基于数据库挖掘CCDC58基因在肝癌中的表达及其临床意义

目的:挖掘TCGA、Oncomine等数据库中CCDC58在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及其临床意义。方法:Oncomine数据库获取CCDC58基因在HCC及正常组织中的转录水平,The Human Protein Atlas数据库获取CCDC58蛋白在HCC中的表达情况,TCGA数据库获取364例HCC患者预后及基因表达信息,分析CCDC58与HCC预后的关系。结果:在38例HCC组织中CCDC58 mRNA表达量高于19例正常肝组织(P0.001),CCDC58在HCC中呈阳性表达;在182例HCC患者中,CCDC58高表达患者的总生存率、无进展生存率均显著低于CCDC58低表达的HCC患者(P0.001,P=0.0062)。结论:CCDC58在HCC组织中高表达,CCDC58可作为HCC预后判断的指标,可作为后续临床、基础实验的数据支持。     

亚洲人群肝细胞癌mRNA-miRNA表达谱整合分析挖掘疾病治疗靶点

目的通过整合数据库分析筛选出与亚洲人肝细胞癌(HCC)生存期相关微小RNA(miRNA),并探讨该miRNA潜在的生物学调控网络。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取亚洲人群HCC癌组织编码基因(mRNA)和miRNA表达量数据集,采用perl语言和R语言对数据进行提取、整理和分析,利用加权基因共表达网络(WGCNA)获取miRNA的共表达基因,并对筛选得到的差异表达miRNA进行Kaplan-Meier生存分析,筛选出对总生存时间存在影响的miRNA。通过与WGCNA筛选得到的共表达基因和miRNA靶基因预测数据库miRPathDB结合探寻其潜在靶基因,并通过metascape网站进行功能预测。结果通过TCGA共下载到6例正常、126例HCC癌组织的mRNA表达量数据集和6例正常、166例HCC癌组织的miRNA表达量数据集,通过生物信息学分析筛选出hsa-mir-139-5p差异表达具有显著意义,且对HCC总生存期有显著影响,通过预测其靶基因,发现其与脂质代谢、碳代谢等代谢通路相关。结论hsamir-139-5p可作为潜在的HCC治疗靶点,但需要后续实验验证。利用生物信息学手段筛选生物标志物或治疗靶标,是一种高效而经济的研究方式。     

N-myc下游调控基因1在肝细胞癌中的表达及其与预后的相关性

目的 肝细胞癌(HCC)是肝最常见的原发性恶性肿瘤之一.N-myc下游调控基因1(NDRG1)在肝癌中的作用尚存争议.文章旨在证实NDRG1在HCC患者中的表达及其预后价值、潜在的生物学功能以及对免疫系统的影响.方法 选择TCGA数据库中的肝癌数据,包括58例正常肝组织标本和407例肝癌标本及与之相应的临床资料,对ND...     

ATP6V1C1在肝细胞癌中的表达及功能研究

目的:探究ATP6V1C1在肝细胞癌（HCC）表达情况及功能。方法:本研究为基础研究,利用来自癌症基因组图谱数据库基因表达总库（GEO）测序数据,找出HCC差异表达基因（ P<0.01,|logFc|≥1）,进一步利用来自于癌症基因组图谱（TCGA）在线数据UALCAN、Timer分析ATP6V1C1在HC...     

基于生物信息学的铁死亡机制相关胆管癌潜在治疗靶点和小分子药物筛选

目的 通过生物信息学方法研究与铁死亡相关的治疗胆管癌潜在作用机制,高通量筛选通过铁死亡途径治疗胆管癌疾病的潜在小分子药物。方法 在GEO（Gene Expression Omnibus）在线数据库中检索与胆管癌相关的数据集,使用TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库获得胆管癌相关样本及正常样本的数据,将上述筛选得到的数据集矩阵进行规范化数据整理,通过Sanger平台对数据集中的靶点基因进行limma差异分析,通过FerrDb铁死亡相关分析数据库收集与铁死亡相关的靶点,将收集得到的铁死亡相关靶点与差异分析得到的胆管癌相关疾病靶点取交集后,得到共同靶点,将上述共同靶点导入STRING数据库,得到与铁死亡相关的胆管癌疾病靶点间的蛋白质相互作用（PPI）网络分析,筛选核心靶点,分别使用DAVID v6.8与Funrich富集分析软件对上述潜在作用靶点进行生物学功能与信号通路的富集分析,并利用cMAP（Connectivity Map）数据库高通量筛选通过铁死亡途径治疗胆管癌疾病的潜在小分子药物,将小分子化合物与靶蛋白进行分子对接分析,通过TIMER（Tumor Immune Estimation Resource）数据库分析铁死亡与胆管癌疾病共同靶点各自间表达水平与免疫细胞浸润水平或免疫检查点表达水平的相关性。结果 筛选得到3 133个胆管癌相关靶点,铁死亡相关靶点487个,取交集处理共得到93个铁死亡与胆管癌疾病相关的共同靶点,共同靶点的基因本体（GO）功能富集分析结果提示铁死亡途径对胆管癌治疗方面可能与转录调控相关过程、凋亡与细胞增殖等密切相关,京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析结果表明铁死亡途径对胆管癌治疗方面可能与TRAJL分子信号通路、表皮生长因子受体（EGFR/ErbB）相关信号通路、鞘氨醇-1-磷酸受体-1（S1P1）分子信号通路、胰岛素相关信号通路等过程密切相关,通过筛选得到3个小分子化合物（海恩酮、氯可托龙戊酸酯、利扎曲普坦）,分子对接结果表明氯可托龙戊酸酯与其他2种成分相比,对上述3个潜在核心共同作用靶点（TP53、PTEN、SRC）的结合普遍较其余小分子成分强,从而提示其有望通过铁死亡途径治疗胆管癌相关疾病。结论 以铁死亡途径作为切入点,通过生物信息学方法探寻治疗胆管癌的分子作用机制及蛋白靶点,从而筛选得到潜在的治疗药物,具有重要意义。     

基于网络药理学和生物信息学探讨小柴胡汤治疗肝细胞癌的作用机制

目的 采用TCGA数据挖掘和网络药理学方法分析小柴胡汤治疗肝细胞癌（HCC）的药效物质基础及药理机制。方法 通过TCGA数据库挖掘HCC差异表达基因、通过TCMID、TCMSP 数据库和文献检索得到小柴胡汤的活性成分及其作用靶点;绘制韦恩图获得小柴胡汤-HCC共有靶点。通过Cytoscape软件构建疾病-药物-有效成分-靶点相互作用网络;利用R软件对共有靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果 共获得HCC差异表达基因4880个,小柴胡汤治疗HCC潜在有效成分142个,包括槲皮素、山柰酚、黄芩素、汉黄芩素等,这些有效成分共作用于242个靶点,其中有100个与HCC相关,其潜在调控信号通路61条,包括IL-17、TNF、HIF-1等与癌细胞生长和凋亡密切相关的信号通路。结论 小柴胡汤可能通过多成分、多靶点、多途径的方式发挥治疗HCC的作用,为其临床应用提供科学依据,也为经典方剂的防病治病机制研究提供参考思路。     

全基因组DNA甲基化芯片数据批次效应的评价

DNA甲基化芯片已广泛应用于癌症研究。但是有研究表明批次效应对基于高通量数据的研究有很大影响。癌症基因组计划(TCGA)数据库包含大量的不同批次的高通量甲基化数据。通过分析TCGA中7种癌症的数据,发现批次效应在各种类型的癌症数据中都广泛存在,可能会导致错误的生物学分析结论。最后,建议用一个简单的方法来避免批次效应。     

基于TCGA和METABRIC数据分析同源重组修复基因对乳腺癌总生存期的影响

目的 应用公共数据库分析同源重组修复(homologous recombination repair, HRR)基因对乳腺癌总生存的影响。方法 下载整理分析美国癌症基因组数据库(the cancer genome atlas, TCGA)和加拿大与英国合作的乳腺癌国际联盟分子分类数据库(the molecular taxonomy of breast cancer international consortium, METABRIC)乳腺癌HRR基因表达数据和临床数据。应该Cox风险比例回归模型进行单因素和多因素分析,探讨临床病理特征、HRR基因表达情况与总生存(overall survival, OS)的关系,应用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。应用在线分析工具,探索候选目标HRR基因在TCGA数据中,乳腺癌组织与正常乳腺组织的基因表达差异。结果 经过Cox风险比例回归模型的单因素和多因素分析,细胞周期蛋白依赖性激酶12(Cylin Dependent Kinase 12),范尼可贫血补充组Ⅰ(Fancoi Anemia Complementation GroupⅠ, CDK...     

肝细胞癌免疫相关基因和 lncRNA联合预后模型的构建及验证

目的构建肝细胞癌(HCC)免疫相关的基因( IRGs)和 lncRNA(IRlncRNAs)联合预后模型。方法 2022年 6—8月通过 TCGA数据库下载 HCC转录组及临床数据;对转录组中 IRGs进行加权基因共表达网络分析( WGCNA)得到与预后相关的核心基因,对核心基因与转录组中 lncRNA共表达分析得到 IRlncRNAs;单因素 Cox回归筛选生存相关的 IRGs和 IRlncRNAs,LASSO回归构建模型并进行验证;对高低风险病人差异表达的基因进行 GO(基因本体论)和 KEGG(京都基因与基因组百科全书)分析探索影响预后的可能机制。结果构建了由 6个 IRGs及 7个 IRlncRNAs组成的预后风险模型;不同风险病人组织学分级(P =0.001)、临床分期(P=0.005)、 T分期( P=0.010)差异有统计学意义;在训练集、测试集和总样本集中,高风险病人总生存期较低风险病人显著降低(均 P<0.05);模型在预测 HCC病人 1年生存率中表现良好,训练集、测试集和总样本集受试者操作特征(ROC)曲线下面积分别为 0.85、0.81和 0.83;多因素 Cox回归表明评分可独立于其他特征预测病人生存( P<0.001); GO分析显示差异基因主要参与有丝分裂等事件; KEGG分析显示差异基因参与了磷脂酰肌醇 3激酶 -蛋白激酶 B、细胞周期等通路。结论基于 IRGs和 IRlncRNAs构建的 HCC预后模型具有较好的预测价值,可能有助于 HCC的临床决策和管理。     

基于生物信息学及机器学习算法筛选脓毒血症铁死亡相关基因的研究分析

目的利用公共数据库中相关数据联合机器学习算法筛选脓毒血症中铁死亡相关基因, 并分析其作用的理论依据, 为脓毒血症的诊疗提供理论依据。方法从GEO数据库获取脓毒血症患者的样本, 其中GSE185263作为训练数据集分析, GSE154918作为外部验证数据集。先获取铁死亡相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs), 并进行基因本论(gene ontology, GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyotoencyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路分析和疾病本体(disease ontology, DO)富集分析。再运用LASSO回归、SVM-RFE机器学习算法筛选铁死亡相关基因, 并基于获得基因的表达含量, 构建列线图用以预测脓毒血症。最后, 分析正常对照组和脓毒血症组之间的免疫细胞浸润差异。结果共获取87个铁死亡相关的DEGs, GO富集显示生物学过程主要富集在氧化应激、凋亡信号的调控路径、细胞衰老、神经元死亡的调节等方面;细胞组分富集在自噬体、核包膜和二级溶酶体等方面;分子功能富集在...     

基于生物信息学挖掘铁死亡相关基因构建食管癌生存预后模型

目的:构建食管癌铁死亡生存预后模型，探究风险评分对肿瘤免疫微环境影响。方法:GEO数据库与FerrDb数据库筛选铁死亡相关差异基因，功能富集分析确定生物学功能；TCGA-ESCA数据作为验证集，结合表达谱数据和临床数据，由单因素COX回归、多因素COX回归构建食管癌铁死亡预后模型；计算预后模型1、3、5年的曲线下面积(AUC);评估风险评分对肿瘤免疫微环境影响；结合临床指标，建立铁死亡预后Nomogram列线图，预测总生存期。结果:铁死亡相关差异基因参与免疫调节信号通路，单因素COX回归分析，多因素COX回归筛选3个独立预后因子；预后模型1、3、5年依赖ROC曲线下面积(AUC)为0.61、0.67、0.63;在免疫调节方面，高风险组患者表现出更明显免疫抑制状态；Nomogram列线图的C-index为0.744,而风险评分对模型贡献最大。结论:铁死亡信号途径参与食管癌免疫微环境调节，风险评分影响ESCA中细胞比例及免疫治疗效果，改变患者生存预后，可为食管癌免疫治疗个性化用药提供参考。     

STAT4基因在乳腺癌中的表达意义及丹参酮ⅡA的干预

目的:整理挖掘TCGA(the Cancer Genome Atlas)和GEO(gene expression omnibus)数据库中乳腺癌基因表达数据集的相关数据,分析STAT4基因在乳腺癌中的表达及临床意义,探讨丹参酮ⅡA对乳腺癌细胞中STAT4基因的干预效果。方法:下载TCGA数据库中的乳腺癌数据集(TCGA Breast Cancer(BRCA))和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酮ⅡA干预乳腺癌的数据集(GSE42586、GSE85871),对所获取的数据资料进行整理并作统计分析,通过免疫印迹实验和分子对接对数据分析结果进行验证。结果:对TCGA和GEO数据库中所有关于乳腺癌和正常组织乳腺的STAT4基因表达数据进行统计分析,结果发现乳腺癌组织中STAT4基因的表达明显低于正常乳腺组织,差异有统计学意义(P<0.05)。通过生存分析发现高表达STAT4基因的乳腺癌患者无病生存期明显好于低表达者,高表达患者的预后更好(P<0.05)。GSE85871数据集中有关丹参酮ⅡA作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达数据表明丹参酮ⅡA可以上调MCF7细胞STAT4基因的表达水平(P<0.05),免疫印迹实验也证实经丹参酮ⅡA干预后MCF7细胞中STAT4蛋白含量增加,分子对接结果表明丹参酮ⅡA和STAT4蛋白能够形成稳定的结合构象。结论:STAT4基因在乳腺癌中表达较正常乳腺组织中偏低,且与乳腺癌患者的预后密切相关。丹参酮ⅡA能够上调MCF7细胞STAT4的基因和蛋白表达水平,该基因可能是丹参酮ⅡA干预乳腺癌的靶点之一。     

乙型肝炎感染后相关疾病-肝硬化和原发性肝癌患者铁代谢的临床观察

目的探讨乙型肝炎后肝硬化(LC)和原发性肝癌(HCC)患者血清中铁(Fe)、血清不饱和铁结合力(UIBC)、总铁结合力(TIBC)和转铁蛋白饱和度(TS)的变化。方法用Ferene法和红菲绕啉直接法检测62例LC和HCC患者血清中Fe、UIBC、TIBC水平,并计算TS。结果 LC患者的Fe和TS较HCC患者明显升高(P<0.05),肝癌组UIBC明显升高(P<0.05),但两组间TIBC无显著差异。结论肝硬化患者存在铁超载,肝癌患者较之肝硬化患者血铁含量明显减少,应对肝硬化阶段的铁超载给予干预。     

LINC01836是一种新的结直肠癌诊断和预后的生物标志物

目的:探索LINC01836和结直肠癌之间的关系。方法:通过癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库进行回顾性研究。在TCGA数据库下载2020年4月7日发布的V23.0版本的结直肠癌患者基因表达谱数据,通过Wilcoxon秩和检验、卡方检验、Fisher检验和logistic回...     

基于网络药理学和数据挖掘探讨中药调控铁死亡干预肝硬化的用药规律研究

目的：运用网络药理学和数据挖掘技术,探索中药调控铁死亡干预肝硬化的用药规律,为肝硬化铁死亡的相关研究提供参考。方法：利用GeneCards、GeneCLiP3和FerrDb数据库获取铁死亡的强相关靶点,通过GeneCards和DisGeNET数据库获取肝硬化疾病靶点,两者映射得到肝硬化铁死亡的相关靶点;对潜在靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,选取Degree值≥2倍中位数的靶点(潜在靶点)通过中药系统药理学数据库与分析平台获取相关化合物和中药,利用R语言对潜在靶点进行相关机制分析;利用Cytoscape 3.7.2软件构建潜在靶点PPI网络图、靶点-化合物网络图、靶点-化合物-中药网络图;利用分子对接验证靶点与化合物以及中药核心成分的结合活性;借助中医传承辅助平台分析候选中药的性味归经及功效。结果：共得到肝硬化铁死亡相关靶点225个,Degree值≥36的肝硬化铁死亡的潜在靶点有47个,筛选得到146个化合物和284味中药,靶点与化合物及中药的核心成分结合较稳定,候选中药以寒性、苦味、入肝经、清热类、补虚类及活血化瘀类为主。结论：本研究从肝硬化和铁死亡的靶点出发,挖掘调控铁...     

非小细胞肺癌患者血清LncRNA FAM138B、miR-105-5p表达与病理特征的关系

目的 探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者血清长链非编码RNA序列相似性家族138成员B(LncRNA FAM138B)、微小RNA-105-5p(miR-105-5p)表达与病理特征的预后的关系。方法 选取2018年1月至2019年12月收治的110例NSCLC患者为NSCLC组,另选取同期60例体检健康者为对照组,采用实时荧光定量聚合酶链式反应检测血清LncRNA FAM138B、miR-105-5p表达。分析血清LncRNA FAM138B、miR-105-5p表达与NSCLC患者病理特征的关系。StarBase数据库预测LncRNA FAM138B与miR-105-5p的关系。采用Pearson相关性分析NSCLC患者血清LncRNA FAM138B与miR-105-5p表达的相关性,多因素Cox回归分析NSCLC患者预后影响因素,受试者工作特征(ROC)曲线分析血清LncRNA FAM138B、miR-105-5p表达对NSCLC患者预后的预测价值。结果 与对照组比较,NSCLC组血清LncRNA FAM138B表达降低,miR-105-5p表达升高(P<0.05)。经S...     

基于坏死性凋亡相关长链非编码RNA构建肝细胞癌预后模型及药物治疗反应分析

目的 使用坏死性凋亡相关长链非编码RNA(NRLs)构建肝细胞癌（HCC）预后模型并分析不同风险组间药物敏感性差异,为HCC病人预后预测和临床个体化治疗提供理论依据。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载HCC病人的RNA测序数据和临床信息。采用共表达网络分析鉴定NRLs。使用单变量Cox回归和LASSO-Cox回归构建预后模型,并在测试集和整个集合中进行验证。运用生存分析、受试者操作特征（ROC）曲线、临床病理分层相关性分析、多变量Cox回归、列线图和校准曲线来评估预后模型。随后,采用基因集富集分析（GSEA）不同风险群体间生物过程和功能的差异。使用单样本基因集富集分析（ssGSEA）来探讨不同风险群体与肿瘤免疫、浸润之间的关系,并采用Pearson相关分析HCC病人预后特征与免疫检查点表达的相关性。最后,使用药物敏感性分析20种化疗药物在不同风险群体中的IC50值。结果 构建了由4个NRLs(ZFPM2-AS1、MKLN1-AS、LINC01116、AP003390.1)组成的风险评分（NRLs risk-Score）预后特征,并根据风险评分中位值将病人划分为高风险组和低风...     

基于生物信息学方法探究白癜风铁死亡相关发病机制和潜在治疗药物筛选

目的 通过生物信息学方法 分析白癜风疾病中铁死亡基因及相关发病机制,并筛选通过铁死亡相关途径治疗白癜风的潜在药物。方法 从FerrDB数据库获取铁死亡基因,通过R分析数据集GSE53146中差异表达基因,随后二者取交集。通过SVM-REF算法和LASSO回归构建机器学习模型预测白癜风铁死亡关键基因并通过数据集GSE75819进行基因表达验证。GSE203262单细胞数据进行细胞聚类分析,发现与关键基因高度相关且参与白癜风发病的关键细胞群,随后通过HPA数据库对基因表达细胞进行验证。利用cAMP数据库筛选关键基因相关小分子药物,利用分子对接技术验证小分子化合物与基因结合的能力。最后进行单基因免疫细胞相关性分析及GSEA-KEGG分析探讨小分子药物治疗白癜风的相关免疫机制。结果 获得458个铁死亡基因和706个差异表达基因,二者交集基因23个。机器学习预测模型筛选出RRM2、LCN2、OTUB1、SNCA、CTSB、WWTR1作为关键基因。外部数据集验证、单细胞聚类和HPA数据均提示关键基因中OTUB1、CTSB和LCN2主要在角质形成细胞、黑素细胞和朗格汉斯细胞等重要皮肤细胞中表达。通过...     

长链非编码RNA OTUD6B-AS1、微RNA-365a-3p在肝癌中表达与临床病理特征及预后的关系

目的 探究血清及肝癌组织中长链非编码RNA(LncRNA)人去泛素化酶含有卵巢肿瘤结构域的6B反义RNA1(OTUD6B-AS1)、微RNA-365a-3p(miR-365a-3p)的表达水平与肝癌病人临床病理特征及预后的关系。方法 纳入2015年3月至2017年3月海南医学院第一附属医院收治的肝癌病人86例(肝癌病人组),同时募集同期体检的健康志愿者86例(健康对照组),收集所有研究对象的临床资料。采用qRT-PCR法检测血清及肝癌组织中LncRNA OTUD6B-AS1、miR-365a-3p表达;Starbase数据库预测LncRNA OTUD6B-AS1与miR-365a-3p之间的关系;使用Pearson分析血清中LncRNA OTUD6B-AS1与miR-365a-3p表达的相关性;绘制Kaplan-Meier生存曲线分析血清中LncRNA OTUD6B-AS1、miR-365a-3p表达与病人5年生存率之间的关系;Cox回归分析肝癌病人预后的影响因素。结果 与健康对照组比较,肝癌病人组血清中LncRNA OTUD6B-AS1高表达(1.59±0.41比1.02±0.32)...     

KPNA2基因在结直肠癌中的表达与患者预后关系的生物信息学分析

目的 探讨核转运蛋白(Karyopherinα2,KPNA2)基因mRNA在人结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中的表达、生物学功能、相关信号通路以及和患者预后的相关性.方法 癌症基因组图谱数据库(TCGA)分析KPNA2基因在CRC患者癌组织和正常肠上皮中的差异表达.STRING数据库构建KPNA...