辽宁省炭疽芽胞杆菌MLVA分型研究

目的 了解辽宁地区炭疽芽胞杆菌的流行特征及菌型基因特征。方法 通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandem repeats analysis,MLVA)分型实验,对2001—2011年辽宁省分离到的6株炭疽芽胞杆菌分离株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics 4.0 软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 聚类分析发现,6株炭疽芽胞杆菌株可分为2个基因型。对于炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有高度相似性。结论 炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发事件中的病原体溯源上具有重要的意义。     

山东省一起皮肤炭疽疫情来源炭疽芽胞杆菌的分子分型及基因溯源分析

目的 对一起皮肤炭疽暴发疫情来源炭疽芽胞杆菌开展分子分型及基因溯源分析，为炭疽的有效防控提供重要的基础性数据。方法 本研究对2021年山东省曹县一起炭疽疫情样本中分离的8株炭疽芽胞杆菌进行药物敏感性实验、MLVA-15和canSNP分型、全基因组测序(WGS)和SNPs分析。结果 药敏结果显示，所有分离株耐药性一致。8株菌MLVA-15分型为同一基因型，该基因型在国内首次发现，命名为MLVA15-CHN77型；canSNP分型均为A.Br.001/002型。WGS结果分析显示，8株菌具有相同的耐药基因和毒力基因谱。SNPs分析显示，8株暴发菌株聚成一簇。结论 基于全基因组序列的分型和溯源策略，是炭疽芽胞杆菌传统分型方法的必要补充。     

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。     

江苏省67株结核分支杆菌MLVA分型分析

目的初步探讨江苏省结核分支杆菌的数目可变串联重复序列(VNTR)的分布特征。方法采用多位点串联重复序列(MLVA)分型方法,对从江苏省病人分离的结核分支杆菌的VNTR进行PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳,通过BioNumerics3.0软件分析其VNTR的多态性和聚类分析。结果共选取了15个VNTR位点,对67株结核分支杆菌进行了检测分析,结果显示明显的基因多态性,可分8个基因型(Ⅰ～Ⅶ型),其中较多的一型菌株占32.6%,其他型别菌株数量较接近,没有特别明显的优势型别。结论江苏省结核分支杆菌具有明显的多态性,MLVA分型技术具有稳定、简单、可重复的优点,可用于结核分支杆菌的流行病学调查。     

2012-2015年贵州省炭疽芽胞杆菌分离鉴定及MLVA分型分析

目的 了解菌株的分子流行病学特征,为贵州省炭疽疫情的预防控制提供科学依据。方法 对2012-2015年贵州省间不同地区的409份标本(外环境388份、患者19份和牲畜2份)进行炭疽芽胞杆菌分离培养,采用革兰染色镜检、青霉素抑制试验和噬菌体裂解试验对可疑炭疽菌落进行鉴定,分析菌株检出情况。运用MLVA-15技术对炭疽芽胞杆菌分离株进行基因分型获得各VNTR位点的扩增长度并计算重复单元的重复数目。结合各VNTR位点重复数目,利用NTsys 2.10e软件对不同地区菌株进行聚类分析。结果 从409份标本中分离出34株炭疽芽胞杆菌,检出率为8.31%。其中341份土壤检出33株,检出率为9.68%;17份患者皮肤病灶渗出液检出1株,检出率为5.88%。2015年分离出炭疽杆菌的阳性率最高,占48.72% (19/39)。MLVA-15分析显示,34株菌株被分为3个MLVA型;聚类分析显示,34株菌株被分为A和B两簇,其中A簇又被进一步分为A1和A2分支。来自相同地区或年份的多数菌株聚类关系相对较近。结论 2012-2015年贵州省间各种疑似炭疽送检标本中,土壤的检出阳性率最高,贵州省炭疽芽胞杆菌菌株具有MLVA型别多样性,型别分布和聚类关系具有明显的地域性。     

2019-2020年宁夏炭疽芽胞杆菌毒力鉴定及基因分型研究

目的 了解宁夏2019-2020年分离的炭疽芽胞杆菌菌株致病力及基因分型特征,为宁夏皮肤炭疽疫情判定与分子溯源提供实验室依据。方法 收集2019-2020年宁夏各地区分离的炭疽芽胞杆菌,对其进行毒力鉴定,并运用MLVA-15和canSNP分型技术进行基因分型研究。结果 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌均为强毒株,MLVA-15分型为同一种群,canSNP分型为A.Br.001/002组。结论 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌致病力较强,且菌株呈现相同的基因分型特征,提示菌株间存在流行病学关联。此研究结果填补了宁夏炭疽芽胞杆菌实验室检测中菌株致病力及基因分型的空白。     

新疆结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌可变数目串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用多位点可变数目串联重复序列分析（the Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA）方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics 5.0数据库软件。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,运用MLVA 175株菌可分为8个基因群（分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ）119种基因型,其中Ⅰ群所占比例最大,达69.14%,经与Spoligotyping结果综合分析,I群即是北京家族,Ⅱ群为CAS家族。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为VNTR Ⅰ群（北京基因型）,首次发现新疆临床菌株中存在CAS家族。     

多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）分析（multiple loci VNTR analysis,MLVA）中不同位点组合在结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位（mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU）-12系列的HGI（Hunter-Gaston Index）值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型＂金标准＂IS6110-RFLP水平。     

5个VNTR位点用于我国三省65株结核分支杆菌菌株基因分型的研究

目的初步探讨我国结核分支杆菌的数目可变串联重复位点 (VariableNumberofTandemRepeat ,VNTR)的分布特征及其在基因分型中的应用。方法　选取结核分支杆菌基因组中的 5个VNTR位点 ,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术 ,并应用BioNumerics(Version3.0 )软件进行处理 ,分析结核分支杆菌DNA中VNTR分布多态性。结果　检测分析的 6 5株结核分支杆菌具有明显的多态性 ,共分成 12个不同的型别 ,其中大部分菌株属于一个型 ,占 6 4 .6 % ,其他菌株呈散在分布。结论　我国结核分支杆菌的VNTR具有明显的多态性。VNTR分型技术具有简便、快速、特异、重复性好等优点 ,可广泛用于结核病的分子流行病学研究。     

大理地区合并HIV双重感染者结核分枝杆菌MLVA法基因分型研究

目的 探讨MLVA基因分型法在云南大理地区合并HIV双重感染者结核分枝杆菌基因分型中的运用,初步研究其基因型特征。方法 选取大理地区61株合并HIV双重感染者结核分枝杆菌临床分离株,采用聚合酶链反应(PCR)分别对VNTR位点进行检测分析,应用BioNumerics(6.6)软件进行聚类分析。结果 共对61株合并HIV双重感染者的结核分枝杆菌的15个VNTR位点进行检测,呈现出明显的基因多态性。各个位点的分辨能力不同,其中MIRU26(0.839)最高,MIRU4(0.341)最低。经聚类分析,61株双重感染结核分枝杆菌菌株可分为5个基因群,61个基因型,以Ⅰ型占比例最大占51.6%(32/61);H37Rv减毒株在Ⅱ型。结论 大理地区合并HIV双重感染者结核分枝杆菌VNTR基因存在明显多态性,主要流行菌群为北京家族基因型。     

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。     

不同VNTR位点组合用于北京基因型结核分枝杆菌基因分型的研究

目的评价不同串联重复序列（VNTR）位点组合在北京地区北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析（MLVA）技术对72株北京地区北京基因型菌株的24个VNTR位点进行分析，基因多态性分析采用BioNumerics软件。结果24个位点的多态性差异较大，位点QUB-11b（HGI 0．651）、Mtub 21（HGI 0．556）和QUB-26（HGI 0．518）的多态性较高，有两个位点（MIRU2和MIRU24）则不具有多态性；不同VNTR位点组合（12位点，15位点，24位点）在北京基因型菌株中的分辨指数依次升高，分别为0．788，0．990．0．992，后两个组合的差异仅是由位点Mtub 29引起的。结论不同的VNTR位点在北京地区北京基因型菌株中的分辨力存在差异；推荐的基础VNTR15位点与Mtub 29组合可作为北京地区结核分枝杆菌分子流行病学研究的一线方法。     

贵州省2006-2011年炭疽芽胞杆菌检出情况与致病性研究

目的了解贵州省2006—2011年炭疽芽胞杆菌感染和分布情况,为贵州省炭疽疫情的预防控制和炭疽病09分子流行病学研究提供科学依据。方法对来自贵州省2006—2011年不同地区09830份疑似炭疽标本（外环境标本667份、患者标本151份和牲畜标本12份）,采用传统的革兰染色镜检、普通营养琼脂平板和血琼脂平板培养基分离培养炭疽芽胞杆菌,运用青霉素抑制试验和噬菌体裂解试验对可疑炭疽芽胞杆菌菌落进行鉴定。采用Real—time PCR技术检测88株经传统细菌学方法鉴定为炭疽芽胞杆菌菌株pX01质粒上的PA基因和pX02质粒上的CAP基因。结果从830份标本中分离出88株炭疽芽胞杆菌,总检出率为10．60％。2007年分离出炭疽杆菌的阳性标本最多,占36．36％;其次为2009年,占29．55％。阳性标本主要分布在黔西南州,其次为毕节地区和黔南州;册亨县、织金县和望谟县为炭疽杆菌检出数较多的监测县。88株炭疽芽胞杆菌CAP基因均为阳性。除2007年2株炭疽菌株PA基因为阴性外,其余86株PA基因均为阳性。结论贵州省炭疽疫源地面积广大,污染严重;检出的88株炭疽芽胞杆菌中97．73％的菌株同时具有两种毒力质粒,具有强致病性;该研究结果对贵州省炭疽疫情的预防控制及分子流行病学研究具有重要意义。     

中山地区临床分离株铜绿假单胞菌MLVA分型初步研究

目的建立铜绿假单胞菌的多位点可变数目串联重复序列(multiple locus variable number of tandem repeats a-nalysis,MLVA)基因分型技术,初步用于耐药监测和院内感染的监测。方法选择11个位点对50株临床分离菌株进行PCR扩增和凝胶电泳,用R 2.14.1软件进行聚类分析。SPSS13.0统计软件进行统计分析。结果 11个位点中,ms216多态性最低,为0.619,ms212多态性最高,为0.838。50株铜绿假单胞菌被分为4大基因群,且均为单菌株基因型。前9个位点与11个位点的组合对菌株的分辨能力相同(HGDI=1.0000);前7个位点与前8个位点组合的分辨能力相同(HGDI=0.9984,成簇率为4.0%);前5个位点与前6个位点组合的分辨能力相同(HGDI=0.9935,成簇率为10.0%)。结论前5个VNTR位点组合有良好分辨能力,可用于大规模分子流行病学调查;前7个VNTR位点具有更高的分辨能力,可用于精确分析。     

四川省嗜肺军团菌血清Ⅰ型(LP1)基因分型研究

目的为了解四川省嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)和基因序列分型(SBT)两种方法对四川省1989—2016年分离到的42株嗜肺军团菌血清I型(LP1)进行基因分型研究。方法根据文献报道的军团菌8个VNTR位点和SBT 7个管家基因对42株嗜肺军团1型菌(LP1)分别进行PCR扩增。VNTR结果经毛细管电泳分析后,得到MLVA分型。SBT结果测序后上传至欧洲军团菌感染组(EWGLI)数据库得到ST分型。结果 42株嗜肺军团菌血清I型(LP1)分为8个MLVA型,优势型别为M08型(47.6%)和M07型(23.8%)。SBT分为12个ST型,其中有2个ST型(ST2359,ST2360)为首次发现。ST1(52.3%)、ST630(14.2%)为优势型别。12个ST型分为3个克隆群(Clonal Complex,CCs)和2个singleton。结论 MLVA方法和SBT方法均能用于LP1型分子流行病学监测及分子遗传学特征的研究。四川省LP1型具备较高的遗传多样性和地区特异性,有感染人的风险,应加强对公共卫生环境中军团菌的监测工作。     

AP631炭疽噬菌体裂解蜡样芽胞杆菌的发现和鉴定

目的 AP631炭疽噬菌体裂解蜡样芽胞杆菌的发现和鉴定。方法通过革兰氏染色、菌落形态特征、噬菌体裂解试验、青霉素敏感试验、溶血试验、生化试验和蛋白质毒素结晶试验对炭疽疫点现场分离的5株菌进行蜡样芽胞杆菌的鉴定,通过PCR扩增、小白鼠毒力测定试验和MLST基因检测等方法对该5株菌和本实验室保存的3株被AP631炭疽噬菌体裂解的蜡样芽胞杆菌进行毒力和基因测定。结果确定了8株可被AP631炭疽噬菌体不完全裂解的蜡样芽胞杆菌。从疫点采集分离的5株菌青霉素敏感试验阴性,炭疽毒力基因PCR扩增阴性,排除了炭疽芽胞杆菌;蛋白质毒素结晶试验染色试验为阴性,排除了苏云金芽胞杆菌;根据溶血试验和生化反应等一系列鉴别实验鉴定为蜡样芽胞杆菌。8株菌的MLST基因检测发现5株菌有新的等位基因位点或ST型。结论本研究首次证明我国使用的炭疽芽胞杆菌诊断AP631噬菌体可以不完全裂解部分蜡样芽胞杆菌,存在非特异性裂解现象,提示在今后使用噬菌体鉴定炭疽杆菌时,对于外环境分离到的可疑芽胞杆菌,特别要注意关于噬菌体不完全裂解的问题,这将为炭疽诊断标准的正确制订提供新的认识并具有重要的指导意义。     

贵州省部分地区结核分枝杆菌MLVA基因分型研究

目的应用多位点可变串联重复序列分析技术(MLVA)对贵州省结核分枝杆菌进行基因分型分析,为贵州省结核病防控提供科学依据。方法选取贵州省150株临床分离株结核分枝杆菌,采用水煮法提取基因组DNA,PCR扩增15个VNTR位点,统计菌株各VNTR位点的重复数目,通过遗传差异值(h)及Hunter-Gaston指数对VNTR位点进行遗传多态性及分辨力评价,采用BioNumerics 5.0软件对各菌株进行聚类关系和最小间距图(minimum spanning tree,MST)分析。结果 PCR检测结核菌株VNTR各位点呈明显多态性,以Mtub21和MIRU26多态性尤为显著,以h值分别为0.559和0.505;MIRU10和ETRB显示较低基因多态性,h值分别为0.052和0.090。聚类分析显示,150株菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。4个基因群呈现明显地域分布,毕节市以Ⅰ、Ⅱ群为主要流行菌株,安顺市以Ⅲ群菌株为主要流行菌株,遵义市以Ⅳ群菌株为主要流行菌株。MST分析显示,150株菌株形成3个克隆复合体(clonal complexes,CCs)及若干个独立分支(singleton),遵义、安顺、毕节分离株分别分布于不同的克隆复合体CCs。结论贵州省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性和地域分布特性,以Ⅲ群和Ⅱ群菌株为主要流行菌株,应加强对上述两群菌株的监控。     

MLVA方法在军团菌分子分型中的应用评价

目的 探讨MLVA方法在军团菌分型中的可应用性。方法 选用文献报道的9个军团菌VNTR位点,对我国环境水中分离的81株Lp1型军团菌菌株和2株参考菌株进行分子分型研究,并与PFGE和SBT分型结果进行了比较。结果 81株分离菌株9个VNTR位点的等位基因型别数分别为1,3,4,2,3,3,2,4和7,其中部分菌株的某些位点无扩增产物或产物为非目的片断。7个位点PCR产物具有重复单元;Lpms3位点PCR产物无重复单元;Lpms31位点部分菌株PCR产物有重复单元,另一些菌株无重复单元。对于具有重复单元的序列,不同菌株间以及同一菌株内各重复单元的序列变异均较大,3个位点存在不完整的重复单元。根据8个位点的PCR产物电泳结果,81株Lp1型分离菌株分为19个MLVA型。通过PFGE和SBT方法,81株Lp1型分离菌株分别分为46种PFGE带型和21种ST型。结论 MLVA方法的分型能力不及PFGE方法,而与SBT方法分型能力相当。但是,MLVA方法操作简单、成本低廉,而且可对培养阴性的标本进行分型,因此,该方法适合在基层推广应用。     

Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。     

布鲁菌分子分型方法应用研究进展

布鲁菌属细菌是布病的病原菌。当前,用于布鲁菌属细菌分型的方法有多种,而布鲁菌分子分型方法在布病的分子流行病学调查、病原菌的快速分型鉴定、病原菌的溯源分析和菌株之间差异关系的分析过程中被广泛应用并具有十分重要的作用。本文就常用的布鲁菌的核酸探针技术(DNA probes)、聚合酶链式反应(PCR)、实时定量PCR(Real-time PCR)、16SrDNA鉴定、PCR限制性片段长度多态性( PCR-RFLP)、单核苷酸多态性分析(SNP)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)、多位点串联重复序列分析(VNTR/MLVA)等分子分型方法的应用研究进展予以综述。