中国12株狂犬病街毒株G基因序列测定与分析

目的了解中国狂犬病毒的流行情况以及街毒株与中国人用、兽用狂犬病疫苗株在G基因核苷酸和氨基酸水平的差异,为有效控制狂犬病疫情提供初步科学依据。方法对12株街毒株G基因进行了全基因测序,与其它36株中国狂犬病街毒株,以及中国的疫苗株和其它国家毒株的G基因序列进行了综合分析。结果序列分析表明来源于中国的50株狂犬病毒均为基因Ⅰ型狂犬病毒;其中具有代表性的6株病毒与我国现在使用的各种疫苗株在G基因的核苷酸和氨基酸水平上均存在不同程度的差异,与我国人用疫苗株CTN同源性较高;进化分析表明,我国主要流行狂犬病毒与泰国、印度尼西亚、马来西亚等东南亚狂犬病毒株处于同一分支。中国毒株之间G基因核苷酸同源性分别≥82.3%;氨基酸同源性分别≥92.1%;中国街毒株与疫苗株相比较核苷酸的同源性为79.3%～94.2%,氨基酸的同源性为87.8%～97.9%。结论我国的狂犬病毒为基因Ⅰ型狂犬病毒,可以明确分为6个进化群。无论在核苷酸还是氨基酸水平上,中国多数街毒株与疫苗株CTN之间的同源性要高于与其它疫苗株。     

盐城市狂犬病毒核蛋白及糖蛋白基因序列分析

目的对江苏省盐城市狂犬病毒核蛋白及糖蛋白的基因进行遗传学分析,揭示流行于该地区的狂犬病毒与人用及兽用狂犬病疫苗株间的差异。方法以直接免疫荧光法检测犬脑标本,用阳性犬脑组织悬液接种鼠脑分离病毒。以RT-PCR法扩增病毒核蛋白及糖蛋白全基因片段,克隆测序后进行遗传学分析。结果从58份犬脑中发现两份样品狂犬病毒抗原阳性,分别命名为Jiangsu Yc87与Jiangsu Yc88。从两份阳性样品均扩增到全N基因与G基因序列。阳性犬脑组织接种乳鼠后,从Jiangsu Yc88样品分离到狂犬病毒。分析发现两株病毒均为基因1型狂犬病毒,两株病毒间N基因与G基因的核苷酸及氨基酸的同源性分别为99.8%和99.7%,氨基酸的同源性分别为99.3%和98.8%。与已知的狂犬病毒相比,两株病毒与我国宁夏、河南、湖南、印度尼西亚病毒株的同源性较高,N基因的核苷酸及氨基酸同源性分别为86.3%～98.7%和95.4%～99.8%,G基因核苷酸及氨基酸同源性分别为82.1%～92.1%和94.1%～95.7%;Jiangsu Yc87与Jiangsu Yc88N基因的氨基酸序列分别发生了4和2处氨基酸的替换,G基因的氨基酸序列发生了29和26处氨基酸的替换。与当前使用的疫苗株相比,两株病毒与CTN疫苗株同源性较高,N基因与G基因核苷酸同源性分别为90.2%和87.1%～87.3%,氨基酸同源性分别为98.4%和91.7%～92.3%,但G基因膜外区与所有疫苗株无显著差异;N基因的氨基酸序列分别发生了5和6处氨基酸的替换,G基因的氨基酸序列发生了31和28处氨基酸的替换。结论两株狂犬病毒为基因1型狂犬病毒,其N基因和G基因的核苷酸序列以及推导出来的氨基酸序列与已知的1型狂犬病毒株及疫苗株均有一定的差异。     

湖南省40株狂犬病毒株N基因的序列分析

目的研究湖南省40株狂犬病毒株N基因序列特征及其遗传进化关系。方法采用RT-PCR法从家犬脑组织标本检测狂犬病毒RNA,并对扩增产物N基因片断进行测序。采用DNAStar软件包中MegAlign将所得测序结果与湖南省往年20株毒株N基因进行核苷酸、氨基酸序列同源性比对分析,并以Neighbor-Joining法构建系统发生树。结果40株毒株均为基因1型,N基因核苷酸序列同源性在88.5%～100%(中位数97.9%)间,编码的氨基酸序列同源性为98.3%～100%(中位值99.6%)。系统发生分为3个组群,具有一定的地域性。结论湖南省40株狂犬病毒株间N基因变异较小,稳定性较高。     

河南省九株狂犬病毒的糖蛋白基因序列分析

目的 了解河南省狂犬病毒与人用、兽用狂犬病疫苗株在糖蛋白基因核苷酸和氨基酸序列水平上的差异,为有效控制狂犬病疫情提供初步的科学依据.方法 以反转录-半套式聚合酶链反应(RT-heminested-PCR)扩增2006年12月分离自河南省信阳市的9株狂犬病毒街毒株,经纯化、克隆、测序后获得9条糖蛋白基因全长序列,采用生物信息学软件构建基因系统发育树,对糖蛋白基因序列和氨基酸序列进行分析.结果 9株狂犬病毒糖蛋白在核苷酸及氨基酸序列水平上彼此的同源性分别为97.6%～98.9%和99.2%～99.8%;9株病毒与CTN疫苗的同源性最高,其核苷酸及氨基酸同源性分别为85.6%～93.0%和91.9%～92.9%;9株病毒与其他疫苗株相比,其核苷酸及氨基酸同源性分别为80.4%～83.3%和87.7%～92.5%;与已知的基因1型狂犬病毒比较,9株病毒糖蛋白氨基酸序列发生了若干位点的氨基酸取代.结论 9株河南省狂犬病毒街毒株均属基因1型,CTN疫苗株可能为目前我国河南省所流行的狂犬病提供较好的保护效果.     

贵州省狂犬病病毒糖蛋白基因序列特征分析

目的 分析贵州省狂犬病病毒的糖蛋白基因（G基因）序列特征,为狂犬病的有效预防和控制提供科学依据。方法 以RT- PCR扩增贵州省近年来不同地区的人和犬狂犬病病毒阳性脑组织标本狂犬病病毒G基因序列,对扩增产物测序后采用生物信息学软件进行序列分析。结果 贵州省狂犬病毒阳性标本经RT-PCR扩增、测序与拼接后得到8份狂犬病病毒阳性样本的G基因序列。同源性分析显示,8份狂犬病病毒阳性样本的G基因序列在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为87.4%～99.9%和83.3.%～100%,与狂犬病毒基因1型病毒株G基因的核苷酸和氨基酸序列同源性最高（分别为86.5%～87.0%和83.3%～100%）。进化树分析显示,贵州省狂犬病病毒G基因的亲缘进化关系较近,且与狂犬病毒基因1~7型中的基因1型代表毒株的亲缘进化关系最近;除GZ01和GZ09外,其余狂犬病毒G基因与国内湖北、湖南、安徽、广西、江苏和上海毒株相距较近。除GZ09与国外的马来西亚和泰国代表毒株亲缘进化关系最近外,其与毒株与印度尼西亚毒株亲缘进化关系最近。结论 本研究从狂犬病病毒G基因水平证明贵州省狂犬病毒株属于基因1型,揭示了我省贵州省狂犬病毒与国内外已报道毒株的亲缘进化关系,该研究结果将为贵州省狂犬病的有效预防和控制提供科学依据。     

福建省狂犬病毒的N基因序列分析

目的了解福建省狂犬病毒流行毒株的基因分型和遗传进化关系,以及流行毒株与疫苗株在N基因核苷酸和氨基酸水平的差异。方法采集福建省不同时间、不同地区的犬脑组织标本共89份,通过RT-nested-PCR扩增、纯化、克隆、测序,获得19条包含N基因全长的序列,采用生物学软件进行序列整理分析。结果根据N基因核苷酸和推导的氨基酸的同源性,把福建省已知狂犬病毒分为3个群组,群组间具有显著的地域分布特征,各群组内部N基因核苷酸和氨基酸同源性分别在99.7%～100%和98.9%～100%之间,群组间N基因核苷酸和氨基酸同源性在86.4%～89.3%和95.3%～98.4%之间。福建省狂犬病毒的流行毒株与目前使用的各种疫苗株N基因序列同源性在86.5%～98.9%之间。结论福建省境内存在表观健康犬携带狂犬病毒现象,福建省已知狂犬病毒流行毒株均属于基因I型,可分为3个群组。从N基因序列的分析上看,我省目前使用疫苗能有效地保护流行毒株的感染。     

我国分离的10株狂犬病病毒P和M蛋白基因序列分析

摘 要：目的 探讨我国狂犬病病毒P、M蛋白基因序列、结构特点及变异情况等遗传学特征。 方法 用RT-PCR方法从分离的10株狂犬病病毒中获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,利用生物信息学软件分析核苷酸、氨基酸序列及其相关的功能位点并构建P、M蛋白基因的系统发育树。结果 10株病毒P和M基因核苷酸序列同源性分别为85.9％～99.4％和89.5％～99.5％,推导出的氨基酸同源性分别为92.3％～100％和96.0％～99.5％。在核苷酸及氨基酸水平上,10株病毒与我国分离的街毒株HN10及CTN疫苗株的P、M基因同源性均明显高于国外其它疫苗株、标准攻击毒CVS株相应的同源性。系统发育分析表明,10株病毒与我国湖南街毒株、CTN疫苗株进化关系最近,而与研究中选取的其他毒株进化关系较远。氨基酸对位分析表明,与其它基因1型毒株相比,本研究中10株狂犬病病毒的P、M基因出现多处变异,但很少在功能区发生变异。结论 分离的10株病毒属基因l型狂犬病病毒,与我国分离的街毒株及CTN疫苗株关系较近。     

1株鼠源狂犬病毒野毒株全基因组序列测定与分析

目的对1株分离自牛狂犬病疫区野鼠脑内的狂犬病毒野毒株(MRV)进行全基因组测序,并对其分子变异和进化特点进行分析。方法RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3′末端和5′末端采取3′-RACE和5′-RACE方法。结果9个重叠基因片段序列拼接得到MRV全基因组序列,共11869个核苷酸。MRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异。选择有代表性的狂犬病毒株,构建了N基因分子系统进化树。结论MRV毒株属于狂犬病毒基因1型,与AV01和CVS同源性最高为99%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为72%。     

两株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组序列测定与分析

目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组核苷酸序列测定,然后对其分子变异和进化特点进行分析。进行两分离株的序列相似性、氨基酸同源性、主要功能位点的变异比较和种系发生分析。结果 TJD04和TJD05两株狂犬病病毒全基因组长均为11 924 nts,全基因组序列的组成和结构均符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征。病毒基因组由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,氨基酸编码长度未发生变异,5个编码蛋白序列较少发生变化,仅有个别主要功能位点发生变异,且大部分变异均属于无意义沉默突变。多序列相似性比较和种系发生分析显示,两株病毒均属于基因1型,N基因与全基因进化树保持一致,与中国犬源狂犬病病毒BD06同源性最高(99.6%),进化关系近,并具有较为独特的中国地域特点。结论两天津株狂犬病毒可能是自然界中固有的狂犬病病毒街毒株。     

河南省8株狂犬病毒磷蛋白基质蛋白基因分析

目的分析河南省8株狂犬病毒磷蛋白P及基质蛋白M的基因序列,探讨狂犬病毒流行株毒力与致病性变异的可能原因。方法以免疫荧光法检测2006年采自河南省的121份犬脑,取阳性犬脑组织悬液接种鼠脑分离病毒,以RT-nest-edPCR法扩增病毒P与M基因,克隆测序后进行生物信息学分析。结果分离到8株狂犬病毒,序列分析表明8株病毒均为基因1型狂犬病毒,8株病毒彼此之间P基因与M基因核苷酸序列同源性均为98.9%～99.8%,推导的氨基酸序列同源性分别为98.0%～99.3%和97.0%～99.5%。8株病毒与我国宁夏分离株CNX8511、CNX8601的同源性最高,P基因与M基因核苷酸同源性分别为89.1%～89.7%和91.1%～92.0%,氨基酸同源性分别为93.3%～94.3%和96.6%～98.0%。在核苷酸及氨基酸水平上,8株病毒与CTN疫苗株的P与M同源性均明显高于与其它疫苗株的相应同源性。系统发育分析表明,8株病毒与我国宁夏街毒株、CTN疫苗株、泰国及菲律宾等东南亚株进化关系最近,而与CTN以外的其它疫苗株、标准攻击毒CVS株,以及我国80年代初分离的DRV、MRV株进化关系较远。氨基酸对位分析表明,较之参比的其它基因1型毒株,河南省8株狂犬病毒的P与M出现多处变异。结论8株狂犬病毒仍属基因1型狂犬病毒,但其P基因及M基因在核苷酸及推导的氨基酸水平上均出现了明显变异。     

狂犬病毒疫苗株CTN-1八代次N和G基因序列测定及分析

目的测定八个代次CTN-1疫苗株核蛋白（N）和糖蛋白（G）基因序列，并与代表性疫苗株和街毒株进行比较。方法用RT-PCR反应扩增八代次CTN-1的N和G基因，获得cDNA，进行序列测定。结果八个代次CTN-1的N和G基因序列与其它疫苗株比较，核苷酸的同源性分别为82．7％～84．5％和86．6％～88．5％，氨基酸同源性分别为88．9％～92．5％和95．3％～98．2％；与在我国分离的街毒株相比，核苷酸的同源性分别为84．2％～95．0％和80．4％～94．3％，氨基酸同源性分别为92．1％～99．6％和88．7％～98．5％。CTN-1株八个代次之间的核苷酸序列几乎完全相同。结论CTN-1株在传代过程中N和G基因变异小，与中国流行的代表性街毒株的同源性高于其它疫苗株。     

浙江省1株犬源狂犬病病毒全基因组序列测定及细胞分离鉴定北大核心CSCD

目的了解浙江地区狂犬病分子流行病学现状,为浙江地区狂犬病防控提供相关数据。方法使用RT-PCR扩增浙江狂犬病病毒街毒株核苷酸并进行全基因组序列测定,与32株中国狂犬病病毒街毒株基因序列进行比对分析;使用Neuro-2a细胞进行病毒分离,测定不同代次全基因组序列并比较核苷酸突变情况。结果获得了全长为11782 bp的全基因组序列,经过比对分析后发现该毒株属于ChinaⅠ型,与全部参考基因Ⅰ型病毒核苷酸序列一致性为97.10%~99.31%;通过Neuro-2a细胞成功分离到狂犬病病毒,连续三代培养后病毒滴度最终达到5.71×10^(7)FFU/mL,子代之间序列一致性在99.9%以上,其中F3代较F1代核苷酸序列发生了7个位点突变,氨基酸未发生改变。结论新狂犬病病毒分离毒株(ZJSX-2021)属于ChinaⅠ型,与以往分离毒株属同一基因型,表明狂犬病病毒近年在浙江地区仍持续传播。细胞分离后病毒序列并无明显变化。     

4株狂犬病街毒的分离及其核蛋白和糖蛋白序列分析

目的以4株狂犬病街毒分离株及我国南北方不同地区狂犬病病毒街毒为研究对象,通过其核蛋白及糖蛋白基因的同源性及进化分析,比较我国狂犬病流行毒株与人用及兽用狂犬病疫苗株间的基因及抗原性差异,为相关疫苗的研究奠定理论基础。方法以直接免疫荧光法(DFA)检测疑似狂犬病的犬脑标本,以乳鼠颅内接种法(MIT)和细胞培养分离技术(CIT)分离狂犬病病毒,并进行TCID50和LD50测定;以RT-PCR法扩增其核蛋白(N)和糖蛋白(G)基因,克隆入T载体并测序后,下载GenBank内已有的狂犬病病毒数据资源,以(Clustal和MEGA3软件)进行基因同源性比对及系统发生分析。结果从广东、河北两省分离到狂犬病病毒街毒4株,分别命名为GN07、WJ07-1、WJ07-2、GC07;序列分析表明4株狂犬病病毒均为基因1型,其N基因与G基因核苷酸的同源性分别为89.5%~99.9%和87.9%~99.9%,其中GN07与WJ07-1、WJ07-2、GC07的同源性较低。与己知的基因1型狂犬病毒相比,WJ07-1、WJ07-2、GC07与湖南、湖北、云南、浙江等地分离株及印度尼西亚分离株核苷酸同源性最高,分别为97.8%~99.4%和92.2%;GN07与CTN疫苗株核苷酸同源性最高,为94.5%。系统发育分析表明,4株病毒与CTN疫苗株同源性较高,与人用狂犬病疫苗3aG、PV株及兽用狂犬病疫苗ERA株和Flury疫苗株的同源性相对较远。适应细胞培养后,四株街毒的LD50和TCID50最高者为GN07,而WJ07-1较低,差别较大。结论4株狂犬病分离株与我国南北方不同地区狂犬病流行毒株的基因和氨基酸序列存在一定差异,在进化关系上分属于不同的分支。     

云南省狂犬病病人和犬类感染狂犬病病毒及M基因序列分析

目的 调查云南省部分地区狂犬病病人和疫点犬群携带狂犬病病毒(rabies virus, RABV)状况及RABV膜基质蛋白(matrixprotein, M)基因序列分析,为狂犬病防控提供科学依据。方法 2008-2009年在云南省采集犬脑组织标本606份,狂犬病病人唾液8份,脑脊液1份,用直接免疫荧光试验检测RABV抗原,用RT-PCR检测RABV核酸,对阳性标本进行M基因序列测定和分析。结果 所有标本经检测,RABV抗原和/或核酸阳性16份,其中疫点扑杀的貌似健康犬脑组织3.10%(10/323),狂犬病病人唾液5份、脑脊液1份。狗肉餐馆屠宰犬的脑组织283份均为阴性。云南16株RABV的M基因核苷酸和氨基酸同源性分别为88.5%~100%和85.2%~99.5%。它们与中国人用疫苗株aG核苷酸和氨基酸同源性分别为83.9%~85.7%和82.3%~93.6%;与人用疫苗株CTN181核苷酸和氨基酸同源性分别为99%~99.7%和98.5%~99%。系统进化分析表明,云南16株RABV均属基因Ⅰ型并可分为进化Ⅰ和Ⅱ群并分别与泰国等东南亚国家和相邻省份流行株具有较近的亲缘关系。结论 云南省狂犬病流行与周边省份和东南亚地区的狂犬病传播扩散有一定关系;狂犬病疫点部分貌似健康犬携带RABV并具有传染源意义;云南狂犬病病毒株M基因与我国人用狂犬病疫苗CTN株的同源性和亲缘关系较近,但与aG株同源性存在。     

中国首次分离的二株基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒全基因组序列分析

目的 分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征。方法 设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。采用生物学软件进行同源性和系统进化分析。结果 1977和1982年分离自云南蚊虫的M28和BN82215病毒株基因组全长分别为10 969 bp和10 970 bp,5′非编码区均含有96个核苷酸,3′非编码区含有573和574个核苷酸。它们的开放阅读框(ORF)都从97到10 396位,共10 299个核苷酸,编码3 433个氨基酸。M28和BN82215株与来自GenBank的5个基因型JEV株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为78.4％～96.3％和91.4％～99.6％,与近几年国内外基因Ⅰ型流行株的同源性最高,进化关系最接近,都属于基因Ⅰ型。这两株病毒与JEV疫苗株SA14-14-2相比,有56个氨基酸差异,其中E基因有11个氨基酸差异,但都不属抗原关键位点。结论 本研究阐明了中国首次分离的基因Ⅰ型JEV的全基因组分子特征,决定病毒抗原和毒力的E蛋白关键位点无明显变化。证实20世纪70和80年代云南省就有基因Ⅰ型JEV流行。