基于Oncomine和GEO数据库分析S100P在胰腺癌中的表达及临床意义

目的 阐明S100P蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义.方法 检索Oncomine和GEO数据库中有关S100P的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对S100P在胰腺癌中的作用进行分析.结果 Oncomine数据库中共收集了438项不同类型S100P的研究结果,关于S100P表达差异有统计学意义的结果有63项,其中S100P表达增高的有38项,表达降低的有25项.胰腺癌中高表达的研究有5项、低表达的有0项.共有11项研究涉及S100P在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括387例样本.在数据库中综合比较11项研究成果,发现与对照组相比,S100P在胰腺癌中的表达量高于正常组织(P＜0.05).通过分析GEO数据库中的数据集GSE28735,自身对照发现S100P在胰腺癌组织中的转录水平显著高于其癌旁组织(P＜0.05).不仅如此,通过挖掘GEO数据库,分析数据集GSE28735和GSE57495,发现高表达S100P的患者总体病死率较高,低表达S100P的患者预后较好(P＜0.05).结论 通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示S100P mRNA在胰腺癌组织中呈现高表达,并与胰腺癌预后相关,其有望成为抗胰腺癌药物的重要治疗靶点.     

基于GEO数据库筛选阿尔茨海默病的关键基因

目的 应用生物信息学方法筛选阿尔茨海默病的关键基因。方法 从GEO数据库下载GSE5281和GSE138260数据集，用R语言对数据集进行去批次效应；WGCNA分析构建共表达网络，筛选与疾病相关基因模块并绘制基因聚类图和相关性图；以WGCNA筛选出的模块基因为对象进行差异表达基因分析，绘制火山图及热图；对差异表达基因进行Lasso回归分析，筛选关键基因；对差异表达基因进行京都基因和基因组数据库(KEGG)和基因本体(GO)富集分析，绘制气泡图。结果 通过WGCNA分析获得包含704个基因的brown模块与疾病高度相关；brown模块差异表达分析得到39个差异表达基因，其中10个下调基因，29个上调基因；进一步Lasso回归后筛选出9个关键基因。GO和KEGG富集分析表明，差异表达基因在矿物质元素的吸收、氧化还原驱动的活性跨膜转运蛋白等方面富集。结论 GEO数据库初步筛选出潜在的阿尔茨海默病关键基因，但还需进一步实验验证。     

通过生物信息学分析寻找与肺腺癌预后相关核心基因

目的 运用生物信息学分析,筛选肺腺癌发生过程中相关基因及通路,以便研究后续治疗靶点。方法 本研究从GEO数据框中获得了GSE32863、GSE75037、GSE43458的表达谱。使用R和Venn Diagram对表达谱肺癌与非癌样本之间的差异表达基因（DEGs）取交集。利用DAVID进行GO富集和KEGG富集初步分析。利用STRING构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用网络,并在Cytoscape上可视化。利用分子复合物检测算法MCODE对蛋白-蛋白相互作用网络进行模块分析,获得核心基因。此外,利用Kaplan-Meier-Plotter确定核心基因对总生存期的影响。采用GEPIA和KEGG对所有核心基因进行分析。结果 建立的表达谱中共检查出114个差异表达基因,其中上调基因17个,下调基因97个;在PPI处理聚集到的核心基因中SPP1、COL6A6、ANGPT1、CAV1、CDH5、IL-6和TEK在肺癌组织中表达量有显著变化,且其上调或下调与患者的总生存率相关。结论 本研究筛选了7个核心基因和通路,确定了肺腺癌治疗的潜在预后标志物,然而还需要具体的体内外实验来验证核心基因在肺腺癌...     

乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌脑转移瘤差异表达的核心基因。方法 从GEO数据库下载GSE125989数据集，运用GEO在线分析工具GEO2R分析数据集的差异基因。利用在线工具DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，将获得的差异表达基因数据输入STRING数据库并通过Rstudio进行可视化。利用Rstudio的CytoHubba插件筛选核心基因。利用Kaplan-Meier Plotter在线工具验证核心基因与总生存期的关系。结果 经GEO2R工具筛选出22 277个基因，进一步筛选集中获得差异表达基因74个，GO功能注释发现，差异表达基因主要在细胞外基质组织等方面显著富集；KEGG通路主要在蛋白质消化吸收等通路富集。通过CytoHubba插件以度筛选出PPI网络中排名前10位的差异表达基因为核心基因。生存分析显示DCN、ELN与患者总生存期具有显著的相关性。结论 本研究共筛选出2个与乳腺癌脑转移预后相关的核心基因，分别为DCN、ELN。     

基于基因芯片探索鼻咽癌的分子靶标

目的 在分子水平探索鼻咽癌的发病机制,筛选鼻咽癌诊断或治疗的潜在分子靶标。方法 在GEO公共数据库中下载编号为GSE12452和GSE13597的基因芯片数据（包含鼻咽癌和对照鼻炎黏膜组织数据）,利用R编程语言的相关工具包对原始芯片数据进行预处理和差异表达基因的筛选。利用DAVID数据库对差异表达基因进行基因GO功能分析和KEGG信号通路分析。取我院鼻咽癌石蜡标本和对照鼻炎黏膜组织新鲜标本各5例,利用realtime PCR和Western blot分别检测18个细胞周期相关基因和4种蛋白在两组织中的表达,进一步验证基因芯片的结果。结果 生物信息学分析得到了260个差异表达基因,涉及16个GO条目和4条信号通路。18个细胞周期相关的基因中,real-time PCR和Western blot进一步确定鼻咽癌组织中有12个基因在mRNA水平表达上调,4个基因在蛋白水平表达上调。结论 通过对两套鼻咽癌表达谱芯片数据的综合生物信息学分析与分子生物学验证,发现CDC6、CDK1、MCM2和CCNB1这4个可能是鼻咽癌恶性进展相关的关键基因,可作为潜在靶点作进一步的功能研究。     

基于生物信息学分析探索神经母细胞瘤相关的新生物标志物

目的 利用综合生物信息学分析方法探索神经母细胞瘤（Neuroblastoma,NB）相关的新生物标志物。方法 采用GEO2R分别筛选GEO(Gene expression omnibus)数据库GSE39262和GSE66586数据集中NB细胞与对照细胞之间的差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）,利用韦恩图将两组DEGs取交集,利用仙桃学术在线生信分析工具对其进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库绘制蛋白互作网络（Protein-protein interaction,PPI）图,并通过Cytoscape软件中的CytoHubba插件筛选Hub基因。最后使用R2基因组分析和可视化平台（R2 Genomics Analysis and Visualization Platform）整理的NB组织转录组数据对Hub基因进行筛选验证。结果 本研究从GSE39262数据集中共筛出845个DEGs,从GSE66586数据集中共筛出2 980个DEGs,韦恩图分析出392个共有DEGs。GO/KEGG分析提示,上述共...     

基于公共数据库分析FABP5在肾透明细胞癌中表达及预后的意义

摘要： 目的 探讨脂肪酸结合蛋白5 （FABP5） 基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法 提取Oncomine 和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析, 通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释, 采用 GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集, 表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项 （肾癌5项）, 表达降低的有24项 （肾癌0项）。肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集。综合比较这4项数据集发现, FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织 （P＜0.05）。GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织 （P＜0.01）。DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能。使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高, 低表达FABP5的患者预后较好 （P=0.001 1）。结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关, 其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点。     

YTH结构域家族蛋白 2和叉头蛋白转录因子 3在肺腺癌中的表达关系研究

目的分析 YTH结构域家族蛋白 2(YTHDF2)及叉头蛋白转录因子 3(FOXO3)在肺腺癌病人中的表达及与预后的关系。方法收集 2020年 1月至 2021年 5月在郑州大学第一附属医院行手术治疗的肺腺癌病人癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织 5 cm以上) 80对,收集病人临床病理资料;利用癌症基因组图谱( TCGA)数据库查询 YTHDF2、FOXO3基因在肺腺癌中的表达水平;采用免疫组织化学法检测 YTHDF2、FOXO3蛋白在肺腺癌组织中的表达情况;分析 YTHDF2、FOXO3蛋白水平与肺腺癌病人临床病理资料的关系;分析肺腺癌中 YTHDF2与 FOXO3基因表达水平的相关性;对病人进行为期 3年的随访,分析病人 3年累积生存率。结果 YTHDF2、FOXO3蛋白在肺腺癌组织中的高表达率分别为 34.00%、26.00%,明显低于癌旁正常组织中 79.48%、61.54%(P<0.05)。 YTHDF2蛋白表达情况与肺腺癌病人年龄、淋巴结转移和分化程度相关( P<0.05);与 TNM分期、性别无关( P>0.05); FOXO3蛋白表达情况与肺腺癌病人性别和分化程度相关(P<0.05);肺腺癌组织中 YTHDF2蛋白高表达组和低表达组病人 3年累积生存率分别为 53.30%、14.00%,经 log-rank比较,差异有统计学意义( P<0.05); FOXO3蛋白高表达组和低表达组病人 3年累积生存率分别为 64.50%、12.20%,经 Log-Rank比较,差异有统计学意义( P<0.05)。结论 YTHDF2、 FOXO3在肺腺癌组织中均低表达,与病人肿瘤分化程度及 3年累积生存率有关,有望成为评估肺腺癌病人预后的生物标志物。     

基于生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关关键基因

目的 利用生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法 在基因表达组学数据库(GEO)下载GSE206848数据集，运用GEO₂R在线工具进行分析，并筛选DEGs;利用R语言绘制火山图和热图。然后对DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),并通过CytoHubba插件以5种算法取交集筛选关键基因(Hub gene)。结果 经GEO₂R筛选，从GSE206848数据集中获得DEGs 1 592个(545个上调基因、1 047个下调基因)。GO功能富集分析发现，DEGs的生物学过程主要富集在DNA代谢过程的调节、超分子纤维组织的调控、细胞器组织的负调控；细胞定位主要富集细胞边缘、肌动蛋白细胞骨架、核散斑；分子功能主要富集微管蛋白结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集分析结果主要涉及PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控等。应用CytoHubba插件筛选得到3个关键基因(PIK3CA、EGFR...     

基于生物信息学筛选非小细胞肺癌血小板RNA生物标志物及潜在治疗靶点北大核心CSCD

目的通过生物信息学筛选非小细胞肺癌(NSCLC)血小板RNA关键基因,寻找潜在的癌症生物标志物及新的治疗靶点。方法检索基因表达综合数据库获得来自NSCLC患者和健康对照的3个转录组数据集(GSE68086、GSE89843、GSE183634),对数据集GSE68086中的RNA进行差异表达分析,然后对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析。通过加权基因共表达网络分析划分与疾病相关的基因模块,选择相关性最强的模块基因与差异基因的交集基因,用最小绝对值收敛和选择算子(LASSO)和随机森林(RF)2种机器学习算法筛选关键基因,并在数据集GSE89843、GSE183635中进行验证。最后对关键基因进行基因集富集分析。结果共鉴定出4917个DEGs(596个上调基因和4321个下调基因)。通过GO、KEGG富集分析发现:DEGs主要与RNA过程、细胞凋亡、细胞周期及胞质内翻译等相关。LASSO和RF 2种机器学习算法共同识别到5个关键基因。验证得到ITGA2B、IFITM3对NSCLC诊断价值具有显著意义。结论ITGA2B、IFITM3可能是预测和治疗NSCLC的潜在生物标志物和新的作用靶点。     

药品质量信息处理系统的研制与实践

本文介绍了运用软件工程的设计方法和数据库技术,在对软件开发环境、软件复用、程序生成等方面进行研究的基础上开发出“药品质量信息处理系统”。并较详细介绍了该系统的检验数据的统计、分析、汇总、存储等功能。展示了该系统在检品的质量分析、统计报表、出示检验报告书等方面的应用,并为卫生行政部门对药品监督管理决策提供科学依据起到了重要作用。     

Anemia in chronic obstructive pulmonary disease: a readmission prognosis factor

Abstract

Objective:

The prevalence of comorbid anemia in patients with COPD ranges from 7.5% to 34%. The aim of this study is to determine if anemia is a risk factor for readmission in COPD patients.     

加快建设和完善《全国药品质量监督管理信息系统》

本文针对进一步加快建设和完善《全国药品质量监督管理信息系统》提出了扩建数据库、满足实用性、确保科学性、安全性的建议和意见     

Mass Receptor Screening for New Drugs

Mass receptor screening is capable of identifying drug candidates in large compound libraries. Our laboratory has developed a mass screening technology by standardizing assay protocols that can be transferred from receptor to receptor. The entire operation, from disbursement of compounds to data analysis, is computerized to handle vast numbers of experimental results. The success of this method depends upon strict definitions of compound activity, with rapid elimination of compounds that do not fulfill all criteria. Finally, we approach automation with caution. While certain items, such as automatic harvesters, are essential for high-throughput screening, much time can be spent optimizing gadgets instead of gathering data.     

中草药化学成分的晶体结构图谱库系统

中草药化学成分的晶体结构图谱库系统是我国建立的第一个单晶结构数据库,汇集了近250个中草药化学成分的晶体结构。该库除了通常的数据库含义外,尚兼备多功能检索、绘图、计算等功能,是一个应用广泛的工具库。全部软件是用dbase,FORTRAN及汇编语言写成。该软件可在286,386,486及其兼容的微机上运行。     

一种基于目录和关系的混合数据模型

目录和关系数据库分别在架构、安全、事务处理等方面各有优点,而许多信息管理系统,特别是互联网应用(电子商务、分布应用)系统中,既需要目录数据结构的与组织资源架构的一致性和分布特征,也需要关系数据对事务处理、数据挖掘的优势,两种数据结构的结合可以使系统数据更加结构化、应用开发更加高效、变更更加灵活.本文提出了一个基于LDAP/X500目录和SOL数据操作语言的关系数据库的混合数据模型框架,来解决一些具有组织结构、资源管理,又有事务处理、数据分析应用系统的数据框架问题.     

中国药厂产品微机检索系统

运用汉字Ｆｏｘｂａｓｅ＋（２．１０）编程技术，实现对中国３２０４家药厂及药业公司的近２０００种西药类产品微机快速检索。以结构化程序设计为基础．运用菜单技术，完成输入、查询、统计、添加、修改、删除、退出等功能。系统设有多种检索途径，通过正向、反向、模糊查询的方式，满足用户的不同需要。     

Synthesis and Characterization of Cr(III), Mn(III), Fe(III), VO(IV), Zr(IV) and UO2(VI) Complexes of Schiff Base Derived from Isonicotinoyl Hydrazone

2-hydroxy-5-chloro-3-nitroacetophenone isonicotinoyl hydrazone as a Schiff base ligand and its complexes with Cr(III), Mn(III), Fe(III), VO(IV), Zr(IV) and UO₂(VI) metal ions have been synthesized. The ligands as well as their metal complexes were well characterized using various physicochemical techniques such as elemental analyses, molar conductance measurements, magnetic measurements, thermal analysis, electronic and IR spectral studies. On the basis of these studies, square pyramidal stereochemistry for Mn(III) and VO(IV) complexes while octahedral stereochemistry for all the other complexes have been suggested. The complexes were found to be stable up to 60-70° and thermal decomposition of the complexes ended with respective metal oxide as a final product. The thermal data have been analyzed for kinetic parameters using Broido and Horowitz-Metzger methods. The synthesized Schiff base ligand and its complexes were also tested for their antimicrobial activity using various microorganisms.     

几种水溶性软膏剂基质的对比实验

介绍几种常用水溶性软膏基质的实验研究。并将各种软膏基质置于不同温度条件下进行考察与对比实验，以观察其稳定性。