2009年镇江市肠道病毒71型的分子流行病学研究

目的:扩增2009年镇江市肠道病毒71型(EV71)vp1基因的核苷酸序列,同相关毒株序列进行同源性比对和进化分析,以了解2009年镇江市肠道病毒71型的基因组序列特征及可能的传播来源。方法:采集临床手足口病(HFMD)患者咽拭子标本,抽提病毒RNA,通过巢式PCR扩增肠道病毒71型vp1基因的核苷酸序列。利用Clustal X和MEGA5.0分析软件,进行同源性分析和构建系统发生树。结果:序列进化分析表明,测序获得的11株病毒基因与C基因型代表株比较接近,尤其与C4基因亚型最为相近,并且可进一步划分为C4a进化枝。说明本文的11株病毒皆属于EV71病毒C基因型、C4a亚型。结论:2009年镇江市的EV71病毒株可能与阜阳分离的EV71病毒有相同的起源,均属于C4a亚型,并且C4a亚型的EV71病毒在中国大陆有较广泛的分布和传播。