肿瘤基因表达谱的研究进展

基因表达谱的研究是近年来新的研究热点.通过对肿瘤基因表达谱的研究,深入了解肿瘤的发生机制,有助于找出肿瘤的早期诊断指标、治疗靶点、治疗应答和预后指标.现综述在基因转录和翻译两个层次上发展的基因表达谱的新技术,即核酸层次上的表达序列标签、基因表达系列分析和新近发展的cDNA微阵列技术,蛋白质层次上的二相凝胶电泳和测序质谱技术即蛋白质组技术,以及生物信息学在表达谱研究中的应用.     

肿瘤基因表达谱的研究进展

基因表达谱的研究是近年来新的研究热点。通过对肿瘤基因表达谱的研究，深入了解肿瘤的发生机制，有助于找出肿瘤的早期诊断指标、治疗靶点、治疗应答和预后指标。现综述在基因转录和翻译两个层次上发展的基因表达谱的新技术，即核酸层次上的表达序列标签、基因表达系列分析和新近发展的cDNA微阵列技术，蛋白质层次上的二相凝胶电泳和测序质谱技术即蛋白质组技术，以及生物信息学在表达谱研究中的应用。     

高通量转录组测序技术研究过表达GPC5对A549细胞基因表达影响

背景与目的磷脂酰肌醇蛋白聚糖-5（glypican-5, GPC5）是一个重要的抑癌基因,然而GPC5对肺腺癌细胞增殖能力和基因表达的影响目前研究甚少。本研究拟在肺腺癌A549细胞中过表达GPC5以研究细胞增殖能力和基因表达变化情况。方法通过慢病毒载体构建稳定过表达GPC5的A549细胞株,通过Cell Counter Kit 8(CCK8)、平板克隆和EdU实验检测细胞增殖能力;通过高通量转录组测序研究基因表达变化。结果相对于空白载体组, CCK8实验发现过表达GPC5可以明显抑制A549细胞的增殖速率;平板克隆实验结果显示,过表达GPC5之后A549细胞克隆形成能力下降（181±17vs 278±23）;EdU染色结果显示过表达GPC5后阳性染色细胞比例下降。转录组测序结果提示过表达GPC5之后,2,108个基因表达发生明显变化,其中具有正性调节细胞增殖作用的基因明显下调。结论过表达GPC5可以明显抑制肺腺癌细A549的增殖能力,而且过表达GPC5后具有正性调节细胞增殖作用的基因表达下调。     

人胶质瘤相关基因表达变化的基因芯片分析

目的:运用基因芯片技术建立恶性胶质瘤和其对应的癌旁组织的基因表达图谱,分析其差异表达基因,从基因表达水平上揭示胶质瘤的生物学行为。方法:采用上海生物工程有限公司提供的含13824个基因位点的人类基因表达谱芯片(SBC-R-HC-100-20)对WHOIII级和WHOIV级的胶质瘤和相应的瘤周组织进行检测。结果:筛选出包括与DNA结合、转录和转录因子、蛋白质翻译、细胞周期、转移等相关的表达差异的基因共275个,其中143个表达上调,132个表达下调。结论:恶性胶质瘤的发生过程中存在许多基因表达的改变。基因芯片技术应用于恶性胶质瘤演化相关基因研究,可以方便快速地缩小研究范围,有效地筛选出目的基因进行深入研究。     

基因表达谱芯片筛选鼻咽癌相关基因

背景与目的：基因表达谱芯片是一种高通量,快速的检测基因表达量的手段.本研究利用这种新兴技术来研究鼻咽癌组织与鼻咽慢性炎症组织基因表达差异,以寻找鼻咽癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志.方法：采用BioStarH-141s（2004）型含14112点的人类全长基因cDNA表达谱芯片对20例鼻咽癌组织及15例鼻咽慢性炎症组织进行检测,并用生物统计学及生物信息学方法分析它们之间的基因表达差异.结果：和鼻咽慢性炎症组织相比,20例放疗前鼻咽癌组织存在着大量的差异表达基因,涉及基因包括癌基因与原癌基因、免疫相关基因、细胞分裂、分化、增殖和凋亡相关基因、信号与蛋白传递相关基因、DNA结合转录和转录因子,一些生物酶的酶活调节等.结论：用基因表达谱芯片可以筛选出许多不同种类的参与鼻咽癌病变过程的重要基因,这为揭示鼻咽癌复杂的病变机理提供了研究的方向.     

基因表达谱技术在多发性骨髓瘤分子分型中的应用

多发性骨髓瘤（multiple myeloma,MM）是一种具有高度异质性的恶性浆细胞疾病。在过去的几年里,随着新药的出现患者的生存已得到极大的改善,但在分子分型及预后评估方面仍面临挑战。以基因表达谱（gene expression profiling,GEP）技术为基础的转录组学研究在很大程度上有助于破译MM的复杂性,为MM的分子分型提供新的视角。基因表达谱芯片可以检测编码和非编码基因的表达、突变和新的转录组修饰,提供更多不同骨髓瘤亚群治疗和预后的新信息。目前,已在多项临床试验中发现基因表达谱可以作为独立的预后因素评估不同队列患者的预后。尽管目前临床上尚未将基因表达谱整合到骨髓瘤的诊断和治疗中,但多个研究中心已开展针对骨髓瘤的表达谱数据研究。通过对公共数据库表达谱数据进行聚类分析,建立临床预后模型,在疾病的动态演变中识别高风险和低风险患者,预测治疗敏感性,找寻新的治疗靶点,使得从转录组水平上制定个体化治疗成为可能。本文就基因表达谱技术在骨髓瘤分子分型中的应用展开综述。      

RSK4对乳腺癌细胞增殖侵袭黏附相关基因表达水平的影响

[目的]探讨核糖体S6蛋白激酶4(ribosomal protein S6 kinase 4 gene,RSK4)基因对乳腺癌细胞Ki-67、cyclinD1、CXCR4、HIF-1 α、E-cadherin基因转录影响.[方法]分别构建RSK4干扰载体、过表达载体转染至乳腺癌MCF-7细胞及MDA-MB-231细胞中,RT-PCR比较实验组和对照组Ki-67、cyclinD1、CXCR4、HIF-1α及E-cadherin mRNA表达水平.[结果]干扰组CXCR4、HIF-1α、cyclinD1及Ki-67mRNA的转录水平分别为2.238±0.0711、1.672 ±0.0833、1.540±0.0115、1.390±0.0902,与空白对照组、阴性对照组相比均升高,但Ecadherin mRNA的转录水平明显降低,差异有统计学意义(P＜0.05).过表达组Ki-67、cyclinD1、CXCR4和HIF-1α转录水平分别是0.603±0.0066、0.460±0.0155、0.424±0.0198、0.205±0.0082,与空白对照组、阴性对照组相比均降低,而E-cadherin mRNA转录水平升高,差异有统计学意义(P＜0.05).[结论] RSK4基因表达影响乳腺癌细胞增殖黏附相关基因Ki-67、cyclinD1、CXCR4、HIF-1α和E-cadherin mRNA转录水平.     

基于转录组测序分析弥漫型胃癌特征及其核心基因LUM的表达

目的 分析弥漫型胃癌的转录组特征并对核心基因LUM(Lumican)的表达进行验证.方法 收集2021年1月—2021年12月广西医科大学附属肿瘤医院手术切除的29例胃癌患者癌组织及其配对癌旁正常组织标本,取其中5例弥漫型胃癌组织进行转录组测序并获取基因表达谱,再利用差异基因进行GO和KEGG富集分析,使用cytosc...     

转录组测序分析虾青素对肝癌HepG2细胞的抑制作用

目的 探讨虾青素处理肝癌细胞后的基因表达差异,并对其进行生物学信息分析。方法 虾青素处理细胞后,用TRIzol试剂提取RNA,选用Illumina TruseqTM RNA sample prep Kit方法进行文库构建、测序,最后进行差异表达基因及功能富集分析。结果 转录组测序得到对照组和处理组总的数据量分别有39 642 566和497 1 55 920条,过滤得到各组数据量所占比例分别为94.89%和93.56%,共检测到77 344个转录本,有统计学差异表达基因4 997个,其中上调的基因1 564个,下调的基因3 433个。结论 虾青素通过影响多个与代谢相关的生物学进程和信号通路,其中抑制翻译过程可能在虾青素调控肝癌的生长抑制过程中发挥主要作用。     

单细胞测序技术在实体瘤研究中的应用进展

肿瘤异质性是实体瘤组织的重要特征之一，其多样性和复杂性给实体瘤的基础研究和临床诊治带来了极大的困难。因此，鉴别实体瘤内及其微环境中不同的细胞亚群及与之相关的基因表达水平就显得十分重要。单细胞测序技术是利用DNA二代测序技术对单个细胞的DNA、RNA或DNA甲基化水平进行分析，分别揭示其基因组、转录组和表观遗传学特征，了解单个细胞功能和所处的状态。单细胞测序分析不仅能进一步鉴定实体瘤内细胞的异质性，还有助于阐明肿瘤发生、发展、转移、耐药和免疫逃逸等分子作用机制，从而使实体瘤的临床诊治和转归预测变得更加准确。简要总结目前单细胞测序技术的发展，对单细胞测序在实体瘤研究中的应用与进展进行综述。     

转录组测序描绘血液肿瘤融合基因图谱

近年来转录组测序(RNA-seq)技术的成熟和推广应用,为直接测序和鉴定各种可能发生的融合转录本提供了强大工具。随着大宗病例RNA-seq研究报道的增多,血液肿瘤中融合基因的真实图谱日渐清晰。文章结合第62届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行介绍。     

IKZF1基因在BCR/ABL融合基因阳性急性淋巴细胞白血病中的表达及机制探讨

目的:探讨IKZF1基因在急性淋巴细胞白血病中的表达特点及可能机制,进一步明确急性淋巴细胞白血病的发病机理.方法:收取80例急性淋巴细胞白血病患者的外周血标本,其中21例BCR/ABL融合基因阳性,均为B细胞急性淋巴细胞白血病.RT-PCR技术检测IKZF1基因、RAG1基因及RAG2基因的表达;提取细胞DNA,PCR...     

重组超抗原葡萄球菌肠毒素A基因的克隆及表达载体的构建

目的　克隆金黄色葡萄球菌肠毒素 A(SEA)全长基因并构建其表达载体。方法　以金黄色葡萄球菌的基因组 DNA为模板 ,用两条针对 SEA全长基因特异的引物 ,通过 PCR方法克隆 SEA全长基因 ,PCR产物与p GEM- T载体连接 ,经测序证实后进行亚克隆 ,构建其表达载体 p ET- 2 8b- SEA,再次测序验证。结果　克隆了 SEA全长基因 ,编码 2 5 7个氨基酸残基 ,经测序证实与 Genbank中收录的 SEA基因序列完全一致 ;并构建了 SEA的表达载体。结论　成功克隆了 SEA全长基因并构建了其表达载体 ,为进一步研究 SEA的融合蛋白的抗肿瘤活性奠定了基础     

雌激素受体ERbeta的克隆及重组慢病毒表达载体的构建

目的：构建含人雌激素受体ERbeta基因的重组慢病毒表达载体,为以ERbeta为干预靶点的乳腺癌相关研究奠定基础。方法：经RT-PCR扩增ERbeta基因片段,并将其连接到入门载体pENTRTM3C,然后经LR重组转入到慢病毒表达载体pLenti/V5-DEST中,进而构建含ERbeta基因的慢病毒载体,并进行基因测序鉴定和PCR鉴定。结果：pLenti-ERbeta表达载体测序结果与GenBank中ERbeta基因序列一致,并且其经PCR可扩增出ERbeta基因片段。结论：成功构建携带人ERbeta基因的重组慢病毒表达载体。     

T细胞淋巴瘤中Notch1基因突变及其蛋白表达的研究

 目的　探讨Notch1蛋白表达及基因突变在T细胞淋巴瘤发病中的作用。方法　采用免疫组织化学和基因测序法检测30例T细胞淋巴瘤组织中Notch1蛋白的表达及Notch1基因26、27号外显子（HD）和34号外显子（PEST）突变情况。另取l0例淋巴结反应增生标本作为对照。结果　30例T细胞淋巴瘤中,21例（70.0 %）Notch1蛋白表达阳性。17例（56.7 %）Notch1基因发生突变,其中,8例突变发生在Notch1基因的HD结构域,6例发生在Notch1基因的PEST结构域,3例在HD和PEST结构域均发生突变。突变方式有插入、片段缺失、无义突变和错义突变。对照组有1例（10.0 %）Notch1蛋白表达阳性,Notch1基因无突变。结论　Notch1蛋白表达可能与Notch1基因突变有关,Notch1蛋白表达和基因突变可能与T细胞淋巴瘤的发生有关。