2a型丙型肝炎病毒5’非编码区的RACE护增及二级结构的分析

目的：获得真全长中国大陆2a型丙型肝炎病毒（HCV）5’非编码区（5’UTR）cDNA，并分析其一级结构和二级结构，为进一步研究其在HCR复制、翻译中的调控机制、开发新的抗HCV药物奠定基础。方法：利用逆转录套式聚合酶链反应（RT－PCR）联合限制性内切酶长度多态性分析（RFLP）初步筛选出1例2a型HCV感染者，采用cDNA末端快速扩增技术（RACE）扩增出一条约800bp的cDNA片段，A－T克隆，用RFLP与PCR鉴定重组子，全自动序列分析仪测定插入子序列，RNAdraw预测二级结构。结果：RACE法获得真全长2a型HCV 5’端序列。5个克隆中，3个克隆含全长5’UTR序列，与HCV－1，HC－C2，HC－J6，HC－J8相比，同源性分别为93．6％－94．4％，92．1％－93．0％，98．8％－99．7％，96．2％－96．5％，与2a型标准株HC－J6相比，21，170，222，247，339位不同，分别为G，A，C，C，T,但这些突变不影响其二级结构。另外2个克隆为5’端缺失突变株，分别缺失54bp和144bp。结论：RACE技术快速、有效、实用，可用效获得病毒基因组的末端序列；依此获得中国大陆2a型HCV的5’UTR cDNA；在感染者血液中存在5’端部分缺失的HCV基因片段。     

HCV E1基因序列的原核高效表达及表达产物的初步应用

目的 在原核表达系统中对HCV E1基因进行克隆和高效表达,并初步探讨表达产物在抗－HCV筛选中的作用。方法 通过RT－PCR法从HCV RNA阳性的血清标本中扩增出HCV E1片段,并在扩增用的引物中引入克隆所需的酶切位点,克隆产物经Xba I和EcoR I酶切后,在T4DNA连接酶的作用下克降人经同样双酶切的原核表达载体PMS－31b中,并用此连接产物转化大肠埃杀菌POP2136,挑取具有氨苄抗性的菌东扩大培养后提取质粒进行酶切鉴定,鉴定出的阳性菌经42℃诱导后用SDS－PAGE检查其表达状况,并用Western blot鉴定表达产物有特异性,同时用初步纯化的表达产物用ELISA法检测病人血清。结果 经Sma I酶切后PCR产物被切成144bp和356bp的两个片段,在具有氨苄抗性的菌中提取的质粒经Sma I和Xba I酶切后产生了一356bp的片段;42℃诱导后在SDS－PAGE中出现了一条相对分子质量为31000的条带,其表达量约为17％,经Western blot鉴定后在该处出现了阳性信号;ELISA实验显示在抗HCV阳性的血清中的阳性率约为29．8％（26／90）,而在抗HCV阴性的 血清中其阳性率约为3．9％（3／76）。结论 通过RT－PCR方法将HCV E1基因从HCV RNA阳性的血清标本中调出,构建了HCV E1的原核表达载体－PMS－E1,其表达量为17％,表达产物具有良好的特异性,有望应用于抗HCV的检测中。     

不同基因型HCV膜区（E2）基因克隆及亲、疏水性分析

目的 研究丙型肝炎病毒（HCV）不同基因型膜区序列变异及其变异规律。方法 克隆不同基因型HCV的膜区基因,序列测定,核苷酸和氨基酸序列比较和分析。结果 不同基因型膜区基因相似性不同,从同一血清样本获得的不同克隆间,其同源性核苷酸大于99．2％,氨基酸大于99．9％。相同亚型核苷酸和氨基酸同源性大于80％。同型基因核苷酸和氨基酸同源性分别为（63．9－75．0）％和（64．9－72．8）％。异型基因同源性核苷酸为（59．4－67．0）％,氨基酸为（56．5－66．3）％。氨基酸序列变化在某些部位有一定保守性。不同基因HCV高变区（HVR）的亲水性和疏水性变化小于其下游3′端区域。结论 HCV基因变化可能有一定规律性。     

登革4型病毒包膜蛋白基因的克隆和部分核苷酸序列测定

利用反转录多聚酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术分离并克隆了登革４型０１株病毒的包膜蛋白（Ｅ）基因，并测定了部分核苷酸序列，发现该株与国外发表的一株相应区域核苷酸序列的同源性为９３．４％，由此推测出氨基酸序列的同源性为９２．１％。     

我国登革2型病毒43株非结构蛋白NS1基因的特征

对我国１９８７年从广西分离的登革２型病毒４３株非结构蛋白ＮＳ１基因的核苷酸序列进行了分析，结果表明登革２型病毒４３株非结构蛋白ＮＳ１基因含有１０５６核苷酸编码３５２个氨基酸，并就其核苷酸序列及其相应的氨基酸序列与我国１９８５年海南流行高峰期分离的Ｄ２－０４株、国际参考株新几内亚Ｃ株（ＮＧＣ）、牙买加株（ＪＡＭ）、候选疫苗株（Ｓ１）和马来西亚流行株Ｍ１（登革出血热）、Ｍ２（登革休克综合征）、Ｍ３（登革热）进行比较，发现核苷酸序列的同源性分别为９２．２％，９３．７％，９３．３％，９０．７％，８９．９％，８９．５％，８９．３％，氨基酸的类似性分别为８９．８％，９２．６％，９３．３％，９１．２％，９０．６％，９０．１％，８９；９％，推断的氨基酸序列含有两个糖基化位点，分别位于氨基酸残基的１３０和２０７位，一个可能的蛋白裂解位点３５０～３５２和１０个保守的半胱氨酸残基。     

中国广西狂犬病毒野毒株（CGX89－1株）糖蛋白基因核酸序列测定和分析

本文报告了中国广西狂犬病毒野毒株（ＣＧＸ８９－１株）糖蛋白基因ｃＤＮＡ的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列。ＣＧＸ８９－１株的糖蛋白基因从起始密码ＡＴＧ到终止密码ＴＡＡ共有１５７５个核苷酸残基，可编码形成５２４个氨基酸残基的多肽链，经修饰后形成具有５０５个氨基酸残基构成的狂犬病毒糖蛋白。ＣＧＸ８９－１株的糖蛋白基因和核苷酸组成分别为：Ａ占２７．１１％，Ｔ占２６．２９％，Ｃ占２１．９７％和Ｇ占２４．６３％。核苷酸序列和巴斯德株（ＰＶ株），国际标准攻击毒株（ＣＶＳ株），中国狂犬病毒疫苗株（３ａＧ株）相比，同源性分别为８４．１％，８３．１％和８４．５％。其推导的氨基酸序列和ＰＶ株、ＣＶＳ株和３ａＧ株相比其同源性分别为９２．４％，８９．７％和８９．５％。ＣＧＸ８９－１株也具有３个Ｎ－糖基化位点，分别位于第３７位、１５７位和３１９位的氨基酸残基上。糖蛋白的膜外区部分重要抗原位点和ＰＶ株、ＣＶＳ株及３ａＧ株具有较高的一致性。     

西安地区一株TT病毒的基因克隆及序列分析

目的 对TTV阳性扩增产物进行克隆及测序，以了解西安地区TTV基因及基因结构的特点。方法 采用巢式PCR从转氨酶活性异常增高的患者血清中，得到TTV阳性扩增产物，将其插入pGEM-T easy载体，进行克隆及序列分析。结果 获得1个pGEM-TTV重组载体。序列分析表明，插入片段为196bp。该序列与AF065400株等对应位置的核苷酸同源性分别为：AF065400（中国株）94．9％、AF351132（中国株）98．0％和NC－002076（日本株）99．0％。结论 西安地区TTV阳性扩增序列与报道的AF065400株、AF351132株和NC－002076株的序列具有高度的同源性，属同个基因型别。     

日本血吸虫大陆株26kDa谷胱甘肽S—转移酶编码区基因的克隆…

从日本血吸虫大陆株成分离ＲＮＡ，逆转录合成ｃＤＮＡ第一链，根据菲律宾株２６５ｋＤａ谷胱甘肽Ｓ－转移酶（ＧＳＴ）的ｃＤＮＡ序列，设计并合成引物，扩增出２６ｋＤａ的编码区基因，并克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ质粒，初步酶切鉴定后，从两端对插入片段进行核苷酸序列测定。结果与菲律宾株比较，核苷酸同源性为９９．８％，仅第５８２位碱基不同，菲律宾为Ａ，而大陆株为Ｇ。比较从ｃＤＮＡ推导出的氨基酸序列，两者１００％     

肠道病毒71型中国分离株基因组3区的分析

目的 测定我国分离的肠道病毒71型(EV71)SHZH98株3C基因的核苷酸序列，进行遗传进化途径的分析。方法 用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增我国分离的EV71-SHZH98株3C基因cDNA，测定PCR产物的核苷酸序列。结果 SHZH98株3C基因为549bp，和已发表的肠道病毒71型3C基因序列比较，SHZH98株与MS株同源性为78．7％，与BrCr株的同源性为76．7％，与台湾分离株POLY、NCKU、TW2086、TW2272株的同源性分别为74．0％、73．8％、71．9％、69．8％。由其核苷酸序列推导的氨基酸序列同源性比较显示与MS的同源性为93．45％，与BrCr、POLY、NCKU、TW2086、TW2272株的同源性分别为89．1％、90．7％、90．2％、84．2％、82．5％。遗传进化分析显示SHZH98株3C片段在亲缘关系上与Coxsackievirus A16 G-10株及欧美分离株MS、BrCr株较密切，而与台湾分离株相差较远。结论 推测EV71病毒中国分离株非结构蛋白的进化途径可能与台湾流行株不同。     

浙江省基因Ⅰ型乙脑病毒全基因序列的测定及分析

目的 为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料,研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度,为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据.方法 设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因,PER产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.通过生物学软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒XJ69和NJP613株全基因组全长均为10 964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸.与GenBank中选择的32株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.5%～99.2%,氨基酸总体同源性为97.5%～99.7%.通过PrM/C区段、E区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒XJ69和XJP613株属于基因Ⅰ型,与上海三带喙库蚊分离株SH17M-07关系最为接近.     

中国分离乙脑病毒与灭活疫苗株(P3株)E基因差异分析

目的 分析我国近年来从蚊虫及患者标本中分离的乙脑病毒与灭活疫苗株（P3株）之间在E基因区段核苷酸及氨基酸差异。方法 从GenBank中获取相应乙脑病毒株E基因区段核苷酸序列，通过Clustal X（1．8）、DNASTAR、GENEDOC（3．2）等生物学软件进行分析。结果 P3株与福建分离株之间核苷酸同源性在98．3％-98．5％之间、氨基酸同源性在98．2％-98．6％之间；P3株与上海分离株之间核苷酸同源性在88．0％-88．5％之间、氨基酸同源性在98．0％-98．4％之间。E基因区段500个氨基酸中P3株与所有新分离乙脑病毒株之间共存在19个位点的差异，其中在E-76、E-306、E-408处所有新分离毒株与P3株存在共同的差异；在E-160、E-487处福建分离株与P3株存在共同差异；上海分离株与P3株在E-129、E-222、E-227、E-366存在共同差异。结论 上海蚊虫中分离的Ⅰ型乙脑病毒和福建省脑炎患者中分离的Ⅲ型乙脑病毒与P3株在E基因的部分氨基酸位点存在差异，但均不处在影响病毒生物学特性的关键位点。     

丙型肝炎病毒E2／NS1区基因cDNA的克隆及序列分析

从北京地区１份丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）感染者血清中提取ＲＮＡ，经逆转录和套式聚合酶链反应扩增ＨＣＶＥ２／ＮＳ１区基因约９３０ｂｐ，将其插入至ｐＧＥＭ－Ｔ质粒载体中，利用双脱氧链末端终止法测出该基因５’端４３１ｂｐ的核苷酸序列，将此序列与其它９个ＨＣＶ分离株的相应序列进行比较分析，结果表明，此序列与ＨＣＶⅡ型序列同源性较高，核苷酸水平同源性在８０％以上。由其编码的ＨＣＶ外膜蛋白Ｎ端存在两个高变部位（ＨＶＲ），在ＨＶＲ内、外具有几个保守氨基酸残基和氨基酸区域，它们与外膜蛋白空间构型的维持有关。     

Molecular cloning and nucleotide sequence of hog cholera virus strain Brescia and mapping of the genomic region encoding envelope protein E1

Genomic RNA of hog cholera virus (HCV) strain Brescia was cloned and sequenced. The nucleotide sequence was deduced from overlapping cDNA clones and comprises 12,283 nucleotides. We cloned the complete 3' end of the HCV genome, but could not unequivocally prove that the cDNA sequence also completely covers HCV RNA at the 5' end. The HCV genome contained one large open reading frame, which spans the viral plus strand RNA and encodes an amino acid sequence of 3898 residues with a calculated molecular weight of 438,300. To identify structural HCV glycoproteins, we prepared rabbit antisera against three synthetic peptides deduced from the sequence. Because one of these antisera reacted with a 51- to 54-kDa glycoprotein (envelope protein E1 of HCV) on Western blot, the genomic position of the sequence encoding gp51-54 could be clearly established. The amino acid sequence of Brescia was compared with that of HCV strain Alfort and that of BVDV strains NADL and Osloss. The degree of homology between the two HCV strains was 93%, and between Brescia and the BVDV strains about 70%. NADL contained an inserted sequence of 90 amino acids that was absent from the sequences of Brescia, Alfort, and Osloss, whereas Osloss contained an inserted sequence of 76 amino acids that was absent from the sequences of Brescia, Alfort, and NADL. Sequences in p80, the most homologous protein among pestiviruses, showed similarity to six sequence motifs found conserved in helicase-like proteins represented by eIF-4A. Furthermore, a trypsin-like serine protease domain detected in p80 of BVDV was also found conserved in HCV, suggesting that pestivirus p80 may be bifunctional.     

风疹病毒松叶株E1基因遗传变异研究

目的 研究风疹病毒(rubella vires,RV)疫苗松叶株(Matsuba)El基因遗传与变异特点,在基因水平评估Matsuba株生产的疫苗对流行株的保护效果. 方法 将风疹病毒松叶株毒种RV14在原代兔肾细胞连续传至第23代,取RV14、RV16、RV17、RV18、RV23代进行研究分析.利用RT-PCR方法扩增松叶株不同代次的E1蛋白基因,将E1基因与pGEM-T载体连接,获得风疹病毒E1基因的克隆并测序,对各代次病毒的E1基因与风疹病毒疫苗Matanba株(GenBank登录号:D50673)及其他参考株的E1基因序列进行比对分析. 结果 风疹病毒Matsuba株传至23代时仍有很高的同源性,RV14、RV16、RV18代次病毒与D50673的核苷酸和氨基酸同源性为100.O%,RVl7、RV23代次病毒与D50673的核苷酸序列同源性分别为99.9%、99.7%,氨基酸序列同源性分别为99.8%、99.2%.各代次病毒与糖基化、抗原性相关的氨基酸位点未发生变异,高度保守;风疹病毒Matsuba株与其他参考株E1基因序列比较结果表明:Matsuba株为1a基因型,中国风疹病毒流行基因型为1E、1F、2A和2B,以1E基因型为主;Matsuba株与各基因型参考株同源性很高,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.1%～99.6%和98.1%～99.8%. 结论 风疹病毒Matsuba疫苗株的遗传学特性稳定,从分子水平证明Matsuba疫苗株及其生产的疫苗具有安全性.尽管中国流行不同基因型风疹病毒,由于Matsuba株与各基因型参考株同源性很高,且风疹病毒毒株间抗原表位高度保守,因此Matsuba疫苗株所生产的疫苗可以有效保护不同基因型别的风疹病毒的感染.     

山东省HCV分离株C区及NS5区核苷酸序列分析及其基因分型

目的 研究山东省丙型肝炎病毒（HCV）流行株的基因型别,方法 用反转录套式聚合酶链反应（PCR）方法分别扩增山东省HCV流行株C区（432bp)NS5区（319bp)的两个基因片段,将其克隆人T载体上并自动测序,进行同源性分析及基因型别鉴定。结果 4株HCVC区基因片段有3株为1b基因亚型,1株为2a基因亚型,10株NS5区的基因片段分析均为1b基因亚型,并且与GenBank中多个1b亚型代表株核苷酸序列同源性达90%以上,结论 山东省HCV流行株以1b亚型为主,兼有2a亚型,同一亚型中也有较大的变异,NS5区1b亚型中基因散率可达5%以上。     

新分离登革2型病毒福建株基因组全序列的测定

目的 对新近分离的导致1999年福建省登热流行的登革2型病毒FJ－10株进行基因组全序列测定及系统发生树分析。方法 利用RT－PCR和5′、3′RACE法扩增FJ－10株cDNA,并进行克隆测序,利用DNASTAR折Clustal方法绘制系统发生树。结果 JF－10株基因组全长10723个核苷酸,有1个单一开放读码框架（ORF,第97－10269nt）,编码3391个氨基酸,5′和3′非编码区长度分别为96和454个核苷酸,通过与标准株NGC株和我国其他地区分离株DEN2－04、43、44株比较,核苷酸同源性分别为94.0%、92.8%、93.9%和93.9%,氨基酸同源性分别为97.9%、97.2%、97.7%和97.9%。以47株登革2型病毒E／NS1连接区240个核苷酸序列进行发生树分析,福建株与印度尼西亚和斯里兰卡分离株亲缘关系较近,同属第Ⅳ基因型。结论 FJ－10株基因组全序列一级结构与其他登革2型病毒类似,其基因型不同于我国其他地区分离株DEN2－04、43和44株。     

The complete genomic sequence analysis of genotype 4 human astrovirus HASTVgz01 strain in Guangzhou

To analyze the genomic molecular structure and genotype of human astrovirus isolated from infant in Guangzhou of China, the primers were designed based on the genomic sequence of astrovirus from the GenBank and the target sequence were amplified by RT-PCR. Then the PCR-products were cloned to T vector and sequenced. The genomic nucleotide sequences were analyzed by the programs CLUSTAL W and DNASTAR. It was found that the full genomic length of HASTVgz01 strain was 6721 bp and the ORFs were 6558 bp. The 5' and 3' UTR were 82 and 81 nucleotides. The genome included 3 open reading frames (ORFs): ORF1a, ORF1b and ORF2. The 5'-terminal ORF1a started at nucleotide 83 and extended to nucleotide 2845. ORFlb (nt 2785 to nt 4332) overlaped ORFla by 61 nucleotides. The 3'-terminal ORF2 began at nucleotide 4325 and terminated at nucleotide 6640. ORF2 had 2316 nucleotides. Compared with other astrovirus sequences in GenBank, the homology of the amino acid sequence of ORF2 of HASTVgz01 strain with that of serotype 4 was 93% . Homology with other serotypes ranged from 61% to 70% . The complete nucleotide sequence of astrovirus HASTVgz01 strain isolated from Guangzhou in China was 6721 bp in length, GenBank accession NO. DQ344027. Comparing the ORF2 of astrovirus HASTVgz01 with the known sequences of types 1-8 the highest homology was serotype 4 (93%). Comparative sequence analysis of the HASTVgz01 ORF2 with the reported human astrovirus sequences revealed that the isolated astrovirus belongs to genotype (serotype) 4.     

中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析

目的建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）流行株的全基因参照序列。方法从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析。结果中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0%～98.8%,氨基酸序列同源性为94.3%～99.9%,与参照序列的核苷酸同源性为79.7%～97.0%,氨基酸同源性介于95.1%～99.5%之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株。结论比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列。     

登革2型病毒海南分离株全长E基因的测定与分析

目的 测定我国登革2型病毒海南分离株E基因的全序列，并分析其病毒学特性和分子进化特征。方法 运用RT-PCR法扩增我国登革2型病毒海南分离株D2V—HN89)E基因，测序并用计算机分析序列，作毒株感染细胞及乳小白鼠试验。结果 D2V-HN89株E基因核苷酸全长1464bp，核苷酸和氨基酸序列与D2V—NGC株的同源性分别为95％和980A，系统树分析显示其与登革2型牙买加株及登革2型巴西90株的亲缘关系最近。D2V—HN89株的细胞病变效应与D2V—NGC株相同，但对乳小白鼠神经毒力较弱。结论 D2V-HN89株的E基因区有缺失，该流行毒株可能来源于牙买加或巴西登革热流行区。