一起GI、GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及基因特征分析

目的 对2018年湖州一起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情进行诺如病毒核酸检测及基因分型。方法 采用real-time RT-PCR方法对送检的疫情标本进行GI和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR方法对阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。综合系统进化分析和重组分析结果判定病毒基因型别。结果 送检的8例病例的粪便标本均为诺如病毒核酸阳性。其中5份标本为GI、GⅡ诺如病毒核酸同时阳性,3份标本为GⅡ诺如病毒核酸阳性。8份阳性标本有5份测序成功。系统进化分析结果显示本次疫情检出的GⅡ型诺如病毒为GⅡ. P17-GⅡ. 17基因型,GI型诺如病毒为GI. P4-GI. 5重组株。结论 该起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情是由GⅡ. P17-GⅡ. 17和GI. P4-GI. 5基因型诺如病毒混合感染所致,推测感染来源来自泰国曼谷旅行期间。     

一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原学诊断及基因型分析

目的 了解合肥市某工地一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原及其基因型。方法 采用实时荧光PCR方法对16份肛拭子标本和7份水样标本进行诺如病毒、札如病毒和星状病毒核酸筛查,对诺如病毒核酸阳性标本采用RT-PCR扩增Rd Rp-VP1区基因,并进行基因序列测定,在线比对确定病毒基因亚型,运用MEGA软件构建基因进化树,进行基因比对和进化分析。结果 14份肛拭子和2份水样标本诺如病毒核酸阳性,札如病毒和星状病毒核酸均阴性,获得9条诺如病毒Rd Rp-VP1区基因序列,均为GⅡ. P17-GⅡ. 17型。结论 这是一起因饮用水污染GⅡ. P17-GⅡ. 17型诺如病毒引发的急性胃肠炎暴发疫情。     

浙江省2006-2007年暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 分析浙江省2006-2007年暴发性病毒性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行病学特征.方法 收集监测期间暴发性病毒性胃肠炎疫情患者的粪便标本及相关流行病学资料.采用RT-PCR及荧光定量RT-PCR检测诺如病毒.随机选掸部分阳性标本扩增部分多聚酶区和衣壳蛋白片段,进行序列测定,结合诺如病毒I(GI)、Ⅱ(GⅡ)基因型参考株进行进化分析.结果 诺如病毒感染暴发性胃肠炎共5起,发生时间均集中于9-12月,送检标本63份,诺如病毒检测阳性45份.序列分析结果显示,浙江省诺如病毒序列与诺如病毒GⅡ/4型参考株同源性最高,其中与北京2006年、荷兰2006年诺如病毒GⅡ/4型变异株最为接近,核苷酸同源性分别为99.7%和98.5%～99.0%.诺如病毒与北京、荷兰流行的GⅡ/4型变异株处于同一分支.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,流行时间集中于秋季,其流行株为GⅡ/4型变异病毒株.     

一起诺如病毒所致急性胃肠炎的病原学调查

目的确定天津市一起水源性急性胃肠炎暴发的致病原。方法采集病例粪便标本,饮用深井水标本,采用荧光定量(Real-time PCR)检测病毒核酸,包括轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒,阳性标本进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增及测序分析。对粪便标本进行常见肠道致病菌的检测。结果采集粪便标本33份,检出诺如病毒GⅠ型阳性5份(15.2%),诺如病毒GⅡ型阳性12份(36.4%),诺如病毒GⅠ型、GⅡ型均阳性3份(9.1%)。经测序分析1株GⅠ型为GⅠ/14基因型;4株GⅡ型中,2株为GⅡ/8型,1株为GⅡ/6型,1株为GⅡ/2基因型。轮状病毒(A,B,C组)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒和肠道致病菌检测均为阴性。3份饮水标本中轮状病毒(A,B,C组)、诺如病毒(GⅠ型,GⅡ型)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒检测均为阴性,常见肠道致病菌检测结果均为阴性。结论本次水源性急性胃肠炎暴发系由诺如病毒GⅠ型/Ⅱ型混合感染引起。     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

佛山市南海区散发急性腹泻中诺如病毒毒株型别监测分析

目的了解佛山市南海区内由诺如病毒引起的散发急性胃肠炎中其毒株型别及分布情况。方法集中采集2007年4月份南海区内非细菌性腹泻病例标本,采用针对诺如病毒多聚酶核甘酸序列的特异性引物和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行诺如病毒检测,筛选由诺如病毒引起的腹泻标本,并将阳性株的PCR产物送去测序,采用BLAST及序列分析软件分析测序结果推断其毒株型别。结果共收集30例非细菌性腹泻标本,病例多为婴幼儿,0￣5岁的病例有17例,占总数的56.7%,其余病例年龄在17￣80岁之间。共检出诺如病毒阳性标本7例,其中婴幼儿4例,成人3例,测序5例,经用DNAStar软件进行进化树分析属于GⅡ.4型的有4例,是从西樵和黄歧医院收集的腹泻标本中检测出来的,1例与参考菌株SaitamaU1(AB039775,GⅡ.12型)系统发生关系接近的菌株来自平州医院收集的标本。结论诺如病毒是引起佛山市南海区内散发的病毒性胃肠炎的一种重要的病原体。检测到的诺如病毒均属于GⅡ型,且以GⅡ.4型为主,未发现GⅠ型的诺如病毒。南海区内可能存在着不同基因型别的诺如病毒引起的感染。     

北京市一起来京游学团诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情分析

目的对一起来京游学团急性胃肠炎事件进行调查,控制疫情蔓延。方法搜索2019年7月20-22日期间,某来京游学团中出现急性胃肠炎表现者,进行个案调查,采集病例标本进行实验室检测。结果此次疫情共搜索到28例疑似病例,罹患率为12. 9%(28/217),病例主要临床症状为呕吐(25/28)、腹泻(17/28)。1件呕吐物检出GⅠ型和GⅡ型诺如病毒核酸。9件便标本检出诺如病毒核酸(其中3件检出诺如病毒GⅡ型核酸,6件检出GⅠ型和GⅡ型核酸)。结论此次事件是GⅠ型和GⅡ型诺如病毒感染导致的急性胃肠炎暴发。     

一起诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发的分子流行病学分析

目的了解青岛市某小学暴发的一起急性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行特征。方法将收集到的患者的粪便标本27份,采用RT-PCR方法进行诺如病毒检测,阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型。结果青岛市2012年12月份暴发的病毒性胃肠炎,27份粪便标本中检测出9株阳性毒株,阳性率为33.33%,其中7株测序成功,2株由于病毒浓度较低而测序失败。检测出的7株阳性毒株进行同源性分析,结果显示所测序列与诺如病毒参考株JX459908_GⅡ-4/Sydney\NSW0514\2012\AU的同源性均为100%,证实为诺如病毒GⅡ型,利用基因进化树分析得出是由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型。     

一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究导致本次急性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2015年2月7日北京市某旅行团急性胃肠炎暴发疫情病例标本进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测,并对感染病例的诺如病毒进行RNA依赖性RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区基因序列的检测和分析。结果 18份便标本经Real-time PCR检出12份GⅡ型诺如病毒阳性标本,RdRp区和VP1区序列扩增各得到11条诺如病毒基因序列。根据RdRp区和VP1区系统进化分析证明感染病例的诺如病毒分型为GⅡ.17型。该病毒株与引起暴发疫情的诺如病毒GⅡ.17型新变异株珠海ZHITHC-12株高度同源,RdRp区和VP1区核苷酸差异分别为0%和0.1%,氨基酸差异均为0%。结论引发北京某旅行团旅客急性胃肠炎暴发疫情的病原体是引起中国2015年暴发流行的诺如病毒GⅡ.17型新变异株。     

广西首起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对广西首起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因分型。方法采用荧光定量PCR法对8份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,取其中4份阳性标本再经RT-PCR扩增,然后纯化、克隆、测序和进化树分析。结果8份标本均测出诺如病毒RNA,阳性率100%;其中4株病毒的N/S区序列与GenBank中的雪山病毒参考株同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实广西大新县的急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.2型。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

2011年-2013年珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的病毒分子流行病学分析

目的研究珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征及流行株基因型的演化情况。方法收集珠海市2011年-2013年28起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本619份,采用荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)定性检测诺如病毒RNA,按要求选取部分诺如病毒RNA阳性标本扩增诺如病毒衣壳蛋白,进行测序及同源性分析。结果其中17起疫情由诺如病毒感染引发,检测阳性率为19.55%(121/619);选取诺如病毒RNA阳性标本57份进行测序分型,成功分型的标本为47份,全部为No V GⅡ,14株为GⅡ.4型(其中5株为GⅡ.4 2006b,另外9株为GⅡ.4/Sydney_2012);12株属于GⅡ.3型;3株属于GⅡ.5型;18株属于GⅡ.6型。结论珠海市诺如病毒引起的食物中毒流行株属于GⅡ组,但基因亚型存在多样性,并且在短时间内造成多处暴发疫情,提示该状况将是今后防控监测的重点。     

一起大学校园内由诺如病毒GⅡ型引起急性胃肠道疫情的病原分子生物学特征分析

目的分析长春市某大学一起胃肠道不适症状事件的诺如病毒分子生物学特征。方法将收集到的104份粪便标本,采用real-time PCR方法检测诺如病毒核酸。阳性标本再进行RT-PCR扩增,扩增产物经过凝胶电泳分析后,进行序列测定,确定基因型,并进行系统发生树分析。结果 104份粪便标本检出44株GⅡ组诺如毒株,22株测序成功,对测序成功的22株毒株进行同源性分析,结果这22株毒株与2016年韩国株Ⅱ.17|KX764738同源关系最近,证实这是一起由GⅡ.17感染引起的聚集性胃肠炎事件。结论此次胃肠炎事件是由诺如病毒引起,且为GⅡ.17毒株感染引起。     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

GⅠ.P11-GⅠ.6型诺如病毒分子特征分析

目的 分析引起北京市丰台区某小学1起胃肠炎疫情的诺如病毒分型特征，为诺如病毒防控提供参考依据。方法 2021年10月在北京市丰台区某小学发生1起胃肠炎疫情，留取粪便标本做便常规检测和便隐血检测，并在便标本中提取核酸，使用荧光定量PCR技术进行诺如病毒核酸检测，采用一步法逆转录PCR扩增特异性核酸片段分析诺如病毒亚型。结果 共14例胃肠炎病例，14份粪便标本便常规结果正常，7份便隐血结果阳性，阳性率为50.0%。13份标本检测出诺如病毒阳性，基因型别为GⅠ.P11-GⅠ.6。结论 本次疫情检测出的诺如病毒型别引起的胃肠炎便隐血阳性率较高，超过其他文献报道的比率，并发现其在氨基酸水平上聚合酶区和VP1区都发生了关键位点的变异。需持续进行疫情监测和防控工作，以减少该类疫情的发生。     

成都地区腹泻病例人杯状病毒感染状况研究

目的 了解成都地区2010年7～12月之间人杯状病毒感染性腹泻的情况.方法 采集成都市2家哨点医院2010年7～12月之间腹泻病人的大便标本501份,采用RT-PCR方法,对501份大便标本同时进行诺如病毒、札如病毒核酸检测.结果 501份标本中检出阳性122份,核酸阳性率为24.35％ (122/501),其中诺如病毒GⅠ型1份,占阳性标本的0.82％ (1/122);诺如病毒GⅡ型100份,占阳性标本的81.97％ (100/122);札如病毒18份,占阳性标本的14.75％(18/122);诺如病毒GⅡ型和札如病毒共同感染3份,占阳性标本的2.46％ (3/122).5岁以下儿童患者标本病毒核酸阳性检出率为24.3％ (109/449),其中诺如病毒GⅡ型的检出率最高;5～18岁患者标本病毒核酸阳性检出率为14.29％(1/7),标本检验结果为诺如病毒GⅡ型;18岁以上患者标本阳性检出率为26.67％ (12/45),其中诺如病毒GⅡ型检出率最高.9、10、11 3个月病毒核酸检出率较高,其中9月份病毒核酸检出率最高为36.51％ (23/63).结论 成都地区人杯状病毒感染性腹泻的病原体以诺如病毒GⅡ型为主,主要在秋冬季节高发,且婴幼儿和成人同样容易感染.     

一起GⅡ.17型诺如病毒引起的聚集性腹泻疫情报告

目的调查一起GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情。方法收集该起疫情患者粪便标本,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,阳性标本进行核苷酸序列测定并进行同源性分析。结果该起感染性腹泻疫情共36例患者,采集13例临床表现典型患者的粪便标本进行检测,诺如病毒核酸阳性8份,阳性率为61.54%。将5株测序成功序列进行比对,确定诺如病毒基因型为GⅡ.17型。与2014年中国香港分离的诺如病毒GⅡ.17型参考株Norovirus HK GⅡ.17 2014在同一个进化分支上,核苷酸序列同源性为99.3%~99.7%。结论本次疫情是由GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情,应加强对此毒株的监测工作。     

大连市首次在急性胃肠炎暴发疫情标本中检出GⅠ型诺如病毒

目的为确定引起大连市某幼儿园急性胃肠炎暴发疫情的病原体,对患儿粪便和呕吐物标本进行诺如病毒核酸检测。方法应用实时荧光RT-PCR法对12份标本进行GⅠ型和GⅡ型诺如病毒RNA检测。结果 12份患儿标本中,9份GⅠ型诺如病毒核酸阳性。结论首次在大连地区发现由GⅠ型诺如病毒引起的暴发疫情。     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。