四川部分地区禽源空肠弯曲菌MLST分型及遗传进化分析

目的 为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析。方法 本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA, glnA, glyA, gltA, tkt, pgm和uncA作为目的基因分别扩增及测序,并将所得序列经比对后进行遗传进化分析。结果 48株分离株中共含24种不同的序列型分属于9种不同的克隆系及11种独特型,其中22株分离株含有新序列型,占分离株的45.83%(22/48);9种不同的克隆系中以CC-21、CC-353、CC-464克隆系所含菌株相对较多,而克隆系CC-45、CC-48最少,均为1株分离株;11种独特型共存于21株分离株中,其中以ST-8675序列型最多,为8株。遗传进化树显示,属同一克隆系的不同型别间的分离株亲缘关系较近,如同属于CC-21克隆系的ST-298与ST-760型别分离株处于同一小分支、亲缘关系较近,但不同克隆系的分离株间遗传进化关系较远,鹌鹑源分离株(V13-20)单独处于一大分支与其余禽源分离株间的亲缘关系最远。总体而言,不同地区、宿主来源的分离株呈现遗传多样性。结论 本研究中分离株间具有基因多样性,MLST分型为了解该地区空肠弯曲菌的遗传特性和分布特点提供了参考依据。     

空肠弯曲菌VI型分泌系统结构特征和菌株中分布

目的 明确中国空肠弯曲菌VI型分泌系统基因簇的结构特征及其在菌株中的分布。方法 对中国不同来源空肠弯曲菌菌株进行全基因组测序,并与数据库不同来源空肠弯曲菌菌株基因组序列和VI型分泌系统基因簇做比较分析。结果 52株空肠弯曲菌经基因组系统发育分析被分为了6个进化分支,对应不同来源的菌株。空肠弯曲菌的VI型分泌系统基因簇大小约14 kb,包含14个基因,其中hcp等9个主要基因与其他细菌T6SS相同基因的同源性较高,但仍具有空肠弯曲菌独特的基因簇结构。有36.5%(19/52)空肠弯曲菌菌株含有VI型分泌系统基因簇,主要为鸡来源分支和混合来源分支中的鸡来源菌株;有83.3%(10/12)中国的鸡来源菌株携带VI型分泌系统基因簇。结论 空肠弯曲菌的VI型分泌系统与鸡来源菌株密切相关。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

深圳市408份不同来源样本弯曲菌的检测及耐药特征分析

目的 分析深圳市不同来源样本弯曲菌的流行和抗生素敏感特征,与往年菌株的耐药特征进行比对,获得深圳地区弯曲菌的流行现状及耐药变化。方法 采用增强过滤法分离弯曲菌并应用琼脂稀释法进行抗生素敏感性分析。结果 408份不同来源样本中,鸡盲肠的弯曲菌阳性率最高,达72.0%(36/50),鸡肉的分离率次之,为49.3%(34/69)。腹泻病人弯曲菌分离率为10.7%(17/159)。牛肉、猪肉中弯曲菌分离率低,海鲜中分离到1株空肠弯曲菌,生菜未分离到弯曲菌。53株腹泻病人来源和鸡源空肠弯曲菌耐药率最高的是萘啶酸(94.3%)和环丙沙星(94.3%),其次是四环素(92.4%)、氟苯尼考(75.5%)。32株腹泻病人来源和鸡源结肠弯曲菌耐药率最高为萘啶酸、环丙沙星、四环素(100%)。73.6%(39/53)的空肠弯曲菌和100%(32/32)的结肠弯曲菌存在多重耐药性。与往年相比,鸡源空肠弯曲菌对大环内酯类抗生素的耐药增强,腹泻病人来源空肠弯曲菌对萘啶酸-环丙沙星-四环素-氟苯尼考多重耐药性增强。结论本地区首次在腹泻患者中分离到简明弯曲菌,其病原特征有待于进一步分析。深圳地区腹泻病人来源及鸡源空肠弯曲菌有耐药增强现象,应引起重视。     

云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性

目的 阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法 按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果 24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论 剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。     

多位点序列分型在新疆人间布鲁氏菌病临床分离株遗传进化研究中的应用

目的 探讨多位点序列分型(MLST)技术在新疆人间布鲁氏菌病分离株遗传进化研究中的应用价值,了解分离株的种群结构和遗传进化关系。方法 采用MLST对2015、2016年分离自新疆7个地州的24株人间布鲁氏菌病分离株和3株布鲁氏菌标准参考菌株进行分析,统计各菌株序列型(STs),运用BioNumerics软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系;收集过往研究的186株全国不同地区布鲁氏菌分离株MLST结果,分析各ST型分布特点。结果 24株人间布鲁氏菌分离株全部为ST8型,3株标准参考菌株(羊种16M、牛种544A、猪种1330S)分别为ST7型、ST1型、ST14型;24株人间布鲁氏菌分离株的9个MLST位点变异完全相同,分离株种群结构单一。ST8型菌是我国主要流行的布鲁氏菌,且以北方流行为主;MLST能较好的区分布鲁氏菌种别,但不能有效区分生物型别。结论 ST8型菌(羊种3型)是新疆人间布鲁氏菌病的主要流行菌株,MLST技术可作为人间布鲁氏菌种群结构和遗传进化关系研究的补充手段。     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系。方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNumerics(Version 7.6)构建最小进化树,分析菌株间遗传进化关系。结果 74株分离株(47株羊种3型、10株羊种1型、7株羊种2型、10株羊种变异型)序列型为ST8型,2株分离株(牛种生物型)序列型为ST2,1株分离株(猪种1型)序列型为ST14型。结论 不同生物型布鲁氏菌的MLST分型结果稳定,羊种3型(ST8型)布鲁氏菌是陕西省主要流行菌株;MLST分型作为传统生物分型的技术补充,建立了陕西省布鲁氏菌基因分型数据库,对本省今后人间布病的防控具有科学指导意义。     

一株猴源空肠弯曲菌的鉴定及其生物学特性分析

目的 对一株腹泻猴源的空肠弯曲菌分离株M166进行鉴定和生物学特性研究。方法 通过多重PCR、生化鉴定、MALDI-TOF-MS质谱鉴定、电镜观察等方法验证猴源分离株,通过与标准株NCTC11168进行比较,对生长曲线、运动力、Balb/c小鼠体内定殖实验等生物学特性进行研究。结果 该分离株多重PCR显示空肠弯曲菌阳性,马尿酸钠水解阳性,VITEK-2生化和MALDI-TOF-MS分析均鉴定为空肠弯曲菌,电镜观察显示为典型的弯曲菌形态;与NCTC11168相比,M166在MH液体培养基中的生长速度和增殖程度弱于NCTC11168,但运动力更为活跃;攻毒后第7 d小鼠体内定殖实验结果表明,NCTC11168攻毒组无细菌检出,而M166攻毒组能持续排菌,且在十二指肠、空肠、回肠、盲肠中定殖,每克载菌量分别可达3.09±0.47,3.01±0.84,3.80±0.46,5.63±0.34 CFU/g。结论 M166具有空肠弯曲菌典型的生物学特性,且在小鼠肠道中定殖能力强,这可能是M166能在实验猴体内定殖并导致腹泻的重要因素。     

2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析

目的 对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法 通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果 2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论 广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大, 2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。     

贵州省两株山羊源羊种布鲁菌MLST分析

目的了解贵州省2010年分离自山羊的两株羊种布鲁菌的等位基因序列型(Sequence type, ST)及遗传学特征,为动物间和人间布病疫情的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对2010年分离自山羊的两株布鲁菌进行鉴定,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing, MLST)技术对两株布鲁菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与参考菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱及序列型(STs),分析与两株菌ST型与各种型布鲁菌代表菌株的遗传进化关系。结果来自贵州省山羊的两株布鲁菌株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR将其鉴定为羊种布鲁菌。MLST分析显示,两株菌的9个等位基因序列型为ST8型,与同属羊种布鲁菌的ST7、ST9~ST12、ST34和ST35遗传关系最近。结论贵州省2010年分离的2株布鲁菌分离株均为ST8型布鲁菌,与同属羊种布鲁菌的ST型遗传关系最近,结果为贵州省人间和动物间布病疫情的预防和控制提供了科学依据。     

EMA-qPCR检测空肠弯曲活菌方法研究

目的 建立一种快速定量检测食品中“活的”空肠弯曲菌的技术方案。方法 通过对10³ CFU/m~10⁶ CFU/mL的空肠弯曲菌进行叠氮溴化乙锭(EMA)的前处理研究,建立区分死菌与活菌的EMA前处理技术,与荧光定量PCR检测弯曲菌的方法相结合,建立EMA-qPCR组合检测技术,并进行模拟食品标本的验证。结果 空肠弯曲菌在10³ CFU/mL~10⁶ CFU/mL内,EMA的最优使用浓度为5 μg/mL,5 μg/mL的EMA-qPCR可区分出死/活空肠弯曲菌混合物中的死菌和活菌,并成功应用于模拟食品标本中“活的”空肠弯曲菌的检测。结论 EMA-qPCR可作为快速定量检测样本中“活的”空肠弯曲菌的方法。     

成都地区肉鸭屠宰链弯曲菌毒力基因分布及分子分型研究

目的 了解并分析肉鸭屠宰环节中弯曲菌分离株的9种毒力基因分布及分子分型特征。方法 利用特异性引物对弯曲菌9种与致病力相关的毒力基因进行PCR检测;参照美国PulseNet 脉冲场凝胶电泳(PFGE)标准方法,对68株鸭源弯曲菌分离株进行PFGE分型。结果 毒力基因PCR检测结果显示空肠弯曲菌中cadF、iamA和cheY毒力基因携带率均为100%,flaA(97.1%)、cdtB(94.3%)、cdtC(94.3%)和ciaB(80%)毒力基因的携带率也较高,其余毒力基因cdtA(25.7%),virB11(2.9%)较低;结肠弯曲菌中除cadF(100%)毒力基因外,高于50%携带率的毒力基因有cheY(84.8%)、cdtB(72.7%)、iamA(66.7%)和cdtA(54.5%),另外4个毒力基因flaA(48.5%)、virB11(18.2%)、cdtC(36.4%)和ciaB(18.2%)携带率均较低。利用PFGE方法对弯曲菌分离株进行分子分型,结果显示35株空肠弯曲菌和33株结肠弯曲菌可分为15个和11个谱型,表现为较低的遗传多样性。结论 弯曲菌毒力基因分布广泛,且空肠弯曲菌携带率较高;PFGE基因谱型相似性表明该肉鸭屠宰场存在交叉感染和弯曲菌沿屠宰链传播的现象。     

Emergence of new genetic lineage,ST-9316, of Neisseria meningitidis group W in Hauts-de-France region,France 2013–2018

BackgroundThe epidemiology of invasive meningococcal disease (IMD) is continuously changing in incidence, age distribution and/or the expansion of new strains of Neisseria meningitidis. The epidemiology of IMD due to group W (IMDW) has changed recently at a global level with the emergence of isolates belonging to the clonal complex ST-11 (CC11) derived from the South America-UK strain. A more recent change has been detected in France with the emergence of a new genotype distinct from CC11 that we aimed to analyse.MethodsEpidemiological and microbiological surveillance data in France were used in combination with whole genome sequencing (WGS) to detect emerging phenotypes and genotypes of IMD causing strains, and their susceptibility to immunity induced by the 4CMenB vaccine. Transgenic mice expressing the human transferrin were used to analyse the virulence of emerging strain isolates by direct comparison with CC11 isolates.FindingsOur data showed a local increase of IMDW isolates in north France since 2013. The isolates belonged to ST-9316 and few were ST-11 isolates. WGS clustered ST-9316 isolates together and were distantly separated from the isolates of the clonal complex ST-11 (CC11). Unlike cases due to W/CC11 isolates, cases due to W/ST-9316 isolates were mostly observed amongst infants under the age of 1 year but with lower mortality compared to W/CC11 cases. Genomic comparison showed that the W/ST-9316, unlike W/CC11 isolates, lacked the hmbR gene encoding the haemoglobin receptor that is a virulence factor involved in the acquisition of iron from haemoglobin. W/ST-9316 further showed lower virulence in mice compared to W/CC11 isolates.InterpretationWe report the emergence of a novel sequence type (ST-9316) mostly associated with serogroup W, and exhibiting a lower virulence and a distinct age specific incidence profile than W/CC11 isolates. Surveillance requires powerful approaches combining WGS and pathophysiological analysis to adapt control measures.     

海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的多位点序列分型

目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异方法 选取7个管家基因位点ace、glt B、gmh D、lep A、lip A、nar K、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的序列型结果 18株类鼻疽伯克霍尔德菌属于12个不同的STs,其中ST50有4株,检出率占22.2%,ST58、ST232、ST1094各检出2株,发现一株新STs命名为ST1676结论 海南省类鼻疽伯克霍尔德菌具有高度遗传多样性,gmhD是7个管家基因中变异最大的等位基因,表明gmhD突变可能是该地区菌株STs多样性的原因。     

Is there an unrecognised role for Campylobacter infections in (chronic) inflammatory diseases?

Campylobacter species are one of the major causes of global bacterial-related diarrheal disease worldwide. The disease is most frequently associated with the ingestion of contaminated meat, raw milk, pets, contaminated water, and the organism may be frequently cultured from the faeces of chicken and other domesticated farm animals. Of the 17 established Campylobacter species, the most important pathogens for humans are Campylobacter jejuni (C. jejuni), Campylobacter coli (C. coli) and Campylobacter fetus (C. fetus), which are all associated with diarrheal disease. Further, C. jejuni and C. coli are also associated with the neuroparalytic diseases Guillain-Barré syndrome and Miller Fischer syndrome, respectively, whereas C. fetus is linked with psoriatic arthritis. The discovery of both “molecular mimicry” and translocation-related virulence in the pathogenesis of C. jejuni-induced disease, indicates that Campylobacter-related gastrointestinal infections may not only generate localized, acute intestinal infection in the human host, but may also be involved in the establishment of chronic inflammatory diseases. Indeed, pathogenicity studies on several Campylobacter species now suggest that molecular mimicry and translocation-related virulence is not only related to C. jejuni, but may play a role in human disease caused by other Campylobacter spp. In this review, the authors provide a review based on the current literature describing the potential links between Campylobacter spp. and (chronic) inflammatory diseases, and provide their opinions on the likely role of Campylobacter in such diseases.     

利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus SequenceTyping,MLST）方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型（Sequence type,ST）;采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型（ST-284）,占90%（27/30）,其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性（Pi）范围为0.00119（polB）～0.00648（uidA）,putP基因多态性位点比例最高（4.6%）,trpA基因多态性位点比例最低（0.4%）。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364（ST-296）具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。     

江西省致病性钩端螺旋体血清学和分子流行病学研究

目的 对2013年以来江西省致病性钩端螺旋体进行血清学、基因分型分析,以了解江西省钩端螺旋体血清学和分子流行病学特征。方法 对27株钩端螺旋体进行暗视野显微镜凝集试验确定血清群。PCR扩增16S rRNA基因、测序,确定基因种。利用MLST(multilocus sequence typing)研究进行基因分型分析,并应用BioNumerics (Version5.10)软件进行聚类分析。结果 血清群鉴定:27株菌株隶属于4个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占59.26%,其次依次是爪哇群25.92%、澳洲群7.41%和巴达维亚群7.41%。基因种鉴定:27株菌株隶属于L. interrogans和L. borgpetersenii 2个致病性基因种,L. interrogans为江西省主要优势型别,占77.78%。MLST研究显示27株菌株隶属于5个ST型别,其中ST1为主要基因型,占59.26%。BioNumerics软件分析:27株菌株分为5个Clusters对应于5个ST型,MLST基因型别具有明显的地域性特征,而年代间变化不明显。结论 黄疸出血群为江西省主要流行血清群,L. interrogan为主要致病基因种,ST1为主要基因型,充分了解江西省钩体病血清学和分子流行病学特征将对钩体病防控和疫苗制备有一定的指导意义。     

Multilocus sequence typing of serotype III group B streptococcus and correlation with pathogenic potential

Serotype III group B streptococcus (GBS) causes more invasive disease in infants than do other serotypes in North America. We used multilocus sequence typing to identify clones within 28 invasive serotype III GBS isolates identified from a population-based study and 55 serotype III GBS colonizing isolates from a cohort of women from the same population. Ten allelic sequence types (STs) were identified and primarily involved 2 profiles: ST-19 (57.1% of invasive isolates and 58.2% of colonizing isolates) and ST-17 (32.1% of invasive isolates and 29.1% of colonizing isolates). On concatenation, the 10 allelic profiles converged into 3 groups. Group 1 consisted of ST-19 complex, ST-36, and ST-1, and was closely related to reference genome 2603V/R (serotype V). Group 2 consisted of ST-17 complex. Group 3 consisted of ST-23 complex and was closely related to the serotype III genome strain NEM 316. Neither of the major sequence types or groups was more commonly associated with invasion (P=.61) or with lower levels of maternal capsular polysaccharide-specific IgG (0.89 microg/mL and 0.39 microg/mL, respectively) for ST-19 and ST-17 (P=.86). The close association of genomic strain 2603V/R (serotype V) with ST-19 suggests that the phenomenon of capsule switching may have occurred.