基于网络药理学和分子对接技术的金卷升板胶囊治疗血小板减少症作用机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9. 1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;利用Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果 共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体（AGE-RAGE）信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论 金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于网络药理学的枳术宽中胶囊治疗功能性消化不良的作用机制研究

摘要：目的:基于网络药理学筛选枳术宽中胶囊药效物质基础及治疗功能性消化不良潜在作用靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索枳术宽中胶囊的主要活性化合物及其相关作用靶点,构建药物-化合物-靶点网络图。通过OMIM数据库和Gene Cards数据库筛选功能性消化不良相关靶点。筛选药物和疾病的交集基因构建靶标蛋白互作蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组合百科全书（KEGG）通路注释分析。结果:根据筛选条件得到枳术宽中胶囊中的48个活性成分和219个相关蛋白靶点。PPI核心网络包含153个蛋白,关键蛋白涉及AKT1、IL-6、MAPK8、MAPK1等。GO功能富集分析得到613个条目,KEGG通路富集筛选得到114条通路与功能性消化不良相关,涉及癌症信号通路、乙型肝炎通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:枳术宽中胶囊中的活性化合物能通过多靶点、多通路治疗功能性消化不良。     

基于网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用机制

目的通过网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌(NPC)的作用靶点及分子机制。方法利用Swiss Target Prediction数据库获取知母皂苷A-Ⅲ作用靶点,通过GeneCards数据库检索NPC相关疾病靶点,将其与知母皂苷A-Ⅲ作用靶点映射,使用Cytoscape 3.6.1软件构建知母皂苷A-Ⅲ-鼻咽癌疾病靶点网络图,并运用DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果获得知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的潜在靶点31个,化合物-关键靶点-通路网络图显示关键靶点主要包括PRKCA、IGF1R、VEGFA和KDR等。GO功能富集分析获得分子功能条目13个、生物过程条目55个和细胞组成条目10个,KEGG通路富集得到20条相关通路,涉及蛋白多糖通路、癌症信号通路和PI3K-Akt信号通路等信号通路。结论基于网络药理学多靶点、多通路的整体作用特点,预测了知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用靶点和潜在作用机制,以期为下一步实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨四季青有效成分作用机制

目的:通过网络药理学研究四季青有效成分作用机制。方法:通过TCMSP筛选四季青有效成分及作用靶点,将靶点转化为基因名。用String数据库和Cytoscape3.5.1软件筛选四季青有效成分对应的关键靶点。在DAVID数据库中,对四季青的关键靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析,并构建四季青有效成分-关键靶点-通路网络图。结果:筛选出四季青有效成分6个。通过Degree值排名前20靶点,在GO生物富集分析中,涉及28个生物学过程,5个细胞组分,6个分子功能;KEGG通路分析中,涉及23条通路,主要涉及相关信号通路,细菌病毒感染通路,细胞凋亡通路等。结论:通过网络药理学对四季青有效成分、关键靶点及通路等进行研究,从而探其发挥作用的物质基础及机制。     

基于网络药理学的附子-干姜抗心肌缺血损伤的分子机制

目的运用网络药理学对附子-干姜抗心肌缺血作用机制进行预测分析。方法采用TCMSP数据库的方法收集附子-干姜的活性化合物,并预测活性化合物的靶点,同时应用DisGeNET和CTD数据库收集抗心肌缺血损伤药物作用靶点,然后将两者进行比对分析,筛选出附子-干姜抗心肌缺血的作用靶点,分别利用MAS 3.0和Cytoscape 3.3.0软件对筛选出的靶点进行GO富集、KEGG分析和附子-干姜药物分子-靶点-通路网络图构建。结果共预测出27个附子-干姜抗心肌缺血的共同作用靶点和63条信号通路。结论附子-干姜主要通过调控钙信号转导、细胞凋亡及MAPK信号通路,还可以通过Toll样受体、Fc epsilon RI等信号通路发挥作用,因此推测其可能通过参与调节细胞凋亡、控制炎症反应和增强心肌功能等发挥抗心肌缺血作用,并通过实验证实了附子-干姜对于缺血缺氧的心肌细胞有一定的恢复作用,但其机制有待进一步研究。     

基于网络药理学和生物信息学探究桑叶-桑寄生治疗糖尿病肾病的机制

目的：运用网络药理学和生物信息学探讨桑叶-桑寄生治疗糖尿病肾病(DN)的潜在机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台、GeneCards等数据库获取桑叶-桑寄生的成分及DN的基因,从GEO数据库筛选DN与健康人差异基因,利用Cytoscape、R语言等将共同基因、差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将两者KEGG的结果取交集,利用分子对接方法加以验证。结果：桑叶-桑寄生的有效成分有31种,对应204个基因,DN相关基因3 566个,共同基因139个。GSE142153数据集符合条件,获得113个差异基因。KEGG通路富集分析结果显示,主要涉及的通路为糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。分子对接结果显示,山柰酚、槲皮素与环氧合酶2、蛋白激酶B和半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶等具有良好的结合活性。结论：桑叶-桑寄生可通过多靶点、多通路的复杂机制发挥抗炎、维持足细胞稳态等作用来治疗糖尿病肾病。     

基于UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS技术和网络药理学探讨蒲公英改善高脂血症的活性成分及其作用机制

目的 基于超高效液相色谱-线性离子阱串联静电场轨道高分辨质谱（UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS）技术、网络药理学和分子对接探究蒲公英改善高脂血症的有效成分及其作用机制。方法 根据质谱信息结合对照品裂解规律并参考文献指认蒲公英中化学成分；利用STITCH、SwissTargetPredection、TCMSP数据库构建蒲公英的潜在药效成分靶点数据库，通过GeneCards、DrugBank、OMIM、TherapeuticTargetDatabase、PharmGKB获取血脂异常潜在靶点；使用STRING数据库构建关键靶点蛋白相互作用（PPI）网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析；借助Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-通路"网络；采用分子对接技术进行虚拟验证。结果 从蒲公英中共鉴别出126个化合物，包括黄酮类58个，有机酸类29个，萜类23个，苯丙素8个，核苷类3个和其他类5个。网络药理学研究表明，蒲公英可能通过槲皮素、异鼠李素、香叶木素、白杨素、芹菜素等成分作用于碳酸酐酶2（CA2）、碳酸酐酶7（CA7）、醛糖还原酶（AKR1B1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、蛋白激酶1（Akt1）等核心靶点，来调节脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、流体剪切应力和动脉粥样硬化和晚期糖基化终末产物（AGE）/AGEs受体（RAGE）等信号通路，从而发挥调血脂作用；分子对接验证结果表明，蒲公英改善高脂血症有效成分与疾病靶点蛋白具有较强的结合活性。结论 蒲公英可能通过调控脂质代谢、炎症反应、内质网应激、氧化应激和免疫调节等多方面发挥改善高脂血症的作用。     

健脾消脂方异病同治2型糖尿病合并脂代谢紊乱的网络药理学机制分析

目的 探讨健脾消脂方异病同治2型糖尿病（T2DM）合并脂代谢紊乱潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）获得健脾消脂方中主要的活性成分及其潜在靶蛋白。利用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选出与T2DM、脂代谢紊乱相关的疾病靶点,并通过Cytoscape3.7.0软件构建“成分-靶点-基因-疾病”网络图;将T2DM、脂代谢紊乱的共同靶点导入STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络图,并将PPI分析数据导入Cytoscape3.7.0软件中,筛选出健脾消脂方异病同治T2DM合并脂代谢紊乱的核心靶点,并构建核心靶点网络图。在DAVID数据库中进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果 检索到健脾消脂方71种药物活性成分,262个有效靶点,2型糖尿病相关靶点2 078个、脂代谢紊乱相关靶点1 467个,药物与疾病的共同靶点133个。GO与KEGG分析表明健脾消脂方治疗T2DM合并脂代谢紊乱主要涉及晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的可能机制。方法 利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索黄芪的主要化学成分及靶点,并补充文献报道相关药理作用的成分作为潜在活性成分。以"peritoneal fibrosis"为关键词分别在OMIM、Genecards获取目前已知的与腹膜纤维化相关的疾病靶点,后取两者的交集靶点;对交集基因通过STRING数据库与Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络及蛋白互作(PPI)网络并筛选核心网络。基于R软件使用Bioconductor生物信息软件对核心靶点进行GO及KEGG富集分析,最终采用AutoDock软件将主要有效成分与核心靶点进行分子对接,得出其结合能力。结果 筛选出20个黄芪活性成分及文献报道有相关药理作用4个, 457药物作用靶点,与674个腹膜纤维化病靶点取交集,得到86个共同靶点。GO功能富集分析提示黄芪拮抗腹膜纤维化主要参与了蛋白激酶B信号转导的调节、细胞对化学的应激反应、炎症反应的调节等通路; KEGG通路富集分析主要涉及调控肿瘤、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、人类巨细胞病毒感染、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示关键靶点与活性成分具有较好的结合能力。结论 黄芪治疗腹膜纤维化的分子机制,可能与抑制炎症及氧化应激反应、调节多种信号通路等相关。     

基于网络药理学对鳖甲煎丸治疗肝癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学研究鳖甲煎丸治疗肝癌的作用机制。方法 运用TCMSP、TCMID数据库预测鳖甲煎丸有效成分及其靶点,利用GEO数据库检索肝癌差异基因,并进行匹配。将共同靶点导入Cytoscape构建药物～成分～疾病～靶点网络并进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果 研究共筛选出鳖甲煎丸84个有效成分,作用于44个差异基因,其抗肝癌作用可能涉及NF～κB信号通路、TNF信号通路、IL17等信号通路。结论 鳖甲煎丸是通过“多药物、多成分、多靶点,多途径”协同发挥抗肝癌作用的。     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨川芎治疗紧张型头痛潜在分子机制

目的基于网络药理学探讨川芎治疗紧张型头痛的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法从TCMSP中检索出川芎中的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集紧张型头痛相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络,利用String数据库构建蛋白互作网络;通过R语言进行GO功能与KEGG通路富集分析。最后利用分子对接初步验证。结果最终获得7个有效成分,105个药物靶点,2 139个疾病靶点。蛋白互作网络共54个节点。GO功能富集分析得到215个条目,KEGG通路富集分析得到68条信号通路。分子对接显示FA、洋川芎醌、谷甾醇、川芎哚等成分与CASP3、MAPK1、MAPK14等靶点有较强亲和能力。结论川芎可能通过抗炎、抗氧化及细胞保护作用对紧张型头痛发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

基于网络药理学探讨脑心通胶囊治疗冠心病的作用机制

摘要：目的:研究脑心通胶囊治疗冠心病的活性成分、作用靶点及通路,并探讨可能的分子作用机制。方法:基于网络药理学的研究策略,根据文献中的高分辨质谱数据收集脑心通胶囊的化学成分并进行ADME（包括药物吸收、分布、代谢、排泄）分析;利用TCMSP、STITCH、Binding DB数据库获取脑心通胶囊候选活性成分的靶点;采用TTD、Drug Bank、PharmGKB、MalaCards、CTD数据库收集冠心病相关的靶点,与成分靶点比对筛选脑心通胶囊治疗冠心病的潜在作用靶点;采用Cytoscape软件构建"活性成分-潜在靶点"网络并分析关键活性成分和关键靶点;利用R软件的cluster Profiler包对潜在靶点进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果:通过筛选共获得82个脑心通胶囊的候选活性成分,对应560个作用靶点,与199个冠心病相关靶点进行对比筛选出62个交集靶点,作为脑心通胶囊治疗冠心病的潜在作用靶点。通过构建"活性成分-潜在靶点"网络获得26个关键活性成分和15个关键靶点。GO功能注释和KEGG通路分析的结果表明,脑心通胶囊治疗冠心病主要涉及了动脉粥样硬化、血小板激活、血液循环、类固醇代谢以及晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-17（IL-17）、低氧诱导因子-1（HIF-1）、C型凝集素受体、血管内皮生长因子（VEGF）等信号通路。结论:脑心通胶囊中的槲皮素、染料木素、山奈酚、芹菜素、芦丁等活性成分,主要作用于前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、前列腺素G/H合成酶1（PTGS1）、凝血因子2（F2）、肾上腺素能受体β2（ADRB2）、雌激素受体α（ESR1）、一氧化氮合酶3（NOS3）等靶点,通过抗血小板聚集、抑制炎症反应、抗心肌缺血等途径发挥治疗冠心病的作用。本研究揭示了脑心通胶囊通过多成分-多靶点-多途径治疗冠心病的作用特点,为其临床应用及深入研究其药理作用机制提供重要的理论参考。     

基于网络药理学的急支糖浆治疗咳嗽的作用机制研究及实验验证

目的 运用网络药理学的方法挖掘中药复方急支糖浆治疗咳嗽的有效成分、关键靶点以及潜在作用通路。方法 分别利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Genecards数据库筛选急支糖浆的活性成分作用靶点和咳嗽的疾病靶点,两者靶点取交集后利用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,拓扑分析获取关键靶点和成分。通过David数据库进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。通过分子对接技术进一步佐证网络药理学结果的可靠性,通过小鼠咳嗽模型进行实验验证。结果 急支糖浆中共筛选出活性成分163种,可干预咳嗽相关靶点154个,GO富集586个,KEGG通路119条。其中,槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等可能为急支糖浆治疗咳嗽的关键成分,CXCL8、MAPK8、STAT3、TNF等为潜在靶点,GO富集分析的生物功能涉及到细胞增殖、血管生成、炎症反应等,KEGG通路富集分析涉及到TNF、PI3K-Akt、FoxO、HIF-1等信号通路。超过90%的分子对接结果均具有一定的结合活性。使用流式细胞术、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、酶联免疫吸附（ELISA）的方法验证了急支糖浆对咳嗽小鼠淋巴细胞分化、炎症因子和部分关键靶点表达的影响。结论 急支糖浆治疗咳嗽的作用机制是通过多种活性成分作用于多靶点、多通路产生了调控炎症过程、调节免疫功能、促进细胞增殖、修复受损机体等综合效果,该结果为进一步研究急支糖浆有效成分和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学及分子对接探究吴氏侗药烧伤油治疗烧烫伤的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨吴氏侗药烧伤油治疗烧烫伤的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中检索吴氏侗药烧烫伤油的相关活性成分和作用靶点,使用人类孟德尔遗传病数据库（MOIM）、人类基因综合分析数据库（GeneCards）数据库查找与烧烫伤相关的靶点,利用String、DAVID、Metascape数据库和Cytoscape3.9.0软件对治疗烧烫伤的共同靶点构建蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）,并对潜在靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,最后采用SYBYL-X2.0进行分子对接验证。结果:筛选出吴氏侗药烧烫伤油治疗烧烫伤共涉及141个有效成分和160个共同靶点;GO功能富集提示治疗烧烫伤的生物学过程主要与药物反应、凋亡过程的负调控、凋亡过程、对脂多糖的反应、老化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、积极调控一氧化氮生物合成过程等有关;KEGG通路分析主要涉及癌症通路、乙型肝炎、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物（AG）E-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、癌症中的蛋白多糖等通路信息;分子对接验证结果显示吴氏侗药烧伤油能与“成分-疾病-靶点网络”中自由度排名前3个靶点丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、TNF、白细胞介素6（IL-6）具有较好的亲和性。结论:通过网络药理学证实了吴氏侗药烧烫伤油多途径、多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了吴氏侗药烧烫伤油治疗烧烫伤可能具有的作用机制,为其之后进行药物活性成分研究验证奠定理论基础。     

基于网络药理学研究琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用机制

摘要：目的:应用网络药理学研究琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用靶点、活性成分、信号通路等,从而探讨琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库及文献检索对琥珀散中10味中药主要化学成分进行筛选。采用Pubchem、HIT、SwissTargetPrediction、SEA数据库,对筛选出的化合物进行靶点预测。用DisGeNET、Drugbank、TTD、GSE6364、GSE7305数据库,对子宫内膜异位症进行靶点预测。将药物靶点与疾病靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。运用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络模型;用Cytoscape 3.7.2软件分别绘制中药-成分网络、成分-靶点网络,进一步筛选核心网络,进行拓扑分析;利用生物信息注释数据库（DAVID）进行基因本体（GO）功能注释富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Cytoscape软件构建琥珀散"有效成分-药物靶点-疾病靶点-信号通路"拓扑网络,确认可能的关键靶点和主要通路。结果:从琥珀散中筛选出190个化合物成分,与子宫内膜异位症关联最强的11个核心靶点;同时筛选出与琥珀散关键成分相关的主要信号通路7条;在此基础上构建了琥珀散的成分-靶点、成分-子宫内膜异位症靶点及相关信号通路的共同表达网络,发现琥珀散可能通过抗黏附、侵袭、种植等多靶点、多途径发挥对子宫内膜异位症的治疗作用。结论:从多角度探索了琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用机制,揭示了琥珀散的药理作用,为其后续的实验研究及临床疗效指标的筛选提供了方向。     

橘红痰咳液联合复方甲氧那明治疗感染后咳嗽的疗效观察

目的 运用网络药理学研究芍药甘草汤治疗乙型病毒性肝炎所致肝损伤的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取芍药甘草汤的化合物及靶点,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶点输入Uniprot获取靶点对应的基因Symbol;从TTD、OMIM等数据库获取乙型病毒性肝炎的相关靶点并筛选出与芍药甘草汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.8.0软件绘制活性成分-靶点、疾病-中药-化合物-交集靶点（基因）网络图;运用String构建蛋白相互作用网络,再用R语言的Bioconductor安装包,进行GO富集及KEGG通路富集分析,并联合主要化合物、交集基因与通路分析结果,绘制成分-靶点-通路网络图;用Vina软件对筛选出来的结果进行分子对接。结果 筛选得到芍药甘草汤有效成分105种、有效成分靶点214个;筛选得到乙型病毒性肝炎疾病靶点5 984个,药物-疾病交集基因198个;经蛋白互作网络及拓扑结构分析得到21个核心靶点,121条相互作用关系;槲皮素、山柰酚、柚皮素等为芍药甘草汤的主要活性成分,PPARA、RB1、TP53、MAPK3、AKT1、STAT3、JUN等为主要作用靶点。GO富集分析显示靶点所在的细胞组分主要为薄膜筏、膜微域、膜区域;生物学过程主要富集在有对金属离子的响应、对脂多糖的反应;分子功能主要为核受体活性、转录因子活性。KEGG富集发现膜区由糖基化终末产物介导的AGE-RAGE通路、乙型肝炎通路等为主要通路。进一步筛选核心靶点及化合物成分进行分子对接显示MAPK3、AKT1、STAT3、JUN作为核心靶点可与槲皮素、山柰酚、柚皮素稳定对接。结论 通过网络药理学及分子对接的方法,找到了芍药甘草汤治疗慢性乙型病毒性肝炎肝损伤可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的关键通路。     

双丹颗粒联合瑞舒伐他汀治疗冠心病心绞痛的临床研究

目的 采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中发挥的作用。方法 基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用Swiss Target Prediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个（P<0.05）,其中包括生物过程（BP）条目325个、细胞组成（CC）条目44个、分子功能（MF）条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示异绿原酸B（3,4-dicaffeoylquinic acid）和异绿原酸C（4,5-dicaffeoylquinic acid）与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论 款冬花中主要化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。