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1.
目的分析云南省艾滋病病毒-1型(HIV-1)和丙型肝炎病毒(HCV)共感染的静脉注射吸毒人群(IDUs)中,HCV对NS3蛋白酶抑制剂的天然耐药相关变异(RAV)的流行情况。方法 2014年1—6月,在云南省连续收集HIV-1和HCV抗体均阳性IDUs的血浆样品288份。对NS3基因进行扩增和测定,所得序列通过构建系统进化树确定HCV的亚型,并对耐药相关的氨基酸变异位点进行比对分析。结果共241份样品获得NS3基因序列,在1a、1b、3a、3b、6a、6n、6u亚型中都检测到了与NS3蛋白酶抑制剂耐药相关的变异。1a亚型的优势RAV为M175L(发生率为25/25);1b亚型的优势RAV为S122T(发生率为7/21);3a亚型的优势RAVs为V36L(发生率为56/56)、R123T(发生率为56/56)、I132L(发生率为55/56)、D168Q/H(发生率为56/56)和M175L(发生率为56/56);3b亚型的优势RAVs为V36L(发生率为90/90)、R123T(发生率为88/90)、I132L(发生率为90/90)、D168Q/H(发生率为90/90)和M175L(发生率为90/90)。6a亚型的优势RAVs为Q80K(发生率为13/13)和S122N/R(发生率为12/13)。6n亚型的优势RAV为S122N/T(发生率为31/31)。6u亚型的优势RAVs为S122T(发生率为5/5)和I132L(发生率为5/5)。结论云南省IDUs中流行的HCV亚型普遍存在针对NS3蛋白酶抑制剂的天然耐药相关变异,选择该类药物开展治疗时应充分考虑本地主要流行的基因型和相应的天然耐药突变。  相似文献   

2.
目的检测四川省丙型肝炎患者HCV基因分型及HCV NS5A耐药突变位点的分布特征。方法收集2017年-2018年在四川省人民医院确诊的来自四川省的丙型肝炎患者160例,采集外周静脉血标本,使用Sanger测序法鉴定每一样本的HCV基因型及其亚型和HCV NS5A的基因序列。结果 160例丙型肝炎患者共测出1、2、3、6四种基因型和1b、2a、3a、3b、6a、6n六种基因亚型,其中以1b亚型检出率最高,占86.25%(138/160),其次为3b、6a亚型,均各占3.75%(6/160),余下6n型占2.50%(4/160),2a、3a型均各占1.875%(3/160)。在HCV 1b亚型丙型肝炎患者在中,HCV NS5A基因耐药突变检出率为18.84%(26/138),其中以Y93H耐药突变率较高,占17.39%(24/138),其次L31M耐药突变率为1.45%(2/138)。结论分析四川省丙型肝炎患者HCV基因型及HCV NS5A耐药突变位点的分布特点,可为该地区丙型肝炎患者基因型分布及耐药性研究和个体化抗病毒治疗提供指导依据。  相似文献   

3.
目的分析既往有偿献血人群HIV-1感染者中合并感染的HCV对telaprevir和boceprevir的天然耐药,为HCV的耐药监测及临床抗病毒治疗提供基础数据。方法收集既往有偿献血人群HIV阳性患者的血浆样本,检测其HCV抗体,应用巢式PCR扩增HCV NS3/4A区,对测序结果进行耐药分析,计算耐药率,评价耐药毒株的流行趋势。结果从150份符合要求的样本里共获得70份(46.67%)HCV NS3/4A基因序列。检测出耐药相关突变4例(5.71%),其中对boceprevir耐药2例(2.86%),耐药位点为R117H和A156V;对telaprevir耐药2例(2.86%),耐药位点为R117H和A156V;对telaprevir可能耐药2例(2.86%),耐药位点为T54S。尚未发现V36A/M/L/C、Q41H/R、F43C/S、T54A、V55A、Q80R、R109K、S138C、R155G/I/K/M/T/Q/S、A156S/T、D168A/E/G/H、V170A/T/I、N174G/S、L175M等已报道的耐药位点。其他突变中,氨基酸替换率超过90%的变异位点有I35V、A40T、R62K、I64L、V71I、S66G、S91A和T42S;在系统进化树中,耐药序列呈点状散在分布,未发现聚集性。结论既往有偿献血HIV-1感染者中合并感染的HCV对telaprevir和boceprevir存在天然耐药,耐药相关突变率分别为5.71%和2.86%。其他氨基酸位点出现突变率较高,但是未发现与耐药相关。各耐药菌株之间未发现传播关联性。  相似文献   

4.
目的分析我国广西地区HCV 1b型感染者NS5B区耐药基因相关变异(RAV)的发生率及不同性别间的差异。方法选取2016年4月-2018年9月广西医科大学第一附属医院收治的60例HCV 1b型感染初治患者,留取基线血清样本,采用巢式聚合酶链式反应扩增NS5B区片段并进行基因测序,测序结果与基因库标准株进行比对。不同性别患者间的年龄、HCV RNA、ALT和AST水平比较采用t检验,耐药位点变异率采用Fisher确切概率法检验。结果入选的60例患者中,55例获得完整的NS5B区序列信息,RAV发生率为96. 3%,其中C316 (94. 5%)、A338(70. 9%)、T19(74. 5%)为主要的变异位点,同时检测到C316+T19、C316+T19+A338等多位点联合突变。男性RAV发生率为95. 8%(23/24),女性为96. 8%(30/31),差异无统计学意义(P=1. 000)。结论广西地区HCV 1b型感染者NS5B区存在较高的RAV发生率,既有单位点突变,也存在多位点联合突变,且不同性别间RAV发生率无明显差异。  相似文献   

5.
目的探索我国北京地区慢性丙型肝炎(CHC)患者直接抗病毒药物(DAA)的天然耐药突变发生情况,比较干扰素(IFN)联合利巴韦林(RBV)经治与未经治患者DAA的天然耐药突变。方法收集2009年7月~(-2)013年11月于北京大学第一医院就诊的101例基因1b型CHC患者,其中IFN联合RBV经治患者40例,未经治患者61例。提取患者的HCV RNA,PCR法扩增并测序HCV NS3、NS5A、NS5B区基因,进行序列比对和耐药分析,并比较天然耐药发生率。符合正态分布的计量资料组间比较采用t检验,非正态分布的计量资料组间差异比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料组间比较采用χ~2检验或Fisher精确概率法。结果共获得84例(83.17%)NS3区、92例(91.09%)NS5A区和97例(96.04%)NS5B区基因序列信息。NS3区7例(8.33%)存在DAA天然耐药突变(T54S,n=1,1.19%;R117H,n=5,5.95%;N174F,n=1,1.19%)。NS5A区19例(20.65%)存在天然耐药突变(L28M,n=7,7.61%;L31M,n=1,1.09%;P58S,n=4,4.35%;Y93H,n=7,7.61%)。NS5B区95例(97.94%)存在天然耐药突变(L159F,n=1,1.03%;C316N,n=92,94.85%;A421V,n=6,6.18%;R422K,n=1,1.03%;M426L,n=3,3.09%;V499A,n=38,39.18%)。NS3、NS5A和NS5B区天然DAA耐药突变发生率在IFN联合RBV经治与未经治患者之间差异均无统计学意义(P值均0.05)。结论未接受过DAA治疗的我国北京地区基因1b型CHC患者中存在DAA天然耐药突变,这些突变大多为低度耐药突变,其对DAA临床疗效的影响仍需进一步研究。未观察到既往IFN联合RBV治疗对CHC患者DAA天然耐药突变率的影响。  相似文献   

6.
目的分析黑龙江省HIV-1感染者的毒株亚型构成、分子簇形成和耐药株流行情况。方法对2018年1-6月期间新诊断的、尚未进行抗病毒治疗的黑龙江省HIV-1感染者,采集血样、提取病毒RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)/巢式PCR方法扩增HIV-1 pol基因,测序后进行生物信息学分析。结果获得157例HIV-1样本的pol基因序列,检测出7种毒株亚型,以CRF01_AE占比最高,为61.8%(97例),其次为CRF07_BC,占20.4%(32例);21条基因序列形成了10个可能具有传播关系的分子簇,成簇率13.4%;总体耐药率10.2%(16/157),其中NNRTI、NRTI、PI的耐药率分别为5.1%(8/157)、1.3%(2/157)和3.8%(6/157)。结论黑龙江省HIV-1的毒株亚型以CRF01_AE亚型4簇和5簇为主,独特重组毒株URF_01B及A1亚型成簇传播。对治疗前耐药问题应给予密切关注。  相似文献   

7.
目的了解广西地区艾滋病病毒(HIV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染人群HCV基因型的分布特征。方法收集广西地区51例HCV RNA阳性HIV感染者的血清,通过对反转录巢式聚合酶链反应(RT nested-PCR)扩增HCV NS5B区段,所得终产物直接测序进行HCV基因分型。结果在51例样本中,HCV基因型以3b和6a型为主,各占23.53%(12/51),其次为1a型,占19.61%(10/51);3a型、1b型、6d型分别占13.73%(7/51)、9.80%(5/51)、1.96%(1/51),2a型、6e型各占3.92%(2/51)。分析表明,HIV合并HCV感染者的HCV基因在性别、年龄、感染途径分布差异没有统计学意义(P0.05)。结论广西地区HIV合并HCV感染者流行的HCV基因亚型至少有1a、1b、2a、3a、3b、6a、6d、6e共8种,3b和6a可能为流行的主要基因亚型,1a型次之。初步说明广西地区HIV合并HCV感染人群流行的HCV基因亚型呈多样性,同时它们与性别、年龄及感染途径无明显相关性。  相似文献   

8.
目的了解云南省红河州和德宏州吸毒人群中HIV-1/HCV共感染者HIV-1耐药情况,为该地区该人群的抗病毒治疗提供理论指导。方法筛查HIV-1/HCV共感染吸毒患者血液样本,对HIV-1 pol基因耐药位点进行测序及比对分析。结果在305例HIV-1/HCV共感染吸毒者中,成功获得pol基因的有202例。其中有32例接受HIV-1抗病毒治疗,81例未接受治疗,89例治疗信息未知。治疗组的耐药发生率为40.6%(13/32),显著高于未治疗组的8.6%(7/81)(P0.05)。治疗组主要对奈韦拉平、依非韦伦、拉米夫定、司他夫定和恩曲他滨高度耐药,而未治疗组仅个别对沙奎那韦、依曲韦林和利匹韦林高度耐药。结论云南省红河州和德宏州吸毒人群中HIV-1/HCV共感染者HIV-1耐药发生率处于较高水平,且现有的一线、二线治疗方案仍行之有效,一线治疗失败者应尽早转入二线治疗。  相似文献   

9.
文章主要关注以下方面内容:艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)持续存在、储存和消除等方面的策略研究;HIV-1侵入抑制剂的耐药研究(包括通过对比使用CCR5拮抗剂治疗前的基因型和表现型来确定HIV-1的核心接受位点);反转录酶抑制剂在聚合酶领域的耐药研究(包括乙型肝炎病毒和HIV-1对拉米夫定的耐药,HIV-1 B和C亚型在K65Rw位点突变);反转录酶抑制剂在联结和RNase H领域的耐药研究[包括突变在对依非韦仑和etravirine(一种新药)应答方面的作用];对丙型肝炎病毒和HIV-1蛋白酶抑制剂的耐药研究;对整合酶抑制剂雷特格韦(Raltegravir)的耐药研究;全球耐药流行情况(包括对资源匮乏地区二线抗病毒药物耐药反应的预测模型);少数耐药变异株的作用(包括这些变异株在预防艾滋病母婴传播中的作用)。  相似文献   

10.
目的 对云南省红河州地区部分HIV-1感染者进行分子流行病学调查,为确定该地区流行的HIV-1分子生物学特征提供监测依据.方法 应用反转录(RT)-PCR扩增HIV-1多聚酶基因,DNA测序后进行进化系统树分析,确定基因亚型,并与国际耐药数据库比对,辨别耐药性突变位点.结果 60例患者中,男39例,女21例,平均年龄35.5岁.静脉注射毒品感染34例,性传播感染12例,采供血和输血感染2例,感染途径不详12例.基因亚型分别为08-BC亚型53例,占88.3%;07-BC亚型6例,占10.0%;01-AE亚型1例,占1.7%.耐药相关基因总突变率为33.3%.与蛋白酶抑制剂(PRI)和反转录酶抑制剂(RTI)耐药相关的基因突变率分别为5.0%和31.7%;蛋白酶基因主突变位点为1541M、V82VFIL、M46MI,各占1例.反转录酶基因突变位点分别为T69D 4例,A62V 6例,D67DE 1例,E44D 1例,V179D 2例,V179E 1例,K238KN 1例,L234T+P236S 1例,V106E 1例.结论 云南省红河州地区HIV-1感染以静脉注射毒品为主.HIV-1基因亚型以08-BC亚型为主;已存在与PRI和RTI耐药相关的基因突变.  相似文献   

11.
目的 了解河北省抗病毒治疗前人群HIV-1耐药毒株流行与分子传播网络情况。方法 用in-house的方法扩增HIV-1 pol区基因序列,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络图。结果 研究发现17名HIV-1感染者出现耐药突变,耐药突变率为6.16%(17/276),其中,NNRTI类耐药率为4.35%(12/276),PI类耐药率为1.09%(3/276), NRTI类耐药率为0.36%(1/276),NNRTI类和PI类双重耐药率为0.36%(1/276);多因素Logistic回归分析显示年龄和亚型是HIV-1产生耐药的影响因素,虽然HIV-1耐药突变在CRF07_BC(2.44%)亚型中的分布明显低于CRF01_AE(8.03%)和B(3.70%)亚型,然而CRF07_BC序列构建的分子传播网络最多,传播速度最快。结论 河北省治疗前HIV-1耐药突变处于较高水平, 应制定措施实时监测未治疗人群中HIV-1耐药毒株流行情况。  相似文献   

12.
目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型。病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16%和98.37%),其余10个RAS丰度较低(<0.5%)。结论NGS用于HCV 3b亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义。  相似文献   

13.
目的了解陕西省HIV-1毒株的流行情况和亚型特征.方法用套式聚合酶链式反应(Nested-PCR)对6份采集于陕西省经确认为HIV-1感染者或艾滋病病人外周血淋巴细胞(PBMC)提取核酸,从6份样品中获得了HIV-1膜蛋白(ENV)基因的核酸片段进行扩增,并测定和分析了C2-V3及其邻区共312个核苷酸序列.结果 6份血样中,2份为HIV-1A亚型毒株感染(SHX7、SHX8);4份为HIV-1B'亚型(泰国B'亚型)毒株感染(SHX1、SHX5、SHX6、SHX9).SHX1、SHX5、SHX6、SHX9彼此间基因离散率为5.62%,SHX7与来自卢旺达的U08794之间的基因离散率仅为2.41%.结论陕西省目前存在HIV-1 A、B'两种亚型的毒株,HIV-1 B'亚型由邻近地区传入,HIV-1 A亚型为与非洲人接触传入.  相似文献   

14.
目的了解河北省艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者中,丙型肝炎病毒(HCV)、乙型肝炎(乙肝)病毒(HBV)的感染状况。方法采集了HIV-1感染者的抗凝全血样品,进行了HCV抗体和乙肝病毒表面抗原(HBsAg)的检测。结果 147例HIV-1感染者中,HCV感染率为17.7%(26/147),HBV感染率为15.0%(22/147),HCV/HBV混合感染率为3.4%(5/147)。在HIV-1感染者中,HCV的感染率在注射吸毒感染者中为100%(6/6),血液途径感染者中为73.3%(11/15),性感染者中为6.3%(7/111),不同感染途径间的差异有统计学意义(P<0.001);女性高于男性(P=0.002);低文化程度的感染者中感染率较高,文化程度方面差异有统计学意义(P<0.01)。在HIV-1感染者中,HBV的感染率小年龄组较高(P<0.05)。结论在HIV感染人群中,有较高的HCV和HBV感染率。  相似文献   

15.
目的了解九江市艾滋病病毒1型(HIV-1)流行毒株的亚型分布情况。方法对采集的6份九江市HIV-1感染者的血浆样品进行RT-PCR扩增,获得gag基因的核酸片断进行核苷酸序列分析。结果在6份样品中发现B’亚型HIV-1毒株4株,B亚型和A/E重组亚型HIV-1毒株各1株。结论HIV-1流行毒株亚型在九江市分布情况复杂,防控形势严峻。  相似文献   

16.
目的 明确福建省不同亚型不同源的禽流感病毒非结构蛋白基因(non-structural gene, NS)的遗传进化关系及氨基酸变异特征。方法 将2011年分离的毒株A/Chicken/Fujian/FZ04/2011(H9N2)(FZ-04株)、A/Chicken/Fujian/FZ11/2011(H9N2)(FZ-11株)的NS基因,与GenBank上登录的1997-2011年福建省不同源不同亚型的AIV毒株及国内外代表株的NS基因进行序列比对和遗传进化分析。结果 FZ-04和FZ-11株与福建省AIV的NS基因同源性分别为88.2%~99.0%,88.3~99.4%。福建省H5N1亚型毒株均属于Y439亚群,H9N2亚型毒株均属于Y280亚群。福建仅H5N1毒株的NS1蛋白80-84位有5个氨基酸缺失,且在羧基末端存在ESEV/GSEV两种PL基序,这可能是福建省区分高致病性和低致病性禽流感病毒的标志之一。结论 NS基因的特征分析表明,福建省H9N2毒株没有向高致病性H5N1毒株突变的嗜性,为今后进一步分析福建省禽流感病毒的NS基因遗传进化关系及毒力变异提供科学依据。  相似文献   

17.
目的使用二代测序技术检测广州地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/丙型肝炎病毒(HCV)混合感染者和HCV感染者HCV基因型,了解本地区HCV基因型的流行特点。方法在233例HCV感染者中,包括95例HIV/HCV混合感染者和138例HCV感染者,使用Illumina Miseq平台PE300模式对HCV Core和NS5B片段进行测序,采用生物信息学分析确定HCV基因型,对测序结果提示混合基因型感染的样本,使用NS5A基因型特异引物进行验证。结果 HIV/HCV混合感染者静脉吸毒感染构成比显著高于HCV感染者(77.7%对19.6%P0.001),HCV感染者输血感染的构成比显著高于HIV/HCV混合感染者(48.6%对3.2%P0.001);HIV/HCV混合感染者HCV Core基因片段平均数据量为(15456±6689) reads,HCV感染者为(14323±5321) reads,两组无显著差异(P0.05);HIV/HCV混合感染者HCV NS5B基因片段平均数据量为(16432±3467) reads,HCV感染者为(17611±5632) reads,也无显著差异(P0.05);本组228例(97.9%)HCV感染者为单一HCV基因型感染,HIV/HCV混合感染者HCV 6a型和3b型感染率显著高于HCV感染者(分别为47.4%对26.8%,P=0.001和13.7%对3.6%,P=0.005),HCV 1b型感染率显著低于HCV感染者(20.0%对59.4%,P0.001);在233例入组的HCV感染者中,发现5例(2.1%)为混合基因型感染,其中4例为HIV/HCV混合感染者,1例为HCV感染者。结论广州地区HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型构成比存在差异,其临床意义还需要探讨。  相似文献   

18.
AIM To explore hepatitis C virus(HCV) adaptive mutations or combinations thereof responsible for enhanced viral production and investigate the underlying mechanisms.METHODS A series of plasmids with adaptive mutations were constructed. After the plasmids were transfected into Huh7.5 cells, we determined the infectious HCV particle titers by NS5 A immunofluorescence assays, and detected HCV RNA replication by real-time PCR and protein expression by Western blot. Then we carried out immunoblotting of supernatants and celllysates with anti-NS3 to analyze the virus release level. In addition, co-localization of lipid droplets(LDs) with NS5 A was measured using confocal laser scanning microscopy. The ratio between the p56 and p58 phosphoforms of NS5 A was analyzed further.RESULTS The plasmids named JFH1-m E2, JFH1-mp7, JFH1-m NS4 B, JFH1-m NS5 A, JFH1-m E2/NS5 A, JFH1-mp7/NS5 A, JFH1-m NS4 B/NS5 A, JFH1-m E2/p7/NS5 A, and m JFH1 were constructed successfully. This study generated infectious HCV particles with a robust titer of 1.61 × 106 focus-forming units(FFUs)/m L. All of the six adaptive mutations increased the HCV particle production at varying levels. The NS5 A(C2274 R, I2340 T, and V2440 L) and p7(H781 Y) were critical adaptive mutations. The effect of NS5 A(C2274 R, I2340 T, and V2440 L), p7(H781 Y), and NS4 B(N1931 S) on infectious HCV titers was investigated by measuring the HCV RNA replication, protein expression, and virion release. However, the six adaptive mutations were not required for the LD localization of NS5 A proteins or the phosphorylation of NS5 A.CONCLUSION In this study, we generated infectious HCV particles with a robust titer of 1.61 × 106 FFUs/m L, and found that the viral replication and release levels could be enhanced by some of the adaptive mutations.  相似文献   

19.
目的了解新疆库车县维吾尔族人群HIV-1和HCV流行株的亚型分布情况。方法检测库车县70份HIV-1抗体阳性的血浆标本的HCV抗体,并抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HIV-1 gag基因和构建进化树并分别与HIV-1和HCV国际标准株比较,确定被检标本的基因分型。结果 70例HIV-1感染者中,检出HCV抗体阳性67例、占95.7%;从异性性接触者中检出HCV抗体阳性15例、占21.4%,从静脉注射吸毒者中检出HCV抗体阳性55例、占78.6%;67例成功扩增HIV-1 gag基因序列,均为CRF 07_BC亚型;67例成功扩增HCV 5'UTR基因片段,分为4个亚型,以1b型为主占36.8%。结论新疆库车县HIV-1感染者特别是静脉注射吸毒者中HCV合并感染率较高,HIV-1以CRF 07_BC亚型为主要流行毒株,HCV则以1b和3a亚型为主要流行毒株。  相似文献   

20.
目的 了解河南省内艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行株的亚型及序列变异特征。方法 用套式聚合酶链反应(nested-PCR),对河南省内28份HIV-1感染者外周血单个核细胞(PBMc)中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白基因进行扩增,并对C2-V3及其邻区350~450个核苷酸序列进行测定和分析。结果 28份样品间的基因离散率为5.72%,与流行于云南省的(泰国B)毒株基因距离为5.80%,与欧美B亚型基因距离为18.05%,而与其它A、C、D、F、G、H、J、O等亚型的基因距离均在24%以上。系统树分析显示,28份样本与泰国B亚型聚在一起而远离其它国际亚型。对于其V3环四肽序列的分析表明,具有泰国B亚型基因型GPGQ的8例,占28.57%;具有欧美B亚型基因型GPGR的13例,占46.4%。结论 河南省流行的HIV株属B‘亚型,其毒株来自与泰国接壤的云南省,在河南省流行的时间约在6~10年,其V3环顶端四肽序列特征以GPGR为主。  相似文献   

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