5p部分单体3例全基因组拷贝数变异分析

目的应用全基因组微阵列芯片平台,对染色体核型提示为Cri du chat综合征的新生儿进行全基因组拷贝数变异（CNVs）的检测,以帮助解释基因型与表型的相关性。方法 2009年6月至2010年5月复旦大学附属儿科医院收治的染色体核型提示为Cri du chat综合征的3例新生儿进入研究。采用Cytogenetic Whole-Genome芯片筛查全基因组CNVs,针对发现的所有CNVs进行分析,参照国际基因组拷贝数变异多态性数据库除外正常人群多态性CNVs。结合本研究3例与DECIPHER数据库已报道的Cri du chat综合征患儿的临床表型,行5p缺失大小及范围分析,对重复区域行候选基因分析。结果 3例患儿经微阵列芯片检测,均证实并更为精确的定位了5p的缺失范围。例15p缺失位于5p15.33-p13.3,例2缺失位于5p15.33-5p15.1,例3缺失位于5p15.33-p14.3;此外例2发现9p部分重复,例3发现7p部分重复。结合DECIPHER数据库已报道的5例Cri du chat综合征临床表型,重复区域和候选基因分析显示,临床表型为猫叫样哭声或声音异常：缺失片段重叠区域为5p15.33-15.31内3.86Mb,覆盖（IRX1和IRX2与胚胎形成相关的基因）;临床表型为面容异常：缺失片段重叠区域为5p15.2-15.1内2.51Mb（覆盖ANKH与颅骨干骺端发育相关的基因）。例3合并有先天性巨结肠。因纳入病例均为新生儿,无法评价是否存在智力低下和生长发育迟缓,无法对相应的关键区域进行分析。结论本研究提供了微阵列平台罕见潜在致病可能CNVs的分析方法,进一步为建立5p部分缺失表型基因型关联性提供了依据。     

1例3p部分三体综合征患儿的临床表型与遗传学分析

目的 明确1例体格发育异常合并多发畸形患儿染色体拷贝数变异的性质和来源，并分析基因与表型相关性。方法 采用G显带染色体核型分析及单核甘酸多态性微阵列芯片（SNP-array）技术对患儿进行检测，并用荧光原位杂交（FISH）进行验证。患儿父母外周血样本进行染色体核型分析及其母亲外周血样本进行荧光原位杂交（FISH）分析。结果 G显带染色体核型结果为：46,XY,der(2)t(2;3)(p25.3;p24.1),SNP-array分析结果显示患儿染色体3p26.3p24.1存在30.4Mb重复，2p25.3存在1.39Mb缺失。结论 患儿3p26.3p24.1重复与3p部分三体综合征（partialtrisomy3p syndrome）相关，该重复是导致患儿多发畸形及发育异常的主要遗传学病因。3p部分三体综合征临床表型差异较大，患儿临床特征与基因型有一定关联，临床诊断时应结合临床表型及遗传学检测技术进行综合诊断。     

Jacobsen综合征的分子诊断及临床特征分析

目的探讨Jacobsen综合征(JBS)的临床表现及分子遗传病因。方法应用传统G显带及染色体微阵列技术(CMA)对7例JBS患者(其中6例产前诊断病例、1例患儿)行全基因组拷贝数变异分析,并结合产前超声结果对该综合征的基因型-表型的关系进行总结。结果 6例产前病例中有3例胎儿产前超声均提示存在心脏相关异常,主要为室间隔缺损、心脏复杂畸形等;另1例患儿除心脏异常外,还存在血小板计数异常。染色体核型及CMA结果提示这7例病例的11q端粒区均存在缺失,缺失断裂点不一,片段大小在6.8Mb-15.1Mb之间,且包含ETS1、FLI1等基因。结论 JBS患者临床表型具有异质性,产前中超声提示心脏异常很可能与JBS有关;11q末端区域缺失涉及的ETS1、FLI1是JBS患者心脏异常、血小板异常的遗传学病因。     

5号和18号染色体变异致多发畸形的临床报道和遗传学分析

目的明确一例多发畸形患儿染色体拷贝数变异的性质,分析其染色体变异与表型的相关性。方法首先应用常规G显带分析该例患儿外周血染色体改变,然后应用比较基因组杂交芯片（array comparative genomic hybridization, array CGH ）对该例常规核型分析的结果进行精确定位。结果该患儿常规核型分析为46,XY,inv（9）（p12q13）,Yqh＋。arrayCGH结果为dup（5）（p14．1p15．33）区段（151,737—28,789,424）存在28．64Mb重复;del（18）（q22．1q23）区段（63,993,067—77,982,126）存在13．99Mb缺失。临床表现为面容特殊、眼裂小、牙齿反颌、隐形脊柱裂及脚趾畸形等。结论5号和18号染色体拷贝数变异可导致患儿出现多发畸形;与传统的细胞遗传学分析方法相比,arrayCGH在染色体异常分析中具有更高的分辨率和准确性。     

微阵列基因组杂交技术在22q11．21微缺失家系中的应用研究

目的了解反复孕育严重先天性心脏病儿、胎儿父亲患有原发性甲状旁腺功能低下家系的基因组拷贝数变化,确定其发病的遗传学原因。方法对常规染色体核型分析未见异常的法洛氏四联症胎儿及其整个家系中的7人采用微阵列基因组杂交（array—based comparative genomic hybridization,array—CGH）技术进行基因组拷贝数变化的检测分析（copy number variations,CNVs）。结果经过array—CGH分析,在胎儿及其父亲的22q11．21均发现存在2．52Mb的致病性缺失片段,位于18,919,942—21,440,514区段。家系中其他成员未发现同样的片段异常。结论22q11．21微缺失是导致其父亲患原发性甲状旁腺功能减退的遗传学原因,也是该家系多次孕育严重先天性心脏病患儿的原因,同时表明22q11．21微缺失表型多样,临床症状差异大。array—CGH是一种高通量、高分辨率及高准确性的遗传学分析技术,能够发现染色体片段上的亚微结构异常,是临床遗传学研究的重要工具。     

应用Array-based CGH技术检测先天性心脏病染色体异常的研究

目的应用高分辨芯片比较基因组杂交技术(aCGH),对先天性心脏病(先心病)患儿进行基因组拷贝数变异(CNVs)筛查,探讨染色体拷贝数异常与先心病的关系。方法对17例先心病患者进行染色体核型分析,再运用Agi-lent 8×60K DNA芯片筛查染色体拷贝数异常情况,之后查询中国人类染色体异常核型目录数据库,并结合临床资料分析染色体拷贝数异常与先心病关系。结果 17例先心病患者染色体核型正常;aCGH检测结果表明有6例患者存在不同程度的染色体DNA拷贝数的扩增或缺失,其中4例染色体变异被认为是正常多态性;另外2例染色体区段的变异可能与先心病相关。结论 aCGH技术检测染色体核型正常的先心病患者DNA拷贝数的变化,为由DNA拷贝数异常引发先心病的临床诊断提供分子依据。     

应用单核苷酸多态性芯片检测7q部分缺失伴发育迟缓患儿一例

目的探讨1例生长发育迟缓患儿的遗传学原因,分析患儿基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)及其所含基因与临床表型的对应关系。方法用常规G显带技术分析患儿及其父母的外周血染色体核型,用单核苷酸多态微阵列芯片技术(single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)进行DNA拷贝数分析。结果患儿及其父母的外周血常规染色体核型分析均未见异常。SNP-array分析结果显示患儿染色体7q11.23区存在1.41 Mb杂合缺失,其缺失与Williams-Beuren综合征相关,父母双方均未见该缺失。结论患儿7号染色体长臂拷贝数变异所致的Williams-Beuren综合征与患儿的发育迟缓及特殊面容等临床表型相关,应用SNP-array技术在临床检测不明原因发育迟缓患儿中具有显著的优势。     

一例3p26．3-pter缺失及7q31．33-qter重复患儿的临床表型与遗传学分析CSCD

目的明确1例发育落后合并多发畸形患儿染色体拷贝数变异（copy numbervariants,CNVs）的性质及来源,并分析其与表型的相关性。方法应用常规G显带分析患儿及其父母的外周血染色体核型,应用二代测序（next generation sequencing,NGS）技术对患儿进行检测。结果G显带分析显示患儿的3号染色体存在结构异常,其父亲的染色体核型为46,XY,t（3;7）（p26;q31）,其母亲核型未见异常。NGS检测显示患儿染色体3p26．3-pter区存在约2．16Mb的微缺失,7q31．33-qter区存在约34．24Mb的重复。结论患儿3号染色体的结构异常源自其父亲的t（3;7）平衡易位,其核型为46,XY,der（3）t（3;7）（p26．3;q31．33）pat。3p26．3-pter区微缺失和7q31．33-qter区重复是导致患儿异常表型的原因。     

两例2p15-p16.1微缺失综合征的产前诊断

目的明确2例畸形流产患儿染色体拷贝数变异,分析引起2p15-p16.1缺失综合征畸形表型的相关基因以及关键区域。方法应用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术对畸形流产儿全基因组拷贝数目进行检测,并用计算机软件及生物信息学方法进行分析。结果CMA检测到2例患儿的染色体2p15-16.1区段有约255 kb的DNA拷贝数变异,2例患儿表型符合2p15-p16.1微缺失综合征遗传特征,缺失区域包含XPO1和USP34基因。结论2pl5近端73 kb的片段(chr2:61659957〜61733075,hg19)可能是引起2p15-p16.1微缺失综合征畸形表型的关键区域之一,XPO1和USP34为该缺失综合征的候选基因。     

两例合并3q微缺失的先天性心脏病胎儿的遗传学分析CSCD

目的明确2例先天性心脏病（congenital heart disease,CHD）胎儿的基因组拷贝数变异（copy number variations,CNVs）的性质,探讨3q微缺失与cHD的关系。方法提取CHD胎儿脐带组织的DNA,用全基因组低覆盖度测序检测其CNVs。结果2例CHD胎儿均携带3q微缺失。病例1表现为室间隔缺损、唇腭裂,携带3q29区1．66Mb的缺失,涉及3q29微缺失综合征的所有关键基因。病例2表现为主动脉骑跨、室间隔缺损,携带3q28区240kb的缺失,未发现明确与该片段相关的致病信息。结论3q29微缺失可能导致CHD、唇腭裂等多发畸形。全基因组低覆盖度测序可用于检测CNVs。     

Phelan-McDermid综合征1例

目的 探讨Phelan-McDermid综合征（PMS）患者的临床表型和基因型特点。方法 回顾性分析华中科技大学附属协和医院儿科确诊的1例PMS患儿的临床和遗传学资料，并结合文献对其基因型和表型进行详尽分析。结果 患儿，男，3岁5个月，全面性发育迟缓，自闭症样行为，既往有反复呼吸道感染。全外显子拷贝数变异检测：染色体22q13.31～q13.33区域杂合缺失，缺失大小为6.7 Mb，确诊为PMS。结论 PMS较为罕见，临床表型和基因型复杂多变，易引起误诊。本研究丰富了PMS的临床及遗传学特征，为临床诊断和遗传咨询提供重要依据。     

染色体6pter-p24缺失患者的临床表型及遗传学分析

目的 探讨染色体6pter-p24缺失患者的临床表型及遗传学分析。方法 收集患者临床表型及实验室检查结果，应用常规G显带核型分析患儿及父母外周血染色体核型，用SNP-array技术对患儿进行染色体CNVs分析，qPCR验证拷贝数异常区域的真实性及其变异来源，并检索相关文献进行总结分析。结果 患儿主要临床表现为面容异常、短颈、角膜混浊、听力受损、先天性心脏病、先天性肛门闭锁并直肠舟状窝瘘和手指畸形等。染色体核型结果提示6pter-p24存在缺失；SNP-array检测提示6p25.3p24.2(156,974＿11,424,578)存在11.2 Mb杂合缺失。用检索词“6p25缺失综合征”“6p24缺失综合征”“6p25 deletion syndrome”和“6p24 deletion syndrome”检索中英文数据库，共检索到涉及6pter-p24缺失的相关文献共12例患者，比较发现这些患者的临床表现相似，但本病例患儿先天性肛门闭锁并直肠舟状窝瘘表型在其他病例中未见报道。结论 6p25.3p24.2(156,974＿11,424,578)的新发杂合缺失变异是患儿的发病原因。染色体6...     

一例8q21.11缺失综合征患儿的临床表型与遗传学诊断

目的对1例角膜混浊新生儿进行染色体拷贝数变异分析,明确其遗传学病因。方法应用常规G显带染色体核型分析技术分析患儿及其父母的外周血染色体核型,用全基因组低深度测序及单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)对患儿及其父母进行基因组拷贝数变异分析。结果G显带结果显示患儿及其父母染色体核型均未见异常,全基因组低深度测序结果显示患儿染色体8q21.11-q21.13区存在5.5 Mb杂合缺失,为新发突变,缺失区域包含ZFHX4、PEX2等基因,该结果在SNP array平台得到验证。结论患儿诊断为8q21.11缺失综合征,ZFHX4可能是该综合征的关键基因之一。     

微阵列比较基因组杂交检测一例左心发育不良胎儿的基因组拷贝数变异

目的 检测1例左心发育不良胎儿的基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),寻找可能的遗传学病因,并探讨微阵列比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,array-CGH)在分子细胞遗传学诊断方面的优越性.方法 对胎儿羊水细胞及其父母的外周血细胞进行常规G显带核型分析.用array-CGH芯片对胎儿进行高分辨率全基因组扫描分析,并用多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对新发现的CNVs进行验证.结果 胎儿羊水细胞及其父母的外周血细胞常规G显带核型分析未发现显著异常,Array-CGH结果发现胎儿基因组存在两个亚显微结构的拷贝数变异:del(11)(q24.1-ter)(121951443-134449216,-12.50 Mb),dup(15)(q26.3)(96889082-100215359,-3.33 Mb),MLPA结果验证了这两个基因组拷贝数变异的存在.结论 Del(11)(q24.1-ter)很可能是患儿左心发育不良的病因.array-CGH技术具有高分辨率、准确等优点,是临床遗传学的重要技术手段,有助于基因组异常的检测和临床遗传咨询.     

全基因组芯片产前诊断母源性中间缺失型22q11.2微缺失胎儿一例

目的对1例无创产前检测提示22号染色体长臂q11.21位置存在1.62 Mb缺失的胎儿进行产前诊断,为其家系提供遗传咨询。方法行羊水穿刺术后,通过常规染色体核型分析和全基因组芯片技术对胎儿进行产前诊断。应用全基因组芯片技术对胎儿父母进行比对分析,以明确胎儿基因组变异的来源。结果羊水常规染色体核型分析结果显示胎儿染色体核型为46,XX,胎儿全基因组芯片结果为arr[hg19]22q11.21(20,723,685-21,800,471)x1,即胎儿22q11.21区段存在1.08 Mb的缺失,该区域覆盖CRKL基因,TBX1、COMT、HIRA及MAPK1基因并不包含在内。经基因组定位分析发现,该缺失属于22q11.2微缺失综合征中间缺失型。父母外周血全基因组芯片比对结果显示,胎儿父亲染色体为正常男性核型:arr(1-22)×2,(X,Y)×1,胎儿母亲为女性核型,含有2处染色体异常:arr[hg19]22q11.21(20,716,876-21,800,471)x1,即22q11.21区段存在约1.08 Mb缺失;arr[hg19]22q13.31(45,071,900-45,305,325)x1,即22q13.31区段存在约233 kb缺失。结论胎儿22号染色体长臂上存在的微缺失遗传自母亲,为罕见的母源性22q11.2微缺失中间缺失型。     

染色体22q13.31-q13.33微缺失综合征导致自闭症的遗传学分析

目的采用a CGH分析1例发育落后合并自闭症患儿,分析其染色体异常与临床表型的相关性。方法与结果首先应用外周血培养G显带分析患儿及父母染色体核型,然后应用荧光PCR技术对FMR1基因和a CGH技术对患儿进行基因组拷贝数变化的检测分析(copy number variations,CNVs)。患儿与其父外周血染色体核型一致,均为46,XX/Y,t(1;13)(p36.1;p11.2),其母染色体正常,患儿FMR1基因的CGG重复的基因型为30/30次,array-CGH分析发现患儿22q13.31-q13.33存在2.95Mb的致病性缺失片段。结论 22q13.31-q13.33微缺失区域是患儿发育落后、语言障碍、自闭症发生的关键区域。     

一例22部分三体综合征患儿的表型及遗传学研究

目的明确1例发育迟缓伴多发畸形患儿染色体拷贝数变异的性质和来源,分析其与表型的相关性。方法应用G显带染色体核型分析以及单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)技术对患儿及其父母进行检测。结果G显带分析提示患儿的染色体核型为46,X,add(Y)(q11.23),其父母核型均未见异常。SNP array检测提示患儿染色体22q12qter区存在21.6 Mb重复,其父母则未见染色体拷贝数异常。结论患儿染色体22q12qter区域微重复为新发突变,可能与其智力障碍、多发畸形等表型相关。     

7q部分重复患儿1例的表型及遗传学分析

目的明确1例不明原因生长发育迟缓患儿染色体异常的性质及来源, 分析其与表型的相关性。方法选择2019年7月9日就诊于郑州大学附属儿童医院的1例患儿作为研究对象。用G显带染色体核型分析及单核苷酸多态性微阵列芯片技术(SNP array)对患儿及其父母进行检测。结果 G显带核型分析结合SNP array技术提示患儿染色体核型为:46, XX, dup(7)(q34q36.3), 其父母核型均未见异常。SNP array检测提示患儿染色体7q34q36.3区存在20.6 Mb重复, 具体为arr[hg19]7q34q36.3(138335828₁58923941)×3, 其父母均未查见染色体拷贝数异常。结论患儿为罕见的7q部分重复且为新发变异, 其基因型与表型的相关性有助于临床诊疗及遗传咨询。     

应用全基因组测序鉴定一例新发的染色体结构异常CSCD

目的探讨全基因组测序在鉴定新发染色体结构异常方面的应用价值。方法应用全基因组测序检测1例外周血染色体核型为46,XY,ins（3）（q21p13p21）的患儿,其异常表型包括眼裂小、睑下垂、鼻梁低平等。结果全基因组测序提示患儿的染色体断裂发生于3号染色体的55473257～78341929位置,这段序列插入到了3号染色体136876730～138643831的位置,所涉及的4个染色体断裂点均发生于基因间区,此外患儿在138643831～138694476之间的序列发生了缺失,其间包含睑裂狭小一睑下垂倒向型内眦赘皮综合征（blepharophimosis-ptosis epicanthus inversus syndrome）的重要致病基因FOXL2。结论染色体结构异常有可能造成断裂处基因的破坏或者在断裂区域发生染色体微缺失。要准确判断其致病性,需要同时进行基因和基因组层面的检测,而全基因组测序已成为其可选的方案。     

83例单纯单脐动脉胎儿的遗传学因素探讨

目的探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片技术(SingleNucleotidePolymorphismarray,SNP-array)在胎儿单脐动脉的遗传学检查中的应用价值。方法回顾分析83例妊娠中晚期单脐动脉,行介入性产前诊断羊水或脐带血标本的临床资料,同时行染色体核型分析与染色体微阵列芯片检查。染色体微阵列分析采Illumina Human Cyto SNP12微阵列芯片进行全基因组拷贝数变异(CopyNumberVariations,CNVs)检测,结合查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)、正常人基因组变异数据库(Database of Genomic Variants,DGV)以及PubMed文献数据库等对检出的CNVs的致病性进行分析。结果 83例羊水、脐带血胎儿单脐动脉的胎儿样本中,染色体核型异常检出3例,检出率3.61%(3/83),SNP-array检出9例异常,检出率10.84%(9/83)。染色体异常中,3例羊水染色体核型异常主要为:1例染色体缺失,1例染色体易位,1例染色体嵌合。染色体正常,芯片异常的病例5例为临床意义不明。结论对超声检出胎儿单脐动脉的胎儿样本,行SNP-array检测有助于发现染色体核型分析无法检出的染色体亚显微结构异常,且SNP-array有利于提高对胎儿单脐动脉的遗传学病因的诊断。