随机扩增多态DNA分析技术及其在寄生虫学中的应用

<正> 随机扩增多态DNA(random amplified poly-morphic DNA,RAPD)分析技术,又称为任意引物PCR(arbitrarily primed PCR,AP-PCR),是90年代Williams和Welsh等几乎同时发明的将随机引物与PCR技术结合,对复杂基因组DNA分子多态性分析一种技术。1 RAPD的基本原理 RAPD技术是利用一系列单一的碱基序列随     

川木通的随机扩增多态性DNA与序列特征性扩增区域标记研究

目的采用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）法建立川木通的分子鉴定方法,为川木通的快速鉴定奠定基础。方法从100对随机引物中筛选出5对多态性丰富的RAPD引物进行川木通10个种的扩增分析,最终得到C13为阳性序列特征性扩增区域（sequence characterized amplified regions,SCAR）标记。结果阳性SCAR标记均可以进行川木通原植物与药材的分子鉴定引物,C13可以鉴定上述2种药典品种和商品主流品种（粗齿铁线莲、钝萼铁线莲）。结论RAPD法简便易行,为亲缘关系较近的多基原药材的鉴定提供了一种新方法。     

淋球菌RAPD分型的引物筛选与应用

目的为了研究不同淋球菌菌株的基因多态性,了解不同菌株之间的亲缘关系,选择适当的随机引物。方法以淋球菌基因组DNA为模板,对淋球菌进行RAPD扩增,选择多态性好、重复性好、稳定性强的随机引物,并用S38号引物对不同淋球菌基因组DNA进行指纹图谱区分。结果从Sagon公司50条RAPD随机引物中筛选出8条扩增效果良好的引物,经RAPD扩增出的淋球菌指纹图谱间有明显不同的DNA多态性,可对不同菌株进行聚类分析。结论利用RAPD技术对淋球菌进行随机引物的筛选,可为今后淋球菌的分子流行病学研究奠定基础。     

WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔遗传多样性的RAPD分析

目的 应用随机引物扩增多态性DNA技术 （random amplified polymorphic DNA,RAPD） 对大耳白黑眼兔（white hair black eyes rabbit,WHBE rabbit）、日本大耳白兔（Japanese white rabbit,JW rabbit）和新西兰兔（New Zealand white rabbit,NZW rabbit） 3个实验兔品系进行遗传分析。方法 选用90只实验兔的皮肤组织样品提取基因组DNA,用60个随机引物对实验兔基因组DNA进行PCR扩增,根据电泳结果筛选出多态性较高的引物进行RAPD-PCR分析,再利用Popgene 3.2统计软件对3个品系的扩增条带进行遗传分析,获得实验数据。结果 分析结果表明：（1） 60个随机引物中筛选出25个多态性较高的引物,3个品系实验兔共检测到493个扩增片段,长度在100 ~1800 bp之间,筛选的25个引物中,其中16个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出WHBE兔特有的特征条带;（2） WHBE兔位点数为234个,其中多态位点数166个,多态位点比为70.94%,JW兔位点数为228个,其中多态位点数122个,多态位点比为53.51%,NZW兔位点数为231个,其中多态位点数94个,多态位点比为40.69%;（3） 三个群体的Shannon多样性指数分别为0.3385,0.2222和0.1905;（4） JW兔和NZW兔的遗传相似系数最高,为0.8443,其次为WHBE兔和JW兔的遗传相似系数,为0.8204,WHBE兔和NZW兔的遗传相似系数最低,为0.7862。结论 结果表明WHBE兔与JW兔和NZW兔之间有遗传的相似性,也存在着遗传差异,应用RAPD技术可以很好地检测实验兔不同品系之间以及同一品系不同个体之间的亲缘关系。     

对5个S180克隆细胞株RAPD特征的研究

目的运用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术建立S180的5个克隆细胞株的特异性图谱。方法运用23条引物对S180-S2D9、S180-S2D7、S180-S1F11、S180-S1H10、S180-S1B115个克隆细胞株的基因组DNA进行RAPD-PCR扩增,以琼脂糖电泳观察结果。结果筛选出3条在各克隆株扩增产物间有差异的引物。结论5个S180克隆细胞株的RAPD特征有明显区别。     

小鼠肝癌H22细胞克隆株的RAPD分析

目的应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术检测小鼠肝癌H22细胞克隆株的遗传变异。方法用47条引物对小鼠肝癌H22细胞的4个克隆株H22-H8D8,H22-H2G4,H22-H2E10,H22-H2C4基因组DNA进行RAPD分析。结果47条引物均能扩增出明显的条带,条带数多为4~10条,片段大小在200~2000 bp之间。其中4条引物的扩增条带具有多态性,表现为带的有无、移动和强弱差异。结论RAPD技术可以用来检测小鼠肝癌H22细胞克隆株基因组之间的差异。     

近交系中国地鼠山医群体遗传结构的随机扩增多态分析

目的应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对近交系中国地鼠山医群体的遗传结构进行多态分析。方法采用30条10bp引物对中国地鼠山医群体的A家系和E家系共24个个体进行RAPD扩增,分析家系的遗传纯度,探讨两个家系的亲缘关系。结果30条随机引物对供试的24个个体产生255条谱带。单个引物扩增的谱带数是2~17条,平均8条。所有样品的相似系数0.9431~0.9955之间变动,平均相似系数为0.9749。根据扩增出的RAPD图谱,运用SPSS软件包中的Wardmethod法进行聚类分析。结论供试中国地鼠A家系和E家系两个家系间存在一定程度的差异,中国地鼠A家系和E家系分别先聚为一类,中国地鼠群体间的分子聚类关系与各群体间的亲缘关系基本一致。     

BALB/c突变无毛小鼠特异性免疫功能的研究

选用9条随机引物，对Wistar,WKY,F344三个品系的近交系大鼠进行了随机扩增多态性DNA（RAPD）分析。结果显示同一品系大鼠不同个体之间的RAPD图谱都相同，表明所测的三个品系大鼠内部遗传背景均一，在不同品系大鼠之间的RAPD结果有差异。Wistar与WKY之间，Wistar与F344之间，WKY与F344之间的共享度分别为87.9%,98.5%和89.2%。RAPD方法可以作为一种检测近交系大鼠种群内的遗传变异及区分不同品系近交系鼠的遗传检测方法。     

长江流域南方鲇（Silurus meridionalis）和鲇（Silurus asotus）分子遗传标记的建立

目的 为南方鲇和鲇的分类提供分子鉴定的依据。方法 随机扩增多态性DNA技术（RAPD）。结果 建立了南方鲇和鲇的分子遗传标记,即S449－1．0kb。结论 南方鲇和鲇的分子遗传标记可在遗传育种中用于物种的有效鉴定,应用随机扩增多态性DNA技术可以发现并建立两个种之间鉴别的分子遗传标记。     

随机扩增多态性DNA技术及其应用

随机扩增多态性DNA技术（RAPD）是在PCR基础上建立起来的遗传分析方法,因其具有简便,经济,快速等优点,显著潜在的应用前景,本文就影响RAPD分析的因素,以及在实验动物遗传检测和病原生物体检测方面的应用作一介绍。     

柴胡属5种植物RAPD分析与分类鉴定

目的 探讨正晶柴胡与同属近似种包括柴胡Bupleurum chinense、狭叶柴胡B.scozonerifolium、竹叶柴胡B.marginatum、小叶黑柴胡B.smithii var.parvifolium、大叶柴胡B.longiradiatum5种柴胡属植物鉴定的分子证据。方法 CTAB法提取柴胡属原植物总DNA，以随机引物进行非特异扩增。结果 用随机引物OPA－1（5‘－CAGGCCCTTC－3‘），OPD－8（5‘－GTGTGCCCCA－3‘）和OPD－11（5‘－AGCGCCATTG－3‘）能有效地鉴定这5种柴胡属植物。结论 RAPD法可准确鉴定正品柴胡及其近似种。     

我国三带喙库蚊的随机扩增多态性DNA研究

目的：探讨我国4省三带喙库蚊的遗传多态性。方法：分别用8种随机引物对采自我国广东、福建、海南和贵州的12只三带喙库蚊的基因组DNA进行聚合酶链反应（PCR）扩增，1.5％琼脂糖凝胶电泳检测结果。用PHYLIP软件包中的NEIGHBOR程序对随机扩增多态性DNA数据进行聚类分析，然后用软件TREEVIEW绘制出系统发育树。结果：8种随机引物共扩增出RAPD片段270个，RAPD谱带均为单型。系统发育树显示，海南的2只三带喙库蚊聚为一枝，而其余标本中同一省份的标本均未能聚为独立的分枝。结论：三带喙库蚊个体间的遗传变异较大；不同省份三带喙库蚊的变异具有交叉。     

假丝酵母性阴道炎的病原菌检测及RAPD分析

目的：探讨女性假丝酵母性阴道炎的病原菌种类,分析其随机扩增DNA多态性（RAPD）,为该病的临床诊断及流行病学监测提供依据。方法：刮取106例疑似假丝酵母性阴道炎患者道分泌物,分离培养并鉴定病原菌;利用10种随机引物（RAPD 1~10）对分离病原菌进行RAPD分析。结果：①分离获得假丝酵母72株,其中白假丝酵母56株（77.78%）,非白假丝酵母16株（22.22%）,包括光滑假丝酵母6 株（8.33%）、热带假丝酵母4 株（5.56%）、克柔假丝酵母1 株（1.39%）及其他假丝酵母5 株（6.94%）;②RAPD分析表明：有2种引物（RAPD2和RAPD5）可以获得较清晰、稳定的特异性带型,具有较明显的种间遗传变异性和种内遗传相似性。结论：假丝酵母性阴道炎病原菌以白假丝酵母为主。随机引物RAPD2和RAPD5比较适于白假丝酵母和热带假丝酵母的分型、鉴定。     

随机扩增多态性DNA鉴定酵母菌的初步探讨

目的 :应用随机扩增多态性 DNA( RAPD)技术对临床上常见的酵母菌进行分析 ,以选择合适的引物和实验条件对酵母菌进行鉴定。方法 :选用四条长度为 10个碱基的随机引物分别对酵母菌、丝状真菌及细菌进行扩增 ,并对扩增结果进行相似性分析。结果 :所选三条引物可在种的水平上将所试菌株有效地区分开来 ,但同一引物对不同菌种的扩增结果存在明显的差异。在扩增同种内不同菌株时 ,各菌株间也存在着一定的差异。采用不同引物进行扩增时种内变异的程度有所不同。除个别菌株外 ,扩增所得指纹图型的种类差异远远小于不同的菌种间的差异 ,因而可将不同种的酵母菌有效地区分开来。结论 :RAPD技术可用于酵母菌的种间鉴定。其中引物及实验条件的选择尤为重要 ,同时 ,将多条引物扩增结果共同用于结果分析将有助于提高鉴定的可靠性     

短片段重复序列复合扩增技术在亲子鉴定中的运用

多位点复合扩增短片段重复序列（Short Tandem Repeat,STR）技术是运用最为广泛的人类遗传认定系统,其原因有以下几个方面：（1）可以对部分降解的或陈旧性生物标本中的DNA进行特异性扩增;（2）与DNA指纹技术、AMP-PLP技术和RFLP技术相比,STR技术仅需要1～5 ng的模板DNA;（3）可在同一PCR扩增管中加入3对以上的STR引物,在同一条件下进行扩增;（4）扩增结果易于分析,不需要放射性标记;（5）结果分析时,由于采用了等位基因Ladder,简化了结果的分析步骤,实现了结果分析的标准化,使得不同实验室的认定结果有了可比性,同时也为结果分析的自动化奠定了基础.于1998年初开始把这项技术运用于实际案例中,现将运用情况报告如下.     

鼠麴草基因组DNA的提取方法及随机扩增多态性DNA分析

目的以鼠麴草的叶为材料,研究鼠麴草DNA的提取方法及对其进行随机扩增多态性DNA（RAPD）的分析。方法采用略改进的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、高盐低pH法、木本法和十二烷基硫酸钠（SDS）法分别提取鼠麴草叶的基因组DNA。通过RAPD分析所提取的DNA,比较所用的提取方法。结果CTAB法得到DNA的A260/A280为1.937,浓度为992.25μg/ml,优于其他3种方法。结论CTAB法是4种方法中最佳的方法。     

三个鼠源性肿瘤细胞系的RAPD分析

目的：探讨鼠源性肿瘤细胞系基因组不稳定程度或基因组损伤与肿瘤发生的关系。方法：用145条RAPD引物对鼠源性Lewis肺癌、SCC891乳腺癌及B16黑色素瘤及其相应正常组织基因组DNA进行RAPD扩增，扩增产物在含溴化乙锭的1．5％琼脂糖凝胶中电泳，紫外透射仪上观察照相。结果：145条引物绝大多数能扩增出清晰、明显的条带。多数引物扩增出的条带呈单态性，在肿瘤及其相应正常组织之间无差异。部分引物扩增出的DNA序列在肿瘤组织与其相应正常组织间存在差异，表现为多态性，即肿瘤组织与其相应正常组织的DNA片段相比，出现带的缺失、增加、移动和强度变化。扩增Lewis肺癌的105条引物中有25条表现多态性；扩增B16黑色素瘤的105条引物中有24条表现出多态性；扩增SCC891乳腺癌的120条引物中有18条表现出多态性。结论：RAPD扩增结果表明三个恶性度较高的瘤株，其基因组损伤程度亦较高，表现为基因拷贝数的增加或等位基因的丢失，进步证实了细胞的癌变与基因组某些改变密切相关。     

波氏假阿利什菌和尖端赛多孢子菌随机扩增DNA多态性分析

为了解波氏假阿利什菌和尖端赛多孢子菌的基因学特征，研究其DNA分型与菌种来源的关系。采用随机扩增多态性DNA分析（RAPD）方法。发现3种引物可将来自5个国家的13株波氏假阿利什菌和18株尖端赛多孢子菌分为31个基因型。     

随机引物扩增多态性DNA技术在大肠埃希菌分型中的应用

目的：应用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析大肠埃希菌DNA多态性，并对其进行分型，观察敏感株、耐药株基因型之间的关系。方法：利用蛋白酶K、酚—氯仿抽提DNA模板，应用一对随机引物建立RAPD的检测分析方法，并对12株敏感型、15株耐药型(ESBLs)大肠埃希菌进行基因分析。结果：12株敏感型有8种基因型；15株耐药型中有12种基因型。27株大肠埃希菌在250bp处有共同条带；15株耐药型在1200bp处有共同条带，而敏感型则没有。结论：大肠埃希菌属间有特异性共同条带；耐药菌株中存在共同的特异性条带，与耐药性有关。因此，大肠埃希菌对β-内酰胺类耐药，可利用RAPD基因分型技术进行鉴定。     

人源细粒棘球蚴的RAPD分析体系建立

目的建立PCR—RAPD反应体系，提升细粒棘球蚴随机扩增多态性DNA（RAPD）遗传多态性研究的稳定性，为研究细粒棘球蚴的分类学以及包虫病的分子流行病学奠定基础。方法采用改进的酚-氯仿抽提法提取细粒棘球蚴基因组DNA，用单因素筛选方法建立PCR—RAPD分析体系。结果采用改进的酚／氯仿抽提方法提取细粒棘球蚴基因组DNA质量高，适用于PCR—RAPD扩增分析；在25μL体系中，RAPD—PCR扩增反应各成分的最佳浓度为：dNTP0．2—0．3mmol／L、Taq酶2．5U、随机引物0．8—1．4μmol／L，模板为60ng。PCR扩增最佳条件为：95℃预变性5min；94℃变性30s、32℃退火45s、72℃延伸1min、共35个循环；最后72℃延伸10min；初步从20条引物中筛选出11条带型丰富的随机引物。结论酚-氯仿适用于提取细粒棘球蚴基因组DNA，优化的RAPD反应体系和筛选出的随机引物适合进行细粒棘球蚴RAPD遗传多态性分析。