宏基因组学测序诊断曼氏裂头蚴病1例

患者于2000年无明显诱因发现下腹部游走性包块，20年来多次就诊，未明确病因。2020年8月11日发现包块游走于左侧腋前，微创手术取出不完整白色虫体3段，用宏基因组学测序鉴定虫体，明确诊断为曼氏裂头蚴病。2021年10月21日经手术取出完整虫体，患者康复出院；随访患者身体状况良好，全身未发现新包块。     

经肺泡灌洗液宏基因组测序诊断肺隐球菌病一例并文献复习

肺隐球菌病(pulmonary cryptococcosis,PC)是由于患者吸入了环境中新生隐球菌或格特隐球菌后导致肺部感染而形成,是一种在临床上呈现亚急性或慢性感染的机会性疾病。常见于免疫功能低下患者,如传统免疫功能低下患者有血液系统肿瘤、长期使用免疫抑制剂或糖皮质激患者、后天获得性免疫缺陷综合征患者等。但是,近年的流行病学调查发现部分没有免疫抑制的患者也可能罹患PC约有1/3的肺隐球菌病发生在非免疫缺陷的健康人群。而在临床诊疗中肺隐球菌病患者的临床表现、实验室检查、影像学检查均相对缺乏特异性,非常容易被误诊为肺癌、转移性肿瘤、肺结核等疾病。本文回顾性分析一例经肺泡灌洗液行宏基因组测序确诊PC患者的临床资料,以增强临床对PC的诊断和认知能力,并最终提高临床确诊率。     

通过宏基因组学研究肠道微生物对结直肠癌患者影响的最新进展

人类肠道微生物已越来越受到医学界的广泛关注,人类肠道微生物不仅在人类健康方面,而且在人类疾病的发生和发展方面都有很大的作用。人们不断发现微生物与癌症之间的联系,特别是肠道微生物群和肠道肿瘤之间的联系。宏基因组学作为微生物研究的一种重要研究方法,在微生物与结直肠癌研究中发挥越来越重要的作用。近年来,通过宏基因组学研究肠道微生物菌群的变化为结直肠癌的发生和发展提供了新的见解,并且强调了癌症微生物群中宿主-微生物和微生物间相互作用的重要性。本综述回顾了通过宏基因组学研究肠道微生物与结直肠癌之间的关系,希望为癌症预防、诊断和治疗提供新的机会。     

不明原因发热患者肺泡灌洗液病毒群落解析

目的: 分析不明原因发热患者肺泡灌洗液中的病毒谱。方法: 将58例肺泡灌洗液样本随机分为5组分别构建5个文库，利用病毒宏基因组学技术进行病毒群落分析，并对获得的细环病毒及鼻病毒进行阳性样本筛选。结果： 肺泡灌洗液病毒群落组成中，指环病毒科占主体地位（19.4%），其次为圆环病毒科（11.0%），藻去氧核糖核酸病毒科（11.0%），人类内源性递转录病毒科（10.2%），痘病毒科（4.9%），逆转录病毒科（3.2%），帚状病毒科（2.3%），小RNA病毒科（0.6%）；并发现了4株序列较长的细环病毒，根据细环病毒开放阅读框1进行系统进化分析，显示其与已知的细环病毒在核酸水平上有一定的差异。通过对细环病毒及鼻病毒阳性样本的筛选，发现细环病毒阳性率为11.3%，鼻病毒阳性率为10.0%。结论： 应用病毒宏基因组学技术成功解析出不明原因发热患者肺泡灌洗液中的病毒群落组成，病毒群落中指环病毒科占比最高，其中细环病毒因发热导致的炎性环境以及患者免疫力低下而大量增殖。     

米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染致不明原因发热一例并文献复习

目的:探讨联合应用宏基因组学和培养组学技术对米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染所致不明原因发热患者的病原检测、分离和治疗措施。方法:分析济南市疾病预防控制中心联合山东大学齐鲁医院对2019年7月1日收治的1例米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染导致的不明原因发热患者的诊疗过程,并复习相关文献。结果:该患者主动脉层术后持续间断发热,经抗真菌治疗后效果不佳,经宏基因组学测序联合培养组学技术分离病原提示疑似米氏克雷伯菌合并白色念珠菌感染,调整使用头孢哌酮钠舒巴坦钠联合卡泊芬净抗感染治疗后,患者发热症状消失,实验室指标恢复正常后出院。结论:米氏克雷伯菌感染较少见,且易误诊为其他克雷伯菌,应用宏基因组学联合培养组学技术可尽早明确该病原所致感染,以进行针对性的抗感染治疗。     

系统指纹定量法评价牛黄解毒片毛细管电泳指纹图谱

目的建立牛黄解毒片(Niuhuang Jiedu tablets,NHJDT)高效毛细管电泳法(HPCE)指纹图谱,按系统指纹定量法评价其质量。方法采用高效毛细管电泳法,以甘草苷为参照物峰,确定19个共有指纹峰,建立了NHJDT-HPCE指纹图谱。以宏定性相似度Sm和宏定量相似度Pm为参量对15批NHJDTs进行聚类分析,确定用其中10批生成对照指纹图谱(RFP),以此RFP为标准用系统指纹定量法鉴别评价15批NHJDTs质量。结果鉴别出9批质量合格,1批均化系数相对偏差偏高,4批含量明显偏低,1批含量明显偏高。结论将系统指纹定量法评价HPCE指纹图谱的结果与HPLC结果相比较,结果基本一致,证明系统指纹定量法评价中药质量具有真实、可靠与准确的特点。     

16S rDNA测序技术在婴儿肠道微生态研究中的应用

目的探讨16SrDNA测序技术在新生儿、婴儿肠道微生态研究中的应用。方法于生后3天、1月、6月、1岁时收集2例健康婴儿粪便标本共8份,提取细菌总DNA,以Illumina Hiseq 2000为测序平台,采用新一代高通量16SrDNA宏基因组测序技术对V6可变区测序,并进行生物信息分析(物种分类和丰度分析;多样性分析)。结果 8份样品共产生原始测序数据为1 027.47 Mbp,Unique tags序列数量均值为58630,OTU数量63~209;优势菌门为Proteobacteria和Firmicutes;在科水平,1%的物种1个月之内2~4种,6月后达7~10种;1号婴儿一直以Enterobacteriaceae占优势,2号婴儿优势菌群包括Enterobacteriaceae、Lachnospiraceae、Streptococcaceae和Bacteroidaceae;4个时间点的npShannon和Simpson指数分别为1.17、1.29、2.16、2.51和0.43、0.40、0.26、0.14。结论 16SrDNA测序技术能满足新生儿、婴儿肠道微生态研究需求;新生儿、婴儿粪便中含丰富细菌基因组;细菌物种丰度及分类存在个体差异;从出生到1岁,婴儿肠道菌群结构趋向复杂和多样。     

Excel VBA在医院基本药物数据统计中的应用

目的 介绍Excel VBA在医院基本药物数据统计中的应用。方法 利用Excel VBA编写筛选宏程序,筛选出基本药物,运用数据透视表,分类统计基本药物使用率和销售金额比例。结果 利用Excel VBA可实现基本药物自动筛选,数据透视表可快速完成基本药物使用率和销售金额比例的汇总计算,较人工操作快捷、简便、准确。结论 基于Excel VBA建立的筛选、计算基本药物的新方法切实可行,大大提高了工作效率。