青岛地区汉族群体短串联重复序列基因座D1S549、D3S1754和D12S375的遗传多态性

目的　了解 D1S5 4 9、D3S175 4和 D12 S375基因座在青岛地区汉族群体中基因型分布及等位基因频率等遗传多态性数据 ,初步探讨其应用价值。方法　收集 110名青岛地区汉族无血缘关系个体的静脉血 ,ACD抗凝 ,采用 Chelex法提取 DNA,应用聚合酶链反应技术扩增上述 3个基因座的短串联重复序列 ,聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳 ,银染显色分型。结果　检出青岛地区汉族群体 D1S5 4 9、D3S175 4和 D12 S375这 3个基因座分别为 8、8和 5个等位基因 ,2 2、19和 14个基因型 ,获得青岛地区汉族人群的基因频率 ,3个基因型分布均符合 Hardy- Weinberg平衡。各基因座的期望杂合度分别为 0 .7988、0 .70 87和 0 .75 ,个人识别机率分别为 0 .914 3、0 .8382和 0 .886 1。与成都地区的基因频率相比较 ,D1S5 4 9差异有显著性 ,D3S175 4和D12 S375差异无显著性。结论　获得青岛地区汉族人群 3个基因座的基因频率等遗传多态性数据 ,为人类群体遗传学研究提供了相关的资料 ,这 3个基因座在青岛地区汉族群体中有较高的非父排除率和个人识别机率 ,在亲子鉴定、个体识别和遗传学研究中有较高的应用价值。     

牡丹江地区汉族群体6个STR基因座的遗传多态性研究

目的 调查牡丹江地区汉族群体6个基因座的基因多态性。方法 应用扩增片段长度多态性（Amp-FLP）分型技术，检测牡丹江地区100名无血缘关系汉族个体CSFlPO，TPOX，TH01， D16S539，D7S820，D13S317 6个基因座等位基因频率和基因型分布。结果 经χ2检验表明6个STR基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡；6个基因座的总偶合率为1.98618E-06，总个体识别率达1.000，三联体累计非父排除率OCE=0.9878，二联体累计非父排除率0.9160。结论 6个基因座在牡丹江地区汉族群体中有较高的非父排除率和个人识别机率，可应用于法医学亲子鉴定和个体识别。牡丹江地区的汉族与朝鲜族基因频率相比较，TPOX、TH01和D16S539基因座有显著性检差别，CSFlPO、D7S820和D13S317基因座无显著性差别。     

河南汉族人群六个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的对河南汉族人群6个短串联重复序列(shorttandemrepeats,STR)基因座等位基因频率进行研究并获得群体遗传数据。方法对140名无血缘关系河南汉族个体的EDTA抗凝血样用酚-氯仿法提取DNA,应用多重PCR扩增技术结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对D12S391、D5S818、D18S51、PAHI3、D8S1179、D3S1358共6个基因座在河南地区人群中的基因型分布进行分析。结果6个基因座的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,各基因座的观察杂合度分别为0.871、0.769、0.871、0.773、0.901、0.722,6个位点的累积个体识别率为0.9999998,累计非父排除率为0.99845,累计个体匹配率为2.39×10-7。结论6个基因座在河南汉族群体中具有较高的非父排除率和个体识别率,在法医学和群体遗传学研究中有一定的应用价值。     

温州汉族人群短串联重复序列D6S477位点多态性研究

目的获得D6S477基因座在中国温州汉族群体中基因型及等位基因频率数据,探讨其在法医学应用价值.方法应用聚合酶链式反应(PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术对温州地区汉族140名无关个体的D6S477位点进行分型,并检验D6S477基因型频率分布是否符合Hardy-Weinberg平衡,计算法医学常用的各种概率.结果D6S477位点检出7个等位基因,19种基因型.基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg平衡(x2=13.6,P＞0.05,df=15),观测杂合度h0为83.6 2.21%,偶合机率为0.074,亲子关系指数为3.04,个体识别率为0.926,期望排除率为0.667,多态信息含量为0.78.结论不同人群基因频率分布存在一定的差异,所得到的等位基因频率数据可为温州汉族人群法医个体识别,亲子鉴定及遗传学研究提供更多依据.     

中国朝鲜族人群6个短串联重复序列位点的遗传多态性

目的 了解中国朝鲜族人群D16S539，D7S820，D13S317，CSF1PO，TPOX，TH01 6个短串联重复序列（short tandem repeat,STR)位点的遗传多态性分布，获得相应多态位点的群体遗传学数据。方法 应用PCR扩增片段长度多态性分析方法对100名无血缘关系的朝鲜族个体进行了调查。结果 D16S539基因座，观察到6个等位基因，18种基因型；D7S820基因座，观察到7个等位基因，22种基因型；D13S317基因座，观察到7个等位基因，23种基因型；CSF1PO基因座，观察到6个等位基因，16种基因型；TPOX基因座，观察到6个等位基因，11种基因型；THO1基因座，观察到5个等位基因，12种基因型。结论 6个位点等位片段多态性分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律。且具有较高的杂合度，所得到的等位基因频率等数据可以为中国朝鲜族人群法医个体识别、亲子鉴定及遗传学研究提供依据。     

浙南地区汉族6个STR基因座的遗传多态性调查

目的研究D6S477、D1S549、D3S1358、D16S539、D8S1179、vWA、的遗传多态性及其法医学应用价值。方法应用聚合酶链式反应(PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术对温州地区汉族147名无关个体的D6S477、DIS549、D3S1358、D16S539、D8S1179、vWA位点进行分型,并检验D6S477、DIS549、D3S1358、D16S539、D8S1179、vWA基因型频率分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律。结果D6S477、D1S549、D3S1358、D16S539、D8S1179、vWA位点分别检出9、7、6、9、9和11个等位基因,29、18、18、20、34和27个基因型;联合检测6个STR基因座,累积Dp值为0.9999997,累积PIC值为0.9998,各基因型分布经χ2检验,P>0.05,符合Hardy-Weinberg平衡定律。结论该研究所得到的等位基因频率数据在法医学个人识别和亲子鉴定中有较高实用价值,适用于浙南地区的汉族人群。     

成都汉族群体五个短串联重复序列基因频率及其种属特异性研究

目的对成都汉族群体5个短串联重复序列（short tandem repeat，STR）基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究，探讨其在法医学中的应用价值。方法用PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色方法，对100名成都汉族无血缘关系健康个体的5个STR基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究。结果D18S979、D11S2014、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中等位基因个数分别为6、5、5、7、6；基因型个数分别为12、11、13、19、14；基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。通过种属特异性分析发现5个STR基因座中，猴在D18S979、D11S2014和D1S1667基因座均检测出扩增产物，但未在人类基因座分型区内；D18S979位点人类分型区内可检测到牛、狗、鳝鱼有扩增产物，猪、鸭、鼠、兔有微弱扩增产物；D18S548位点人类分型区内只检测到牛有微弱扩增产物；D1S1667位点人类分型区内检测到狗、羊、鳝鱼有扩增产物；GATA164F07位点人类分型区内只检测到狗有微弱扩增产物；泥鳅、鸡、豚鼠在5个基因座均未检测到扩增产物。结论5个短串联重复序列中D18S979、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中具有较好的遗传多态性，D11S2014、D18S548和GATA164F07具有较好的种属特异性，在法医学个人识别和亲子鉴定中有应用价值。     

成都汉族群体七个短串联重复序列基因座的遗传多态性和法医学应用研究

目的获得中国成都地区汉族群体DIS2142、DIS3733、D2S1774、D3S2459、D21S1409、D21S1437和D21S2055七个短串联重复序列（shoa tandem repeam，STR）基因座的群体遗传学资料，评价它们在法医鉴定的应用价值。方法用PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染技术，对283名成都汉族无血缘关系的个体及50个家庭样品进行检测。结果DIS2142检出11个等位基因，23种基因型；DIS3733检出8个等位基因，19种基因型；D2S1774检出8个等位基因，15种基因型；D3S2459检出7个等位基因，19种基因型；D21S1409检出6个等位基因，12种基因型；D21S1437检出9个等位基因，26种基因型；D21S2055检出20个等位基因，77种基因型；基因型分布符合Hardy．Weinberg平衡定律；50个家庭样品调查证实上述基因座均符合孟德尔常染色体共显性遗传，未发现突变。结论DIS2142、D1S3733、D2S1774、D3S2459、D21S1409、D21S1437和21S2055基因座具有较好的多态性。基因座间独立性分析，证实上述7个基因座之间不存在连锁关系，可作为法医学亲子鉴定和个人识别的遗传标记。     

河南汉族群体D3S1358、D3S1545基因座遗传多态性

目的研究人类短串联重复序列D3S1358,D3S1545在河南汉族人群中的遗传多态性,并探讨该基因座在法医学和基因诊断中的应用可能性.方法采集河南无血缘关系汉族个体血样,应用Chelex法提取DNA,聚合酶链式反应扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型.结果得到D3S1358,D3S1545在河南汉族群体中的基因频率,D3S1358有7个等位基因,19个基因型,杂合度为0.71,个体识别率为0.89,非父排除率为0.51;D3S1545有8个等位基因,26个基因型,杂合度为0.78,个体识别率为0.93,非父排除率为0.58.结论该基因座多态性较好,分布符合Hardy-Weinberg平衡,可以用于个体识别和亲权鉴定.     

用分子克隆技术构建D12S391基因座等位基因分型标准物及群体遗传学研究

目的 解决长期困扰短串联重复序列（short tandem repeat,STR）分型上存在的准确性和标准化问题。方法 先用PCR扩增出D12S391基因座的9个等位基因片段，将其插入pUC重组质粒中，经DNA测序分析证实插入片段的结构及大小，用国际标准将插入的等位基因片段进行命名，最后经转染、扩大培养、扩增及再鉴定后，制备出标准的D12S391等位基因分型标准物。结果 应用此法制备出大量的D12S391基因座等位基因分型标准物，并将其用于调查该基因座在德国Mainz地区、日本Miyazaki地区及中国成都汉族、北京汉族、新疆维吾尔族和甘肃回族6个群体中的基因型分布频率。D12S391基因座在各群体中均有较高的多态性，其非父排除概念及个人识别能力分别为0.609-0.786和0.940-0.952。结论 该法制备的STR基因座等位基因分型标准物在法医科学实践中应用价值极高，D12S391基因座是一个非常适合于群体遗传学研究和法医科学应用的遗传标记。     

广西黑衣壮族D6S477、D18S865、D19S400、D20S161的遗传多态性

目的:调查广西黑衣壮族人群4个短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座:D6S477、D18S865、D19S400、D20S161的群体遗传分布资料。方法:应用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分析180名广西黑衣壮族无关个体。结果:4个STR基因座平均观察杂合度分别为0.8361;平均多态信息总量为0.8047;累积个体识别力达0.999 988 391,累积非父排除率达0.988 207。在D19S400、D20S161基因座上广西黑衣壮族与广西武鸣壮族、广州汉族与青岛汉族的等位基因频率分布差异均无统计学意义;广西黑衣壮族与广西武鸣壮族遗传距离为0.0304。结论:D6S477的等位基因15、D18S865的等位基因11、D19SA00的等位基因12、D20S161的等位基因18可能是广西黑衣壮族群体中相应STR基因座最原始的等位基因。广西黑衣壮族的4个STR基因座属高度遗传多态性标记。同一民族内不同支系的遗传关系近于不同民族间的遗传关系。     

广西壮族D6S477等四个STR基因座的遗传多态性

目的 研究广西壮族人群4个STR（short tandem repeats）基因座：D6S477、D18S865、D19S400、D20S161的遗传多态性。方法 应用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分析200名广西壮族无关个体。结果 4个STR基因座平均期望杂合度为0．8442，平均多态信息总量为0．8247，累积个体识别力达0．999994474，累积非父排除率达0．9856。D6S477的等位基因15、D18S865的等位基因10和11、D19S400的等位基因11、D20S161的等位基因18可能是广西壮族群体中相应STR基因座最原始的等位基因。结论 广西壮族的4个STR基因座属高度遗传多态性。     

中国成都地区汉族群体5个STR基因座的遗传多态性研究

目的获得Ｄ６Ｓ３６６、Ｄ６Ｓ４７７、Ｄ１２Ｓ３７５、Ｄ１２Ｓ３９１和ＰＬＡ２Ａ基因座在中国成都汉族群体中基因型及等位基因频率数据，初步探讨其在遗传学研究及法医学应用中的意义。方法随机抽取１０８名成都地区汉族群体无血缘关系个体的静脉血，ＥＤＴＡ抗凝，酚／氯仿提取ＤＮＡ。应用ＰＣＲ技术，扩增上述５个短串联重复序列基因座，聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳分型。结果中国成都汉族群体Ｄ６Ｓ３６６基因座发现７个等位基因，Ｄ６Ｓ４７７基因座发现９个等位基因，Ｄ１２Ｓ３７５基因座发现５个等位基因，Ｄ１２Ｓ３９１基因座发现９个等位基因，ＰＬＡ２Ａ基因座发现７个等位基因；５个基因座的基因型分布均符合Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡（Ｐ＞０．０５）。各基因座的杂合度分别为：０．６９、０．７８、０．８１、０．６８和０．７９，非父排除概率分别为：０．３６２１、０．６００４、０．４５８１、０．７０１４和０．５５８９，个人识别机率分别为：０．７９、０．９３、０．８６、０．９６和０．９１。结论５个基因座在中国成都汉族群体中具有较高的非父排除率与个人识别机率，在法医学应用和群体遗传学研究中有较高的价值。     

吉林朝鲜族D4S2368、D6S1043和D9S925基因座位的遗传多态性

目的了解吉林延边地区朝鲜族人群3个短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座D4S2368、D6S1043、D9S925的遗传多态性分布,获取相应多态位点的群体遗传学数据。方法采用PCR扩增技术及聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对310名朝鲜族个体的3个STR基因座的等位基因频率进行分析。结果在3个基因座D4S2368、D6S1043、D9S925分别检出7、13、9个等位基因,除D6S1043(P=0.011)以外,其他两个基因座多态性分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。杂合度大于0.717,多态信息含量大于0.670,累积个人识别力及非父排除率分别为0.9995和0.952。结论上述3个基因座均具有较高的杂合度和多态信息量,是较理想的遗传标记系统,对朝鲜族群体的亲子鉴定、个人识别及民族基因库的建立具有重要意义。     

广西黑衣壮族D2S1338,D8S1179,D18S51基因座遗传多态性

目的 获得广西黑衣壮族人群3个STR基因座的群体遗传分布资料.方法 应用荧光标记STR基因扫描技术对152名广西黑衣壮族无关个体进行基因分型.结果 D2S1338检测出11种等位基因,频率分布在0.0030～0.2800.D8S1179检测出7种等位基因,频率分布在0.0987～0.2237.D18S51检测出12种等位基因,频率分布在0.0033～0.2467.对上述3个STR基因座的基因型观察值和期望值进行X^2检验,均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0.05）.D2S1338、D8S1179、D18S51基因多样性分别为0.8498、0.8450、0.8507;多态信息总量均为0.8300.结论 广西黑衣壮族3个STR基因座属高度多态性位点;D2S1338的等位基因19、D8S1179的等位基因10和D18S51的等位基因15可能是广西黑衣壮族群体中相应STR基因座最原始的等位基因.     

15个短串联重复序列在拉萨市和那曲地区藏族人群的多态性分布

目的 调查15个短串联重复序列(STR)(D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA)在408名西藏拉萨市和那曲地区藏族人群中的基因型与等位基因频率分布. 方法 提取基因组DNA,利用多重PCR和五色荧光(6FAM、VIC、NED、PET、LIZ)自动化检测技术,获得基因分型图,然后进行统计分析,获得15个STR基因座在西藏拉萨市和那曲地区藏族群体中的基因型频率和等位基因频率,并作Hardy-Weinberg平衡检测及两地区基因频率的比较分析. 结果 在拉萨市藏族群体中,15个STR基因座分别检测到11～47种基因型,5～12种等位基因,那曲地区藏族群体中,分别检测到12～58种基因型,6～14种等位基因;15个STR基因座的等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,拉萨和那曲地区藏族人群等位基因频率分布差异性较小. 结论 该15个STR在西藏拉萨市和那曲地区藏族群体中具有较高的遗传多态性,适合作为藏族群体的遗传标志,用于人类学、遗传疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域.     

内蒙古农区蒙古族D3S1358、D13S317和D5S818 基因座位的遗传多态性

目的　了解内蒙古蒙古农区族人群 3个短串联重复序列 ( shorttandem repeats,STR)基因座 D3S135 8、D13S317、D5 S818的遗传多态性分布 ,获取相应多态位点的群体遗传学数据。方法　采用PCR扩增技术及聚丙烯酰胺凝胶电泳方法 ,对 2 91名蒙古族个体的 3个 STR基因座的等位基因频率进行分析。结果　 3个基因座 D3S135 8、D13S317、D5 S818分别检出 6、10、8个等位基因 ,多态性分布均符合Hardy- Weinberg平衡定律 ( P>0 .0 5 )。杂合度大于 0 .7332 ,多态信息含量大于 0 .6 884 ,累积个人识别力及非父排除率分别为 0 .9991和 0 .980 6。结论　上述 3个基因座均具有较高的杂合度和多态信息量 ,是较理想的遗传标记系统 ,对建立蒙古族民族基因库和进一步研究群体的遗传变异具有重要意义     

Genetic parameters of five new European Standard Set STR loci (D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656, D12S391) in the population of eastern Croatia

Aim

To establish allele frequencies and genetic parameters in eastern Croatia population and to compare them with those in other populations. The second aim was to compare the genetic profiles obtained with different forensic kits amplifying the same genetic markers.

Methods

Blood samples of 217 unrelated individuals from eastern Croatia were genotyped using AmpFlSTR NGM kit. Allele distribution and other genetic parameters were determined for 15 short tandem repeat (STR) loci, including the 5 loci recently added to the European Standard Set (ESS) of STR loci (D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656, and D12S391). Ninety-six samples underwent duplicate analysis using AmpFlSTR Identifiler kit.

Results

Power of discrimination was highest for the two new ESS loci, D1S1656 (0.97254) and D12S391 (0.97339). Comparison of allele frequencies for 5 new ESS loci in our sample with previously published population data showed a significant difference from Maghreb population on D2S441 and from American Caucasian population on D1S1656. Comparison of allele frequencies for standard 10 STR loci with all the neighboring populations’ data showed a significant difference only from Albanian population (on D2S1338, D18S51, and TH01). Discordant genotypes were observed in 5 (5.2%) samples at a single locus when amplified with both AmpFlSTR NGM and AmpFlSTR Identifiler kit.

Conclusion

New ESS STR loci are highly polymorphic and short, and therefore very useful for the analysis of challenging forensic samples. DNA samples purposed for establishing databases should be routinely amplified in duplicate.To facilitate DNA profiles comparison between databases of different European countries, The European Network of Forensic Science Institutes (ENFSI) and European DNA Profiling Group (EDNAP) have recently added five new loci (D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656, and D12S391) to the European Standard Set of short tandem repeat (STR) loci (1,2). These new loci were included into the AmpFlSTR NGM PCR amplification kit (NGM kit; Life Technologies, Foster City, CA, USA).The Laboratory for DNA Analysis in Osijek was established to participate in the identification of missing persons after the war in Croatia (1991-1995). In collaboration with the laboratories in Zagreb and Split, a database of genotypes of missing persons’ relatives was created including approximately 5000 persons. The greatest part of the included genetic information is based on the 15 loci incorporated in AmpFlSTR Identifiler PCR amplification kit (Identifiler kit; Life Technologies, Foster City, CA, USA). Skeletal remains are identified by comparing the genotype of each piece of skeletal remains with the genotypes in the missing persons’ relatives database. Such non-targeted matching in a database containing several thousands genotypes considerably decreases the reliability of the established match. Still, the majority of identified skeletal remains were matched in such a way, as genotypes of the missing persons from the father-mother-child trio. Even within so large a database, hundreds of genotypes of skeletal remains still do not have a match, due to a lack of adequate relatives. Matching a profile created from a piece of skeletal remains across the whole database returns many adventitious matches, partly because some genotyped loci have low discrimination power (2). An especially large number of adventitious matches is present if the genetic profile from skeletal remains is partial.In a targeted approach to DNA typing, loci on the Y-chromosome and mtDNA can be amplified, but at a database level more useful are the loci on somatic chromosomes. Evidential value of a genetic match based on STR typing relies on high polymorphism and a large number of STR loci. In order to obtain as much as possible genetic information, we used the NGM kit. Our aim was to increase the number of genetic markers in order to achieve higher evidential value of STR typing and to amplify short STR loci, often better preserved in degraded samples. Especially valuable are three new “mini” STR loci (D10S1248, D22S1045, and D2S441), engineered to produce short amplicons (up to 150 bp) that are more successfully obtained from the most degraded samples. The remaining two new loci (D1S1656 and D12S391) are also relatively short and highly polymorphic (3-7). Besides obtaining information on the 5 new loci, the NGM kit includes improved chemistry that maximizes performance on challenging samples.In the new European Standard Set (ESS) of STR loci, allele distribution and genetic parameters still have to be determined. A population study on the new loci has been performed for several countries (including Belgium, Germany, Hungary, Maghreb countries, Poland, and USA) (7-12). However, there has been no such study either for Croatian or its neighboring populations. Therefore, we carried out a population study on a sample from eastern Croatia, which might be the most appropriate regional sample, because this part of the country sustained the greatest human losses during the war. Since the greatest part of our relatives’ database is based on the Identifiler kit, which shares 10 loci with NGM kit (D3S1358, vWA, D16S539, D2S1338, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, TH01, and FGA), we compared the genetic profiles obtained with both of these kits amplifying the same genetic markers. We also compared the obtained genetic parameters for 15 STR loci with the available population data from the neighboring countries.