燕麦种质资源农艺性状的遗传多样性分析--测试文章

分析了国内外54份燕麦种质资源的遗传多样性,归纳其遗传亲缘关系,为合理利用燕麦品种(系)资源提供理论依据。结果表明：(1) 54份种质资源农艺性状间存在广泛的遗传多样性,5个质量性状(粒色、粒型、穗型、小穗型、抗病性)以抗病性的多样性指数最高,粒色的遗传多样性指数最低;8个数量性状(单株分蘖数、株高、穗长、小穗数、轮层数、单株粒数、单株粒重、千粒重)以单株粒重的遗传多样性指数最高,变异系数最大。(2)聚类分析将54份种质资源的8个数量性状分为4大类群,类群Ⅰ为高秆、大粒型育种目标亲本材料;类群Ⅱ为矮秆育种目标亲本材料,类群Ⅲ的有益性状不明显,为多目标性状育种的亲本材料,类群Ⅳ为增加轮层数、小穗数等育种目标的优良材料。     

西河柳种质遗传多样性的ISSR分析

目的：应用ISSR-PCR标记技术研究中药材西河柳基原植物柽柳及其近缘种的亲缘关系和遗传多样性,为西河柳药材鉴定和育种提供参考。方法：对柽柳7个居群以及甘蒙柽柳、多枝柽柳及购自药材市场西河柳共11个样本进行ISSR-PCR分析, 采用NTSYS-pc软件计算柽柳各居群及近缘种间的Jaccard遗传相似系数, 按非加权配对算术平均法(UPGMA) 建立所研究类群的系统聚类图。结果：14条引物扩增出106个条带,其中多态带为83条,占总扩增条带数的78.3％。从聚类分析图可以看出,柽柳不同居群样本首先聚在一起,表明是一自然物种;甘蒙柽柳与柽柳具有较近的亲缘关系。研究还表明目前商品市场西河柳药材来源较混乱。结论：ISSR标记可以为西河柳原植物及其近缘种的种质资源鉴定、遗传关系分析及栽培育种提供分子生物学依据。     

桔梗特异DNA条形码筛选、种质资源鉴定及遗传多样性分析

中药材桔梗为桔梗科植物桔梗的干燥根,具有多种药理作用,是常用的大宗中药材。本研究利用Illumina HiSeq X Ten平台对6份来自不同产地的桔梗进行叶绿体基因组测序,筛选特异性DNA条形码,基于特异性DNA条形码对不同产区的桔梗样品的种质资源和遗传多样性进行分析。6份桔梗叶绿体基因组全长为172 260～172 275 bp,均呈现典型的环状四分体结构,编码141个基因。根据比较基因组学分析和扩增效率分析发现trnG-UCC和ndhG＿ndhF可作为潜在的桔梗种内种质资源鉴定的特异性DNA条形码。对来自9省15个产地305份桔梗样品的trnG-UCC和ndhG＿ndhF进行PCR扩增和序列分析,结果表明trnG-UCC和ndhG＿ndhF分别有5和11个变异位点,分别鉴定到5和7个单倍型;两段序列联合分析鉴定13个单倍型(Hap1～Hap13),其中占比最多的是Hap4,其次是Hap1。3个产地拥有的特异单倍型,可作为该产地的DNA分子标签与其他产地的桔梗种质资源进行区分。单倍型多样性、核苷酸多样性和遗传距离分别为0.94、4.79×10-3和0.000 0～0.020 3,表...     

基于SSR分子标记的柴胡遗传多样性与遗传结构分析

为探究柴胡遗传多样性和居群遗传结构,揭示柴胡的遗传变异情况,本研究利用18对SSR分子标记,对来自山西及周边省份的62个柴胡栽培和野生居群共619个植株进行遗传多样性以及居群遗传结构分析。结果显示:62个柴胡居群均具有较高的遗传多样性,柴胡野生居群的遗传多样性高于栽培居群, AMOVA分析表明柴胡居群内遗传变异大于居群间的变异。主坐标分析将柴胡居群分为3类,第一类为来自山西各地的野生柴胡居群,第二类由来自山西、河北、陕西、辽宁的栽培柴胡居群组成,第三类由来自山西和甘肃的34个栽培柴胡居群组成。STRUCTURE软件居群遗传结构分析预测62个柴胡居群的最佳分组数为2组,第一组组成与主坐标分析中分类为第三类的居群相同,第二组则包括有主坐标分析中划分为第一类和第二类的居群。主坐标分析、居群遗传结构分析以及NJ树聚类均将野生柴胡居群聚为一类,使其与栽培居群区分开来。本研究为柴胡的种质资源利用、遗传变异研究以及柴胡优质种质资源开发提供理论依据。     

北苍术特异性DNA条形码筛选、种质资源鉴定及遗传多样性分析

北苍术Atractylodes chinensis具有重要药用价值和经济价值。本研究利用Illumina平台测序获得4份不同产地的北苍术的叶绿体全基因组序列,筛选特异DNA条形码,并利用特异DNA条形码对不同产区北苍术样品种质资源鉴定及居群的遗传多样性分析。该4份北苍术叶绿体全基因组均为典型的环状四分体结构,均注释112个基因。比较基因组学研究结果表明ccsA和trnC-GCA＿petN是潜在的北苍术种内鉴别的特异DNA条形码。选择ccsA和trnC-GCA＿petN对来自9省14产区的256份样品进行PCR扩增,扩增效率为100%。序列分析结果表明ccsA和trnC-GCA＿petN分别有11和22个变异位点,分别能鉴定16和22个单倍型,两段序列联合分析鉴定39个单倍型,命名为Hap1～Hap39,其中占比最多和分布最广的基因型为Hap9。单倍型多样性(Hd)=0.896,核苷酸多样性(Pi)=0.002 22,说明北苍术在物种水平上有较高的遗传多样性。各单倍型的遗传距离为0.000 00～0.004 88,说明各个单倍型之间有较小的遗传差异。系统进化树分析结果表明, 39个单倍型...     

22份莲种质资源的ISSR遗传多样性研究

目的：对莲不同品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR 标记技术对采自广东、湖南、江西、福建、湖北、浙江、江苏、北京、河北等地的22份不同品种莲的遗传多样性进行了研究。结果从引物库中的100条ISSR引物中筛选出18条多态性稳定、清晰的引物,共扩增出221条带,其中多态性条带数为181条,多态位点百分率为81．9％。 Nei－Li相似系数（ GS）计算方法得到样品间的GS值在0．37～1．00之间。结论22份莲样品间的遗传多样性较高,而地域性差异不明显,此法可用于莲不同品种间的鉴别。     

随机扩增多态性DNA技术对湘产蛇莓种质资源的遗传多样性分析

目的:研究湘产蛇莓种质资源的遗传多样性。方法:建立不同地理分布的蛇莓种质资源随机扩增多态性DNA(RAPD)反应体系,RAPD-聚合酶链反应(PCR)法检测湘产24组蛇莓样本(21个野生品,3个栽培品),琼脂糖凝胶电泳分析结果,计算等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态性位点百分比(PPB)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)。结果:筛选出多态性引物14条,共扩增出90条电泳谱带,其中多态带为81条,Na为1.900 0,Ne为1.540 1,PPB为90.0%,H为0.312 8,I为0.467 5。结论:湘产蛇莓各区域样本间遗传多样性丰富,人工栽培品与野生品之间存在遗传背景上的差异,聚类结果与地理分布表现出明显相关性。     

青岛泊子盐场放线菌多样性及其功能酶的筛选--测试文章

采用平板涂布法利用3种培养基从青岛即墨市田横镇泊子盐场盐池底泥样中共分离纯化出15株放线菌,对分离菌株进行16S rRNA基因测序分析。发现这15株放线菌分属于链霉菌属(Streptomyces)、拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)和1个新属,其中Streptomyces属为优势菌属;菌株CXB832与Nocardiopsis arabia DSM 45083^T和Haloactinospora albus DSM 45015^T最接近,同源性分别为95.4%和94.9%,根据其表型和分子特征可以初步判定该菌株为放线菌新属。培养基及培养温度对盐池环境中放线菌的分离效果均有影响,利用淀粉酪素培养基在37℃分离的放线菌种类和数量较多。在15株放线菌中,分别有12株、3株、2株和1株放线菌产淀粉酶、酯酶、蛋白酶和纤维素酶。     

不同地区广金钱草遗传多样性的ISSR分析

摘 要 目的：对广东省、广西壮族自治区共15个产地的广金钱草遗传多样性以及亲缘性关系进行分析。方法: 应用inter simple sequence repeat（ISSR）技术,对广东省、广西壮族自治区的样品进行遗传多样性分析;使用Popgene 1.32软件对扩增结果进行分析,并使用UPGMA软件绘制聚类图。结果: 7条ISSR引物扩增出的产物共有51条清晰的条带,其中多样性条带为41条;Shannon多样性指数(I)为0.3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.246 4,居群间的遗传分化系数(G_ST)为0.123 8,基因流(N_m)为3.539 7。结论:广东、广西两地栽培以及野生广金钱草具有较高的遗传多样性,其遗传距离跟地理距离有一定的关联性。     

马蓝种质资源研究进展

马蓝,广泛分布于我国西南、华南及华东地区,是重要的爵床科药用植物。由其茎、叶加工而成的青黛,以福建产品质最佳,被誉为建青黛,是福建道地药材。马蓝的根入药称南板蓝根,与青黛一起同为《中华人民共和国药典》药材品种。青黛及其原植物马蓝的指标性成分靛玉红（indirubin）是具有抗白血病功效的中成药“黄黛片”及“当归龙荟丸”的主要活性成分。笔者主要综述了马蓝种质资源的分布、生物学特征、栽培技术和分子生物学等国内外研究进展,并提出了马蓝种质资源面临的主要问题,为马蓝及青黛的相关研究与应用提供参考依据。     

苦荞茶中槲皮素、山柰素含量测定及指纹图谱分析

目的 建立苦荞茶高效液相色谱(HPLC)指纹图谱,并测定不同批次苦荞茶槲皮素、山柰素的含量,为苦荞茶的质量控制提供参考方法。方法 色谱柱为Agilent C₁₈(4.6 mm×250 mm,5 μm) ;流动相：乙腈-0.2%磷酸梯度洗脱,检测波长260 nm,柱温28 ℃,流速1 mL·min^-1,进样量10 µL。结果 黑苦荞茶中槲皮素的含量总体高于黄苦荞茶,12批苦荞茶指纹图谱之间的相似度为0.988~1.000。结论 该方法简便、准确、重复性好,可用于苦荞茶的质量控制。     

Synthesis of hypoallergenic derivatives of the major allergen Fag t 1 from tartary buckwheat via sequence restructuring

Fag t 1, a legumin-type protein, is the major allergen in tartary buckwheat. In the current study, three recombinant derivatives of Fag t 1, designated as Fag t 1-rs1, Fag t 1-rs2, and Fag t 1-rs3, were constructed via rational design and genetic engineering. However, because of the loss of their native-like folds, the Fag t 1 derivatives failed to bind IgE, and their allergenic activities were reduced. The recombinant hypoallergenic variants are promising vaccine candidates for specific immunotherapy of buckwheat allergy. The unfolding of the Fag t 1 structure reduced its high resistance to gastrointestinal proteolysis and strongly reduced its IgE reactivity. The derivatives showed a more than 90% reduction in allergenic activity compared with rFag t 1. These results suggest that the structure-dependent stability of 11S seed storage proteins is directly related to digestive stability and allergenic potential. Therefore, the destruction of the native conformation is the appropriate strategy to reduce the allergenicity of the cupin family food allergens.     

Genetic and metabolic diversity in Stevia rebaudiana using RAPD and HPTLC analysis

Abstract

Context: Stevia rebaudiana Bertoni (Asteraceae) is an important medicinal plant and is much used due to its zero calories sweetening property. Stevia leaves as well as its extracts and pure compounds are currently used in the preparation of several medicines, food products and neutraceuticals.

Objective: To study the genetic and metabolic variability in S. rebaudiana among accessions of different geographical regions of India using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and high-performance thin layer chromatography (HPTLC) analysis.

Materials and methods: The RAPD analysis of Stevia rebaudiana (11 accessions) was carried out using 20 random operon primers. Dendrogram was constructed for cluster analysis based on the unweighted pair group method with arithmetic means (UPGMA) using Winboot. The HPTLC analysis of all samples was carried out on silica using acetone:ethyl acetate:water (5:4:1, v/v/v) for fingerprinting and quantification of stevioside and rebaudioside A at 360?nm after spraying with anisaldehyde sulphuric acid.

Results: Ten out of 20 primers screened were found most informative; amplification products of the genotypes yielded a total of 87 scorable bands (67 polymorphic), whereas genetic similarity (GS) coefficient (0.01–0.08) and polymorphism (67.24–92.40%) showed huge variability. Similarly, HPTLC analysis showed large variation among different samples with respect to their presence or absence of metabolite and their concentration.

Conclusion: Out of the 11 Stevia accessions, Delhi and Mohali varieties showed much relatedness with each other and were concluded to be the superior genotype in context to RAPD and HPTLC analysis. The information obtained here could be valuable for devising strategies for cultivating this medicinal plant.     

栀子过氧化物酶、酯酶同工酶的遗传多样性分析

目的 应用同工酶技术研究不同种及居群栀子的亲缘关系和遗传多样性.方法 采用聚丙烯酰胺凝胶不连续垂直板电泳系统,测定了12份不同居群栀子的过氧化氢酶(POD)、酯酶(EST)同工酶酶谱.结果 12份供试材料在2个同工酶系统中均有栀子物种的共同特征谱带,同时又蕴涵着丰富的多态性.结论 栀子居群间的遗传变异较大,而居群内部的分化程度很低.不同居群的栀子与种的特性和地理分布具有一定相关性.该结果为栀子的品种鉴定和合理利用提供了实验依据.     

利用ISSR及代谢产物标记检测贵州金钱草遗传多样性

目的：结合ISSR分子标记与金钱草主要代谢产物标记对贵州省共21份野生金钱草资源的遗传多样性进行分析,为其驯化种植及遗传改良提供理论依据。方法：以金钱草基因组DNA为模板,以优化的PCR体系筛选出引物进行ISSR标记扩增,应用NTsys 2.10e软件,对所得数据进行分析处理,并采用高效液相色谱法测定了主要代谢产物槲皮素和山柰素的含量,使用SPSS 19.0软件对测定数据进行统计分析与绘制聚类图。结果：用筛选出的15条ISSR引物共扩增出105条多态性条带,多态性条带占比达98.1%,各金钱草种质资源之间的遗传相似性系数范围在0.598 1~0.953 3之间,地理位置相距越近,遗传相似性越高,不同资源的槲皮素和山柰素含量差异较大,ISSR标记的聚类将21份金钱草资源分为2大类群6个亚群,代谢产物标记的聚类将其分为2大类群5个亚群。结论：贵州野生金钱草具有丰富的遗传多样性,应用ISSR及代谢产物槲皮素和山柰素标记均能较好地对金钱草资源进行聚类,但聚类结果存在差异,其亲缘关系与地理位置呈现一定的关联性。     

铁皮石斛野生居群遗传多样性的RAPD分析与鉴别

目的采用RAPD分子标记技术，对铁皮石斛8个野生居群的遗传多样性、亲缘关系以及分子鉴别等进行研究。方法筛选随机引物进行RAPD分析，通过UPGMA聚类，研究铁皮石斛各居群间的遗传关系，构建居群亲缘关系的分子系统树；利用特异性条带对铁皮石斛野生居群进行指纹分析鉴别。结果共筛选出10个有效引物，在8个野生居群材料的RAPD扩增中共得到439个位点，平均每个引物扩增出43.9个位点，每个居群扩增出54.9个位点；在所获得的104条可重现谱带中，9条是单态的，95条是多态的，多态性程度达91.35%，遗传距离在0.590～0.727之间，平均为0.686。结论铁皮石斛居群间遗传差异明显，具有较丰富的遗传多样性；RAPD可以作为铁皮石斛野生居群遗传多态性、居群亲缘关系和分子鉴别研究的有效手段；引物S412可以有效鉴别铁皮石斛的8个野生居群。     

Genetic diversity: applications of evolutionary algorithms to combinatorial library design

Combinatorial chemistry and other high-throughput techniques continue to affect the drug discovery process in a profound manner. This review examines the impact of combinatorial chemistry upon the discipline of computer-aided molecular design and describes the methods that are being developed to enable researchers to quantify molecular diversity and to design efficient combinatorial libraries. In particular, the application of optimisation algorithms based on evolutionary principles to these problems is examined and illustrated with examples from the literature.     

高效液相色谱法测定苦荞籽壳中芦丁和槲皮素的含量

目的:建立高效液相色谱法测定苦荞籽壳中芦丁和槲皮素的含量。方法:采用 Zorbax SB-C_(18)(4.6 mm×150 mm,5μm)色谱柱;流动相为甲醇-0.4%磷酸(50:50);流速1.0 mL·min~(-1);检测波长254 nm。结果:芦丁进样量在0.024～0.963mg·mL~(-1)范围内(r=0.9996),槲皮素进样量在0.0132～0.528 mg·mL~(-1)范围内(r=0.9990)线性关系良好,平均回收率芦丁为100.1%(RSD=1.15%),槲皮素为99.9%(RSD=1.04%)。结论:该方法操作简便,分离度高,重复性好,可同时测定苦荞籽壳中芦丁和槲皮素的含量。