骨化期梅花鹿鹿茸转录组测序及生物信息学分析

应用转录组测序技术对骨化期梅花鹿鹿茸进行测序及生物信息学分析,对鹿茸骨化生长基因结构以及分子机理进行探讨。采用改良的Trizol法提取骨化期鹿茸总RNA,采用Illumina/Solexa高通量转录组测序技术进行测序,应用Soapdenovo软件进行序列的从头到尾组装获得Unigenes序列数据,将Unigenes序列与蛋白数据库Nr、Swiss-Prot和COG进行BLASTX比对、GO功能注释。在功能分类分析基础上,将数据库中的Unigenes序列按照表达量(RPKM值)从高到低进行排序,筛选高表达的软骨内骨化基因。结果表明,应用Soapdenovo软件进行序列组装拼接,最终获得62 533个Unigenes,平均长度为675 nt。有32 431个(51.86%)Unigenes比对到Nr数据库,12 376个Unigenes归类到52个GO功能类别中,9 979个Unigenes归类到25个COG功能类别中。筛选出与鹿茸软骨内骨化密切相关的高表达基因30个。本文应用Illumina/Solexa高通量转录组测序技术,成功建立了梅花鹿鹿茸骨化时期转录组数据库。