基于荧光重组酶介导等温扩增技术的利什曼原虫核酸检测方法的建立

目的　建立一种基于荧光重组酶介导等温扩增（recombinase⁃aided isothermal amplification, RAA）技术的检测利什曼原虫核酸的方法。方法　针对利什曼原虫内转录间隔基因序列1（ITS1）基因设计用于RAA检测的特异性引物和探针,通过引物配对筛选、引物和探针浓度优化,建立检测利什曼原虫核酸的荧光RAA法。分别以构建的含利什曼原虫ITS1基因序列的不同拷贝数重组质粒和不同浓度利什曼原虫基因组DNA为模板进行RAA扩增,评估其检测灵敏度;以田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫、杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫等其他经输血传播的寄生虫基因组DNA为模板进行RAA扩增,评价其检测特异度。结果　从9对引物组合中筛选出1对最佳引物对后,引物和探针终浓度经优化分别确定为0.3 μmol/L和0.08 μmol/L。所建立的荧光RAA法在39 ℃等温条件下20 min内可完成样本核酸检测。采用建立的RAA法对田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫、杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫等8种寄生虫基因组DNA进行检测,杜氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫基因组DNA在5 min内即出现明显荧光信号,与田鼠巴贝西虫、刚地弓形虫、间日疟原虫、卵形疟原虫、恶性疟原虫、三日疟原虫无交叉反应。以含利什曼原虫ITS1基因序列的重组质粒为模板,荧光RAA法最低检测限为10 拷贝/μL;以利什曼原虫基因组DNA为模板,荧光RAA法最低检测限为1 fg/μL。结论　成功建立了一种基于荧光RAA法的利什曼原虫核酸检测技术,该方法反应快速、操作简便、灵敏度和特异度均较高,可用于利什曼原虫病流行区现场筛查。     

纳米磁分离法结合实时荧光定量PCR检测恶性疟原虫的研究

目的 目的 建立恶性疟原虫纳米磁分离实时荧光定量PCR检测方法, 快速准确地检测恶性疟原虫, 为输入性恶性疟 防控提供技术支持。方法 方法 根据恶性疟原虫基因组18S rRNA保守区序列, 设计并合成引物和探针; 构建质粒标准品, 拟 合标准曲线, 采用纳米磁分离法提取核酸, 建立恶性疟原虫纳米磁分离实时荧光定量PCR检测法, 并进行该方法的灵敏 度和特异性评价。结果 结果 与常规法 （镜检法和快检法） 相比, 该方法检测恶性疟原虫更加灵敏, 并具有良好的特异性, 在 （2.5×101 ~ 2.9×108 ）copies/ml拷贝数范围内循环阈值 （Ct值） 与质粒标准品拷贝数的对数值之间存在良好的线性关系 （R2 = 0.999）; 应用该方法从非洲维和部队13名归国人员中检出1例低水平恶性疟原虫感染者, 而常规法 （镜检法和快检 法） 未检出。结论 结论 该方法能够快速准确地检测恶性疟原虫, 在口岸低密度恶性疟原虫感染者的检测中具有很大的应用 价值。     

荧光定量PCR用于按蚊体内疟原虫子孢子检测的研究

目的 建立一种用于按蚊体内疟原虫子孢子定量检测和虫种鉴别的荧光定量PCR方法。方法 采用针对4种人体疟原虫18S rRNA基因属特异性保守区的1对引物, 以疟原虫18S rRNA基因重组质粒与按蚊DNA的混合物为模板, 进行反应体系和反应条件优化, 验证方法的特异性, 并通过熔解曲线分析进行虫种鉴别。应用阴性按蚊DNA稀释的间日疟原虫18S rRNA基因重组质粒为模板制作标准曲线, 并分别以质粒DNA和实验室子孢子感染阳性的按蚊DNA为模板分析建立的荧光定量PCR方法的敏感性。在反应体系中加入不同部位、 不同用量按蚊DNA, 以探讨按蚊DNA对检测效果的影响。结果 该方法对按蚊、 人血DNA均无扩增, 对4种疟原虫DNA均有特异性扩增且扩增产物的熔解温度 （Tm） 易于区分, 三日疟原虫、 恶性疟原虫、 卵形疟原虫和间日疟原虫的Tm值分别为71.0、 72.7、 73.9 ℃和75.9 ℃。标准曲线中循环阈值（Ct值） 与模板浓度具有良好的相关性 （相关系数r = -0.99）。最低可以检出含50拷贝的质粒DNA或32倍稀释的子孢子阳性按蚊DNA样本。按蚊DNA对荧光定量PCR反应具有抑制作用。荧光定量PCR的Ct值在实验内和实验间均具有良好的重现性。结论 新建立的SYBR Green I染料荧光定量PCR方法具有较高的敏感性和特异性, 可用于按蚊体内疟原虫子孢子的检测, 并可同时对4种人体疟原虫进行鉴别。     

SYBR GreenⅠ染料法定量PCR用于人体疟原虫定量检测及虫种鉴别的研究

目的建立一种可用于疟原虫检测并同时鉴别虫种的荧光定量PCR方法。方法根据人体疟原虫18SrRNA基因序列特征,在疟原虫种特异性区域两侧的属特异性保守区设计引物,对4种人体疟原虫进行PCR扩增,将得到的扩增产物采用TA克隆法插入pGEMT载体制备标准质粒,用于制备标准曲线进行定量分析,并进行熔解曲线分析,测定各虫种扩增产物的熔解温度。结果 4种人体疟原虫均能扩增得到特异性片断,荧光定量PCR方法中建立的标准曲线相关关系较好（相关系数r=-1.00）,熔解曲线分析结果显示,4种人体疟原虫的熔解温度相差较大,分别为三日疟原虫71.3℃、恶性疟原虫72.8℃、卵形疟原虫74.6℃和间日疟原虫75.8℃。结论建立的SYBR GreenI染料法荧光定量PCR技术可同时进行人体疟原虫的定量检测和虫种鉴别。     

SYBRGreenⅠ染料法定量PCR用于人体疟原虫定量检测及虫种鉴别的研究

目的 建立一种可用于疟原虫检测并同时鉴别虫种的荧光定量PCR方法.方法 根据人体疟原虫18SrRNA基因序列特征,在疟原虫种特异性区域两侧的属特异性保守区设计引物,对4种人体疟原虫进行PCR扩增,将得到的扩增产物采用TA克隆法插入pGEM-T载体制备标准质粒,用于制备标准曲线进行定量分析,并进行熔解曲线分析,测定各虫种扩增产物的熔解温度.结果 4种人体疟原虫均能扩增得到特异性片断,荧光定量PCR方法中建立的标准曲线相关关系较好(相关系数r =-1.00),熔解曲线分析结果显示,4种人体疟原虫的熔解温度相差较大,分别为三日疟原虫71.3℃、恶性疟原虫72.8℃、卵形疟原虫74.6℃和间日疟原虫75.8℃.结论 建立的SYBR Green Ⅰ染料法荧光定量PCR技术可同时进行人体疟原虫的定量检测和虫种鉴别.     

荧光重组酶聚合酶扩增/CRISPR-Cas12a快速检测恶性疟原虫方法的建立与初步评价

目的 建立一种基于重组酶聚合酶扩增(recombinase-aided amplification,RAA)和CRISPR-Cas12a系统的荧光快速检测恶性疟原虫方法,并对其检测效能进行初步评价。方法 选择恶性疟原虫18S核糖体RNA(rRNA)基因为靶序列,设计和合成3组RAA引物及CRISPR来源RNA(crRNA),选择最佳组合并优化反应条件,建立荧光RAA/CRISPRCas12a检测方法。构建包括靶标区的恶性疟原虫3D7株18S rRNA基因质粒,将质粒浓度分别稀释成1 000、100、10、1拷贝数/μL进行荧光RAA/CRISPR-Cas12a反应,评价荧光RAA/CRISPR-Cas12a法检测敏感度;分别以间日疟原虫、三日疟原虫、卵形疟原虫、乙型肝炎病毒、人类免疫缺陷病毒、梅毒螺旋体基因组DNA为模板,进行荧光RAA/CRISPR-Cas12a反应,评价荧光RAA/CRISPR-Cas12a法检测特异度。分别采用荧光RAA/CRISPR-Cas12a法和巢式PCR法对50份疟疾临床样本进行检测,比较两种方法检测一致性。体外培养恶性疟原虫3D7株,经培养后获得的培养物...     

荧光定量聚合酶链反应检测输血传播病毒方法的建立及应用

[目的]建立输血传播病毒(transfusion transmitted virus,TTV)荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测方法,为快速、准确地定量检测TTV奠定基础.[方法]根据TTV ORF2区基因序列,设计并合成引物和荧光标记探针.将PCR扩增的TTV的ORF2区基因片段克隆入载体,重组质粒经筛选、鉴定后,作为阳性模板,用于标准曲线的制定和样品检测.[结果]应用重组质粒制作的定量曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系.与定量对照曲线比较计算,10例TTV标本中TTV拷贝数为3.8×105～8.9×1O8拷贝/μl.[结论]检测TTV的FQ-PCR方法较常规PCR技术更为简便、快速、准确,有很好的应用前景和研究价值.     

间日疟原虫荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立

目的　建立间日疟原虫荧光定量聚合酶链式反应 (FQ -PCR)检测方法 ,为快速、准确定量检测间日疟原虫奠定基础。方法　根据间日疟原虫SSURNA基因序列 ,设计并合成引物和荧光标记探针 ,将PCR扩增的间日疟原虫SSURNA基因片段克隆入载体 ,对重组质粒进行筛选、鉴定后 ,作为阳性模板 ,用于标准曲线的判定和样品检测。结果　应用重组质粒制作的定量曲线 ,循环阈值与模板浓度具有良好的线形关系 ,12 7份疟区血样和 30份正常血样的检测 ,显示此法有较高的灵敏度和特异度 ,定量检测结果与镜检感染率呈直线相关 ,相关系数为 0 95 9。结论　建立了间日疟原虫的荧光定量PCR检测方法     

基于重组酶介导核酸等温扩增反应的曼氏血吸虫 基因检测方法的建立

目的　建立一种可用于曼氏血吸虫特异性基因片段检测的重组酶介导的核酸等温扩增方法（Recombinase?aided amplification, RAA）。方法　以曼氏血吸虫121 bp高重复基因片段作为靶序列,根据RAA反应原理设计、合成引物及荧光探针,建立并优化荧光RAA法反应体系。分别以不同拷贝数的含121 bp基因片段的重组质粒及不同浓度曼氏血吸虫基因组DNA为模板进行荧光RAA法扩增,评价该方法的敏感性;分别以日本和埃及血吸虫虫卵、十二指肠钩虫虫卵、华支睾吸虫囊蚴基因组DNA为模板进行荧光RAA法检测,评价其特异性。结果　建立的荧光RAA法可在39 ℃、20 min内特异性扩增曼氏血吸虫基因组DNA。以重组质粒为模板,荧光RAA法最低可检出的质粒拷贝数为10拷贝/μL;以基因组DNA为模板,荧光RAA法最低可检测浓度为0.1 fg/μL。以日本血吸虫虫卵、埃及血吸虫虫卵、十二指肠钩虫虫卵、华支睾吸虫囊蚴基因组DNA为模板进行荧光RAA法检测,结果均为阴性。结论　成功建立了一种可用于曼氏血吸虫DNA检测的荧光RAA法,该方法反应快捷、操作简便,敏感性和特异性均较好。     

实时荧光定量PCR法检测日本血吸虫

目的 运用实时荧光定量PCR法检测日本血吸虫。 方法 根据日本血吸虫18 S小亚基单位核糖体核酸（18S rRNA）基因设计特异性引物,PCR扩增出1 450 bp序列,经TA克隆后转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为模板制作荧光定量PCR 标准曲线。方法重现性评价,用初始循环数（Ct,拷贝/反应）进行标准差分析,并计算变异系数（CV）。 结果 制作的标准曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.998 7。方法重现性评价,在1.05×107～1.05×103个拷贝范围内,对应的Ct平均值分别为17.55、20.93、24.32、27.59和30.95;CV值分别为1.31%、1.53%、0.90%、1.85%及0.90%,在重复性试验中试验间数据平均变异系数为1.27%,无非特异性扩增。 在试验检测范围内（Ct≤30.95）,可检测的日本血吸虫基因组浓度为6.15 pg,3 h内完成。 结论 运用荧光定量PCR方法检测日本血吸虫DNA,快速、灵敏、特异性高。