基于网络药理学探讨红花治疗非酒精性脂肪肝的可能性

[目的] 利用网络药理学探讨红花治疗非酒精性脂肪肝（NAFLD）的可能性。[方法] 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）数据库得到红花OB≥30%,DL≥0.18的有效活动成分,通过Swiss靶点预测数据库获取成分对应靶点。利用DisGeNet数据库及OMIM数据库获取NAFLD的靶点。采用STRING数据库构建交互基因蛋白之间的关系网络,利用DAVID数据库分析GO富集和KEGG信号通路。[结果] 筛选得到红花的361个靶点,其中涉及NAFLD的靶点38个,主要与VDR、PPARD、TNF、INSR等靶点有关。KEGG富集分析结果表示红花治疗NAFLD与胰岛素抵抗、催乳激素信号通路、PPAR信号通路等通路有关。[结论] 研究通过网络药理学系统探讨了红花活性成分及其所对应的靶点,以及治疗NAFLD潜在通路,为深入研究红花治疗NAFLD的基础和临床研究提供参考。     

基于网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的机制研究

[目的] 运用网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的主要活性成分及其潜在靶标,探讨玉米须对糖尿病的干预机制。[方法] 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选玉米须活性成分的作用靶标。运用人类表型术语集（HPO）,毒性与基因比较数据库（CTD）筛选糖尿病的靶标。采用STRING软件构建玉米须干预糖尿病的中药-疾病靶标网络。[结果] 得到12个活性成分和92个关键靶标,涉及糖尿病的靶标有8个。预测主要与AKT1,INSR,PRKACA等靶标有关。主要参与胰岛素信号通路和AMPK信号通路等途径。[结论] 玉米须可能通过调节AKT1和INSR蛋白参与胰岛素信号通路或AMPK信号通路对2型糖尿病起效,相关靶点及通路和现有的文献报道较为一致,可为其药用、食用的进一步开发提供参考依据。     

基于网络药理学探讨女贞子治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 基于网络药理学和生物信息学方法分析女贞子治疗动脉粥样硬化的分子生物学机制。[方法] 基于TCMSP数据库与文献挖掘女贞子中化学成分; 利用PharmMapper网站预测女贞子化学成分靶点, 构建"成分-靶点"网络; 利用TTD、DisGeNET、DrugBank数据库筛选与AS疾病作用相关靶点。利用Cytoscape软件对化合物靶点和AS疾病靶点进行网络拓扑分析。利用STRING数据库对共有靶点构建PPI网络, 进行GO分析和KEGG分析。采用油红O染色和检测细胞内总胆固醇含量评价红景天苷和毛蕊花糖苷抗动脉粥样硬化活性。[结果] "成分-AS疾病靶点"网络显示14个活性成分和170个疾病靶点; 女贞子化学成分和动脉粥样硬化共同靶点9个; GO分析确定352个条目, KEGG通路富集结果确定了14条与AS相关的通路。细胞实验显示红景天苷和毛蕊花糖苷显著减少泡沫细胞的形成, 降低细胞内胆固醇含量。[结论] 女贞子中苯乙醇苷类化合物可能通过调节AMPK、PPAR信号通路调节胆固醇代谢发挥抗动脉粥样硬化作用。     

基于网络药理学的健脾祛痰和血方治疗冠心病的分子机制研究

[目的] 以网络药理学作为研究手段，研究健脾祛痰和血方治疗冠心病的作用靶点及信号通路，揭示健脾祛痰和血方治疗稳定型心绞痛的分子机制。[方法] 采用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）、中医药信息数据库（TCMID）、中药潜在药物靶标数据库（TCM-PTD）检索该方剂对应的药物化合物，通过ChemMapper数据库预测药物靶点，通过TTD、disgenet、human phenotype ontology数据库进行检索，获得冠心病相关靶点，以venny图得到疾病及药物的共同靶点，应用功能蛋白结合网络string平台构建蛋白互作模型，采用cytoscape的cluego插件富集分析，得到该方剂治疗冠心病相关靶标基因及代谢通路。[结果] 获得药物靶点103个，疾病靶点980个，健脾祛痰和血方42个药物靶点与冠心病相关，通过筛选得到主要药物成分9个，最终预测到25个相关的信号通路，在此基础上构建了主要药物成分-病药共性靶点-信号通路共表达网络。[结论] 健脾祛痰和血方可能通过多靶点、多途径干预冠心病稳定型心绞痛，为后续基础及进一步临床研究提供思路和线索。     

基于实验和网络药理学探讨丹知青娥方改善下尿路症状的作用和分子机制

[目的] 明确丹知青娥方（DZQE）是否具有调节膀胱功能改善男性下尿路症状（LUTS）的潜在作用,并预测可能的靶点和通路。[方法] 用膀胱灌流法检测DZQE对正常雄性Wistar大鼠排尿参数的影响;分离正常大鼠膀胱逼尿肌肌条,用肌条张力实验检测DZQE对膀胱逼尿肌舒缩的调节作用;在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医百科全书（ETCM）筛选DZQE中的活性成分和靶点信息;通过GeneCards和DisGeNET数据库获取LUTS疾病靶点;筛选DZQE与LUTS的共同作用靶点,并归属其蛋白质类型;通过Cytoscape_v3.7.1软件构建中药-活性成分-作用靶点网络;通过富集分析数据库（DAVID）v6.8对相关靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析（KEGG）信号通路富集分析。[结果] DZQE能够降低雄鼠膀胱漏尿点压（DLPP）和最大排尿压（MVP）;促进大鼠膀胱逼尿肌收缩,同时抑制氯化钾（KCl）诱导的肌条过度收缩,呈现双向调节效应。筛选得到DZQE中102个活性成分,共对应258个药物潜在靶点,LUTS疾病靶点246个,其中共同作用靶点47个,DZQE可能作用于LUTS的活性成分59个;GO富集分析涉及平滑肌收缩、血管收缩、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）级联、雌激素应答等生物过程;KEGG分析后得到包括磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（AKt）、甲状腺激素、钙离子、雌激素、肿瘤坏死因子（TNF）、ErbB、MAPK、转化生长因子β（TGF-β）信号通路等88条信号通路。[结论] DZQE可以通过多条信号通路调节膀胱平滑肌舒缩,改善雄鼠下尿路症状。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨散偏汤治疗偏头痛的作用靶点与分子机制

[目的] 运用网络药理学方法与分子对接技术预测散偏汤治疗偏头痛(migraine)的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库对散偏汤进行活性成分筛选。通过STRING 11.5数据库构建蛋白互作网络,并得到药物靶向基因;通过OMIM、GeneCards数据库筛选偏头痛的疾病靶点基因;利用Rx64 4.1.1软件构建韦恩图,得到散偏汤治疗偏头痛的潜在靶点,进行GO及KEGG富集分析并制作气泡图,相关结果用Cytoscape 3.7.1构建"药物-成分-疾病-通路"网络,并进行可视化研究。利用 PyMOL和AutoDock Vina等软件对散偏汤活性成分与核心靶蛋白进行分子对接。[结果] 散偏汤治疗偏头痛的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,潜在治疗靶点主要包括PTGS2、MAPK1、MAPK3、GSK3β、AKT1、HSP90AA1、ESR1等,主要涉及脂质和动脉硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt、IL-17、TNF、MAPK等信号通路。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素和山奈酚与关键核心靶点PTGS2、MAPK1、MAPK3有较好的结合力。[结论] 通过网络药理学研究,初步预测了散偏汤治疗偏头痛的作用机制可能主要与调节炎症因子,改善神经源性炎症相关,也能够起到调节免疫功能与激素水平、维持血管稳态等作用,体现了中药方剂"多成分-多靶点-多通路"的药效作用特点,为后续临床应用与研究提供理论参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗更年期高血压的作用机制

目的采用网络药理学和分子对接的方法研究二至丸治疗更年期高血压的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选二至丸的有效成分及靶点,通过Uniprot数据库将靶点名称校正为标准的基因名。通过Gene Cards和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)数据库检索更年期高血压的疾病靶点,通过韦恩图得到交集靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-交集靶点"网络,采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行聚类分析。运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"药物-成分-靶点-通路"图。通过Autodock vina软件对筛选的靶点和有效成分进行分子对接验证。结果经筛选得到二至丸中有效成分共23个,其靶点共192个,疾病靶点1189个,取交集后获得126个靶点。根据GO和KEGG富集分析,涉及的主要生物过程有细胞增殖和凋亡、对一氧化氮生成的正调控等,主要通路包括Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示MAPK1、RELA、AKT1与槲皮素、木犀草素、山柰酚有较高的结合活性。结论二至丸中可能主要通过抗炎、抗氧化、抗平滑肌增殖等作用来改善血压水平。     

基于网络药理学的葱白提取物治疗非酒精性脂肪性肝病的机制研究和验证

[目的] 应用网络药理学的研究方法分析葱白提取物治疗非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的潜在作用靶点,并通过小分子RNA干扰（RNAi）技术在NAFLD大鼠进行验证。[方法] 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索葱白的有效成分及作用靶点,再利用GeneCards网络数据库搜索NAFLD关键靶点,运用Perl语言软件对数据进行预处理,再通过R语言软件、Cytoscape软件以及String网络数据平台进行数据分析及作图。最后以RNAi技术抑制过氧化物酶体增殖物受体γ（PPARG）辅助活化因子A（PPARGC1A）PPARGC1A的表达,在NAFLD模型大鼠中验证葱白提取物的疗效。[结果] 通过网络药理学的方法得到两个化合物,即山奈酚（kaempferol）与儿茶素（catechin）,具有潜在疗效,并得到关键作用靶点PPARGC1A和PPARG。动物实验结果证实,与模型组相比葱白提取物可以改善脂肪肝病变,同时上调PPARGC1A及PPARG的表达（P<0.01）。[结论] 运用网络药理学的方法预测了葱白治疗NAFLD的关键靶分子,并进行动物实验验证了葱白提取物通过诱导PPARGC1A治疗NAFLD的可行性。     

基于网络药理学探讨荷丹片治疗高脂血症的作用机制

[目的] 旨在通过网络药理学方法探究荷丹片治疗高脂血症的可能作用机制。[方法] 在中药系统药理学数据库（TCMSP）和中医药百科全书（ETCM）数据库中检索得到荷丹片中5味药材类药成分与作用靶点，借助Uniprot数据库查询靶点对应基因，在DisGeNET数据库搜索得到高脂血症的疾病靶点。利用STRING数据平台构建活性组分-作用靶点和蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）的网络图，采用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-疾病-靶点"网络，利用DAVID生物信息学资源对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。[结果] 从荷丹片中共筛选出61个活性化合物，对应于281个类药活性成分作用靶点，231个疾病靶点与高脂血症密切相关，其中20个疾病靶点与药物作用靶点重叠，为荷丹片治疗高脂血症具有重要意义的作用靶点。中药-活性成分-疾病-靶点可视化网络图推测发挥调节血脂作用的中药主要是丹参、山楂、补骨脂，其中关键的化合物为Ergosterol、Guercetol、Corylinal等，关键的作用靶点为PTGS1、ADRB2、F2、PPARG等。GO富集分析表明，荷丹片主要参与调节氧化还原酶活性、脂质结合、离子结合、信号转导活性、核酸结合转录因子活性、脂质代谢过程、单一有机体代谢过程、小分子代谢过程、细胞增殖等生命过程。KEGG通路富集分析结果表明，荷丹片通过调节含血清素的神经突触、PPAR信号通路、药物代谢细胞色素P450、花生四烯酸代谢、亚油酸的新陈代谢等多种途径在高脂血症中发挥药理作用。[结论] 本研究揭示了荷丹片治疗高脂血症的可能作用机制，体现了中药复方多成分、多途径、多靶点协同作用的特点，为进一步研究荷丹片治疗高脂血症的机理提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学的当归补血汤辅助治疗肺癌的作用机制研究

[目的]运用网络药理学的方法,探究当归补血汤作为化疗后辅助用药治疗肺癌的可能作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库查询当归补血汤中的成分,并通过口服生物利用度（OB）≥30%,类药性（DL）≥0.18,筛选出活性成分,通过中药成分靶点数据库（HIT）及Swiss Target Prediction Database进行成分靶点的垂钓,通过Therapeutic Target Database（TTD）、Drugbank、DisGeNET数据库查询肺癌相关靶点,利用Cytoscape 3.2.1构建成分-靶点等多层次网络图。使用DAVID数据库对当归补血汤辅助治疗肺癌的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。[结果]当归补血汤中共筛选得到27个活性成分,其中23个属于黄芪,4个属于当归,黄芪中的山奈酚、槲皮素、芒柄花素可能是辅助治疗肺癌比较重要的成分,微管相关蛋白Tau（MAPT）、细胞色素P450 19A1（CYP19A1）、雌激素受体α（ESR1）可能是当归补血汤辅助治疗肺癌比较重要的潜在作用靶点。GO富集分析显示,靶点涉及到170个生物过程相关条目、30个细胞组成相关条目、54个分子功能相关条目。KEGG通路富集分析显示,癌症通路（pathwanys in cancer）、癌症蛋白聚糖（proteoglycans in cancer）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）等是比较重要的通路。[结论]当归补血汤中的活性成分山奈酚、槲皮素、芒柄花素可能通过作用于MAPT、CYP19A1、ESR1发挥辅助治疗肺癌的作用,为进一步研究其辅助治疗肺癌的作用机制奠定基础。     

基于网络药理学的墨旱莲-女贞子药对“异病同治”糖尿病肾病与糖尿病视网膜病变的机制研究

[目的]通过网络药理学的方法,研究墨旱莲-女贞子药对"异病同治"糖尿病肾病(DN)与糖尿病视网膜病变(DR)的药理作用机制,验证国医大师吕仁和教授治疗DN与DR的临床经验。[方法]利用TCMSP、TCMID和Uniprot数据库,搜集并获取墨旱莲、女贞子的化学成分及其作用靶点。利用NCBI-gene、Genecards和OMIM数据库搜集DN和DR的疾病相关靶点。通过String数据库、Cytoscape3.7.2软件、TBtools软件构建药物靶点蛋白相互作用网络,获取交集靶点。利用BioGPS数据库和Cytoscape3.7.2软件构建作用靶点-组织分布网络图,运用GO数据库和Cytoscape3.7.2软件的ClueGO插件对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。[结果]墨旱莲-女贞子药对主要含有14个活性成分和124个潜在作用靶点,DN相关靶点2 614个,DR相关靶点2 587个,其中药对同时作用于DN和DR的共同靶点有63个。有11个作用靶点在胰岛、视网膜和肾脏高表达,KEGG富集分析得到共同靶点主要富集在糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等115条通路上,涉及对含氧化合物的反应、细胞对化学刺激的反应、对脂质的反应和细胞群增殖的调节等1 686个生物过程。[结论]墨旱莲-女贞子药对可能通过调节多个靶点、多条通路和多个生物反应过程,达到对DN与DR的"异病同治"作用,为吕仁和教授的临床经验用药提供了网络药理学验证,也为今后进一步研究墨旱莲-女贞子药对的药理作用机制提供了依据。     

基于网络药理学的理气化痰活血方治疗心脏X综合征分子机制研究

[目的]运用网络药理学分析理气化痰活血方治疗心脏X综合征的分子机制。[方法]从TCMSP平台获取理气化痰活血方12味中药的化学成分和靶点,利用TTD、Drugbank、DisGeNET数据库筛选心脏X综合征的靶点,将心脏X综合征靶点与药物靶点进行Venn分析,筛选两者共同靶点,利用Cytoscape3.5.1软件构建化合物-靶点、化合物-基因靶点-通路-疾病网络,应用string平台构建蛋白-蛋白相互作用网络。最后,通过DAVID(6.8)在线分析数据工具对共同靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。[结果]共筛选出理气化痰活血方165种化学成分及与治疗心脏X综合征相关的关键靶点35个,靶点主要涉及炎症反应、细胞增殖与凋亡、物质代谢、激素分泌等过程,可能通过调节TNF、MAPK、IL-17、TLRs、NLRs、HIF-1、TCR、PI3K-Akt等信号通路治疗心脏X综合征。[结论]理气化痰活血方主要以抗炎、抗氧化、抗心肌缺血、保护血管内皮功能、调节代谢等多成分、多靶点和多途径协同作用治疗心脏X综合征,为其临床应用及进一步研究其药效作用机制奠定基础。     

复方丹参滴丸对急性心肌梗死大鼠基因表达谱的影响

目的：利用基因芯片技术对复方丹参滴丸对心肌梗死大鼠基因表达的影响进行评价和研究。方法：使用冠脉结扎法造成大鼠心肌缺血模型,并提取给药组和模型组大鼠心肌缺血区组织的总RNA,用大鼠全基因组芯片分析其基因组表达谱变化。结果：基因芯片结果显示,与模型组相比,给药组表达量发生变化的基因（Ratio＞2或＜0.5）有49条,其中表达下调的有39条,主要有Ppp3r1、Rhoa和Nppa,表达上调的有10条,包括H2-T24、RT1-CE15、Ptprb和Hcst等。结论：复方丹参滴丸可通过调节Wnt信号通路等多个基因和信号途径来减小心肌梗死模型大鼠心脏缺血区的心肌损伤。     

电针治疗周围神经损伤后损伤局部差异表达基因分析

[目的] 通过分析电针治疗周围神经损伤后损伤局部差异表达基因,进一步阐明电针治疗周围神经损伤机制。[方法] 选取大鼠坐骨神经横断伤模型为研究对象,随机分为空白组、模型组、电针模型组,于电针6 d后取损伤处坐骨神经,通过高通量技术筛选差异基因,对差异基因进行GO功能分析、KEGG通路分析。[结果] 模型组与空白组相比,上调差异基因3 001个,下调差异基因1 169个。电针模型组与模型组相比,表达上调差异基因24个,下调差异基因80个,结合GO分析结果和KEGG富集分析结果,筛选出了可能与电针治疗周围神经损伤相关的8个通路：白细胞跨内皮迁移通路、γ-氨基丁酸能突触通路、胆碱能突触通路、5-羟色胺突触通路、钙信号通路、紧密连接通路、黏着斑通路、肌动蛋白细胞骨架的调控通路。[结论] 电针可能是通过改变细胞电位平衡、神经元轴突再生骨架结构的重建以及白细胞的迁移而改变周围神经损伤后修复与再生的微环境,从而促进了受损神经的再生。     

菟丝子—黄芪治疗骨质疏松症的网络药理学机制研究

【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。