铜绿假单胞菌CRISPR/Cas系统的基因结构及其与耐药基因的关系北大核心CSCD

目的研究铜绿假单胞菌CRISPR/Cas系统基因结构及其与耐药基因的关系。方法收集95株铜绿假单胞菌的全基因组序列信息,通过CRISPRs web server获取CRISPR系统的信息。通过ClustalW进行重复序列和cas基因的比对分析,采用MEGA7构建cas1和cas3的系统发育树,通过RNAfold预测重复序列RNA的二级结构。通过GenBank数据库对间隔序列进行BLAST比对,并进行同源性分析。通过基因注释查找耐药相关基因,并分析其与CRISPR系统之间的关系。结果95株铜绿假单胞菌中,共发现130个确定的CRISPR位点,分布于58个菌株中,其中47个具有结构完整的CRISPR系统,30个I-F型,7个I-C型,6个I-E型,I-F型可以和I-C型或I-E型共存于同一株菌中;CRISPR位点共有18种重复序列,具有一定的保守性,基本均可形成保守的哑铃状RNA二级结构。不同类型CRISPR系统的cas基因组成不同,但均有cas1和cas3。cas1和cas3比较保守,可作为分型的依据。不同位点中间隔序列的长度和数量不同,2132个间隔序列中526个与噬菌体序列同源,32个与质粒序列同源。耐药基因分析显示,含CRISPR系统的菌株IntI1和OXA-10的携带率高于不含该系统菌株的携带率。结论铜绿假单胞菌基因组中CRISPR系统主要为-F型,其次为-E和-F型;同种类型CRISPR系统中的cas1和cas3基因高度保守;与间隔序列同源的外源基因主要为噬菌体,少数是质粒。CRISPR系统的存在与某些抗生素耐药相关基因的携带率有关。     

艰难梭菌CRISPR-Cas系统的基因组结构及其与噬菌体的关系北大核心CSCD

目的CRISPR-Cas系统是细菌和古生菌基因组中的一种适应性免疫防御系统,可保护其免受噬菌体、质粒等外源DNA的入侵,阻止基因的水平转移,从而维护自身基因组的稳定。本研究旨在分析艰难梭菌基因组中CRISPR-Cas系统的基因结构,以探讨其在防御噬菌体感染等方面的作用。方法从Nucleotide数据库中下载艰难梭菌全基因组信息,利用CRISPR-CasFinder软件鉴定基因组中的CRISPR-Cas系统,通过MEGA、BLAST等软件进行cas1基因及重复序列分析并确定间隔序列同源信息;采用PHASTER软件预测基因组中的前噬菌体含量,分析其与间隔序列数量之间的关系。结果100株艰难梭菌中有96株(96%)含有完整的CRISPR-Cas系统,共含703个确定CRISPR阵列和204个cas基因簇,CRISPR-Cas系统全部为I-B型;重复序列共26种,保守性较高,19种可形成茎环结构,32.3%的间隔序列与噬菌体、质粒同源,间隔序列与前噬菌体数量之间存在负相关关系(r=-0.4759,P<0.01)。结论艰难梭菌CRISPR-Cas系统的携带率和株均携带数量均高于多数其他临床常见病原菌,且系统基因结构完整;该菌的CRISPR-Cas系统中靶向噬菌体的间隔序列数量多,有助于抵御噬菌体的侵袭,从而对开发噬菌体治疗法带来一定困难。     

256排CT高清扫描模式不同重建方式对冠状动脉支架术后图像质量的对比研究

目的 对比256排CT高清模式扫描使用HD-Standard和Standard重建算法评估冠状动脉支架术后图像质量。方法 选取冠状动脉支架植入术后复查冠状动脉CTA,患者共24例(共28枚支架),使用高清模式完成扫描,分别用HD-Standard与Standard两种算法重建后测量支架血管的CT值,支架近、中、远端的内径值及支架近、中、远段血管的内径值,计算支架管腔内平均CT值及支架内径显示率。采用配对T检验比较两种不同重建模式支架管腔内平均CT值、主观图像质量及支架内径显示率的差异。结果 HD-Standard和Standard重建模式支架管腔内的平均CT值分别为(381.54±71.53)Hu、(381.19±74.29)Hu,差异无统计学意义(P>0.05)。两种重建模式支架管径显示率分别为(33.00±9.56)%、(52.00±5.28)%,HD-Standard重建模式支架内径显示率较Standard高,差异有统计学意义(P<0.05)。HD-Standard和Standard重建模式的主观评分分别为(2.83±0.43)分、(3.96±0.29)分,HD-St...