq数据结合患者的完整生存时间信息,运用人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析与乳腺癌预后良好相关的JCHAIN基因,利用Ualcan和HPA分析免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌组织中mRNA和蛋白质水平的变化,进一步采用基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库分析JCHAIN mRNA在乳腺癌中差异表达及与预后的相关性。结果与正常组织比较,JCHAIN在乳腺癌癌组织中表达降低(P=0.000),其低表达与乳腺癌预后不良相关,浸润性小叶癌较浸润性导管癌、黏液腺癌的JCHAIN表达增加(P=0.000),绝经前较绝经后患者JCHAIN表达增加(P=0.044);JCHAIN表达与性别相关,女性乳腺癌患者较男性乳腺癌患者表达增高,但较正常人明显降低(P0.000);高加索人群较非裔美国人乳腺癌中JCHAIN表达水平高(P=0.014);亚洲人与高加索人、非裔美国人比较JCHAIN表达水平无统计学差异。生存分析结果发现,JCHAIN高表达组总生存期较低表达组显著延长(P=0.002);JCHAIN高表达组无疾病进展生存期与低表达组无显著差异(P=0.067)。结论免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌组织中呈低表达,且与乳腺癌患者预后不良相关。     

锚蛋白重复序列22(ANKRD22)对人肝癌细胞的影响及其机制

目的 探讨锚蛋白重复序列22(ANKRD22)对人肝癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及其分子机制。方法 通过TCGA数据库分析正常肝组织及肝细胞癌组织中ANKRD22的表达水平及其与预后的关系。通过qRT-PCR和Western Blot检测人正常肝细胞（L-02）和人肝癌细胞系（Huh7、Hep G2、MHCC-97H、SK-HEP-1、SMMC-7721）中ANKRD22的表达情况。通过CCK-8、EdU、划痕实验及Transwell检测ANKRD22对肝癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。通过Western Blot检测ANKRD22与细胞周期蛋白、EMT相关蛋白之间的关系。通过KEGG、ssGSEA分析进一步探究ANKRD22在肝癌细胞中的作用机制,并进行实验验证。计量资料两组间比较采用成组t检验,多组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用LSD-t检验。结果 TCGA数据库中ANKRD22在肝细胞癌组织中较正常肝组织高表达（t=5.083,P<0.05）,且ANKRD22高表达患者的总生存期及疾病相关生存期均显著低于ANKRD22低表达的患者（P值均<0.05）。...     

基于多数据库联合挖掘研究PTP4A3的表达对肝细胞癌发生发展的影响

目的通过多数据库联合挖掘探索PTP4A3在肝细胞癌发生发展中的作用。方法基于Oncomine及癌症和肿瘤基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库联合数据分析PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中的表达水平;通过Human Protein Atlas数据库,进一步研究PTP4A3在肝细胞癌和正常组织中的表达;同时基于Kaplan-Meier Plotter数据库进一步分析PTP4A3表达水平与肝细胞癌预后的关系。结果基于Oncomine数据库分析PTP4A3在肝细胞癌中高表达的研究有1项,低表达的0项。涉及PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中转录水平的5项研究中,共包括768个样本,与正常组织相比,PTP4A3在肝细胞癌组织中高表达(P=1.06×10~(-5))。基于TCGA数据库(正常组50例,肝细胞癌组371例),PTP4A3在肝细胞癌组织中显著高表达(P 0.0001)。在Human Protein Atlas数据库的免疫组织化学数据中,相对于正常肝组织,PTP4A3在肝细胞癌中显著高表达。Kaplan-Meier Plotter数据库(n=364)分析显示,PTP4A3的mRNA表达量与肝细胞癌患者总体生存率存在相关性,即高表达PTP4A3的患者总体生存率较低,预后较差(P=0.049)。结论数据库挖掘显示PTP4A3基因具有促进肝细胞癌发生发展的作用,是肝细胞癌的关键基因之一,为以PTP4A3作为肝细胞癌药物靶点研究和治疗提供基础。     

Holliday交叉识别蛋白在肺鳞状细胞癌组织中的表达及临床意义

目的研究肺鳞状细胞癌中Holliday交叉识别蛋白(Holliday Junction Recognition Protein, HJURP)的表达及临床意义。方法从美国TCGA肿瘤数据库中,下载肺鳞状细胞癌患者的基因表达和临床特征数据,分析HJURP表达与肺鳞状细胞癌临床病理特征和预后的关系;进一步收集我院2014年1月至2020年1月我院74例肺鳞状细胞癌组织标本进一步验证HJURP在肺鳞状细胞癌中的表达与预后的关系。进一步采用GSEA基因富集通路研究HJURP的相关生物学机制。结果 HJURP基因在人肺鳞状细胞癌组织中显著高表达,且表达随着病理分级的恶性程度的升级而增高,与肺鳞状细胞癌的肿瘤转移密切相关,生存分析显示高表达HJURP组患者,预后明显比HJURP组患者差(P=0.032)。我院临床样本进一步验证发现HJURP在肺鳞状细胞癌组织中高表达,且与临床病理分期有关(P0.05),K-M生存曲线分析显示,HJURP高表达预示患者更差的生存期(P=0.026)。GSEA富集分析发现HJURP高表达样本富集至G1 pathway, ATM pathway, cell cycle pathway及ERK pathway通等信号通路集。结论 HJURP在肺鳞状细胞癌组织表达升高,是一个预后不良因素,其可作为肺鳞状细胞癌的潜在临床诊治靶点及预后标志物。     

Caveolin-1和Caspase-3蛋白在肝细胞癌中的表达及意义

目的研究Caveolin．1和Caspase-3蛋白在肝细胞癌中的表达及意义。方法采用免疫组织化学检测30例肝细胞癌,相应癌旁及10例正常肝组织中Caveolin-1和Caspase-3蛋白的表达。结果（1）Caveolin-1在正常肝组织、癌旁肝组织、肝细胞癌组织中的阳性表达率分别为90％、13．33％、10％。Caspase-3在正常肝组织、癌旁肝组织、肝细胞癌组织中阳性表达率分别为90％、70％、40％。Caveolin．1和Caspase-3在不同性质组织间的表达,差异均有统计学意义（P〈0．05）;（2）Caveolin-1与Caspase-3的表迭在肝细胞癌中无明显相关性（r=0．181,P=0．337）。结论Caveolin-1与Caspase-3在肝细胞癌组织中表达均呈下降,但两者间无明显相关性,提示在肝细胞癌中,Caveolin-1的异常与Caspase-3细胞凋亡紊乱无关。     

线粒体丙酮酸载体在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的 探讨线粒体丙酮酸载体(mitochondrial pyruvate carriers,MPC)在肝细胞癌组织中的表达水平及其对复发和预后的指导价值。方法 通过免疫组织化学法检测85例手术切除的肝细胞癌石蜡标本中癌和癌旁组织的MPC1和MPC2的表达水平,分析其与临床病理学指标的相关性。Kaplain-Meier分析MPC表达水平与肝细胞癌患者复发及预后的相关性。建立COX回归分析模型,对MPC1和MPC2蛋白表达水平和临床病理学指标进行单因素和多因素分析,寻找肝细胞癌术后复发的独立危险因素。结果 与癌旁组织相比,癌组织中MPC1和MPC2蛋白表达水平均明显降低。MPC1和MPC2的蛋白表达水平和临床病理学指标均无明显相关性(P0.05)。MPC1蛋白表达水平低的肝细胞癌患者的术后复发率升高(P=0.000)且总体生存时间缩短(P=0.001);MPC2的蛋白表达水平与复发(P=0.254)和总生存期无相关性(P=0.452)。MPC1蛋白表达水平降低(P=0.000)和微血管侵润(P=0.017)是肝细胞癌患者术后复发的独立危险因素;单因素和多因素分析显示MPC2(P=0.230)和患者术后复发无关。结论 在肝细胞癌中MPC1和MPC2的蛋白活性下降或缺失是普遍存在的,且MPC1的蛋白表达水平与患者的术后复发和预后存在明显的相关性,可成为新的判断肝细胞癌患者临床预后、对术后患者进行风险分层的生物标记物。     

基于TCGA数据库分析CCDC34基因在肝细胞癌中的表达及意义

目的研究卷曲螺旋结构域蛋白34(CCDC34)基因在肝细胞癌中的表达以及临床价值,预测CCDC34基因在肝细胞癌发生发展中的作用。方法从癌症基因组图谱(TCGA)下载肝细胞癌数据集,获得CCDC34基因表达谱和临床信息。利用生物信息学方法,分析CCDC34基因在肝细胞癌中的表达水平与临床病理指标的相关性以及对预后的影响。用基因集富集分析(GSEA)预测CCDC34基因在肝细胞癌中调控的可能通路。计量资料2组间比较分别采用独立样本t检验及配对t检验。生存分析采用Kaplan-Meier法及log-rank检验;并运用Cox比例风险回归模型分析影响患者预后的危险因素。GSEA判断显著性富集的标准为P0. 01,且错误发现率(FDR)0. 05。结果在TCGA数据库中,CCDC34基因在肿瘤组织中高表达,其表达水平在TNM分期和肿瘤分级之间差异均有统计学意义(t值分别为2.118、3.622,P值分别为0. 035、0. 001)。CCDC34基因高表达的患者总生存期明显低于CCDC34基因低表达的患者(χ~2=21.716,P0. 05)。多因素Cox回归分析提示CCDC34基因的表达水平(HR=2. 287,95%CI:1. 312～3. 987)和TNM分期(HR=1. 943,95%CI:1. 101～3. 429)是影响肝细胞癌患者总生存期的独立危险因素(P值均0.05)。CCDC34基因高表达的样本存在碱基切除修复和剪接体等8个通路基因集的富集(P值均0. 01,FDR值均0. 05)。结论 CCDC34基因可能在肝细胞癌的发生发展中发挥重要作用,有望成为判断肝细胞癌预后的指标和潜在的新治疗靶点。     

基于TCGA数据库分析肝细胞癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平对患者预后的影响*

目的 通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物。方法 搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析。根据差异基因水平,以fdr=0.05和lgFC=1为筛选依据,绘制生存曲线,选择基因集“c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt”行KEGG富集分析。结果 在TCGA-LIHC数据库,收集374例HCC组织和50例癌旁组织所对应的临床和病理学参数;高风险组HCC患者总体生存率显著低于低风险组患者;研究筛选出具有显著水平性基因DNTM1、PRIM1和UCK2,进行GSEA富集分析,GSEA显示了许多显著丰富的信号通路,进一步证明了上述基因与HCC发生及与患者预后的显著性关系,从而揭示了HCC组织DNTM1、PRIM1和UCK2基因水平对生存有显著性影响。结论 通过TCGA数据库筛选和验证,发现HCC患者癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1 基因水平显著上调,而CYP2C9基因显著下调,它们可以作为肝癌的分子标志物而指导临床,判断预后。     

PTEN、Akt和pAkt蛋白在肝细胞癌组织中的表达及其与预后的关系

目的:探讨人肝细胞癌组织中PTEN、Akt和pAkt蛋白的表达及其预后价值.方法:应用免疫组织化学方法检测78例肝细胞癌组织及21例正常肝组织中PTEN、Akt和pAkt蛋白的表达,分析其与肝细胞癌临床病理特征及预后的关系.结果:在肝细胞癌组织中,PTEN蛋白的表达率显著低于正常肝组织(42.3%vs90.5%,P<0.05),Akt及pAkt蛋白的表达率显著高于正常肝组织(66.7%vs33.3%;43.6%vs9.5%,均P<0.05).PTEN蛋白的表达水平与肿瘤直径、门静脉癌栓、侵及周围脏器或淋巴结转移及TNM分期有关(均P<0.05);Akt及pAkt蛋白的表达水平与肿瘤直径、侵及周围脏器或淋巴结转移及TNM分期有关(均P<0.05).PTEN与Akt蛋白表达呈负相关(r=-0.385,P=0.000),与pAkt蛋白表达呈负相关(r=-0.334,P=0.003).PTEN蛋白高表达患者术后生存率明显高于低表达患者(P=0.000),Akt、pAkt蛋白高表达患者术后生存率明显低于低表达患者(P=0.000).COX模型多因素分析结果显示,TNM分期及pAkt蛋白的表达是影响肝细胞癌预后的独立因素...     

长链脂酰辅酶A合成酶1在肝癌中的表达及临床意义

目的探讨长链脂酰辅酶A合成酶1(Long-Chain Acyl-CoA Synthetase 1,ACSL1)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的表达及临床意义。方法收集334例诊断为HCC患者的癌组织与对应癌旁组织;免疫组化分析癌组织与癌旁组织中ACSL1的表达差异,并进一步分析HCC中ACSL1表达与患者临床病理特征的关系及对患者生存的影响;慢病毒转染构建ACSL1过表达的SNU739细胞;MTS、流式细胞术检测ACSL1对SNU739细胞的增殖和凋亡的影响;SeahorseXF24分析仪、乳酸试剂盒探究ACSL1对SNU739细胞能量代谢的影响。结果HCC组织中的ACSL1表达水平显著低于癌旁组织(3.02±2.57 vs 7.60±3.34,t=20.040,P=0.000);HCC中ACSL1的表达水平与患者的年龄有相关性(c2=16.472,P=0.000);ACSL1蛋白表达水平是HCC患者生存的危险因素(HR=1.642,P=0.012);ACSL1可以显著增强SNU739细胞凋亡(t=13.886,P=0.000)、线粒体基础氧耗速率(oxygen consumption rate,OCR)(F=83.429,P=0.001)以及线粒体最大氧耗率(F=859.792,P=0.000)。结论ACSL1在HCC组织中低表达,ACSL1低表达的HCC患者预后更差;ACSL1可作为HCC患者预后的潜在标志物,有助于筛查早期HCC,提高HCC患者生存率。     

肿瘤相关抗原MAGE-D4在肝细胞癌中的表达及其意义

［摘要］　目的　探讨肿瘤相关抗原MAGE-D4在肝细胞癌（HCC）中的表达情况,并分析其临床意义。方法　基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库,获取371例HCC组织和50例正常肝组织的转录数据。应用数据挖掘工具UALCAN分析HCC组织中MAGE-D4 mRNA的表达情况,并筛选与其表达相关的基因。应用Kaplan-Meier Plotter分析MAGE-D4 mRNA表达水平与患者生存预后的关系。另收集于广西医科大学第一附属医院2009年6月至2011年8月经手术获取的HCC标本70例,癌旁组织标本30例,采用免疫组织化学法（IHC）检测MAGE-D4蛋白的表达情况,并分析其与患者临床指标的关联性。结果　基于TCGA数据库数据的分析结果显示,MAGE-D4 mRNA在HCC组织中的表达水平显著高于正常肝组织（P<0.05）,且与甲胎蛋白（AFP）mRNA表达呈正相关（r=0.556,P=0.000）。生存分析结果显示,MAGE-D4 mRNA高表达与黄种人HCC患者不良生存预后具有显著关联（HR=1.860,P=0.037）。基于临床获取标本的分析结果显示,MAGE-D4蛋白主要定位于细胞质和细胞核,HCC组织的MAGE-D4高表达率显著大于癌旁组织（48.57% vs 23.33%; χ²=5.530,P=0.019）。MAGE-D4高表达组HCC患者血清AFP浓度≥400 μg/L的人数比例显著大于低表达组（P<0.05）,但两组在性别、年龄、肿瘤级别、肿瘤分期、肿瘤直径、癌栓和乙型肝炎病毒（HBV）感染等方面比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论　MAGE-D4在HCC组织中高表达,其可能在HCC的发生和发展过程中发挥重要作用,有望成为HCC的潜在治疗靶点和预后标志物。     

SBP1在胃癌及癌前状态组织中的表达

目的检测硒结合蛋白1（SBP1）在胃腺癌、癌旁正常及癌前状态组织中的表达水平,初步探讨SBP1在胃腺癌发生、发展中的作用。方法收集10例胃腺癌患者的癌组织和癌旁组织,13例癌前疾病及11例癌前病变组织。采用RT-PCR法检测SBP1的表达。结果胃腺癌组织中SBP1表达水平低于癌旁组织（P=0.000）。癌前疾病组、癌前病变组与癌旁组织中SBP1表达水平无统计学差异（P〉0.05）。SBP1表达与胃腺癌患者的年龄、性别、浸润深度、分化程度和淋巴结转移均无关（P〉0.05）,与胃腺癌临床分期相关（P=0.046）。结论 SBP1表达减少是胃腺癌形成的重要标志。     

MAGEA4在非小细胞肺癌中的表达以及与患者预后的关系

目的探讨MAGEA4基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的表达、相关生物学功能及其与患者生存期的关系。方法检索肿瘤基因表达谱数据库(TCGA)中MAGEA4基因在NSCLC患者癌组织和癌旁组织中的表达情况;应用STRING数据构建MAGEA4基因编码蛋白-蛋白相互作用网络,并对网络中的蛋白进行基因本体论(GO)和KEGG信号通路富集;应用linkedomics在线分析软件,分析TCGA数据中与MAGEA4正负相关表达基因。同时回顾性分析我院手术治疗的68例NSCLC患者组织标本,采用免疫组织化学法(IHC)检测患者癌和癌旁组织中MAGEA4蛋白表达水平并分析其与患者临床病理特征的关系,对前述生物信息分析结果进行验证。结果 MAGEA4基因mRNA在NSCLC患者癌组织中的表达水平明显高于癌旁组织(P0.05);与MAGEA4蛋白相互作用网络中,区域聚类指数为0.90,蛋白相互作用网络富集明显(P0.05);与MAGEA4正相关表达最为显著的基因为MAGEA410(r=0.80,P0.05),而负相关表达最为显著的基因为DE4D (r=-0.37,P0.05);功能富集分析显示,MAGEA4生物学过程、细胞成分及分子功能分别主要富集于磷脂酰肌醇3激酶结合、细胞粘附的蛋白质复合物和核苷酸受体活性;KEGG信号通路富集显示,MAGEA4及相关共表达基因主要富集于Notch信号通路、维生素代谢信号通路和DNA复制相关信号通路等。生存分析显示,MAGEA4基因mRNA高表NSCLC患者总生存低于低表达患者(HR=1.3,95%CI:1.04～3.21,P0.05);而高低表达组无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.82,95%CI:0.36～1.94,P0.05);IHC分析显示,MAGEA4蛋白表达水平与NSCLC患者肿瘤分化程度(P0.05)和淋巴结转移(P0.05)存在相关性,MAGEA4蛋白高表达者肿瘤分化程度较低,淋巴结转移率较高。结论 MAGEA4在NSCLC癌组织中表达明显增强,MAGEA4高表达与患者的预后不良有关。抑制MAGEA4基因表达有望成为NSCLC治疗的新靶点。     

基于CIBERSORT方法评价肿瘤浸润免疫细胞与肝细胞癌预后的关系：一项TCGA数据集二次分析

目的:本研究拟评价肿瘤浸润免疫细胞与肝细胞癌(HCC)患者预后的关系。方法:采用CIBERSORT方法分析并识别癌症基因组图谱(TCGA)数据库肝细胞癌数据集(LIHC)中特定类型的肿瘤浸润免疫细胞。通过Log rank方法评估肿瘤浸润免疫细胞与HCC患者预后的关系。结果:在TCGA-LIHC数据集中，以CIBERSORT P<0.05为标准纳入30例肿瘤样本和2例非肿瘤样本。与非肿瘤组织相比，巨噬细胞M0在肿瘤组织中显著浸润(P<0.05)。HCC患者非肿瘤组织中的巨噬细胞M1显著高于肿瘤组织中的巨噬细胞(P<0.05)。肿瘤中高巨噬细胞M0与HCC患者较差的总生存期(OS)和无病生存期(DFS)显著相关(分别为HR=2.06,95%CI=1.45～2.93,Log rank P<0.001和HR=1.58,95%CI=1.17～2.14,P=0.004)。而HCC患者巨噬细胞M1与OS和DFS无显著性差异(P>0.05)。在甲胎蛋白升高、AJCC分期晚期、TNM分级晚期和血管浸润的HCC患者中，巨噬细胞M0的CIBERSORT分数显著增加(均P<...     

沉默减数分裂内切酶1(EME1)抑制肝癌细胞增殖的机制

目的 探讨减数分裂内切酶1(EME1)在肝癌组织中的表达及其对肝癌细胞生物学行为的影响。方法 筛选TCGA数据库肝癌样本中的差异表达基因。采用免疫组化和Western Blot分析EME1在肝癌组织中的表达丰度。通过短发夹RNA(shRNA)构建慢病毒并感染BEL-7404细胞干扰EME1基因表达,分为沉默组（shEME1）和对照组（shCtrl）。通过实时荧光定量PCR法和Western Blot检测两组EME1 mRNA和蛋白表达水平,Celigo计数法及MTT活性检测细胞增殖率,流式细胞术检测细胞周期,Caspase3/7活性检测细胞凋亡。两组间比较采用成组t检验。结果 TCGA结果显示EME1的mRNA表达水平在肝癌组织中是癌旁组织的18.9倍（114.5±153.0 vs 8.0±7.2,t=5.00,P<0.001）;EME1的蛋白表达水平在肝癌组织中是癌旁组织的7.0倍（免疫组化检测,8.4±2.6 vs 1.2±0.4,t=7.55,P<0.001）和2.5倍（Western Blot检测,249.0%±35.5%vs100.0%±77.8%,t=3.02,...     

基于生物信息学探索肺鳞癌肿瘤微环境及寻找关键基因

目的探究肺鳞癌肿瘤微环境,并寻找影响肺鳞癌肿瘤微环境的关键基因。方法使用R语言ESTIMATE算法计算TCGA数据库中肺鳞癌样本的基质评分、免疫评分与综合评分;CIBERSORT算法计算肺鳞癌22种肿瘤浸润免疫细胞丰度。根据surv_cutpoint函数分别获得3种评分的最佳截断值并分为各自的高评分组与低评分组,进行3种评分的高评分组与低评分组5年限制平均生存时间分析及差异表达分析。将差异表达分析获取的基因定义为差异表达基因,再根据蛋白质相互作用网络和单因素Cox回归分析结果确定关键基因。最后,利用Timer数据库探索关键基因与肿瘤浸润免疫细胞之间的相互关系。结果肺鳞癌基质评分、免疫评分与综合评分均低于癌旁组织,差异均有统计学意义(P值均<0.001)。限制平均生存时间分析显示,随访5年,3种评分的高评分组均较低评分组预后差(P值均<0.05)。肺鳞癌组织中22种肿瘤浸润免疫细胞含量有18种与癌旁组织比较,差异均有统计学意义(P值均<0.05)。差异分析确定了影响肿瘤微环境的972个差异基因,将972个差异基因进行单因素Cox回归分析,确定了135个与生存相关的基因(P值均<0.05),与蛋白相互作用网络中前50个中枢基因进行交叉,获得3个与肿瘤微环境相关且影响肺鳞癌预后的关键基因AGTR2、CXCL2、ADORA1。最后Timer数据库探究显示关键基因表达量与肿瘤浸润免疫细胞具有相关性(P值均<0.05)。结论通过生物信息学探索了肺鳞癌肿瘤微环境,筛选出3个与肺鳞癌预后相关且影响肿瘤微环境的关键基因AGTR2、CXCL2、ADORA1,为肺鳞癌提供了潜在的治疗靶点。