α2-Heremans-Schmid糖蛋白基因多态性与其血清含量的关联研究

目的 探讨α2-Heremans-Schmid糖蛋白(α2-Heremans-Schmid glycoprotein,AHSG)基因单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)与其血清含量的相关性及其参与调节基因转录的机制.方法 对AHSG基因进行重测序,构建连锁不平衡模式,选择标签SNP在192名北京汉族和424名广州汉族个体中进行了基因分型;应用报告基因荧光素酶活性检测不同等位基因的转录活性;应用酶联免疫吸附试验检测北京地区192名个体血清中AHSG的浓度.结果 AHSG重测序共检出8个SNP,连锁不平衡分析显示广州和北京地区人群的连锁不平衡模式不同,但选择的标签SNP和具有潜在功能的SNP的等位基因和基因型频率分布在两组人群中差异无统计学意义.荧光素酶活性实验结果显示,AHSG基因启动子区-799A等位基因比-799T等位基因的转录活性高;多态性位点rs2248690、rs4917和rs4918与血清中AHSG的含量存在相关性;多元回归分析结果表明只有rs2248690与AHSG含量存在相关性.结论 位于AHSG基因启动子区的rs2248690位点与其血清中含量存在相关性.     

浙江地区汉族人群caspase-3基因三个位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-3基因的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-3基因对凋亡调节机制的个体差异提供线索。方法用变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-3基因的调控区、第2～7外显子及部分侧翼序列的多态性位点;分析位点间的连锁不平衡关系,估算它们构成的单倍型。结果共检出3个SNP位点(C829A、A17532C、C20541T),分别位于caspase-3基因的5′端调控区、第4内含子和3′调控区;3个位点间存在强连锁不平衡,其中位点A17532C与C20541T呈完全连锁不平衡;54.3%的C-829/A-17532/C-20541是汉族人群的主要单倍型。结论浙江地区汉族人群caspase-3基因上的3个SNP位点间存在强连锁不平衡,它们构成的主要单倍型不同于北美人群。     

浙江地区汉族人群caspase-8、-10基因四个单核苷酸多态性位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisins，SNPs）位点及其构成的单倍型，为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础。方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2．5外显子，caspase-8基因的第8-10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点；分析配对位点的连锁不平衡关系，最大期望值法估算它们构成的单倍型。结果（1）caspase-10基因的第2、5外显子分别检出一个SNP位点A2823G和A12799G，其中A12799G是新发现的低信息度的SNP；caspase-8基因中检测到3个SNP位点A43466G、G51484A、G52951A，分别位于第8、9外显子和第9内含子；它们均未改变所编码蛋白的一级结构；（2）caspase-10基因中A2823G位点与caspase-8基因中3个位点间已达到连锁平衡，caspase-8基因中A43466G与G52951A、G51484A与G52951A也达到连锁平衡，连锁不平衡系数分别接近于0；只有A43466G与G51484A存在强的连锁不平衡，连锁不平衡系数接近于1；（3）caspase-10基因的A2823G位点与caspase-8基因的3个位点预计产生11种单倍型，其中A-2823／A-43466／G-51484／G-52951是主要单倍型，频率为0．381l，其次是A．2823／A-43466／G-51484／A-52951，频率为0．2536；这4个SNP位点联用，多态信息含量可达到0．7106。结论浙江地区汉族人群caspase-10、-8基因中的SNP位点至少处于3个不同的单倍型块；联合多个相邻的位点构成单倍型，可以弥补单个SNP信息度较低的不足。     

广东汉族人群TLR2基因的多态性研究

目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。     

湖北汉族健康人群肿瘤转移抑制基因Nm23基因多态性的测定及分布

目的:建立Nm23基因上10个单核苷酸多态性位点基因型的检测方法,并探讨这些位点在湖北武汉地区健康汉族人群中基因型分布特点,为研究Nm23基因多态性与相关疾病或药物不良反应关联性提供依据。方法:随机选取武汉地区健康体检人群200例,其中男性115例,女性85例。采用实时荧光Taq Man-MGB探针等位基因分型技术进行Nm23基因启动子及内含子区域共10个单核苷酸位点多态性检测。并采用分片段扩增直接测序方法对上述位点进行抽样验证。结果:建立的方法能够准确、快速地对Nm23基因单核苷酸多态性位点进行分型检测。所选Nm23基因上10个位点在湖北汉族人群中分布同国内其他地区研究及Hap Map数据库中北京地区汉族人群相近。且均符合Hardy-weinberg平衡,其中rs16949649与rs7207370、rs34214448,rs2159359与rs2302254、rs8075231、rs2041296、rs8071647位点间高度连锁不平衡,并运用Heploview软件筛选出4个Tag SNPs:rs34214448、rs2302254、rs11868380、rs2318785。结论:试验中建立的基因型测定方法可满足Nm23基因遗传多态性研究的需要,在Nm23基因多态性与相关疾病及药物不良反应关联性研究中可能具有重要应用价值。     

中国湖北地区健康人群RAC1基因多态性的测定与分析

目的：探讨人RAC1基因上8个单核苷酸多态性位点的基因型在中国湖北地区汉族健康人群中的分布情况，为进一步研究RAC1基因多态性与相关疾病及药物反应性之间的关系做铺垫。方法：采用实时荧光TaqMan-MGB探针等位基因分型技术测定150例湖北地区健康志愿者的RAC1基因上8个单核苷酸多态性位点的基因型，并采用分片段扩增直接测序方法对上述位点进行抽样验证。结果：所选8个位点均符合Hardy-weinberg 平衡，其中rs10951982与rs9374， rs702482与rs836488位点间高度连锁不平衡，并运用 Heploview 软件筛选出6个 Tag-SNPs：rs10951982、rs6954996、rs6951997、rs12977、rs702482、rs702483。本研究建立的方法能够准确地测定人RAC1基因上的SNP位点的基因分型，所选的人RAC1基因上8个SNP位点在中国湖北地区人群中的最小等位基因频率与Hap Map数据库中北京地区汉族人群、亚洲人群相近，但亦观察到了人种之间的分布差异。结论：所测RAC1基因上8个位点的频率分布在本研究中的湖北人群中未观察到统计学差异，但是与已有数据库中其他人种的MAF比较有较大差异性。     

IL-1、IL-10及TNF-β单核苷酸多态性与福建泉州地区汉族人群类风湿性关节炎的相关性研究

目的:探讨福建泉州地区汉族人群类风湿性关节炎(RA)患者炎症相关因子的单核苷酸多态性(SNP)位点的分布特征,并研究其与RA易感性的关系。方法:选取福建泉州地区汉族人群RA患者155例(RA组)和健康体检者170例(对照组)为研究对象,采用全血三引物等位基因特异性扩增(TRIP-ASPCR)技术对RA相关的SNP位点进行基因分型。运用SPSS 19.0统计分析软件,采用卡方检验和Logistic法分析Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度、SNP位点等位基因与RA发病关联强度,并利用SHEsis软件对所选SNP位点进行连锁不平衡分析和单倍型分析。结果:对照组中有1个SNP位点符合Hardy-Weinberg平衡检验(P>0.05),RA组有1个SNP位点符合Hardy-Weinberg平衡检验(P>0.05);在对照组和RA组之间有4个SNP位点的等位基因频率差异存在统计学意义(P<0.05,OR>1),与RA呈正相关,且相关性明显。结论:RA患者中,存在4个SNP位点(IL-10 rs1800893、IL-1βrs16944、TNF-βrs2009658和TNF-βrs1041981)与福建泉州地区汉族人群的RA呈正相关,且相关性明显;各位点分别对应的等位基因G、G、C和C可能作为福建泉州地区汉族人群RA的一个潜在遗传标志。     

LMX1A基因多态性与中国汉族人群先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联

背景：先天性脊柱侧凸是由于胚胎期脊柱椎体发育异常引起的脊柱侧凸,其遗传病因学假说开始引起许多学者的重视。 目的：通过候选基因LMX1A上关键单核苷酸多态性位点的筛查,探索LMX1A与中国汉族人群先天性脊柱侧凸及其不同临床表型之间的关联。 方法：入选127例中国汉族先天性脊柱侧凸患者,另选取外伤、感染、炎症性疾病等患者127例为对照组。根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,应用Haploview 4.1软件选取LMX1A的标签和功能单核苷酸多态性位点。根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型。所有样本应用SNPstream UHT Genotyping系统对所选单核苷酸多态性位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组单核苷酸多态性位点间是否存在连锁不平衡。 结果与结论：共筛选6个位点：SNP1(rs1819768)、SNP2(rs12023709)、SNP3(rs16841013)、SNP4(rs4656435)和SNP5(rs4657412)和SNP6(rs4657411),其基因型分布在病例组和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡;在基于基因型的关联分析中发现阳性位点SNP1和SNP2,单位点分析显示两位点基因型在病例组和对照组中的分布频率差异有显著性意义(P=0.026和P=0.026),在进一步非条件Logistic回归分析中发现这两个位点的基因型分布最符合Ressessive(OR=0.38;95%CI=0.15~0.94,P=0.029,AIC=354.9)遗传模型;SNP1、SNP2、SNP3和SNP6处于连锁不平衡状态,SNP4和SNP5也处于完全连锁不平衡状态,但单倍体型与先天性脊柱侧凸的发生风险之间不存在相关性;在进一步与先天性脊柱侧凸临床表型的关联分析中发现SNP1基因型AC型、SNP2基因型AG型、SNP3基因型CT型与有椎体形成障碍先天性脊柱侧凸的易感性升高有关。结果提示在中国汉族人群中LMX1A基因可能和先天性脊柱侧凸的发生、发展相关,是一个重要的易感基因。     

新疆柯尔克孜族过氧化物酶体增殖物激活受体基因单核苷酸多态性

目的:分析柯尔克孜族健康人群过氧化物酶体增殖物激活受体基因(PPARG)的31个单核苷酸多态性(SNP)位点的遗传多态性;方法:利用Hap Map软件筛选31个SNPs位点,利用质谱检测技术进行多态性检测并根据质谱峰图判读样本目标位点基因型,利用χ~2检验确定筛选的SNP位点是否符合Hardy-Weinberg平衡定律并分析柯尔克孜族与其他民族间基因型和等位基因频率差异。结果:在31个SNP位点中,23个位点的最小等位基因频率MAF≥0.05具有多态性;在23个SNPs中rs1175540、rs17036242、rs2881654、rs2959273、rs2972162、rs4135275、rs709151、rs9310401、rs1801282位点在柯尔克孜族和维吾尔族人群间基因型和等位基因分布频率差异均有统计学意义;rs2292101、rs3856806、rs7626560位点在柯尔克孜族和北京汉族人群、犹他州居民、伊巴丹尼日利亚人群间基因型频率差异有统计学意义;rs3856806、rs4135275、rs6782475、rs7626560位点在柯尔克孜族和北京汉族人群、犹他州居民、伊巴丹尼日利亚人群间等位基因频率差异有统计学意义。结论:PPARG基因23个SNP位点多态性在新疆柯尔克孜人群和不同种族问差异具有统计学意义,这种差异可能是导致某些疾病在不同种族间的发现率和临床表现存在显著不同的因素之一。     

性激素结合球蛋白基因单核苷酸多态性在宁夏回、汉族人群中的分布特征

目的:探讨性激素结合球蛋白(SHBG)基因rs1799941、rs6257、rs6259和rs727428位点在宁夏回、汉族人群中及不同种族间的分布特征。方法:采用Taqman探针法分析宁夏回、汉族群体SHBG rs1799941、rs6257、rs6259和rs727428 4个SNP位点等位基因频率及基因型频率的分布特征。结果:宁夏回、汉族人群SHBG基因4个多态性位点基因型频率及等位基因频率差异无统计学意义。宁夏人群SHBG基因rs1799941、rs727428和rs6259位点基因型频率分布与人类基因组计划扫描所得欧洲人群及非洲人群比较,差异均有统计学意义,而与北京人群比较,差异无统计学意义。rs6257位点基因型频率分布与文献查询所得欧洲人群及土耳其人群比较差异均有统计学意义,而与中国南方人群比较差异无统计学意义。结论:SHBG基因rs1799941、rs6257、rs6259和rs727428 4个SNP位点等位基因及基因型频率在宁夏回、汉族及不同性别之间均无差异;但在不同种族间具有差异。     

Positive association of the <Emphasis Type="Italic">FTSJ1</Emphasis> gene polymorphisms with nonsyndromic X-linked mental retardation in young Chinese male subjects

To investigate the possible genetic association of nonsyndromic X-linked mental retardation (NS-XLMR) with FTSJ1 gene polymorphisms, a case-control association study was performed focusing on the Chinese Han population in the Qinba mountain region. Three common single nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs2268954, rs2070991, rs5905692) in the gene were selected and genotyped using the polymerase chain reaction single-strand confirmation polymorphism (PCR-SSCP) method. Pairwise linkage disequilibrium (LD) analysis showed that the three SNPs were in strong LD (all D' > 0.8). There were significant differences between cases and controls in allele frequency distribution of rs2268954 (P = 0.036), rs2070991 (P = 0.043), and rs5905692 (P = 0.014) and in the distributions of common haplotypes combined by these SNPs (global P = 0.01236) in male subjects. In female subjects, however, no positive results were found. Our results suggest a positive association between the genetic variants of the FTSJ1 gene and NS-XLMR in young male subjects in the Chinese Han population in the Qinba region.     

SLC22A12基因第8外显子和第8内含子多态与中国汉族人原发性高尿酸血症关联研究

目的 研究原发性高尿酸血症患者SLC22AI2基因第8内含子和第8外显子单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与原发性高尿酸血症遗传易感性的关系.方法 选择山东沿海地区原发性高尿酸血症患者215例,正常对照人群323名.提取基因组DNA,PCR扩增SLC22A12基因第8内含子和第8外显子,对PCR扩增产物进行测序.结果 序列分析发现:(1)SLC22AI2基因第8外显子存在T1309C单核苷酸多态,第8内含子存在-103A＞G单核苷酸多态,这2个多态位点完全连锁.(2)高尿酸血症组-103A＞G G等位基因频率和T1309C C等位基因频率明显高于正常对照组(均为51.9%vs.42.4%,P＜0.01);(3)高尿酸血症组GG+GA基因型频率和CC+CT基因型频率显著高于正常对照组(均为80.0%vs.69.0%,P＜0.01).(4)-103 A＞G和T1309C基因多态中,含有等位基因G的基因型GG+GA及含有等位基因C的基因型CC+CT均使高尿酸血症的发病危险性上升了1.79倍(OR=1.79,95%CI:1.19～2.70).结论 SLC22A12基因第8外显子T130gC及第8内含子-103A＞G SNP与原发性高尿酸血症密切相关.     

STK11基因多态性与家族性热性惊厥关联研究

目的研究丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶11(serine/threonine kinase 11,STK11)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点与家族性热性惊厥(familial febrile convulsions,FC)的关系.方法用关联分析的方法,结合传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT),对来自中国北方的家族性热性惊厥病人和对照组进行分析.结果 SNPs位点的基因型频率在惊厥患儿和对照组中分布均符合Hardy-Weinberg平衡.前期实验位点rs741764的基因型频率和基因频率及rs2075604的基因型频率在两组人群中分布差异有显著性(P＜0.05),后期选择一般人群作为对照组进行的关联分析,除rs741764基因型频率在两组间差异有显著性(P＜0.05)外,其余差异均无显著性.进一步用TDT得到3个位点都没有发现传递不平衡现象.结论 STK11基因的四个SNPs位点均与家族性热性惊厥不相关,STK11基因可能不是中国北方人家族性热性惊厥的易感基因.     

DVL2基因多态性与中国汉族人群先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联研究

背景：近20年来小鼠的分子胚胎学研究进展获得了大量关于脊椎发育的分子信息,用同线性分析法确立先天性脊柱侧凸的候选基因已成为可能。 目的：通过候选基因DVL2上关键单核苷酸多态性位点的筛查,探索DVL2与中国汉族人群先天性脊柱侧凸及其不同临床表型之间的关联。 方法：采用病例-对照研究,入选127例中国汉族先天性脊柱侧凸患者和127例对照组。根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,应用Haploview 4.1软件选取DVL2的标签和功能单核苷酸多态性。根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型。对所有样本应用SNPstream UHT Genotyping系统对所选单核苷酸多态性位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组单核苷酸多态性位点间是否存在连锁不平衡。 结果与结论：共筛选5个位点：单核苷酸多态性1(rs2074222)、单核苷酸多态性2(rs222837)、单核苷酸多态性3(rs222835)、单核苷酸多态性4(rs10671352)和单核苷酸多态性5(rs222836),其基因型分布在病例和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡;5个位点处于完全连锁不平衡状态;5个位点的基因型/等位基因/单倍体型与先天性脊柱侧凸的发生风险之间不存在相关性。在进一步与先天性脊柱侧凸临床表型的关联分析中没有发现阳性位点。提示在中国汉族人群中DVL2基因可能不是引起先天性脊柱侧凸及其不同临床表型的主要因素,有待于进一步深入研究。     

Variants in the RAB3A gene are not associated with mental retardation in the Chinese population

Mental retardation is a common form of cognitive impairment among children. The underlying causes of mental retardation are extremely heterogeneous, and include significant genetic factors. The coexistence of neuropathology and cognitive deficits supports the view that mental retardation is a disorder of brain development and plasticity. Rab3A, a member of the Rab small G protein family, is a key molecule in modulating basal neurotransmission and contributes to synaptic plasticity. The RAB3A gene is located on chromosome 19p13.11, near a region shown by a linkage study to be involved in the etiology of mental retardation. Because of both its function and chromosomal location, RAB3A is a potential candidate susceptibility gene for mental retardation. To investigate the possible genetic contribution of the RAB3A gene, we performed a case-control association study focused on the Han population of northwestern China using four common SNPs in the gene (rs7259012, rs17683539, rs2271882, and rs874628). Pairwise linkage disequilibrium analysis showed that the four SNPs were in linkage disequilibrium. However, there were no significant differences of either allele or genotype frequencies at any of the SNPs nor any significant differences in haplotype distributions between cases and controls. In conclusion, we have found no evidence for RAB3A conferring susceptibility on mental retardation in the Han Chinese population.     

基质金属蛋白酶9基因多态性与汉族女性青少年特发性脊柱侧凸的关联分析

目的 探讨基质金属蛋白酶9 (matrix metalloproteinase 9,MMP9)基因多态性与汉族女性青少年特发性脊柱侧凸(adolescent idiopathic scoliosis,AIS)发生和发展的关系.方法 以rs17576、rs2250889、rs1805088 3个标签单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)作为遗传标记,通过TaqMan荧光探针法对190例AIS患者和190名年龄匹配汉族女性正常对照进行等位基因分型.对结果进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验、Pearson x2检验、非条件Logistic回归分析、连锁不平衡检验和单倍型分析,并分析基因型与表型的关系.结果 正常对照组rs17576、rs2250889、rs1805088 3个位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05);基因型-表型分析发现rs2250889位点基因型为CC的患者的最大Cobb角(48.50°)大于基因型为GG(25.98°)或GC(28.35°)者(P＜0.05),其侧凸程度较严重.结论 目前尚不能认为MMP9基因是汉族女性AIS的易感基因,但rs2250889纯合变异者脊柱侧凸较严重,提示MMP9异常可导致脊柱侧凸的进展.     

宁夏籍汉族大学生雌激素受体β基因多态性的分布特征*

目的：探讨雌激素受体β（ERβ）基因rs1256049、rs4986938 位点单核苷酸多态性在宁夏籍汉族大学生的 分布特征。方法：采用TaqMan 探针基因分型法,分析宁夏籍汉族1 156 名（ 男516 例,女640 例）大学生ERβ 基 因rs1256049、rs4986938 两位点多态性在不同性别间的分布特征,并与国内报道及1000 Genomes 网站上公布的 其他地区或种族健康人群进行比较。结果：宁夏籍汉族大学生ERβ 基因rs1256049、rs4986938 位点各基因型及等 位基因频率分布在不同性别间差异无统计学意义。与国内已报道结果相比,rs1256049 位点多态性与湖南、湖北、 成都和广西汉族及广西壮族人群间的分布均有显著性差异,与江苏汉族人群间差异无统计学意义;rs4986938 位 点多态性与湖南和成都汉族人群间的分布均有显著性差异,与江苏、湖北和广西汉族及广西壮族人群间差异无统 计学意义。与1000 Genomes 网站结果相比,rs1256049、rs4986938 两位点多态性与中国南方人群、欧洲人群和 非洲人群的分布差异均有显著统计学意义,与北京汉族和日本人群差异均无统计学意义。结论：宁夏籍汉族大学 生ERβ 基因rs1256049、rs4986938 位点各基因型和等位基因频率分布在性别间无显著差异性,与国内不同地区及 国外不同种族人群间的差异性可能与遗传背景不同有关。