霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株重组特征分析

目的分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征。方法在美国国立生物技术信息中心数据库中,选取分离时间从1937—2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列,以菌株N16961的基因组序列为参照,使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息,利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析,比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异,以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异。使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析。结果292株霍乱弧菌菌株中,发生基因重组163株(55.8%);其中,归一化处理的小染色体重组片段数目M(P25,P75)为4.7×10^-(69.3×10^-7,2.0×10^-5),大于大染色体[2.4×10^-(63.4×10^-7,5.7×10^-6)](P<0.001);小染色体重组区域占小染色体长度的比例M(P25,P75)7.1%×10^-(53.7%×10^-6,4.8%×10^-4),大于大染色体[2.2%×10^-(52.4%×10^-6,8.4%×10^-5)](P<0.001)。分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目M(P25,P75)分别为23(1.0,33.0)、1.0(0.0,34.0)、6.0(2.0,13.0)、0.0(0.0,1.0)和29.5(6.8,56.8)(P<0.001);分离自各大洲的菌株重组区域总长度M(P25,P75)分别为233.0(4.0,461.0)、11.0(0.0,695.5)、56.0(4.0,111.0)、0.0(0.0,9.0)和347.5(132.8,1323.5)bp(P<0.001)。富集分析结果显示,62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性。结论霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别,不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同。     

微阵列比较基因组杂交产前诊断胎儿7q36.3微缺失的临床研究

目的:了解脑部发育异常(胼胝体发育不良)胎儿的基因组拷贝数变化,探讨微阵列基因组杂交在产前诊断中应用的可行性和优越性.方法:对常规染色体核型分析未见异常的胎儿及其父母采用微阵列基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,array-CGH)技术进行基因组拷贝数变化的检测分析(copy number variations,CNVs).结果:经过array-CGH分析,在胎儿染色体7q36.3端粒位置发现存在1.4Mb的片段缺失,位于chr7:155257241-156684811,经与数据库对照分析证实为致病性缺失片段,而其父母未发现同样的基因片段异常,明确了胎儿异常的遗传学原因.结论:array-CGH是一种高通量、高分辨率及高准确性的遗传学分析技术,能够发现染色体片段上的亚微结构异常,是临床遗传学不可或缺的诊断技术.     

应用微阵列比较基因组杂交技术诊断7q11.22微缺失2例

目的探讨应用微阵列比较基因组杂交技术(array comparative genomic hybridization,aCGH)诊断2例7q11.22微缺失,并分析其临床表现和7q11.22缺失的相关性。方法对应用常规染色体核型分析未见异常的2例不明原因智力低下/发育迟缓患儿采用aCGH技术进行全基因组拷贝数变化(copy number variations,CNVs)分析。结果发现2例患儿均为7q11.22片段缺失,分别位于:chr7:69479621-69539140;chr7:69945652-70019838,经与数据库比对均为致病性缺失片段(AUTS2基因)。结论 aCGH技术可以弥补染色体核型分析的不足,具有更高的分辨率,更具有临床应用价值。     

微阵列比较基因组杂交技术诊断产前超声检查异常胎儿染色体变异的价值

目的探讨微阵列比较基因组杂交(a CGH)技术对产前超声检查异常胎儿染色体变异的诊断价值。方法选取2013年2月-2014年6月收治的16例产前超声异常孕妇,抽取的羊水样本经常规G显带染色体分析后应用aCGH技术进行染色体变异分析。结果 1~14号羊水样本a CGH分析未见143个疾病相关位点染色体拷贝数的增加/缺失(100 Kb),全基因组筛查未见染色体拷贝数增加/缺失(1 Mb);15号羊水样本的9号染色体9p13.3~9p21.11区域35.8 Mb拷贝数增加,该区域拷贝数增加与神经系统发育异常、自闭症等有关;16号羊水样本的2号染色体2p25.3~2p23.1区域30.7Mb拷贝数增加,该区域拷贝数增加与生长发育迟缓及其他结构畸形有关。结论利用a CGH技术可以快速地分析和鉴定染色体微缺失或微重复变异,与常规G显带染色体核型分析互为补充,有利于提高胎儿超声异常的产前诊断效率。     

比较基因组杂交技术的研究进展

比较基因组杂交是在荧光原位杂交的基础上建立起来的一种细胞-分子遗传学技术.该技术无需细胞培养,通过1次检测即能筛查整个基因组DNA拷贝数的增减,检测周期短,效率高.在染色体数目异常、染色体复杂结构异常及标记染色体来源判定等方面均具有明显的诊断优势,已被广泛应用于寻找肿瘤、出生缺陷及遗传病的染色体致病位点和探索新的肿瘤相关基因及遗传综合征等领域.高分辨染色体制备技术及基因克隆技术的先后引入将比较基因组杂交技术的分辨率不断提高,使之真正成为了连接细胞遗传学与分子遗传学的桥梁技术.高分辨比较基因组杂交技术因耗费低、可行性高而具有较高的临床推广价值.     

利用肿瘤基因图谱公共数据集分析膜外基质金属蛋白酶-14在肺癌中的表达及临床意义

目的 通过肿瘤基因图谱(TCGA)数据库研究膜外基质金属蛋白酶-14(MMP14)在肺癌中的表达情况以及与肺癌临床病理特征的关系,进而推测MMP14对肺癌患者预后的影响,探讨MMP14在肺癌早期诊断中的作用。方法 检索TCGA中的肺癌数据集并下载资料,结合临床信息对芯片数据进行二次分析。采用R 3.6.3软件进行相关资料分析。结果 肺癌肿瘤组织中MMP14表达量高于正常组织(t=14.178,P<0.001)。在肺癌样本中,不同T分期的MMP14的表达量组间差异有统计学意义(P<0.001),T1、T2分期的MMP14表达量均比T3和T4低,早期肺癌的MMP14表达量与晚期相比有升高的趋势。Cox回归分析显示,TNM分期、MMP14和年龄是肺癌的独立危险因素。MMP14表达量与肺癌免疫细胞浸润的相关性分析显示,MMP14表达量与aDC、DC、iDC、单核细胞、中性粒细胞、NK细胞、TReg细胞、Th1和Th2细胞成正相关(P<0.001),与CD8 T细胞、嗜酸性粒细胞、Th17细胞成负相关(P<0.001),而与B细胞和T细胞无相关性(P>0.05)。结...     

SOX3基因的功能及其突变

正Sinclair等人在1990年首次发现了性别决定基因SRY(Sex Determining Region Y gene),它在人类性别决定上起着关键作用。该基因位于Y染色体短臂拟常染色质区,其开放阅读框包含1个外显子,可编码204个氨基酸的蛋白质。在此之后许多学者以人SRY基因片段为探针对其他物种的基因组文库及cDNA     

新疆地区不同民族育龄妇女胚胎停育与叶酸代谢酶基因多态性及染色体异常的相关性

目的探讨新疆地区不同民族育龄妇女胚胎停育(EA)与叶酸代谢酶基因[亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因与甲硫氨酸合成酶还原酶(MTRR)基因]多态性及染色体异常的相关性。方法采用随机数字表法,选择2017年5月至2020年1月在新疆维吾尔自治区第八人民医院因EA就诊的200例育龄妇女(以下简称为EA患者)为研究对象。根据不同民族,将其分为汉族组(n=100)和维吾尔族组(n=100)。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)技术,检测2组EA患者的MTHFR基因C677T、A1298C位点变异基因型和MTRR基因A66G位点变异基因型,完成基因分型,并对染色体异常进行分析。采用Spearman秩相关分析,对2组EA患者MTHFR基因多态性与染色体异常进行相关性分析。本研究遵循的程序符合2013年新修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并与受试者本人签署临床研究知情同意书。结果①汉族组EA患者MTHFR基因C677T位点的CC、CT基因型占比(18.0%、36.0%)及MTRR基因A66G位点的AA基因型(38.0%)占比,均低于维吾尔族组(38.0%、56.0%、65.0%),并且差异均有统计学意义(χ^(2)=9.92、8.05、14.59,P<0.05);汉族组MTHFR基因C677T位点的TT基因型占比(46.0%)和MTRR基因A66G位点的AG、GG基因型占比(40.0%、22.0%),均高于维吾尔族组(6.0%、33.0%、2.0%),并且差异亦均有统计学意义(χ^(2)=41.58、14.59、6.71,P<0.05)。②汉族组EA患者MTHFR基因C677T位点C等位基因(35.0%)、MTRR基因A66G位点A等位基因(68.0%)占比,均低于维吾尔族(66.0%、82.0%),并且差异均有统计学意义(P<0.05);汉族组MTHFR基因C677T位点T等位基因及MTRR基因A66G位点的G等位基因分布频率,均高于维吾尔族组,并且差异亦均有统计学意义(P<0.05)。③纳入本研究的200例EA患者染色体异常发生率为27.5%(45/200)。对2组EA患者进行Spearman秩相关分析结果显示,其染色体异常发生率与MTHFR基因C677T位点变异基因型、MTRR基因A66G位点变异基因型的表达呈正相关性(rs=0.625,P=0.031;rs=0.784,P=0.022)。结论新疆地区不同民族EA患者MTHFR基因多态性分布较广,而且与染色体异常存在一定相关性。     

利用实时荧光定量PCR技术快速诊断唐氏综合征的研究

目的:建立实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)技术,快速诊断唐氏综合征。方法:应用RT-qPCR方法同时扩增位于21号染色体上的唐氏综合征特异区域基因片段(DSCR3)和12号染色体上的磷酸甘油醛脱氢酶基因,根据相对定量指标ΔCT值区分唐氏综合征患者和正常人。结果:正常人组和唐氏综合征患者组ΔCT值差异有统计学意义(P<0.001),且无交叉重叠。结论:RT-qPCR技术快速诊断唐氏综合征方法可行,具有简单、快速、特异性高等特点。     

3T3中性红摄取试验评价皮肤刺激性的初步研究

目的:建立BALB/c-3T3中性红摄取细胞毒性试验并初步探讨其在化妆品原料皮肤刺激毒性评价中的适用性。方法:运用22种已知皮肤刺激性的化妆品原料进行BALB/c-3T3中性红摄取细胞毒性试验,根据判断标准划分皮肤刺激性等级,并与体内试验结果进行比较,分析3T3-中性红摄取细胞毒性实验的预测能力和重现性。结果:3T3-NRU细胞毒性试验与动物实验结果比较呈现较好的等级相关性及分级一致性;三次重复试验分析结果显示体外试验结果间的差别无统计学意义(χ2=0.245,P=0.984),Spearman等级相关系数rs=0.914,P<0.001;说明3T3-NRU细胞毒性试验具有良好的可重复性和稳定性。结论:与Draize试验比较,3T3-NRU试验对参照化学物质具有较好的预测能力和重复性,作为皮肤刺激性化妆品原料评价的筛选方法可进行进一步研究。     

缺氧相关因子HIF-1α、GLUT-1表达与宫颈鳞状细胞癌血管生成的关系

目的:探讨缺氧诱导因子α(HIF-1α)、葡萄糖转运蛋白-1(GLUT-1)的表达与宫颈癌血管生成的关系。方法:应用免疫组织化学方法检测宫颈鳞状细胞癌54例中HIF-1α、GLUT-1的表达,利用CD105标记肿瘤微血管密度。结果:HIF-1α在宫颈鳞状细胞癌中的阳性表达率为50%,表达水平与分化程度、浸润深度明显相关(r=-0.674,P<0.05和r=0.897,P<0.001),与临床分期、肿瘤体积、淋巴结转移无明显相关(P>0.05);GLUT-1在子宫颈鳞状细胞癌中的表达率为57.1%,表达水平与肿瘤体积、临床分期明显相关(r=0.896,P<0.05和r=0.842,P<0.001),与分化程度、淋巴结转移、浸润深度之间无明显相关(P>0.05);HIF-1α表达水平与微血管密度之间存在明显相关(r=0.701,P<0.05),GLUT-1表达水平与微血管密度之间不存在明显相关(P>0.05);微血管密度与肿瘤体积、浸润深度之间存在明显相关(r=0.609,P<0.05和r=0.845,P<0.001),与临床分期、分化程度、淋巴结转移之间无明显相关(P>0.05);GLUT-1的表达水平与HIF-1α的表达水平之间存在明显相关(r=0.731,P<0.05)。结论:HIF-1α、GLUT-1都参与宫颈鳞状细胞癌缺氧诱导新生血管过程,并且与微血管密度密切相关,其中HIF-1α发挥重要作用。     

乙型肝炎病毒DNA和血清学标志物的相关分析

目的分析乙型肝炎病毒(HBV)DNA与HBV血清标志物之间的关系。方法应用酶联免疫吸附测定法(ELISA)和荧光定量PCR分别检测468例乙型肝炎患者血清标志物和HBV-DNA含量。结果 HBsAg、HBeAg、抗-HBc抗体和Pre-S1Ag阳性患者组的HBV-DNA阳性率(50.6%,χ2=56.28,P<0.001;97.7%,χ2=122.65,P<0.001;46.8%,χ2=8.46,P<0.01;62.4%,χ2=39.93,P<0.001)均显著高于相应的阴性患者组;抗-HBs抗体和抗-HBe抗体阳性患者组的HBV-DNA阳性率(2.1%,χ2=35.61,P<0.001;38.0%,χ2=6.34,P<0.05)均显著低于相应的阴性患者组。血清HBsAg含量和HBV-DNA拷贝数之间存在相关性(r2=0.028,P=0.016)。结论乙型肝炎患者血清HBV-DNA含量与HBV血清学标志物测定结果之间存在关联。     

人类基因组拷贝数变异与疾病的关系及检测方法

随着分子生物学技术的发展,近年来发现人类基因组中亚显微结构变异的大量存在,其中基因组拷贝数变异(CNVs)是亚微观结构变异的一种重要形式.CNVs在人类基因组中广泛分布,覆盖超过10%的人类基因组,包括数百万的功能基因及其调控序列,从而影响基因的表达,造成人群对疾病的易感性、药物的反应性及个体表型的差异.目前,检测CNVs的方法 分为全基因组范围的检测和目的 区域的检测两种类型.此文就CNVs与疾病的关系及CNVs检测方法 两方面的研究进行综述.     

利用串联重复序列研究炭疽芽胞杆菌的基因分型

目的 应用基因组中多位点串联重复序列遗传标记对不同地区88株炭疽芽胞杆菌进行基因分型。方法炭疽芽胞杆菌染色体DNA基因组中存在着串联重复序列。在串联重复序列两侧设计引物，PCR扩增，琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳，凝胶影像分析软件对PCR扩增产物碱基含量进行测算，并与测序结果进行比较，计算出串联重复拷贝数，对拷贝数进行聚类分析。结果 （1）聚类分析发现，88株菌株可分为三大群，45个基因型，基因型与生态环境存在一定的关系。就某一地区炭疽暴发而言，其可变数目串联重复序列遗传标记具有相似性。（2）研究发现，A16R疫苗株作为中国的疫苗株具有代表性。结论 炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列具有遗传稳定性和特异性，可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标，在炭疽暴发和生物恐怖事件中的病原体溯源上具有重要的意义。     

男性青年运动员食物频率问卷信度和效度研究

目的 对自主设计的男性青年运动员食物频率问卷（FFQ）进行信度和效度评价，为研究青年运动员饮食习惯与健康相关性研究提供简便、可靠的工具。方法 于2021年7月-2022年7月随机招募191名男性青年运动员，在进入研究时均完成了第一次FFQ调查与3d膳食称重法（WDRs）调查，并在3个月内完成第二次FFQ调查。采用Spearman/Pearson相关性分析，通过比较两次FFQ结果的相关性和WDRs与两次FFQ平均值的相关性分别来检验FFQ的信度和内容效度。结果 信度分析中，能量和23种营养素均为显著正相关（P<0.05），原始数据的Spearman相关系数（r）和组内相关系数（ICCs）分别为0.448～0.776（中位数=0.620）和0.444～0.775（中位数=0.608），经自然对数转换后的平均r为0.479±0.042；校正能量后的平均r为0.501±0.040，调整基本特征后的平均r为0.516±0.068,kappa值为0.282～0.604（中位数=0.370）。效度分析中，14个项目的 FFQ与WDRs的结果为显著正相关（P<0.05）,Spearman相...     

来沪境外人员乙型肝炎病毒基因定量分析与血清标志、肝功能指标的关系

〔目的〕探讨乙型肝炎病毒（HBV）感染者血清HBV-DNA拷贝数、HBV血清标志与肝功能指标丙氨酸转氨酶（ALT）和天冬氨酸氨酶（AST）的相互关系及意义,综合判定乙型肝炎患者受HBV感染的程度。〔方法〕从11006名来沪境外旅行者中发现484例HBsAg阳性,选取其中的88例采用实时荧光定量聚合酶链反应（Real-time Polymerase Chain Reaction,PCR）技术和酶联免疫吸附试验（ELISA）检测HBV-DNA拷贝数及HBV血清标志;采用全自动生化分析仪测定肝功能指标ALT、AST。运用SPSS13.0软件对数据进行分析。〔结果〕HBV各血清标志均与HBV-DNA拷贝数存在相关性,多元回归分析显示HBV-DNA检测的表达量与HBeAg存在明显的依从性（回归系数B=2.850,P=0.001）。HBV-DNA阳性组和阴性组的血清酶定量检测,ALT p=0.047,AST p=0.01,HBV-DNA阳性组和HBV-DNA阴性组间血清酶指标存在差异,而血清酶正常组与异常组的定性检测,ALT p=5.27,AST p=0.16,血清酶正常组与异常组间HBV-DNA拷贝数无差异。HBV-DNA拷贝数与血清酶无相关性（相关系数ALT r=0.048,ASTr=0.143）。〔结论〕HBeAg的表达与HBV-DNA拷贝数有很好的依从性。HBV-DNA存在与否与肝脏损伤有关,但肝脏损伤程度与血清中HBV-DNA数量无直接关系。     

嵌合染色体变异全基因组关联研究进展

嵌合染色体变异(mCA)指体细胞突变大规模发生在染色体上使体内有多种核型细胞系的现象, 被视为人类衰老表型之一。mCA与血液系统癌症、心脑血管疾病等多种慢性病存在关联, 但mCA自身的遗传基础(遗传易感位点等)尚在探索。本文对基于大型人群的常染色体mCA、性染色体mCA[Y染色体嵌合缺失(mLOY)和X染色体嵌合缺失(mLOX)]的全基因组关联研究进行综述。其中, 常染色体mCA研究发现的遗传易感位点多与拷贝数中性杂合性缺失类型关联;性染色体mCA的研究多聚焦于嵌合缺失突变, mLOY遗传易感位点数目较多(最多达156个), 而mLOX遗传易感位点数目则较少。     

染色体相互易位携带者胚胎植入前染色体结构重排遗传学检测结果的影响因素分析

目的探讨夫妇(亲代)之一的染色体相互易位携带类型,对其囊胚染色体异常的影响。方法选择2018年6月至2021年6月于空军军医大学唐都医院采取辅助生殖技术(ART)助孕,并进行胚胎植入前染色体结构重排遗传学检测(PGT-SR)的231对夫妇其中之一为染色体相互易位携带者的1091枚囊胚为研究对象。回顾性分析亲代的临床病例资料及其囊胚PGT-SR结果。采用成组t检验及χ2检验,对PGT-SR结果为染色体异常与正常囊胚的亲代(染色体相互易位携带者)临床资料进行比较(单因素分析);采用多因素非条件logistic回归分析,对染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果影响因素进行分析。本研究经空军军医大学唐都医院伦理委员会批准(审批文号:K202108-09),所有受试者签署胚胎PGT-SR知情同意书。结果①染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果影响因素的单因素分析显示:染色体异常囊胚的亲代为最长和最短易位片段的比值(TSR)≥2及染色体相互易位片段含末端断点的染色体相互易位携带者的比例(76.8%、38.0%),均高于染色体正常囊胚(68.7%、29.1%),并且差异均有统计学意义(χ2=7.67、7.91,P=0.006、0.005)。②多因素非条件logistic回归分析结果:染色体相互易位携带者为女性(OR=1.39,95%CI:1.05~1.85,P=0.021),TSR≥2(OR=1.48,95%CI:1.13~1.94,P=0.005),染色体相互易位片段含末端断点(OR=1.50,95%CI:1.13~2.00,P=0.005),均是染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果为染色体异常的独立危险因素。③TSR≥2与TSR<2,以及染色体相互易位片段含末端断点与不含末端断点的染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果(染色体拷贝数正常、易位染色体异常、其他染色体异常)构成比比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论对于夫妇中染色体相互易位携带者为女性,TSR≥2及染色体相互易位片段含末端断点的染色体相互易位携带者,其囊胚染色体异常风险较高,在采取ART助孕过程中建议进行胚胎PGT-SR,并做好充分的遗传咨询。     

红细胞溶血实验替代兔眼刺激性实验检测农药眼刺激性初步研究

目的 探讨红细胞溶血实验(Red blood cell test,PBC)检测农药眼刺激性的适用分级标准和作为兔眼刺激性实验(Draize test)替代方法的适用性.方法 选取29种市售农药进行RBC实验,并同步进行Draize实验.根据2种分级标准,将RBC实验结果与Draize实验进行相关性和一致性分析.结果 按化妆品原料分级标准,区分无/轻刺激性和中度及以上眼刺激性农药的结果为:McNemar-Bowker W=9.35(P=0.22);Kappa=0.55(P=0.002);Spearman R=0.58(P=0.001);按化妆品产品分级标准,区分无/微刺激性和轻度及以上眼刺激性农药的结果为:McNemar-Bowker W=10.40(P-0.02);Kappa=0.54(P=0.001);Spearman R=0.61(P＜0.001).结论 RBC实验可参照化妆品原料分级标准检测农药眼刺激性;尚不能完全替代Draizc实验,但可作为筛检农药眼刺激性的替代方法纳入到农药眼刺激性检测策略中.     

ERCC1基因多态性与煤工尘肺发病风险相关性研究

目的 探讨切除修复交叉互补基因1(ERCC1) rs11615、rs2013521和rs3212930位点基因多态性与煤工尘肺(CWP)发病风险的相关性。方法 选取2020年1—2021年10月在贵阳市公共卫生救治中心进行职业健康体检和确诊CWP的人群为研究对象,共522例,将其分为健康对照组(120例)、接尘对照组(131例)、CWP壹期组(137例)和CWP贰期组(134例)。分析各组人群肺功能和血常规的变化情况,采用质谱仪对ERCC1 rs11615、rs2013521和rs3212930进行基因分型,比较ERCC1基因各位点基因型与肺功能的关系,应用非条件logistic回归模型对ERCC1基因多态性与CWP发病风险的相关性进行分析。结果 各组研究对象的FVC (χ²=34.092,P=0.005)、FEV1 (χ²=36.642,P<0.001)、FEV1/FVC(χ²=41.145,P<0.001)、红细胞(H=47.820,P<0.001)、血红蛋白(H=27.934,P<0.001...