河南省濮阳市一起人感染H5N6禽流感流行病学及病原学特征分析

目的 分析2022年3月河南省濮阳市首例人感染H5N6禽流感流行病学特征，探索感染来源，为防控人感染禽流感提供科学依据。方法 对人感染H5N6禽流感病例、密切接触者和涉禽外环境开展流行病学调查，采集病例和密切接触者的呼吸道标本、环境标本、禽类生物样本和禽类产品，运用实时荧光定量PCR方法检测禽流感病毒核酸。结果该病例肺泡灌洗液、咽拭子和鼻拭子样本均检出H5N6亚型禽流感病毒核酸，病例有宰杀禽类职业暴露史。1份屠宰厂的案板涂抹拭子检出H5N6亚型禽流感病毒核酸，9份鸭头类产品的口咽拭子检出H5亚型禽流感病毒核酸，确诊为人感染H5N6禽流感，为单个散发病例。结论 濮阳市首例人感染H5N6禽流感病例为单个散发病例，病原甲型H5N6亚型禽流感病毒可能来自宰杀的鸭子；应加强禽流感日常监测及健康科普。     

山东省首例人禽流感病例的诊断过程分析

目的对2009年1月15日山东省济南市发生的1例人禽流感病例进行实验室诊断过程分析,探讨实验检测过程中遇到的问题。方法采集病人咽拭子和呼吸道吸取物标本,利用RT-PCR和real-time RT-PCR检测病毒核酸。结果第2次采集的咽拭子标本采用H5HA引物的RT-PCR扩增呈阳性;呼吸道吸取物分别用H5NA等3对引物进行RT-PCR均阳性,real-time RT-PCR阳性。结论该患者为人感染高致病性禽流感病毒（H5N1）实验室确诊病例。呼吸道吸取物是禽流感病毒核酸检测的合适标本。     

福建省首例人感染H7N9禽流感病例实验室诊断和病毒序列分析

摘要 目的 应用real-time RT-PCR和病毒序列测定等方法对福建省首例人感染H7N9禽流感病例开展实验室诊断。方法 采集人感染H7N9禽流感病例呼吸道标本并提取RNA,分别采用甲乙型流感通用引物和探针、季节性流感（包括H3N2、H1N1、H1N1pdm）特异性引物和探针以及H7N9特异性引物和探针进行荧光PCR检测。利用自行设计的引物扩增病毒基因组节段,测定并分析病毒基因组序列。结果 real-time RT-PCR结果表明,应用甲型通用引物扩增结果阳性,乙型及季节性流感（包括H3N2、H1N1以及H1N1pdm）扩增结果均为阴性,特异性H7N9亚型流感病毒扩增结果阳性。序列测定获得的病毒4个节段的序列与已公布的人感染H7N9禽流感病毒序列高度一致。结论 病例呼吸道标本中存在人感染H7N9禽流感病毒,病毒的基因与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒高度类似。     

湖北省首例人感染H5N6禽流感病例实验室检测结果分析

目的分析湖北省首例人感染H5N6禽流感病例的实验室检测结果,为更好地检测人禽流感疑似病例标本提供参考。方法对患者的不同病程、不同种类的标本进行实验室检测并进行分析。结果我省首例人感染H5N6禽流感确诊病例只有前期的痰液标本检测到H5N6核酸,其它时间未检测到。结论疑似人感染H5N6禽流感病例标本采集一定多样化,而且一定采集到初期的痰液标本。     

成人重症肺炎患者EB病毒和人鼻病毒混合感染的病原学分子鉴定

目的对1例有禽类接触史的成人重症肺炎患者进行病原学研究,确定其病原体。方法采集患者的下呼吸道标本,应用荧光PCR方法检测禽流感H5N1和SARS病毒及甲型H1N1和季节性流感病毒;应用多重PCR方法检测12种常见呼吸道病毒;应用普通PCR方法检测EB病毒和巨细胞病毒,扩增阳性的病毒基因片段测序后,与GenBank数据库参考序列进行同源性分析。结果荧光PCR法检测禽流感病毒H5N1病毒和SARS病毒核酸阴性,甲型H1N1和季节性流感病毒核酸阴性;多重PCR检测人鼻病毒、EB病毒均阳性;普通PCR检测EB病毒核酸阳性。基因序列比对显示,EB病毒核苷酸序列与GenBank数据库中参考序列同源性为99.5%～100%;人鼻病毒的核苷酸序列与GenBank数据库中A组鼻病毒(73血清型)同源性最高,为94.7%。结论该例重症肺炎患者为EB病毒和A组(73血清型)人鼻病毒混合感染,排除禽流感H5N1和SARS感染。     

2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析

目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12％,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33％),H7亚型核酸阳性11份(2.20％),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57％).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测.     

禽流感病毒H1、H3、H5、N2亚型多重RT-PCR检测方法的初步研究

目的根据禽流感病毒H1、H3、H5亚型的HA基因和N2型NA基因的保守序列,设计出四对RT-PCR引物,建立一步法多重RT-PCR对禽流感H1、H3、H5、N2四亚型进行快速检测。方法利用所设计的四对引物,通过对该方法扩增条件的优化,成功建立快速检测禽流感病毒H1、H3、H5、N2四亚型的一步法多重RT-PCR。利用禽流感H1、H3、H5、N2四亚型毒株和其它相关标准毒株进行敏感性和特异性试验。结果与结论所建立的一步法多重RT-PCR具有较高的特异性和敏感性,与禽流感其它亚型和NDV、IBV、ARV?IBDV的核酸均无交叉反应。用该方法检测现场样品395份(4省20多个地区),结果与经典检测方法一致。     

对甲型H1N1流感病例的护理体会

甲型H1N1流感病毒是A型流感病毒,携带有H1N1亚型猪流感病毒毒株,包含有禽流感、猪流感和人流感三种流感病毒的核糖核酸基因片断,同时拥有亚洲猪流感和非洲猪流感病毒特征.<中华人民共和国传染病防治法>于7月将甲型H1N1流感规定的乙类传染病,并采取乙类传染病的预防、控制措施.2009年11月6日-11月24日我院累计对160份呼吸道标本进行甲型H1N1流感检测,50例咽拭子标本核酸检测阳性(12例为确诊病例),现将护理体会介绍如下.     

云南省首例H5N6人禽流感病例流行病学调查

目的调查分析云南省首例H5N6人禽流感病例感染来源和传播途径,为进一步防制人禽流感提供科学依据。方法对首例H5N6人禽流感患者、密切接触者和患者暴露的野禽栖息地、活禽市场开展流行病学调查,并采集相关人员的呼吸道标本和外环境标本进行检测分析。结果病例标本检测结果为禽流感病毒(H5N6)核酸阳性,确定该病例为人感染高致病性禽流感患者。病例有明确的禽类接触史,共同暴露人员和密切接触者未出现疑似症状。活禽市场存在禽流感病毒(H5N6、H9N2)的大量污染。结论此次未出现人传人现象。感染来源可能与农贸市场环境有关。今后要继续加强不明原因肺炎监测,加强活禽市场监管,防止禽间疫情向人间扩散和传播。     

云南省首例人感染H5N6禽流感病例调查与分析

目的 分析省内首例既全球第3例人感染H5N6禽流感病例的流行病学调查结果,总结人感染H5N6禽流感病例的流行病学特征,为今后人感染H5N6禽流感病例的排查及流行病学调查提供参考。方法 回顾性描述、分析云南省首例人感染H5N6病例流行病学调查过程、疫点及密切接触人员采样检测结果,总结人感染H5N6禽流感病例的流行病学特征。结果 我省首例人感染 H5N6 禽流感确诊病例为单个病例,未出现人传人,发病前有野禽接触史及菜市场活动史,住地菜市场部分禽类摊档标本H5N6禽流感病毒核酸检测阳性。结论 我省首例人感染 H5N6 禽流感病例为本地感染非人传人病例,传播途径可能为禽-环境-人或禽-人。     

家庭聚集性人感染高致病性禽流感病例的确认及其病原的HA基因特征分析

目的确认江苏南京市2007年12月期间二例家庭聚集性人感染高致病性禽流感病例,探究家庭聚集性病例的临床变化规律及其病毒的基因特征。方法通过知情人访谈和查阅病志方式开展流行病学调查。同时采集二病例咽拭子等标本,运用荧光定量RT-PCR法进行H5N1基因检测,并开展病毒分离,分析血凝素(HA)基因特征。结果流行病学调查结果表明二病例为家庭聚集性病例,首发病例病后第5d出现"白肺",病后第8d后死亡,白细胞和血小板呈进行性下降。第二例病人存活,肺部未出现遍及全肺的大面积实变。二病例呼吸道标本H5N1基因检测均为阳性,培养物经鉴定均为H5亚型。二分离株HA基因同源性为100%,同我国浙江、安徽等地人源分离株接近(99.0%,98.9%),同江苏禽源分离株同源性达98.7%。二分离株经系统发生树分析均为CladeⅡ系的2.3.4基因亚群,HA1和HA2连接肽及细胞受体结合位点仍表现为禽源特性。结论二病例为人感染高致病禽流感H5N1病毒家庭聚集性病例,为有限的直系亲属间的人与人传播模式,分离株的HA基因特征仍为禽源性。     

H5N1禽流感病毒抗原基因的体外转录及RNA标准品构建

目的 通过基因克隆和体外转录,获得H5N1禽流感病毒血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白M(M)基因的RNA片段,为病原学检测提供阳性定量标准品.方法　设计H5N1禽流感病毒的HA、NA及M基因全长开放阅读框的克隆引物,提取H5N1禽流感病毒总RNA,用RT-PCR获得相应片段,分别连接至Pgem-T easy...     

荧光定量RT-PCR方法检测感染小鼠不同组织中的H5N1禽流感病毒

目的测定H5N1禽流感病毒感染小鼠各脏器组织中的病毒核酸含量,了解病毒复制与疾病进程的关系,为H5N1禽流感病毒致病机理与防治研究提供技术支持。方法利用建立的荧光定量RT-PCR法对H5N1禽流感病毒感染BALB/c小鼠的不同脏器组织中病毒核酸进行定量检测,观察H5N1禽流感病毒在不同组织中的复制情况。结果利用荧光定量RT-PCR法可从H5N1禽流感病毒感染小鼠后第3d的肺脏、脑、脾脏、肾脏和肝脏组织中检测到不同含量的病毒核酸;而在感染后4d的肺脏、脑和脾脏等组织中的病毒核酸含量开始下降;在感染后第6d,H5N1禽流感病毒核酸在肺脏和脑组织中大量存在外,其余组织中均有少量病毒核酸。结论H5N1流感病毒感染小鼠肺脏和脑组织中病毒核酸含量较高,说明病毒主要在小鼠的肺脏和脑组织中复制。由于荧光定量RT-PCR法可对感染小鼠不同脏器组织中的病毒核酸进行准确定量,可为H5N1禽流感病毒所致疾病的早期诊断、流行病学和致病机理研究提供技术支持。     

Global epidemiology of human infections with highly pathogenic avian influenza A (H5N1) viruses

Abstract:   From 1997 through 2007, human infections with highly pathogenic avian influenza A (H5N1) viruses resulted in rare, sporadic, severe and fatal cases among persons in 14 countries in Asia, the Middle East, Eastern Europe and Africa. Of 369 reported human H5N1 cases that occurred from 1997 through 2007, overall mortality was 60%. Ten antigenically and genetically distinct clades of H5N1 viruses have been identified to date, and strains from four clades have infected humans. Surveillance has focused upon hospitalized cases of febrile acute lower respiratory tract disease among persons with exposure to sick or dead poultry, or to a human H5N1 case. Detection of H5N1 virus infection is based primarily upon collection of respiratory tract specimens from suspected cases for RT-PCR testing. Most human H5N1 cases were previously healthy children or young adults who developed severe acute pulmonary or multi-organ disease following direct or close contact with sick or dead H5N1 virus–infected poultry. Occasional clusters of H5N1 cases have occurred, predominantly among blood-related family members. Limited human-to-human H5N1 virus transmission has been reported or could not be excluded in some clusters. The frequency of asymptomatic or clinically mild H5N1 virus infection is unknown, but limited investigations suggest that such infections have been rare since 2003. There is no evidence of sustained human-to-human H5N1 virus spread. However, H5N1 viruses continue to circulate and evolve among poultry in many countries, and there are many unanswered questions about human infection with H5N1 viruses. Thus, the pandemic influenza threat presented by H5N1 viruses persists.     

福建省人感染H5N1禽流感病毒血凝素基因测定和分析

目的了解我省人感染高致病性禽流感H5N1亚型病毒血凝素基因的特点以及和其他毒株序列间的关系。方法从采集自两例福建省感染者的标本中扩增H5N1禽流感病毒血凝素基因并作序列测定,获得的序列同其他H5N1禽流感病毒的血凝素基因进行比较并作进化分析。结果获得福建省的两例感染者中的H5N1禽流感病毒血凝素基因,并推导出该基因的氨基酸序列。结果表明,两株病毒的血凝素基因在蛋白酶水解位点均含有多个连续的碱性氨基酸,符合高致病性禽流感病毒的特征。经Blast程序检索发现,我省两例感染者与国内其他省份的感染者携带的病毒血凝素基因具有很高的相似性,提示国内的H5N1禽流感病毒感染者的病毒来源可能有一定的关系。结论通过对两例福建省感染者标本中的H5N1禽流感病毒血凝素基因进行序列测定,了解病毒基因的部分特点。通过序列比较分析为分子流行病学调查提供线索,但还需对其他基因序列以及病毒的致病性等生物学特征作进一步分析。     

2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况.方法 从2009年广东省新型甲型H1N1流感患者中分离到病毒毒株共69株,提取病毒总RNA,RT-PCR扩增NA基因,并测序分析;同时从美国国立生物技术信息中心基因库检索获得 52株不同年代、不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒同源性较高,为87.1%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守;具有8个糖基化位点,其中5个位点有不同程度的氨基酸替换,但与2001年禽H5N1毒株的糖基化位点的氨基酸相同.结论 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒高度同源,与NA抑制剂的特异性结合位点未发生变化.     

福建省人感染H5N6禽流感病毒与外环境禽流感病毒相关性分析

目的 分析福建省外环境H5亚型禽流感病毒分布情况及与人感染H5N6禽流感的关系,为人感染禽流感的科学防治提供依据。方法 收集2013-2017年福建省外环境常规监测标本信息,进行统计分析。从数据库下载相关禽流感病毒基因序列,进行基因同源性比对和系统进化分析。结果 外环境监测结果统计分析显示:2013-2017年共采集样本4 903份,H5亚型阳性率为4.24%,且不同的网络实验室(χ²=101.033)、监测场所(χ²=45.526)、标本类型(χ²=31.751)和季节(χ²=48.174)阳性率均存在统计学差异(P<0.05)。福建省首例人感染H5N6禽流感(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)病毒全基因序列与6株福建省外环境H5N6病毒的同源性在85.1%~98.5%,与病家院中采集的1株加强监测外环境标本的HA和NA基因同源性分别为100.0%和99.9%。系统进化分析显示:福建省人感染H5N6病毒HA基因与加强监测的外环境H5N6病毒的进化距离最近,与其余6株距离较远,处在不同的进化分枝中,其基因源于H5N8病毒;而NA基因则与7株外环境H5N6病毒的进化距离较近,源于H5N6病毒。结论 福建省冬春季外环境中禽流感活动较为活跃,应加强活禽交易市场的卫生管理工作。福建省发现的首例人感染H5N6禽流感与外环境禽流感病毒的重配可能存在一定的相关性。     

广东省首例人禽流感H5N1 NS、M和NP基因序列测定及分子进化分析

目的对广东省首例人禽流感H5N1的3个内部基因NP、NS和M进行克隆、测序及遗传进化分析,旨在进一步了解该病毒的来源、遗传变异及其分子进化特征。方法采集该例死亡患者尸检肺组织标本提取病毒RNA,用RT-PCR二步法进行反转录和基因扩增。产物经TA克隆到载体中进行测序并对结果进行排列、拼接,参照已发表的病毒序列,对基因进行系统进化分析。结果应用随机引物和自行设计的3对特异性引物扩增出NP、NS和M基因全长cDNA序列。该3个基因同其HA、NA一样均属于A型禽流感病毒,与国内2004-2006年浙江人源病毒及湖南禽源病毒处于同一进化分支,而与香港1997年分离株相距较远。在这3个基因中,NS的变异性最大。宿主特异性相关基因及PDZ结构域配体(PL)基序分析显示其均为禽源基因。结论感染该病例的H5N1与近年在中国不同省份分离的人禽流感H5N1的系统进化分析显示它们很可能存在共同的祖先,需进一步研究不同来源病毒的亲缘关系以及病毒基因的变化是如何影响病毒的生物学特性、毒力和跨宿主传播的。     

Rapid Detection and Differentiation of Swine-Origin Influenza A Virus (H1N1/2009) from Other Seasonal Influenza A Viruses

We previously developed a rapid and simple gold nanoparticle(NP)-based genomic microarray assay for identification of the avian H5N1 virus and its discrimination from other influenza A virus strains (H1N1, H3N2). In this study, we expanded the platform to detect the 2009 swine-origin influenza A virus (H1N1/2009). Multiple specific capture and intermediate oligonucleotides were designed for the matrix (M), hemagglutinin (HA), and neuraminidase (NA) genes of the H1N1/2009 virus. The H1N1/2009 microarrays were printed in the same format as those of the seasonal influenza H1N1 and H3N2 for the HA, NA, and M genes. Viral RNA was tested using capture-target-intermediate oligonucleotide hybridization and gold NP-mediated silver staining. The signal from the 4 capture-target-intermediates of the HA and NA genes was specific for H1N1/2009 virus and showed no cross hybridization with viral RNA from other influenza strains H1N1, H3N2, and H5N1. All of the 3 M gene captures showed strong affinity with H1N1/2009 viral RNA, with 2 out of the 3 M gene captures showing cross hybridization with the H1N1, H3N2, and H5N1 samples tested. The current assay was able to detect H1N1/2009 and distinguish it from other influenza A viruses. This new method may be useful for simultaneous detection and subtyping of influenza A viruses and can be rapidly modified to detect other emerging influenza strains in public health settings.