应用生物信息学方法筛选华支睾吸虫功能基因-Cde42样蛋白

目的 通过建立华支睾吸虫成虫cDNA文库，筛选其功能基因，以研制华支睾吸虫的药物靶标。方法 应用SMART方法构建华支睾吸虫成虫cDNA文库，进行大量EST测序，然后应用生物信息学方法分析EST序列。结果 从华支睾吸虫成虫cDNA文库中筛选出Cdc42样蛋白基因。结论 应用生物信息学方法从华支睾吸虫成虫cDNA文库中筛选出Cde42样蛋白基因。     

华支睾吸虫LAP2基因的生物信息学分析及克隆表达、组织定位

目的利用生物信息学方法分析华支睾吸虫LAP2全长基因的结构和功能,并将该基因克隆至原核表达载体进行表达、纯化,为进一步研究LAP2功能奠定基础。方法利用生物信息学相关软件,分析华支睾吸虫LAP2基因及其蛋白的结构、生物学和免疫学功能特征。针对LAP2的EST序列的编码区设计引物,从华支睾吸虫囊蚴cDNA质粒中扩增目的基因,克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,经PCR、双酶切及DNA测序鉴定的阳性克隆诱导目的蛋白表达、亲和层析纯化、免疫印迹鉴定及组化定位。结果华支睾吸虫LAP2基因全长为1761bp,其编码序列长度为1662bp,编码553个氨基酸,理论分子量是59696.5Da,与人的该基因氨基酸序列相似性为26.7%,一致性仅为15.4%。该基因在大肠杆菌中可被高效表达,纯化的重组蛋白能被感染华支睾吸虫的大鼠血清识别,免疫组化结果表明该重组蛋白定位于华支睾吸虫成虫的肠支及表膜。结论华支睾吸虫LAP2在大肠杆菌中呈高效的可溶性表达,具有良好的抗原活性,可能为华支睾吸虫成虫分泌排泄抗原的组份之一。     

华支睾吸虫组织蛋白酶D样天冬氨酸蛋白酶全长基因的生物信息学分析

目的从华支睾吸虫成虫全长cDNA质粒文库中识别组织蛋白酶D样天冬氨酸蛋白酶基因,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,为进一步的实验研究提供理论指导。方法利用生物信息学网站的在线分析工具和Vector NTI suite软件包,识别华支睾吸虫组织蛋白酶D样天冬氨酸蛋白酶基因,并预测其编码蛋白质的各种结构特征与功能特征,并根据该基因构建种系分子进化树。结果BLASTx分析该基因为全长基因,该基因全长1,459bp,编码425个氨基酸,具有两个天冬氨酸蛋白酶的催化位点。SignalP分析该基因编码的蛋白质含有信号肽序列,切割位点在第17和第18个氨基酸之间,分子进化树提示其与日本血吸虫组织蛋白酶D样天冬氨酸蛋白酶亲缘关系最近。结论组织蛋白酶D属于天冬氨酸蛋白酶家族,为分泌性蛋白,与日本血吸虫同源基因一致性最高,为后续实验筛选华支睾吸虫病的诊断抗原及药物靶标提供了必要的理论依据。     

华支睾吸虫成虫CsRPEF基因的生物信息学分析

目的筛选华支睾吸虫的功能基因并进行相应的生物信息学分析。方法使用PCGENE软件、Antheprot-5软件、ExPASy在线分析工具、NCBI上的Blastx程序进行华支睾吸虫RNA聚合酶Ⅱ延长因子(CsRPEF)基因的生物信息学分析。结果获得了CsRPEF基因的序列特征,推测到了CsRPEF的同源蛋白并预测出CsRPEF编码蛋白的分子量、等电点、柔曲性、疏水性、功能性位点等二级结构特征。结论华支睾吸虫成虫CsRPEF基因是一新筛选的功能基因,CsRPEF蛋白是可能参与华支睾吸虫基因转录途径的重要因子。CsRPEF基因的生物信息学分析可为其进一步进行生物学功能的实验研究奠定基础。     

华支睾吸虫硫氧还蛋白过氧化物酶的表达定位及其酶活性的研究

目的克隆和表达有酶活性的华支睾吸虫硫氧还蛋白过氧化物酶(CsTPx),并进行组织定位研究,为进一步研究其功能奠定基础。方法利用生物信息学方法从华支睾吸虫基因组文库中识别硫氧还蛋白过氧化物酶(TPx)基因,并对蛋白的结构特征和相关生物学和免疫学功能进行预测。从华支睾吸虫成虫cDNA中扩增目的基因,克隆到原核表达载体pET-30a(+)中,进行蛋白纯化,免疫印迹鉴定、组织定位及其酶活性的检测。结果华支睾吸虫TPx基因全长2 175 bp,有一大一小的两个内含子,其编码区序列长度为636 bp,编码212个氨基酸;该蛋白第1~17位氨基酸为其信号肽序列,第51~74位氨基酸为跨膜区,属于经典的2-Cys过氧化物还原酶。重组蛋白可被感染了华支睾吸虫的大鼠血清识别,免疫组化结果表明该蛋白定位于成虫的皮层、肠支、卵黄腺、虫卵和囊蚴的体壁中。酶活性检测结果表明,在一定范围内,CsTPx还原H2O2呈剂量和时间依赖性。抗体对酶活性有影响,在合适的抗体水平可以促进酶活性。结论 CsTPx可在大肠杆菌中进行功能性表达,其产物具有良好的免疫学和生物学活性。     

华支睾吸虫ATP合酶B亚基全长基因的生物信息学分析

目的从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库中识别ATP合酶B亚基,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,用以指导实验研究。方法利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Vector NT Isuite软件包,识别华支睾吸虫ATP合酶B亚基基因并预测编码蛋白质的各种结构与功能特征,并根据该基因构建种系分子进化树。结果Blastx分析该基因为全长基因,属于ATP合酶B亚基家族,其分子进化树与种系进化过程非常吻合。该基因全长1008bp,编码300个氨基酸,含有线粒体转运肽、两个跨膜区、一个核定位序列和多个磷酸化位点,具有较稳定的理化性质。结论ATP合酶B亚基是一个理想的真核种系进化的分子标志。华支睾吸虫ATP合酶B亚基具有线粒体和细胞核的双重定位序列,提示该蛋白可能在华支睾吸虫的能量代谢途径中发挥独特的调节作用。     

华支睾吸虫SPE16.9基因克隆和序列分析

目的 通过筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因,为进一步研究其功能及其应用奠定基础。方法 对华支睾吸虫cDNA文库进行筛选,通过Blastn程序进行序列比对,识别华支睾吸虫新基因,并应用软件程序对其进行分析。结果 筛选到一个475bp的核酸序列,编码153aa,理论分子量为16．9kDa,理论等电点（pI）为6．19,疏水氨基酸（AILFWV）占36％,带电荷氨基酸（RKHYCDE）占30％,极性氨基酸（NCQSTY）占28％．酸性氨基酸（DE）和碱性氨基酸（KR）各占9％。经BLAST分析,该蛋白属于ML域（MD-2-related lipid-reeognition）家族．是一个新的分泌蛋白基因。结论 发现华支睾吸虫分泌蛋白基因,可能有作为诊断候选抗原的价值。     

一种华支睾吸虫亲肌素样基因的克隆、表达与免疫学功能初步研究

目的对新发现的华支睾吸虫亲肌素样蛋白(CsMLP)进行克隆、原核表达,初步了解其重组产物的免疫学功能。方法应用生物信息学分析软件,分析CsMLP的序列特点和基本理化特征;将CsMLP基因克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,诱导表达并用镍离子金属螯合剂亲和层析柱进行纯化,用纯化的CsMLP蛋白免疫SD大鼠获得抗血清;用Westernblot进行免疫反应性及免疫原性分析;应用免疫荧光方法观察CsMLP在华支睾吸虫成虫的定位。结果该cDNA序列全长为900bp,编码190个氨基酸,具有Calponin功能域;PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET-28a(+)-CsMLP重组质粒构建成功;SDS-PAGE结果表明目的基因在大肠杆菌BL21/DE3中获得高效表达,分子量为21300Mr;经亲和层析获得了高纯度蛋白;重组蛋白可被其免疫的SD大鼠血清、感染了华支睾吸虫的SD大鼠血清识别;CsMLP主要定位于虫体富含肌肉组织的口、腹吸盘、咽部,在表膜、肠壁也有分布。结论 CsMLP可在原核表达系统中呈现高效的可溶性表达,具有免疫原性,其主要分布在华支睾吸虫肌肉丰富的组织。     

牛带绦虫亚洲亚种核糖体蛋白L10a 基因分析

目的:分析和预测牛带绦虫亚洲亚种成虫核糖体蛋白L10a 基因及其编码蛋白的结构和功能.方法:构建牛带绦虫亚洲亚种成虫cDNA 文库,进行EST测序,将EST序列与GenBank 中登陆的序列进行同源性比对及基因完整性判断;应用NCBI上的BLAST对所筛选基因的保守域进行搜索比对,利用PredictProtein 分析、预测其功能域及二级结构.结果:BLASTX分析该基因为全长基因,全长 698 bp,编码区为24～681,编码218个氨基酸,无跨膜区,具有较稳定的理化性质.结论:从牛带绦虫亚洲亚种成虫cDNA 文库中筛选出核糖体蛋白L10a 基因.     

华支睾吸虫cDNA表达文库的构建及初步筛选

目的　构建华支睾吸虫cDNA表达文库 ,为筛选特异诊断抗原和疫苗候选抗原奠定基础。　方法　提取华支睾吸虫总RNA ;用Clontech公司SMARTTMcDNA文库构建试剂盒操作方法 ,进行反转录合成双链cDNA ;PCR产物纯化后 ,进行SfiI酶切 ;用ChromaSpin 40 0柱将酶切产物进行分级分离 ,回收 0 .4～ 4kb的组分 ,并与λTriplEx2载体连接、体外蛋白包装 ,产生未扩增文库 ;检测未扩增文库滴度和重组效率后 ,进行文库的扩增 ,并测定扩增文库的滴度及鉴定。　结果　未扩增文库滴度达 7.5× 10 7pfu/ml ,扩增文库滴度达 2 .7× 10 8pfu/ml ;用载体两端的引物进行PCR鉴定 ,显示 :所选噬菌体中均含有重组的cDNA ,大小在 5 0 0bp以上。　结论　已成功地获得一高质量的华支睾吸虫cD NA表达文库     

江门市区人群华支睾吸虫感染状况血清学调查

目的 了解江门市区人群华支睾吸虫感染状况，为防治工作提供依据。方法 应用ELISA法检测正常人群华支睾吸虫抗体。结果共检测11767例，华支睾吸虫抗体阳性率9．77％。其中，成年人阳性率11．89％，学生阳性率8．60％，两者之间差异有统计学意义（P〈0．01）。成年人男性阳性率13．89％，女性阳性率8．90％，两者之间差异有统计学意义（P〈0．01）。学生男性阳性率8．89％，女性阳性率8．37％，两者之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论 江门市属华支睾吸虫感染中度流行区。开展卫生教育，防止经口感染，对正常人群开展普查普治工作，以有效控制正常人群华支睾吸虫的感染。     

生物信息学法分析猪带绦虫苹果酸脱氢酶结构与功能

目的:分析和预测猪带绦虫苹果酸脱氢酶的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法:利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的工具,结合Pcgene和Vector NTI suite生物信息学分析软件包,从猪带绦虫全长cDNA质粒文库中识别苹果酸脱氢酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果:该基因编码332个氨基酸,为全长基因。Gen-Bank中与细粒棘球绦虫苹果酸脱氢酶序列同源性最高,理论分子量为36 459.2 Da。预测编码蛋白无跨膜区,无二硫键,稳定性较好。与吸虫属的苹果酸脱氢酶进化关系最近。结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cD-NA文库中筛选出了猪带绦虫核糖体cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息。     

华支睾吸虫模拟抗原表位的筛选和鉴定

目的从噬菌体12肽库中筛选华支睾吸虫模拟抗原表位。方法应用噬菌体随机12肽库亲和筛选华支睾吸虫病患者混合血清IgG,经过3轮的淘筛,随机挑取蓝色噬菌斑进行扩增,以ELISA检测其免疫活性,挑选免疫活性较高的克隆进行序列分析及免疫学鉴定。结果8个阳性克隆测得6个DNA序列,Western-bloting显示6个单克隆噬菌体均可与华支睾吸虫患者血清反应,斑点免疫金银染色法有3个克隆可被华支睾吸虫患者血清识别。结论应用噬菌体肽库筛选技术可以获得华支睾吸虫模拟抗原表位。     

华支睾吸虫钙调节蛋白的生物学特性及与肝纤维化的关系

目的对华支睾吸虫成虫（Clonorchis sinensis, Cs）钙调节蛋白（CaM）进行生物学及功能分析,以确定其在肝纤维化中的作
用。方法从Cs cDNA质粒文库中寻找CsCaM全长序列,以BLASTx搜索其同源序列并进行比对分析。以生物信息学进行同
源比对、理化性质分析及功能域预测。以分子生物学方法进行原核克隆,大肠杆菌表达,亲和层析纯化,并将纯化蛋白免疫大
鼠,产生多克隆抗体。ELISA检测CsCaM抗体滴度及产生曲线。免疫印迹实验分析CsCaM重组蛋白纯化及其抗体识别效果。
免疫组化分析其组织定位;腹腔注射法建立CsCaM致大鼠肝纤维化模型。结果重组、表达及纯化了CsCaM,其编码150 位
氨基酸,理论相对分子质量23 400。结构域预测其具有EF手位模序。pET-30a-CsCaM重组质粒其目的蛋白表达于宿主菌
BL21 E. coli上清,相对分子质量约23 400。总IgG抗体滴度于2~4 周达较高峰,效价大于1∶51 200。免疫组织化学定位显示
CsCaM在成虫睾丸表达丰富。CsCaM腹腔注射大鼠的肝脏均显示不同程度病变,HE染色可见炎症反应较严重,可见气球样
变、门管区炎及碎片状坏死;网状纤维染色显示小胆管周围胶原增生,有轻到中度纤维化。结论CsCaM促进大鼠肝脏炎症病变
及纤维化的作用,提示其可能参与了华支睾吸虫病致肝纤维化的作用。
     

华枝睾吸虫铁蛋白分子生物学特性的研究(英文)

目的华枝睾吸虫铁蛋白的表达,定位和酶特性的进行研究。方法华枝睾吸虫表达序列标志(EST)基因文库中选择克隆,作序列测定及基因分析。经酶切并重组到pRSET质粒,在E.coli BL21[DE3]pLysS菌株中表达和提纯重组蛋白,并用于鼠抗CsFtn重组蛋白免疫血清制备及亚铁氧化酶活性。结果华枝睾吸虫铁蛋白cDNA(CsFtn),具565个核苷酸,编码166个氨基酸。CsFtn核苷酸序列中含一环颈结构类似序列,与铁离子调控序列(iron-responsive element)相似。CsFtn多肽序列与其它吸虫铁蛋白有较高的序列同一性。通过基因亲远关系分析,和多种血吸虫铁蛋白的轻链位于同一簇。CsFtn重组蛋白和马铁蛋白比较,同样具有亚铁氧化酶活性,呈现铁吸收转化能力。免疫组化分析表明,CsFtn重组蛋白定位于肝吸虫成虫卵黄滤泡和虫卵内。结论CsFtn为肝吸虫卵黄铁蛋白的基因。     

TLR3和IRF3在华支睾吸虫感染C3H／HeN小鼠中表达的初步分析

目的 建立华支睾吸虫感染小鼠模型,初步分析TLR3、IRF3基因在小鼠肝脏中的表达情况.方法 随机选用健康雌性C3H/HeN小鼠感染华支睾吸虫建立感染模型,分别在感染第0、1、7、14、28、56、84天颈椎脱臼处死小鼠,取肝脏组织进行病理学观察,收集粪便检查华支睾吸虫虫卵.同时,采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测肝脏中Toll样受体（TLRs）中的TLR3和IRF3的mRNA的表达情况.结果 自感染后第20~30天检查出华支睾吸虫虫卵;肝脏病理学结果显示,与正常组小鼠相比,随着时间的增加,感染组小鼠肝脏汇管区由少量炎症细胞浸润、胆管上皮反应性增生发展到在该区域出现大量纤维组织增生伴有炎症细胞浸润,表明华支睾吸虫感染C3H/HeN小鼠模型成功建立.与正常组相比,感染组自感染后第1天起TLR3和IRF3的mRNA表达均升高（P〈0.01）,均在第84天开始下降.结论 华支睾吸虫感染C3H/HeN小鼠后可激活TLR3-TRIF途径,提示TLR3-TRIF途径可能在华支睾吸虫致病过程中起了一定的作用.