河南省8株狂犬病毒磷蛋白基质蛋白基因分析

目的分析河南省8株狂犬病毒磷蛋白P及基质蛋白M的基因序列,探讨狂犬病毒流行株毒力与致病性变异的可能原因。方法以免疫荧光法检测2006年采自河南省的121份犬脑,取阳性犬脑组织悬液接种鼠脑分离病毒,以RT-nest-edPCR法扩增病毒P与M基因,克隆测序后进行生物信息学分析。结果分离到8株狂犬病毒,序列分析表明8株病毒均为基因1型狂犬病毒,8株病毒彼此之间P基因与M基因核苷酸序列同源性均为98.9%～99.8%,推导的氨基酸序列同源性分别为98.0%～99.3%和97.0%～99.5%。8株病毒与我国宁夏分离株CNX8511、CNX8601的同源性最高,P基因与M基因核苷酸同源性分别为89.1%～89.7%和91.1%～92.0%,氨基酸同源性分别为93.3%～94.3%和96.6%～98.0%。在核苷酸及氨基酸水平上,8株病毒与CTN疫苗株的P与M同源性均明显高于与其它疫苗株的相应同源性。系统发育分析表明,8株病毒与我国宁夏街毒株、CTN疫苗株、泰国及菲律宾等东南亚株进化关系最近,而与CTN以外的其它疫苗株、标准攻击毒CVS株,以及我国80年代初分离的DRV、MRV株进化关系较远。氨基酸对位分析表明,较之参比的其它基因1型毒株,河南省8株狂犬病毒的P与M出现多处变异。结论8株狂犬病毒仍属基因1型狂犬病毒,但其P基因及M基因在核苷酸及推导的氨基酸水平上均出现了明显变异。     

中国12株狂犬病街毒株G基因序列测定与分析

目的了解中国狂犬病毒的流行情况以及街毒株与中国人用、兽用狂犬病疫苗株在G基因核苷酸和氨基酸水平的差异,为有效控制狂犬病疫情提供初步科学依据。方法对12株街毒株G基因进行了全基因测序,与其它36株中国狂犬病街毒株,以及中国的疫苗株和其它国家毒株的G基因序列进行了综合分析。结果序列分析表明来源于中国的50株狂犬病毒均为基因Ⅰ型狂犬病毒;其中具有代表性的6株病毒与我国现在使用的各种疫苗株在G基因的核苷酸和氨基酸水平上均存在不同程度的差异,与我国人用疫苗株CTN同源性较高;进化分析表明,我国主要流行狂犬病毒与泰国、印度尼西亚、马来西亚等东南亚狂犬病毒株处于同一分支。中国毒株之间G基因核苷酸同源性分别≥82.3%;氨基酸同源性分别≥92.1%;中国街毒株与疫苗株相比较核苷酸的同源性为79.3%～94.2%,氨基酸的同源性为87.8%～97.9%。结论我国的狂犬病毒为基因Ⅰ型狂犬病毒,可以明确分为6个进化群。无论在核苷酸还是氨基酸水平上,中国多数街毒株与疫苗株CTN之间的同源性要高于与其它疫苗株。     

河南省九株狂犬病毒的糖蛋白基因序列分析

目的 了解河南省狂犬病毒与人用、兽用狂犬病疫苗株在糖蛋白基因核苷酸和氨基酸序列水平上的差异,为有效控制狂犬病疫情提供初步的科学依据.方法 以反转录-半套式聚合酶链反应(RT-heminested-PCR)扩增2006年12月分离自河南省信阳市的9株狂犬病毒街毒株,经纯化、克隆、测序后获得9条糖蛋白基因全长序列,采用生物信息学软件构建基因系统发育树,对糖蛋白基因序列和氨基酸序列进行分析.结果 9株狂犬病毒糖蛋白在核苷酸及氨基酸序列水平上彼此的同源性分别为97.6%～98.9%和99.2%～99.8%;9株病毒与CTN疫苗的同源性最高,其核苷酸及氨基酸同源性分别为85.6%～93.0%和91.9%～92.9%;9株病毒与其他疫苗株相比,其核苷酸及氨基酸同源性分别为80.4%～83.3%和87.7%～92.5%;与已知的基因1型狂犬病毒比较,9株病毒糖蛋白氨基酸序列发生了若干位点的氨基酸取代.结论 9株河南省狂犬病毒街毒株均属基因1型,CTN疫苗株可能为目前我国河南省所流行的狂犬病提供较好的保护效果.     

4株狂犬病街毒的分离及其核蛋白和糖蛋白序列分析

目的以4株狂犬病街毒分离株及我国南北方不同地区狂犬病病毒街毒为研究对象,通过其核蛋白及糖蛋白基因的同源性及进化分析,比较我国狂犬病流行毒株与人用及兽用狂犬病疫苗株间的基因及抗原性差异,为相关疫苗的研究奠定理论基础。方法以直接免疫荧光法(DFA)检测疑似狂犬病的犬脑标本,以乳鼠颅内接种法(MIT)和细胞培养分离技术(CIT)分离狂犬病病毒,并进行TCID50和LD50测定;以RT-PCR法扩增其核蛋白(N)和糖蛋白(G)基因,克隆入T载体并测序后,下载GenBank内已有的狂犬病病毒数据资源,以(Clustal和MEGA3软件)进行基因同源性比对及系统发生分析。结果从广东、河北两省分离到狂犬病病毒街毒4株,分别命名为GN07、WJ07-1、WJ07-2、GC07;序列分析表明4株狂犬病病毒均为基因1型,其N基因与G基因核苷酸的同源性分别为89.5%~99.9%和87.9%~99.9%,其中GN07与WJ07-1、WJ07-2、GC07的同源性较低。与己知的基因1型狂犬病毒相比,WJ07-1、WJ07-2、GC07与湖南、湖北、云南、浙江等地分离株及印度尼西亚分离株核苷酸同源性最高,分别为97.8%~99.4%和92.2%;GN07与CTN疫苗株核苷酸同源性最高,为94.5%。系统发育分析表明,4株病毒与CTN疫苗株同源性较高,与人用狂犬病疫苗3aG、PV株及兽用狂犬病疫苗ERA株和Flury疫苗株的同源性相对较远。适应细胞培养后,四株街毒的LD50和TCID50最高者为GN07,而WJ07-1较低,差别较大。结论4株狂犬病分离株与我国南北方不同地区狂犬病流行毒株的基因和氨基酸序列存在一定差异,在进化关系上分属于不同的分支。     

云南省2006-2010年狂犬病病毒N和G基因分子结构特征分析

目的了解云南省狂犬病毒的流行情况以及街毒株N、G基因结构特征,为有效控制狂犬病疫情提供初步科学依据。方法对云南省2006-2010年10株狂犬病街毒株N、G基因进行全基因克隆、测序,并与已知国内外代表毒株核苷酸及推导氨基酸进行序列比对及系统发育分析。结果序列分析表明所研究的10个云南毒株与Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ型代表毒株N、G基因核苷酸序列同源性分别为72.1%～78.5%、58.4%～71.0%,与基因Ⅰ型毒株序列同源性为85.2%～90.1%、82.7～99.6%,云南毒株之间核苷酸序列同源性为89.3%～99.2%、86.0～99.6%。云南10个毒株均为基因Ⅰ型和血清1型毒株,分为2个进化分支,除YNTC06与GXN119和HM88单独属于分支Ⅲ外,其余云南毒株均分布在分支Ⅰ上,且进一步分为3个小亚分支。遗传进化分析表明,各毒株氨基酸位点均存在不同程度的变异,其中YNTC06在360、369、375等多个NP抗原位点存在变异;云南毒株在GP330、333位毒力决定位点未发生变异,均为强毒株。结论云南狂犬病毒属于基因Ⅰ型,存在2个分支;云南狂犬病毒NP和GP存在特异性氨基酸变异位点,其基因结构及变异、亚组群划分与地理位置无相关性。     

盐城市狂犬病毒核蛋白及糖蛋白基因序列分析

目的对江苏省盐城市狂犬病毒核蛋白及糖蛋白的基因进行遗传学分析,揭示流行于该地区的狂犬病毒与人用及兽用狂犬病疫苗株间的差异。方法以直接免疫荧光法检测犬脑标本,用阳性犬脑组织悬液接种鼠脑分离病毒。以RT-PCR法扩增病毒核蛋白及糖蛋白全基因片段,克隆测序后进行遗传学分析。结果从58份犬脑中发现两份样品狂犬病毒抗原阳性,分别命名为Jiangsu Yc87与Jiangsu Yc88。从两份阳性样品均扩增到全N基因与G基因序列。阳性犬脑组织接种乳鼠后,从Jiangsu Yc88样品分离到狂犬病毒。分析发现两株病毒均为基因1型狂犬病毒,两株病毒间N基因与G基因的核苷酸及氨基酸的同源性分别为99.8%和99.7%,氨基酸的同源性分别为99.3%和98.8%。与已知的狂犬病毒相比,两株病毒与我国宁夏、河南、湖南、印度尼西亚病毒株的同源性较高,N基因的核苷酸及氨基酸同源性分别为86.3%～98.7%和95.4%～99.8%,G基因核苷酸及氨基酸同源性分别为82.1%～92.1%和94.1%～95.7%;Jiangsu Yc87与Jiangsu Yc88N基因的氨基酸序列分别发生了4和2处氨基酸的替换,G基因的氨基酸序列发生了29和26处氨基酸的替换。与当前使用的疫苗株相比,两株病毒与CTN疫苗株同源性较高,N基因与G基因核苷酸同源性分别为90.2%和87.1%～87.3%,氨基酸同源性分别为98.4%和91.7%～92.3%,但G基因膜外区与所有疫苗株无显著差异;N基因的氨基酸序列分别发生了5和6处氨基酸的替换,G基因的氨基酸序列发生了31和28处氨基酸的替换。结论两株狂犬病毒为基因1型狂犬病毒,其N基因和G基因的核苷酸序列以及推导出来的氨基酸序列与已知的1型狂犬病毒株及疫苗株均有一定的差异。     

云南省狂犬病病人和犬类感染狂犬病病毒及M基因序列分析

目的 调查云南省部分地区狂犬病病人和疫点犬群携带狂犬病病毒(rabies virus, RABV)状况及RABV膜基质蛋白(matrixprotein, M)基因序列分析,为狂犬病防控提供科学依据。方法 2008-2009年在云南省采集犬脑组织标本606份,狂犬病病人唾液8份,脑脊液1份,用直接免疫荧光试验检测RABV抗原,用RT-PCR检测RABV核酸,对阳性标本进行M基因序列测定和分析。结果 所有标本经检测,RABV抗原和/或核酸阳性16份,其中疫点扑杀的貌似健康犬脑组织3.10%(10/323),狂犬病病人唾液5份、脑脊液1份。狗肉餐馆屠宰犬的脑组织283份均为阴性。云南16株RABV的M基因核苷酸和氨基酸同源性分别为88.5%~100%和85.2%~99.5%。它们与中国人用疫苗株aG核苷酸和氨基酸同源性分别为83.9%~85.7%和82.3%~93.6%;与人用疫苗株CTN181核苷酸和氨基酸同源性分别为99%~99.7%和98.5%~99%。系统进化分析表明,云南16株RABV均属基因Ⅰ型并可分为进化Ⅰ和Ⅱ群并分别与泰国等东南亚国家和相邻省份流行株具有较近的亲缘关系。结论 云南省狂犬病流行与周边省份和东南亚地区的狂犬病传播扩散有一定关系;狂犬病疫点部分貌似健康犬携带RABV并具有传染源意义;云南狂犬病病毒株M基因与我国人用狂犬病疫苗CTN株的同源性和亲缘关系较近,但与aG株同源性存在。     

两株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组序列测定与分析

目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组核苷酸序列测定,然后对其分子变异和进化特点进行分析。进行两分离株的序列相似性、氨基酸同源性、主要功能位点的变异比较和种系发生分析。结果 TJD04和TJD05两株狂犬病病毒全基因组长均为11 924 nts,全基因组序列的组成和结构均符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征。病毒基因组由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,氨基酸编码长度未发生变异,5个编码蛋白序列较少发生变化,仅有个别主要功能位点发生变异,且大部分变异均属于无意义沉默突变。多序列相似性比较和种系发生分析显示,两株病毒均属于基因1型,N基因与全基因进化树保持一致,与中国犬源狂犬病病毒BD06同源性最高(99.6%),进化关系近,并具有较为独特的中国地域特点。结论两天津株狂犬病毒可能是自然界中固有的狂犬病病毒街毒株。     

重庆三峡库区2012年乙脑病毒分离株基因序列分析

目的 通过分析2012年重庆三峡库区蚊虫中分离乙脑病毒株PrM及E基因序列,揭示毒株的遗传特性。方法 对新分离乙脑病毒的PrM及E基因进行PCR扩增,将扩增产物测序。用分子生物学软件进行核苷酸及氨基酸序列分析,并绘制系统进化树。结果 新分离的8株乙脑病毒株均为基因I型,与我国其他省市的既往分离株进化关系较近;分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比较,PrM区核苷酸同源性在85.1%～86.7%之间,氨基酸同源性在95.1%～96.3%之间;E基因区核苷酸同源性在87.6%～87.8%之间,氨基酸同源性在96.9%～97.1%之间。所有新分离株与疫苗株在E基因存在14个氨基酸差异位点。结论 2012年8株重庆乙脑分离株为基因I型,在E基因区域与疫苗株相比有部分差异。     

贵州省狂犬病病毒糖蛋白基因序列特征分析

目的 分析贵州省狂犬病病毒的糖蛋白基因（G基因）序列特征,为狂犬病的有效预防和控制提供科学依据。方法 以RT- PCR扩增贵州省近年来不同地区的人和犬狂犬病病毒阳性脑组织标本狂犬病病毒G基因序列,对扩增产物测序后采用生物信息学软件进行序列分析。结果 贵州省狂犬病毒阳性标本经RT-PCR扩增、测序与拼接后得到8份狂犬病病毒阳性样本的G基因序列。同源性分析显示,8份狂犬病病毒阳性样本的G基因序列在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为87.4%～99.9%和83.3.%～100%,与狂犬病毒基因1型病毒株G基因的核苷酸和氨基酸序列同源性最高（分别为86.5%～87.0%和83.3%～100%）。进化树分析显示,贵州省狂犬病病毒G基因的亲缘进化关系较近,且与狂犬病毒基因1~7型中的基因1型代表毒株的亲缘进化关系最近;除GZ01和GZ09外,其余狂犬病毒G基因与国内湖北、湖南、安徽、广西、江苏和上海毒株相距较近。除GZ09与国外的马来西亚和泰国代表毒株亲缘进化关系最近外,其与毒株与印度尼西亚毒株亲缘进化关系最近。结论 本研究从狂犬病病毒G基因水平证明贵州省狂犬病毒株属于基因1型,揭示了我省贵州省狂犬病毒与国内外已报道毒株的亲缘进化关系,该研究结果将为贵州省狂犬病的有效预防和控制提供科学依据。     

新城疫病毒TL1株NP基因的遗传变异研究

目的分析新城疫病毒TL1株NP基因部分序列,并与代表性毒株进行比较。方法根据GenBank登陆的新城疫病毒NP基因序列,设计了1对引物,用RT-PCR技术对新城疫病毒内蒙古分离株TL1的NP基因进行整体扩增。将扩增产物提纯后克隆入pGEM-T easy载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果测序拼接得出NP基因的序列长度为1 528 bp,该基因的ORF总长为1 470 bp,编码489个氨基酸。与GenBank下载的14株参考毒株比较NP基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株核苷酸的同源性为99.5%,氨基酸的同源性为99.0%;与鹅源新城疫ZJ1株核苷酸的同源性为97.6%,氨基酸的同源性为99.2%,而与传统疫苗株LaSota核苷酸的同源性为85.7%,氨基酸的同源性91.6%。结论TL1株与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株的同源性极高,它们三者亲缘关系较近,同属于基因Ⅶ型新城疫病毒,该毒株相对于经典的NDV在NP基因上已发生了较大的变异。     

广西狂犬病野毒株N基因的测序与分析

目的 对广西狂犬病野毒株N基因进行测序和分析，了解其遗传特点和进化规律。方法 2003至2004年从广西各地采集595份动物脑材料，经RT-PCR法确定16份为阳性。对此16株狂犬病野毒株N基因全序列进行RT-PCR扩增、克隆和测序分析。结果 广西狂犬病病毒株属于I型，可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ群。GX01、GX08、GX09、GX014、GX091、GX195、GX260、GXLA、GXHX和GXSL株的同源性在97．6％～99．8％，为Ⅰ群，它们与其他毒株的同源性为89．0％～89．7％；GX219、GX074、GX304、GXBM和GXPX株的核苷酸同源性在98．4％～99．9％，为Ⅱ群，它们与其他各株的同源性为88．6％～89．7％；GXN119株为Ⅲ群，与泰国的8738THA株核苷酸同源性为95．3％。遗传进化分析表明，389位磷酸化位点、主要的4个抗原区及Th细胞表位区非常保守。N蛋白上的氨基酸变异主要集中在42、90、110、128、135、332、379和397位氨基酸上，这些氨基酸的变异与同源性分群结果一致。结论 根据基因同源性、遗传进化树及氨基酸变异分析，广西狂犬病野毒株分3群，呈地区性分布。     

中国首次分离的二株基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒全基因组序列分析

目的 分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征。方法 设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。采用生物学软件进行同源性和系统进化分析。结果 1977和1982年分离自云南蚊虫的M28和BN82215病毒株基因组全长分别为10 969 bp和10 970 bp,5′非编码区均含有96个核苷酸,3′非编码区含有573和574个核苷酸。它们的开放阅读框(ORF)都从97到10 396位,共10 299个核苷酸,编码3 433个氨基酸。M28和BN82215株与来自GenBank的5个基因型JEV株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为78.4％～96.3％和91.4％～99.6％,与近几年国内外基因Ⅰ型流行株的同源性最高,进化关系最接近,都属于基因Ⅰ型。这两株病毒与JEV疫苗株SA14-14-2相比,有56个氨基酸差异,其中E基因有11个氨基酸差异,但都不属抗原关键位点。结论 本研究阐明了中国首次分离的基因Ⅰ型JEV的全基因组分子特征,决定病毒抗原和毒力的E蛋白关键位点无明显变化。证实20世纪70和80年代云南省就有基因Ⅰ型JEV流行。     

江西省汉坦病毒分离及其S和M基因特征分析北大核心CSCD

目的对2011年江西省采集的鼠肺标本进行汉坦病毒的分离鉴定,了解分离病毒株的基因特征。方法采用Vero-E6细胞对阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对毒株进行鉴定。扩增分离株的S、M片段基因进行克隆测序。运用DNAstar软件包和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果从15份标本分离到2株来自褐家鼠的汉城型汉坦病毒。对其中1株病毒的S、M片段进行了克隆和序列测定,其中S片段含1 772个核苷酸,编码429个氨基酸;M片段含3 651个核苷酸,编码1 133个氨基酸。经核苷酸和氨基酸同源性分析,新分离株与国内外汉城型病毒核苷酸同源性94.8%~98.0%,氨基酸同源性98.2%~99.6%。与汉城型标准株80-39株相比,S片段仅1个氨基酸位点发生变异;M片段有9个氨基酸位点发生变异,糖基化位点的数目和位置没有发生变化。结论从江西省褐家鼠分离到两株汉城型病毒,病毒基因变异较小,型别相对稳定。     

江西省汉坦病毒分离及其S和M基因特征分析

目的 对2011年江西省采集的鼠肺标本进行汉坦病毒的分离鉴定,了解分离病毒株的基因特征。方法 采用Vero-E6细胞对阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对毒株进行鉴定。扩增分离株的S、M片段基因进行克隆测序。运用DNAstar软件包和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果 从15份标本分离到2株来自褐家鼠的汉城型汉坦病毒。对其中1株病毒的S、M片段进行了克隆和序列测定,其中S片段含1 772个核苷酸,编码429个氨基酸;M片段含3 651个核苷酸,编码1 133个氨基酸。经核苷酸和氨基酸同源性分析,新分离株与国内外汉城型病毒核苷酸同源性94.8 %~98.0%,氨基酸同源性98.2%~99.6%。与汉城型标准株80-39株相比,S片段仅1个氨基酸位点发生变异;M片段有9个氨基酸位点发生变异,糖基化位点的数目和位置没有发生变化。结论 从江西省褐家鼠分离到两株汉城型病毒,病毒基因变异较小,型别相对稳定。     

狂犬病毒疫苗株CTN-1八代次N和G基因序列测定及分析

目的测定八个代次CTN-1疫苗株核蛋白（N）和糖蛋白（G）基因序列，并与代表性疫苗株和街毒株进行比较。方法用RT-PCR反应扩增八代次CTN-1的N和G基因，获得cDNA，进行序列测定。结果八个代次CTN-1的N和G基因序列与其它疫苗株比较，核苷酸的同源性分别为82．7％～84．5％和86．6％～88．5％，氨基酸同源性分别为88．9％～92．5％和95．3％～98．2％；与在我国分离的街毒株相比，核苷酸的同源性分别为84．2％～95．0％和80．4％～94．3％，氨基酸同源性分别为92．1％～99．6％和88．7％～98．5％。CTN-1株八个代次之间的核苷酸序列几乎完全相同。结论CTN-1株在传代过程中N和G基因变异小，与中国流行的代表性街毒株的同源性高于其它疫苗株。     

2014-2015年商洛市流感病毒H3N2亚型血凝素(HA1)基因进化研究

目的分析2014-2015年度商洛市流感监测病毒血凝素(HA)基因变异情况并研究与推荐疫苗的匹配性。方法收集2014-2015年商洛市流感监测平台用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离的H3N2亚型毒株,利用RT-PCR方法扩增分离HA片段,进行核苷酸序列测定,应用clustax2.1软件进行序列比对后,用Mega6.0软件构建系统发育进化树,系统进化树采用Neighboring-joining方法进行分析。结果 2014-2015年度分离的流感H3N2毒株同源性在97.2%~99.9%,与推荐疫苗株A/Texas/50/2012同源性为97.3%~98.5%;将分离毒株的HA1基因氨基酸与疫苗株比较,发现2014年毒株主要抗原决定簇氨基酸变异点有B区Y159F、S198P;2015年主要抗原决定簇氨基酸变异点有A区G142R,B区S159F、S198P。结论2014-2015年度商洛市流感H3N2亚型毒株关键抗原决定簇已经出现改变,A/Texas/50/2012作为疫苗组分已经不是最佳,亟需对我国流感H3N2亚型疫苗组分进行更新,应密切关注流感H3N2基因进化趋势。     

山东省4株狂犬病病毒核蛋白基因序列分析

目的通过对山东省4株狂犬病病毒核蛋白(N)全基因序列的测定与分析,了解近年山东省狂犬病病毒流行株的遗传变异情况。方法直接免疫荧光法(DFA)和RT-PCR法检测2007-2008年在山东省采集的14份疑似狂犬病病毒感染的犬脑组织标本,检测阳性标本进行N基因序列测定、序列同源性比较和种系发生分析。结果 DFA和RT-PCR法检测均为阳性的标本为12份,其中4份得到N基因编码区全序。4株病毒N基因核苷酸序列的同源性在97.9%～99.9%之间,推导出的氨基酸序列同源性为98.7%～99.8%。结论近年山东省狂犬病病毒具有地域性特征,进化变异不大,与我国各地流行株相近。     

柯萨奇病毒A组4型分离株全基因序列分析

目的分析1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组序列和系统进化特征。方法使用细胞培养法对肠道病毒阳性标本中的病毒进行分离。提取病毒RNA,通过RT-PCR法分段扩增全基因组,经测序、比对和组装后获得CV-A4分离株的全基因组序列。利用MEGA7.0软件分别基于全长VP1序列和全基因组序列构建系统发育树;使用Geneious Prime 2020.1.2软件对全基因组及编码区各区段的核苷酸和氨基酸序列同源性进行分析,并对编码区氨基酸变异情况进行比较分析。结果从人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma, RD)细胞上分离到1株CV-A4分离株,命名为R09220/YN/CHN/2009。基于全长VP1序列的系统进化分析显示,该分离株属于C2基因亚型。在全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的是CV-A4毒株CVA4/SZ/CHN/09(核苷酸为95.4%,氨基酸为98.7%)。与C2基因亚型内16株CV-A4代表株的全序列核苷酸相似性为88.4%～95.4%,氨基酸序列相似性为97.5%～98.7%。通过比较C2基因亚型内的23株CV-A4分离株的全基因组氨基酸序列,R09220/YN/CHN/2009共存在23个氨基酸变异位点,其中10个为其独有的变异位点。结论 R09220/YN/CHN/2009为肠道病毒CV-A4,属于C2基因亚型,该亚型在中国大陆流行的CV-A4病毒中占据优势地位。     

福建省肠道病毒71型分离株（2010FJLY008）全基因组核苷酸序列分析

目的了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,追踪EV71流行过程中可能发生的变异。方法对2010年福建1例手足口病患儿标本中分离到的1株肠道病毒71型分离株（2010FJLY008）进行全基因组核苷酸序列测定,并对基因组序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果2010FJLY008株全长7 403bp,核苷酸及编码氨基酸序列同源性比较,均与08年阜阳流行株Fuyang17.08 2同源性最高,整个基因组核苷酸同源性为98.2%,氨基酸同源性为99.5%;全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08 2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论2010年福建省EV71型病毒流行株（2010FJLY008）在病毒基因组结构、基因组核苷酸同源性比较、编码氨基酸同源性比较、全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析等方面,均与2008年阜阳流行株（Fuyang17.08 2）关系密切,未产生明显的抗原漂移及变异。