浙江省奉化市一起腺病毒感染暴发疫情调查

目的 对奉化市一起腺病毒暴发疫情进行流行病学调查和实验室检测,为及时采取有效控制措施提供依据.方法 对2016年奉化市某游泳池腺病毒暴发疫情进行现场调查,描述分析病例发病过程及流行病学特征.采集病例样本进行实时荧光定量PCR检测,并对阳性样本进行病毒分离.以腺病毒六邻体基因(Hexon gene)为目的基因,对分离株进行扩增测序.将测序结果提交GenBank进行BLAST比对,MEGA 5.2软件对腺病毒的六邻体基因序列构建进化树,确定其型别.结果 该起疫情历时15d,共出现18例住院患儿,临床症状以发热、扁桃体化脓和眼红为主,在发病前1～5天内有某游泳馆暴露史j 10份患儿咽拭子样本的PCR检测结果显示,均为呼吸道腺病毒(RADV)阳性,CT值在17～26之间.测序比对结果表明分离到的6株腺病毒序列相同,基因亲缘关系树显示该批分离株均为腺病毒B亚群,与人腺病毒3型参考株同处一支,同源性为99.1％～99.8％.结论 此次游泳池暴露的疫情系人腺病毒3型引起.     

上海市浦东新区引起腹泻的腺病毒分子流行病学特征

目的了解2015—2016年上海市浦东新区病毒性腹泻感染中腺病毒感染的分子流行病学特征。方法采集浦东新区14家二、三级医疗机构肠道门诊中的腹泻患者粪便标本和信息,通过实时荧光聚合酶链式反应(real-time PCR)方法对样本中的腺病毒等5种腹泻类病毒进行初筛;对腺病毒初筛阳性标本,通过人喉癌上皮细胞(Hep-2细胞系)分离腺病毒毒株;通过PCR,扩增腺病毒六邻体蛋白(Hexon蛋白)部分片段并测序,测序结果使用BioEdit软件进行整理,MEGA软件构建腺病毒系统进化树,BEAST软件对腺病毒核苷酸替换率进行分析。结果 2015—2016年,浦东新区疾病预防控制中心共采集腹泻病例样本4 089份,在1 595份腹泻病毒初筛阳性样本中,有腺病毒阳性146份,腺病毒的检出率为3.57%(146/4 089),腺病毒在腹泻病毒中的构成比为9.15%(146/1 595)。腺病毒感染的男女比为1.56∶1,0～9岁是所有年龄组中最易感染腺病毒腹泻的年龄组。腺病毒感染没有明显的季节分布。分离到的58株毒株共有11个腺病毒血清型,以腺病毒41型(22株)和3型(18株)血清型为主。腺病毒的核苷酸变异率为3.53×10~(-6)核苷酸替换/位点/年。结论腺病毒41和3型是本地区腺病毒腹泻的主要病毒基因型,存在腺病毒核苷酸替换,需要加强腺病毒感染腹泻的研究与防控,避免因腺病毒感染导致的聚集性疫情的发生。     

玉溪市一起人腺病毒感染导致的儿童呼吸道感染暴发疫情调查

目的了解云南省玉溪市一起儿童呼吸道感染暴发疫情的流行病学及病原学特征。方法对此次暴发进行现场调查, 对病例发病过程及流行病学特征进行描述性研究。采集与此次暴发有流行病学相关的住院病例咽拭子样本, 采用实时荧光PCR方法对样本进行腺病毒核酸检测, 并对腺病毒核酸阳性样本进行病毒分离培养, 对分离株进行六邻体基因扩增、测序。结果此次疫情历时11 d, 共出现58例住院患儿, 临床症状以发热、畏寒和扁桃体发炎为主, 在发病前7 d内有某游泳馆暴露史。所采集的20份咽拭子样本腺病毒核酸检测均为阳性, 分离培养得到13株腺病毒毒株。六邻体基因测序得出所测13株腺病毒序列相同, 基因进化树显示这批分离株均为腺病毒B群, 与人腺病毒7型参考株处于同一分支, 同源性为100.00%。结论此次疫情有明显的聚集性和儿童易感性, 引起疫情的病原为腺病毒7型。     

安庆市呼吸道感染疫情人腺病毒的病原分析

目的对一起呼吸道感染疫情人腺病毒进行病原鉴定。方法将4株腺病毒核酸阳性患者标本接种于Hep-2细胞进行培养,利用产生病变的细胞提取核酸DNA,PCR扩增六邻体蛋白基因,对扩增的产物进行测序,并通过BLastn序列分析以确定其型别。结果 4株腺病毒毒株六邻体蛋白基因PCR产物测序和Blastn分析结果证明该腺病毒与人7型腺病毒同源性为最高,大于99%。结论本研究从患者标本中分离到的病毒毒株为腺病毒7型。     

合肥市某小学急性呼吸道感染疫情的病原学分析

目的分析合肥市某小学一起急性呼吸道感染疫情病原学,为疫情发生的生物学病因提供依据。方法采用实时荧光PCR方法(Real-time PCR)对采集的10份患者咽拭子标本进行流感病毒和腺病毒核酸筛查,检出的腺病毒核酸阳性标本经普通PCR扩增腺病毒六邻体基因片段以进行序列测定,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统进化树分析,以确定其病毒型别。结果 10份咽拭子标本流感病毒核酸检测结果均为阴性,7份标本检出腺病毒核酸,进一步通过基因测序、序列比对、基因进化树分析确定为腺病毒3型。结论依据实验室检测结果并结合流行病学调查和临床症状,确认该起急性呼吸道感染疫情的病原体为人腺病毒3型。     

江西省一起腺病毒感染的出血性结膜炎疫情的分子流行病学溯源

目的 对江西省某地一起暴发出血性结膜炎人腺病毒进行Hexon基因特征分析,在基因层面对该疫情进行病原溯源,为防控策略提供技术支撑。方法 采集出血性结膜炎患者结膜拭子和咽拭子标本,采集排水口和浮板涂抹拭子标本。采用Real - time RT - PCR方法对所有标本进行人腺病毒（HAdV）和人肠道病毒（HEV）核酸检测,对核酸阳性的标本进行Hexon基因部分片段序列测定,运用Bioedit 7.0和MAGE 6.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 共采集出血性结膜炎5名患者结膜拭子标本4份,咽拭子标本1份,共检出人腺病毒核酸阳性标本4份,阳性率为80%,标本采集时间最长为发病后10 d。采集排水口和浮板涂抹拭子各1份,均为HAdV的核酸阳性。所有标本HEV核酸检测阴性。共获得4条病例标本Hexon基因部分片段序列,经Hexon基因测序鉴定均为HAdV - E4基因亚型。结论 该起出血性结膜炎疫情可能由HAdV - E4基因亚型污染游泳池水引起。     

应用实时荧光聚合酶链反应检测婴幼儿腹泻标本中的腺病毒

目的 建立实时荧光聚合酶链反应(Real-time PCR)方法检测腺病毒,并分析浙江省温州地区散发性婴幼儿腹泻患者不同型别腺病毒的感染情况.方法 根据GenBank中腺病毒六邻体基因序列设计一对通用引物,建立Real-time PCR方法检测婴幼儿腹泻标本中腺病毒DNA,并与免疫层析法比较;同时对Real-time PCR方法 检测阳性的标本进行PCR产物测序和病毒分离培养及酶切鉴定.结果 建立快速、特异检测婴幼儿腹泻标本中腺病毒DNA的Real-time PCR技术.157份婴幼儿腹泻标本中免疫层析法检测阳性3份,阳性率为1.91%;Real-time PCR检测阳性5份,阳性琦率为3.18%(5/157);154份免疫层析法检测阴性标本中,有2份Real-time PCR法检测为阳性.5份Real-time PCR检测阳性标本经测序鉴定,Ad3型占1.91%(3/157),Ad7型占1.27%(2/157);经病毒分离培养检出阳性2例,酶切鉴定为Ad3型.结论 Real-rime PCR技术结合PCR产物直接测序分析具有敏感、特异等优点,适用于腹泻标本中腺病毒的检测及分型.2008年2-4月浙江省温州地区散发性婴幼儿腹泻的腺病毒主要为Ad3型和Ad7型.     

一起由腺病毒和肠道病毒混合感染引起的发热呼吸道感染暴发疫情的实验室快速诊断

目的对一起婴幼儿不明原因发热呼吸道感染暴发疫情进行实验室快速诊断,探索病因。方法采集患儿咽拭子和痰液标本共19份,对所有标本进行核酸提取、运用荧光PCR和荧光RT-PCR法检测腺病毒等引起急性呼吸道感染的8种18型重要病毒的特异性基因片段。对腺病毒和肠道病毒核酸阳性标本进行序列测定,运用生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 19份标本腺病毒(Adenovirus,Ad V)核酸阳性,11份标本肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸阳性,4份标本鼻病毒(Rhinovirus,RHV)核酸阳性。Ad V的核酸检出阳性率均为100%,标本采集时间最长为发病后10天。EV在发病3天内痰液标本中核酸检出率为83.33%,发病3天后为42.86%。Ad V的基因型别为Ad V-B7型。结论本起发热呼吸道感染暴发疫情由Ad V-B7型和EV混合感染引起,并且Ad V-B7型感染时间长于EV。     

上海市类流感监测病例中肠道病毒病原特征研究

目的:了解上海地区类流感病例中肠道病毒病原特征。方法:应用RD、Vero、Hep2细胞对2008年1月-12月收集的567份类流感咽拭子标本进行肠道病毒分离培养,并对分离的毒株进行肠道病毒Vp1区域扩增和测序,通过NC-BI BLAST服务器在线比对进行肠道病毒型别鉴定。结果:从567份咽拭子标本中分离到39株肠道病毒,全年阳性分离率占总分离标本数的6.88%。4月-7月期间获得分离毒株28株,阳性分离率占同期收集标本的21.05%。对所有分离到的肠道毒株进行测序比对,29株为COXB3型病毒、5株为COXA4型病毒、3株为COXA10型病毒,1株为COXA5型病毒和1株为COXA6型病毒。所有COXB3型毒株序列与GenBank网上当年公布的北京株、安徽株、广东株、广州株和日本株同源性达94%以上。结论:在上海地区2008年肠道病毒是引起上呼吸道感染的常见病原体之一,并以COXB3型病毒感染为主,还存在其他肠道病毒病原体感染。应用分子分型技术加强引起呼吸道感染的肠道病毒病原体监测可为相关疾病的流行或暴发提供预警信号,也为临床医生的正确诊断提供依据。     

乌鲁木齐地区腹泻患儿腺病毒感染的检测和分型

目的:了解2011年乌鲁木齐地区腹泻患儿腺病毒(AdV)的感染情况,分析该地区AdV的基因亚型,进行AdV感染分子流行病学调查。方法:采集在新疆维吾尔自治区人民医院住院和门诊≤5岁腹泻患儿粪便标本315份,采用胶体金法检测轮状病毒(RV)抗原,采用聚合酶链反应(PCR)法对上述标本进行AdV检测,并对AdV阳性标本测序明确基因型。结果:315份粪便标本中共检出AdV阳性12例,总阳性率为3.81%,低于RV检出率26.35%,AdV和RV混合感染3例。AdV阳性标本中肠道腺病毒(EAdV,F组)Ad41占2.54%(8/315),其次是非肠道腺病毒(NEAdV)占1.27%(4/315),分别为Ad1、Ad3、Ad5、Ad7、Ad31型。12份阳性标本测序结果提示该地区AdV与参考株的核苷酸序列同源性为73%～99%。结论:乌鲁木齐地区AdV感染呈全年散发流行,未表现出明显的季节性,其主要的流行株为Ad41型。     

北京地区2006年流行的3、7和11型腺病毒部分六邻体基因序列分析

目的 分析2006年北京地区流行的3、7和11型腺病毒(ADV)的部分六邻体基因序列,了解该地区ADV流行型别及六邻体基因变异情况.方法 采集急性呼吸道感染患儿咽拭子或鼻咽分泌物标本,分离病毒及免疫荧光快速抗原检测.对抗原检测和/或病毒分离为ADV阳性的61份标本进行PCR分型检测.随机选取分离到的3株ADV3,3株ADV7和3株ADV11毒株,扩增其六邻体近5′端1278 bp基因片段进行序列分析并与GenBank发表的部分序列进行比较和进化树分析. 结果 61份ADV检测为阳性的标本中,ADV3占60.73%(37/61);ADV7占27.9%(17/61);ADV3和ADV7混合感染占1.6%(1/61);ADV11占4.9%(3/61);非3、7、11和21型4.9%(3/61);未检测到21型ADV.3株.ADV3分离株与2005年广州分离株(AY878716)亲缘关系最近,与其他株比较,3株北京分离株氨基酸的变异位点主要有3个.3株ADV7分离株与1998年日本分离株(AF053086)的亲缘关系最近.与其他株比较,3株北京分离株氨基酸的变异位点主要有1个.3株ADV11分离株与2004年H本分离株(AB162772)的亲缘关系最近(100%),但是这4株(包括日本的毒株)与其他毒株比较其氨基酸的变异位点有12个.相对于3型和7型,11型ADV的变异最大,表现为变异的氨基酸位点的分布较为分散,其次是3型ADV,而7型ADV的变异较小. 结论 2006年北京地区引起婴幼儿急性呼吸道感染的ADV以3型为主,7型为辅,11型较为少见,未发现21型;3、7和11型ADV北京分离株与GenBank中其他序列比较虽然有着较高的同源性,但是还都有一定的核苷酸和氨基酸的变异;变异多发生在抗原决定簇密集的HVR1区和HVR7区.     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

安徽省汉坦病毒的基因序列分析

目的了解安徽省汉坦病毒(HV)型别及分子特征,为防治提供科学依据。方法将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺及急性期病人血清标本接种Vero细胞,分离汉坦病毒。阳性培养物提取病毒总RNA,应用RT-PCR扩增病毒S片段,产物经测序拼接获得S片段全基因序列,用DNAStar、MEGA 4.1等生物软件进行核苷酸序列分析,构建基因序列系统进化树,确定病毒型别。结果免疫荧光检测,513鼠肺标本21份阳性,分离6株病毒;4份急性期病人血清分离1株病毒。选择3株病毒进行S片段基因测序,测定序列与汉坦病毒HTN、SEO、SNV型毒株比较,表明两株为HTN型,一株为SEO型,序列相似性达98.4%以上。结论安徽省流行的HV为HTN型和SEO型,以HTN型为主,未发生较大变异。     

一起腺病毒3型引起暴发疫情的调查

目的对发生在富阳市渔山乡小学的一起上呼吸道感染暴发疫情进行流行病学调查和病原学鉴定。方法对该暴发疫情进行流行病学调查和采集现症病例咽拭子。应用实时RT-PCR和实时PCR技术分别进行流感病毒和人腺病毒检测。对人腺病毒核酸阳性标本,应用PCR技术扩增六邻体基因超变区7的核酸片段并进行核苷酸序列测定,根据序列相似性以鉴定血清型。结果 2013年5月20—28日共有21例上呼吸道感染病例,均集中在二（1）班,全校罹患率为4.77%,班级罹患率高达70.00%。病例均有发热,部分有咳嗽、咽痛、腹痛、腹泻和结膜充血等症状。检测的8份咽拭子中,实时PCR检测腺病毒核酸阳性5份,甲型流感病毒（通用型）、H1N1、H3N2、H7N9及乙型流感病毒核酸的实时RT-PCR检测结果均为阴性。选取其中1份阳性标本,进行人腺病毒六邻体基因超变区7的核酸序列测定,结果与近年国内其他地区分离的多株腺病毒3型毒株的相似性为100.00%,因此鉴定为腺病毒血清型3型。结论结合流行病学调查、病例临床症状及实验室检测结果,判断该起呼吸道感染暴发疫情的病原体为人腺病毒血清型3型。     

一起腺病毒引起的小学呼吸道感染聚集性疫情调查和实验室检测

目的对2017年宁波市海曙区集仕港某小学一起腺病毒聚集性疫情进行流行病学调查和实验室检测,为疫情防控能及时采取有效控制措施提供依据。方法通过流行病学个案调查,描述疫情流行特征,分析流行因素;采集病例咽拭子标本,进行实时荧光PCR检测确定病原,对阳性标本以腺病毒六邻体基因为目的基因,进行扩增测序,将测序结果提交Gen Bank进行BLAST分析,确定其型别。结果自2017年6月17日-2017年6月23日累计报告病例26例,共波及3个班级,发病时间较为集中,临床症状均以发热为主,无重症和死亡病例。实验室对12例病例的咽拭子进行核酸检测,其中5例为腺病毒阳性。对病毒基因进行测定,确诊为腺病毒3型感染。结论该起疫情是由腺病毒3型引起的学校呼吸道感染聚集性疫情,发病呈现单峰曲线,提示同源一次感染的可能较大。传播途径可能为呼吸道飞沫和密切接触为主。     

广西首起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对广西首起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因分型。方法采用荧光定量PCR法对8份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,取其中4份阳性标本再经RT-PCR扩增,然后纯化、克隆、测序和进化树分析。结果8份标本均测出诺如病毒RNA,阳性率100%;其中4株病毒的N/S区序列与GenBank中的雪山病毒参考株同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实广西大新县的急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.2型。     

安徽省GII.P16-GII.2诺如病毒暴发疫情的基因特征分析

目的了解2018年安徽省一起感染性胃肠炎暴发疫情的病原学特征。方法收集2018年10月一起急性胃肠炎病例粪便/肛拭子12份标本,采用Real-time PCR检测诺如病毒GII基因组,阳性标本经RT-PCR扩增聚合酶区和衣壳蛋白区部分基因序列,进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析。结果 12份急性胃肠炎病例标本,荧光PCR检出诺如病毒核酸均为阳性,测序获得10条序列。遗传进化树显示:10条GII.2型间核苷酸序列同源性为100%,与台州参考株GII.2(GenBank登录号:MH806429,MH842206)同源性最高(同源性最高为99.47%),且处于同一分支。结论此次急性胃肠炎暴发疫情由GII.P16-GII.2诺如病毒引起,鉴于它在中国的广泛流行,应重视GII.P16-GII.2重组株在本地区诺如病毒的监测。     

2011 - 2017年济南市呼吸道腺病毒流行特征及其基因分型

目的 监测2011 - 2017年山东济南急性呼吸道感染(acute low respiratory tract infection,ALRTI)中腺病毒（Human Adenovirus, HAdV）的感染情况,揭示济南地区不同年份、不同季节腺病毒感染的流行病学特征和基因进化树特点。方法 2011 - 2017年在济南市中心医院、山东大学齐鲁儿童医院共采集1 730份急性呼吸道感染住院病例鼻、咽拭子标本,采用荧光定量PCR方法对标本进行腺病毒检测。检测为腺病毒阳性的标本再进行病毒分离、PCR扩增、Hexon测序、Blast比对,构建基因进化树,确定腺病毒型别,分析其进化特点。结果 在收集的1 730份标本中,共102份确定为腺病毒核酸阳性,阳性率为5.90%,其中2011年阳性率最高,为14.78%,2012年阳性率最低,为2.34%;阳性率最高的为1月份,达到10.33%,最低的为8月份,为1.91%;阳性率最高的为5～15岁年龄组,为9.76%,最低的为≥60岁年龄组,为1.37%。从102份腺病毒核酸阳性标本中分离出50株腺病毒,分子分型共检出5个血清型,其中最多的为3型,占54%,其次为7型、55型、2型和5型,分别占32%、8%、4%和2%,基因进化分析没有发现相关变异。结论 2011 - 2017年山东济南地区腺病毒感染以3型为主,其次是7型,而55型、2型和5型较少检出。     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

南京某小学一起流感样暴发疫情实验室检测及流感病毒HA1基因特性分析

目的 了解2015年1月南京市某小学一起流感暴发疫情致病流感病毒HA1基因的序列特征和变异特点,分析现有的流感疫苗株对人体的保护情况。 方法 对此次疫情采集的咽拭子标本采用荧光定量PCR对所提核酸进行甲型/乙型流感病毒的检测,阳性核酸进一步分型检测。阳性咽拭子使用MDCK细胞进行病毒分离,阳性病毒培养液提取核酸, RT-PCR扩增HA1基因片段并测序。序列分析使用MEGA 5.2软件邻接法构建系统进化树。 结果 经荧光定量PCR鉴定,采集的10例病例咽拭子中,5例为B型 Yamagata系流感病毒阳性。所分离的毒株间HA1的核苷酸同源性为100%;与2015年度国内外疫苗推荐株高度同源,序列相似性达99.5%以上。与国内外疫苗株相比多个位点发生了氨基酸突变, 其中,D196N和R141G位于抗原决定簇; 196位增加了一个糖基化位点。 结论 此次疫情流行的B型Yamagata系流感流行株与同年度国内外疫苗株HA1基因同源性高,疫苗有很好的保护作用,建议在校学生主动接种预防; HA1 区域的氨基酸变异涉及抗原决定簇,需加强监测。