凤香洗液中“丁香-苦参”配伍干预子宫内膜癌的活性成分及作用机制预测分析

目的:基于网络药理学研究凤香洗液中“丁香-苦参”配伍治疗子宫内膜癌(EC)的作用机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对丁香-苦参的活性成分进行检索和筛选,通过Gene Cards数据库、OMIM数据库筛选EC相关靶点,构建活性成分-靶点网络图。将筛选到的靶点利用String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,最后构建活性成分-靶点-信号通路网络图。结果:共筛选到31个潜在活性分子,690个中药成分靶点,1627个EC相关靶点,药物-疾病的共同靶点146个,共同靶点以多种方式参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程的负调控等595个生物过程,并参与癌症通路、PI3K/Akt信号通路、乙肝通路、癌症蛋白聚糖信号通路等115条信号通路。结论:丁香-苦参通过作用于PTGS2、Akt1、PTGS1、RELA、PRSS1、MAPK1等靶点调控癌症、PI3K/Akt、乙肝、癌症蛋白聚糖等信号通路,从而发挥干预EC的作用。     

基于网络药理学和体外细胞实验分析黄芪治疗IgA肾病的作用机制

目的 基于网络药理学方法分析黄芪治疗免疫球蛋白A肾病（IgAN）的多成分、多靶点、多通路作用机制,为该药材的基础研究和临床应用提供依据。方法 通过GeneCards,TCMID及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库检索和文献挖掘筛选黄芪活性成分、作用靶点及与IgAN相关的疾病靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制网络图,利用网络拓扑分析黄芪治疗IgAN的关键靶点,采用R语言中的不同软件包分别进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。在此基础上,通过体外细胞实验验证黄芪中活性成分黄芪甲苷对人肾小球系膜细胞磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/肿瘤抑制基因p53（PI3K/Akt/p53）信号通路的激活作用。结果 筛选得到黄芪25个活性成分,49个药物-疾病共同作用靶点。GO功能富集分析包含条目84个,主要涉及细胞核激素受体结合、细胞核受体活性、脱氧核糖核酸结合转录激活因子活性等。KEGG通路富集分析包含通路88条,主要与PI3K/Akt信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体（AGE/RAGE）信号通路等密切相关。体外细胞实验证实,黄芪甲苷可通过调控PI3K/Akt/p53信号通路抑制重组人血小板衍生生长因子BB诱导的人肾小球系膜细胞增生。结论 黄芪多种活性成分可能通过作用于细胞凋亡、氧化应激和炎症反应等相关的靶点及通路,起到治疗IgAN的作用,为IgAN的新药开发及机制研究提供了思路。     

化痰消瘀方治疗胃癌前病变的分子机制研究

目的:基于网络药理学预测和胃癌前病变(PLGC)大鼠模型验证的方法,探讨化痰消瘀方治疗胃癌前病变的分子机制。方法:利用网络药理学技术筛选化痰消瘀方治疗胃癌前病变的关键活性成分及其作用靶点,并进行蛋白质间相互作用分析,GO功能富集和KEGG通路富集。建立PLGC大鼠模型,给予化痰消瘀方干预治疗12 w,苏木精-伊红染色法观察大鼠胃黏膜组织的病理学改变,AB-PAS染色法观察大鼠胃黏膜组织的肠上皮化生病理改变,免疫组化法对预测结果中PI3K/Akt信号通路的相关蛋白表达进行分析。结果:网络药理学结果显示:化痰消瘀方含有98个活性成分,作用于129个靶点,主要涉及酶结合、药物反应、细胞凋亡调控等生物学途径以及PI3K/Akt、TNF等信号通路。动物实验验证结果显示:与模型对照组比较,化痰消瘀方干预治疗后可改善PLGC大鼠胃黏膜组织病理学改变,并减轻肠上皮化生等病理改变,PI3K/Akt信号通路中相关蛋白p-Akt、p-PI3K、mTOR表达下调,PTEN表达上调。结论:化痰消瘀方通过多成分、多靶点、多通路共同作用治疗PLGC,其中PI3K/Akt信号通路是其作用的主要通路之一。     

五子衍宗丸治疗男性不育症的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学探讨五子衍宗丸治疗男性不育症的物质基础及作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选五子衍宗丸中的活性成分和作用靶点;应用Gene Cards,OMIM,Pharm Gkb数据库筛选男性不育症的疾病靶点;应用R语言软件筛选药物与疾病共同靶点,应用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点互作网络;应用STRING平台构建共同靶点蛋白互作网络(PPI);应用Clue Go插件对共同靶点进行基因本体(GO)分析,并应用R语言软件对共同靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。结果:从五子衍宗丸中共获得72个有效活性成分,得到35个五子衍宗丸治疗男性不育症的可能靶点,这些靶点主要涉及氧化与抗氧化活性等生物学过程,并主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路上。结论:通过网络药理学证实了五子衍宗丸多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了五子衍宗丸治疗男性不育症的可能作用机制,为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学探讨葶苈大枣泻肺汤治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的 :基于网络药理学探讨葶苈大枣泻肺汤治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)的机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)获取葶苈子、大枣的活性成分,采用SwissTargetPrediction、GeneCards数据库、STRING数据库、DAVID 6.8数据库及软件筛选分析治疗CHF的作用靶点,进行基因本体论(gene ontology,GO)分类富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果:筛选出葶苈子、大枣活性成分共42个,作用于498个靶点,主要通过PI3K/Akt信号通路、cAMP信号通路、钙离子信号通路、胰岛素抵抗、甲状腺激素信号通路、T细胞受体信号通路、HIF-1等信号通路作用于CHF。结论:葶苈大枣泻肺汤可通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。     

寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学研究

目的:探讨寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学特征。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、GeneCards数据库获得寿胎丸活性成分及疾病靶点,利用Venn在线工具筛选二者交集基因,依托STRING数据库,采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图和靶点间蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建活性成分-靶点-关键通路网络图来展示寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的相关作用机制。结果:筛选出寿胎丸活性成分21个,成分靶点591个及疾病靶点2 438个,主要化合物有槲皮素、赖氨酸等。获得交集基因共67个,寿胎丸可能通过过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子(EGF)等靶点发挥作用,GO分析结果显示,其生物过程主要是药物反应,细胞组分主要是血红素结合反应,分子功能主要集中在线粒体基质。主要涉及的相关信号通路有缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路,磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路。结论:寿胎丸的多种活性成分可能作用于CAT、EGF等相关靶点,通过HIF-1、PI3K/AKT等主要信号通路,多靶点、多通路的发挥治疗早发性卵巢功能不全的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨升陷汤治疗重症肌无力的作用机制

目的 通过计算机网络药理学及分子对接技术，预测升陷汤治疗重症肌无力的药效基础和核心靶点并通过动物实验进一步验证已明确其作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选升陷汤的活性成分和潜在靶点，利用GeneCards等数据库筛选疾病相关的靶点；将药物与疾病靶点互相映射取交集；结合STRING数据库和Cytoscape 3.8.2对交集靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；运用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图；运用AutoDock和PyMOL软件对中药的关键活性成分与Hub gene进行分子对接验证，最后采用Rα97-116肽段主动免疫造模法，成功构建实验性自身免疫性重症肌无力（EAMG）大鼠模型后将分子对接验证得到的核心靶点进行动物实验验证。结果 共获得655个疾病靶点，118个药物活性成分，21个药物与疾病交集靶点，3个Hub gene；GO富集发现主要涉及活性氧代谢过程的调节、蛋白质转运的正调控、建立蛋白定位的正调控等生物功能；经过KEGG通路富集分析，其主要涉及Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、T细胞受体等信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与Akt1结合能最低且稳定，并通过氨基酸残基LYS-30发生相互作用。蛋白免疫印迹法（Western blot）分析结果显示，升陷汤能显著抑制EAMG大鼠脾脏内磷酸化（p）-Akt蛋白的表达。结论 该研究初步揭示了升陷汤治疗MG的药理机制可能是主要化学成分通过调节关键核心蛋白Akt的表达，进而可能参与并影响PI3K/Akt等信号通路来实现的，为进一步深入研究奠定了理论基础及实验依据。     

基于网络药理学分析藿朴夏苓汤作用机制以探讨新型冠状病毒肺炎的治疗

目的:通过网络药理学分析藿朴夏苓汤的成分、靶点及其潜在的作用机制,探讨其对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。方法:通过TCMSP搜集藿朴夏苓汤组方的活性成分及靶点,运用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.6.0软件构建网络,并进行模块化、拓扑学分析筛选关键靶点,将筛选到的关键靶点导入DAVID数据库,进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:藿朴夏苓汤的11味中药含71个活性成分235个靶点,蛋白质-蛋白质相互作用网络具有4个模块,筛选出41个关键靶点,GO功能富集分析涉及72个条目,KEGG通路富集分析涉及73个通路。结论:藿朴夏苓汤的成分具有抗炎、免疫调节、抗肺纤维化的作用,可能通过调控肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、HIF-1信号通路等发挥对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。     

当归-骨碎补配伍治疗骨折三期辨证中期的网络药理学机制

【目的】 通过网络药理学探讨当归-骨碎补配伍治疗骨折三期辨证中期的作用机制。【方法】 借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选出当归、骨碎补的有效化合物及其靶点,通过STRING、CTD及GeneCards数据库对当归-骨碎补治疗闭合骨折的靶点进行数据分析,利用Cytoscape 3.7.1开放源码的生物信息分析软件构建化合物-靶点网络、蛋白-蛋白互作网络、化合物-靶点-疾病网络。应用ClueGO插件对当归-骨碎补治疗闭合骨折的靶点进行基因本体论（GO）分析,并对核心靶点基因进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。【结果】 共筛选出当归、骨碎补有效化合物20个,闭合骨折核心靶点25个, 当归-骨碎补治疗闭合骨折的KEGG富集通路共51条,包括低氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路等。【结论】 当归-骨碎补配伍可能通过主要活性成分β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、木犀草素、黄烷酮类、固醇类、海州骨碎补苷等,作用于HIF-1、TNF、PI3K/Akt、VEGF等信号通路促进骨折三期辨证中期的愈合。     

基于转录组学与网络药理学探讨补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病的机制

目的探索补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的分子机制。方法在TCMSP中获取补中益气丸活性成分及靶点;以GEO数据库为主,OMIM数据库为辅获取疾病靶点,使用R软件映射出药物-疾病共同靶点。通过Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-共同靶点-疾病网络图,以及基于共同靶点的PPI网络拓扑分析图。使用R软件对共同靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并利用KEGG通路富集分析结果构建通路-靶点网络图。最后对活性成分及靶点进行分子对接验证。结果共获得163个补中益气丸活性成分及225个可用于后续分析的靶点,1313个COPD靶点,映射得出药物-疾病共同靶点20个。分析得出补中益气丸治疗COPD主要有槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分;涉及δ-阿片受体1(OPRD1)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素10(IL-10)、表皮生长因子受体(EGFR)、窖蛋白1(CAV1)、热休克蛋白B1(HSPB1)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)等作用靶点。GO分析提示主要与氧化应激反应相关;KEGG分析提示主要与肿瘤坏死因子、Toll样受体、低氧诱导因子-1、叉头盒O、Janus激酶-转录激活因子等信号通路有关。最后,分子对接结果证实了活性成分与靶点具有较好的结合能力。结论补中益气丸治疗COPD的分子机制可能是以抗炎与抗氧化应激为核心,兼顾调节免疫、低氧耐受、气道黏液高分泌与保护血管内皮细胞多方面。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于网络药理学的脑震宁颗粒治疗脑外伤的机制分析

目的借助网络药理学技术预测脑震宁颗粒主要成分的潜在作用靶点,探讨其治疗脑外伤多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法依据反向分子对接服务器(DRAR-CPI)和Coo LGe N数据库预测和筛选脑震宁颗粒主要成分的作用靶点;采用Cytoscape软件Clue GO插件对靶点进行GO富集分析,借助生物信息学注释数据库(DAVID)对获取的靶点信息进行KEGG通路注释分析;采用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点-通路-疾病网络。结果脑震宁颗粒的33个主要成分涉及丝裂原活化蛋白激酶-1(MAPK1)、胱天蛋白酶-3(CASP3)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)等34个靶点,GO富集分析和KEGG通路注释分析提示脑震宁颗粒可作用于活性氧的生物合成、平滑肌细胞增殖等生物过程,以及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、MAPK通路、JAK/STAT、m TOR等信号转导通路;网络分析显示脑震宁颗粒的作用机制可能与调控氧化应激、抑制炎症反应和神经细胞凋亡、调节脑内硫化氢生成和纤溶酶原(PLG)活性、改善认知功能及脑外伤后抑郁等相关。结论揭示了脑震宁颗粒多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步深入研究脑震宁颗粒药效物质基础及作用机制奠定了基础。     

温经汤治疗原发性痛经的网络药理学作用机制＊

目的 本文将通过网络药理学结合分子对接对温经汤治疗原发性痛经作用机制进行预测。方法 利用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库，收集温经汤活性成分并预测其作用靶标。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选原发性痛经的靶标，并运用R软件获取疾病交集靶标，绘制韦恩图。运用Cytoscape软件构建温经汤治疗原发性痛经的成分-靶标网络图，通过STRING数据库构建PPI靶标蛋白互作网络，并进行核心靶标的GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。通过Autodock Vina软件对药物活性成分与疾病核心靶标进行分子对接验证。结果 筛选得到温经汤治疗原发性痛经的124个活性成分和31个药物-疾病共同靶标，并推断其作用机制可能与介导HIF-1、TNF、PI3K-Akt等105条信号通路相关。槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分与PTGS1、ESR1、PGR等核心靶标对接结果良好。结论 温经汤活性成分可能通过发挥镇痛、抗炎、调节激素水平、缓解平滑肌痉挛和改善缺氧状态等药理作用来治疗原发性痛经。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗糖尿病心肌损伤的分子机制

目的:采用网络药理学方法研究丹参-葛根药对治疗糖尿病心肌损伤的作用机制。方法:通过检索中药系统药理数据分析平台(TCMSP),以口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为筛选条件,剔除预测不到靶点的化合物共得到41个有效成分,其中丹参38个,葛根3个,同时筛选出65个有效作用靶点。通过Genecard和OMIM数据库获得与糖尿病心肌损伤相关疾病的作用靶点580个,利用R语言软件包得到药对-疾病的交集靶点29个,并绘制韦恩图,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药对-疾病-靶点作用关系网络图,用STRING在线软件绘制药物和疾病交集靶点蛋白相互作用网络,通过DAVID和Kabas3.0分析工具进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:GO分析结果显示,分子功能主要是蛋白质异二聚活性、类固醇激素受体活性、内肽酶活性、半胱氨酸型内肽酶活性、类固醇结合、配体调节序列特异性DNA结合-转录因子活性、半胱氨酸型肽酶活性、RNA聚合酶II转录因子结合、神经递质受体活性、核受体活性、细胞因子受体结合等。KEGG分析结果显示,丹参-葛根药对主要作用与凋亡信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论:应用网络药理学的研究方法通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析丹参-葛根药对主要是通过多途径、多种信号通路作用于多种靶点来发挥治疗糖尿病心肌损伤的机制。     

基于网络药理学探讨菟丝子治疗骨质疏松症的作用机制

摘 要：目的：采用网络药理学的方法探讨菟丝子治疗骨质疏松症可能的作用机制。方法：通过检索TCMSP、TCMID、SymMap、BATMAN-TCM、ETCM以及查阅文献获取菟丝子的全部成分，并筛选菟丝子活性成分以及治疗骨质疏松症的靶标；采用Cytoscape3.6.0构建菟丝子的“活性成分-靶标”网络并结合数据库String和Cytoscape3.6.0绘制所得靶标间相互作用关系；最后利用DAVID数据库对靶标基因进行GO功能分析与KEGG富集分析。结果：检索TCMSP、TCMID、Symmap、BATMAN-TCM、ETCM以及查阅文献获取菟丝子全部成分，进一步筛选出的与骨质疏松症相关的活性成分有14个，包括槲皮素、芹菜素，金丝桃苷等；活性成分发挥作用的潜在靶标有83个，主要有白细胞介素6（IL-6）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、骨分化特异性转录分子2（RUNX2）、雌激素受体α（ESR1）等；KEGG富集分析得到与骨质疏松症紧密相关通路主要有PI3K/Akt、MAPK、TNF信号通路等。结论：中药菟丝子中槲皮素、芹菜素，金丝桃苷等活性成分可能通过PI3K/Akt、MAPK、TNF等信号通路实现对骨质疏松症的防治。     

大黄抗肾脏纤维化的网络药理学及其活性成分的作用机制

目的:通过网络药理学方法,预测中药大黄抗肾脏纤维化的活性成分、潜在靶点及通路,选取活性成分,对筛选出的靶基因进行体外实验验证。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与中药分子机制分析综合数据库(TCMID)获取并筛选大黄主要活性成分,利用相似度系综算法数据库(SEA),瑞士生物信息学研究所(SIB),Gene Cards数据库预测和筛选大黄抗肾脏纤维化的潜在作用靶点。采用String Version 10.5数据库构建靶点蛋白相互作用(PPI)网络;运用David 6.8软件对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。采用Cytoscape Version 3.6.0软件对关键蛋白相互作用网络、活性成分-关键靶点网络、活性成分-靶点-信号通路网络进行可视化分析。结合Malarcards数据库筛选出与肾脏纤维化高关联性信号通路。进一步采用细胞实验验证:选取HK-2细胞,利用转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导细胞纤维化模型,予大黄酸干预细胞48 h,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测缺氧诱导因子1α(HIF-1α),血管内皮生长因子(VEGF),血小板衍生生长因子受体-α(PDGFR-α),免疫荧光检测E-钙黏蛋白(E-cadherin),α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)蛋白表达,流式细胞术检测细胞凋亡。结果:筛选得到大黄活性成分17个,大黄抗肾脏纤维化潜在靶点424个,关键靶点5个,依次为蛋白激酶B(Akt)1,丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)3,EGFR,白细胞介素-6(IL-6),VEGFA;GO富集生物学过程主要涉及信号转导、细胞增殖、凋亡等生物过程;KEGG通路富集结果发现磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/Akt,HIF-1α,VEGF,叉头转录因子(FoxO)等通路与大黄抗肾脏纤维化作用机制相关。体外实验验证表明,大黄酸抑制E-cadherin,α-SMA,HIF-1α,VEGF,PDGFR-α的表达水平,同时抑制肾小管上皮细胞凋亡,验证了网络药理学部分预测结果。结论:本研究体现了大黄多成分、多靶点、多途径的作用特点,其抗肾脏纤维化的作用机制可能与其抑制HIF-1α/VEGF/PDGFR-α信号转导途径,抑制细胞凋亡及肾小管上皮细胞上皮间质转化(EMT)有关。     

基于网络药理学探讨夏枯草对非小细胞肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法,探讨夏枯草治疗非小细胞肺癌的作用机制,阐述其科学内涵。方法:检索中草药系统药理学平台(TCMSP)获取夏枯草有效活性成分与作用靶点;检索疾病-基因组合数据库(Dis Ge NET)获取非小细胞肺癌相关疾病靶点;构建"药物-成分-疾病-靶点"网络,分析其作用机制;构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络,对关键靶点进行基因本体(GO)分类富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从TCMSP中获取有效活性成分11种,靶点178个;从Dis Ge NET数据库获取非小细胞肺癌相关基因2 019个;构建"药物-成分-疾病-靶点"网络,获得夏枯草治疗非小细胞肺癌的关键靶点114个;构建其PPI网络,包含节点114个,边1 952条。分析PPI网络,度值较高即夏枯草治疗非小细胞肺癌的关键靶点包括蛋白激酶B1(Akt1),血管内皮生长因子(VEGFA),半胱天冬酶-3(Caspase-3),白细胞介素(IL)-6,JUN,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK) 8,原癌基因蛋白(MYC),表皮生长因子受体(EGFR)等。对其进行生物学过程富集分析,显示涉及152种生物学过程,其中细胞增殖,细胞分裂,细胞凋亡等多种与癌症相关; KEGG富集涉及147条信号通路,其中磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/Akt通路,核转录因子(NF)-κB通路,低氧诱导因子-1(HIF-1)通路,p53信号通路,EGFR信号通路等对非小细胞肺癌的发生、发展、侵袭、转移有着关键性作用是公认的。结论:本研究初步验证了夏枯草治疗NSCLC的基本药理学作用与机制,为进一步探究其作用机制奠定基础。     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎分子机制的网络药理学分析及初步验证

该文通过网络药理学分析白头翁汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子机制,并通过动物实验对相关靶点作初步验证。应用Cytoscape软件,通过TCMSP,GeneCards,Uniprot数据库构建"活性成分-靶点-疾病"网络。通过STRING数据库构建蛋白互作网络,推测核心靶点。使用R软件对靶点进行GO,KEGG富集分析。使用Autodock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接。用白头翁汤干预葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导UC小鼠,通过HE染色法观察小鼠结肠的病理改变,通过免疫组化分析相关基因的表达情况。结果表明,通过网络药理学从白头翁汤中找到26个有效成分,30个核心靶点。GO富集分析显示,这些基因主要影响核受体的活性、转录因子的活性、类固醇激素受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、蛋白质异二聚化活性、转录辅助因子的结合等生物过程。KEGG富集分析显示,P53信号通路、EGFR信号通路、TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路和一些癌症相关通路基因富集较多。分子对接显示,与有效成分对接较好的基因有EGFR,PPARG,CASP3,NOS3,caspase-9,CCND1,ADH,IL6,NFKB1。实验验证白头翁汤对小鼠结肠病理有改善作用,EGFR是其作用的靶点之一。该研究证明白头翁汤可通过多靶点、多通路治疗UC,为未来研究提供了理论依据。