碱性成纤维细胞生长因子在富集结直肠癌肿瘤干细胞中的作用

目的 研究不同浓度碱性成纤维细胞生长因子（bFGF）作用于结直肠癌细胞不同时间,富集肿 瘤干细胞的效果。方法? 结直肠癌DLD-1细胞分别在含5 ng/mL、10 ng/mL、20 ng/mL bFGF的无血清培 养基中悬浮培养,分为G1、G2、G3组,设置培养时间梯度为10 d、20 d、30 d,获得球细胞。采用流式 细胞术（FCM）检测细胞球中的CD44+、CD133+及CD44+CD133+双阳性的细胞表达比例,Real-time PCR 检测球细胞中的干细胞基因（KLF4、Nanog）;上皮间质转化基因（E-cadherin、Snail）;Wnt/β-catenine通路 基因（Wnt-3a）的 mRNA表达情况,成球实验检测细胞球的自我更新能力。结果 FCM检测结果：CD44+ 阳性表达的细胞表达以G2组20 d最高,CD133+及CD44+CD133+双阳性的细胞表达均以G2组20 d及G3 组10 d最高,差异有统计学意义（F=98.895、147.641、13.321,P<0.05）。 Real-time PCR检测结果：各组中 KLF4、Nanog、Snail以及Wnt-3a mRNA的表达均以G2组20 d表达最高（F=2.424、7.694、2.951、3.771, 均P<0.05）, E-cadherin基因G2组20 d mRNA表达最低（G2组30 d、G1组10 d除外）（F=10.620,P<0.05）。 成球实验结果：各组比较G1组20 d和G2组20 d成球数量明显多于其他组,差异具有统计学意义（F=14.279, P<0.01）;但 G1组20 d和G2组20 d比较,无统计学差异（t=0.605,P=0.578）。 结论 碱性成纤维细胞生长 因子无血清悬浮培养能够有效富集肿瘤干细胞,其中G2组培养20 d较其余组能更有效地富集结直肠癌肿 瘤干细胞。     

肝细胞癌发生发展关键基因及其功能的生物信息学分析

背景与目的：肝细胞癌（HCC）是常见的原发性肝癌,其预后较差。基因的激活与失活可促进HCC的发生发展。本研究基于生物信息学HCC发生发展的关键基因及功能并进行临床样本表达验证。 方法：从公共基因GEO数据库中筛选HCC及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具及Venn图筛选出差异表达基因（DEGs）,对筛选出来的DEGs用DAVID网站进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件对DEGs进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络分析并筛选出核心DEGs,将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs,将与预后相关的DEGs用GEPIA网站进行表达量分析,得到在HCC和癌旁组织中的差异表达情况;将与预后相关且在HCC中高表达的DEGs经Metascape网站进行功能及富集通路分析,得到与HCC发生发展有关的关键基因,最后选取关键基因在HCC和癌旁组织标本中进行表达验证。 结果：从GEO数据库下载的符合要求的3个基因芯片（GSE14520,GSE41804,GSE45267）中共筛选出78个DEGs。用DAVID网站进行GO功能分析、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后,筛选出17个核心DEGs（CDK1、ASPM、CENPF、RRM2、CCNB1、TOP2A、PTTG1、ECT2、CDKN3、CYP2B6、SLCO1B3、CYP1A2、CYP4A11、CYP26A1、CYP2E1、NAT2、CYP3A4）,将17个核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析后显示,有9个基因（CDK1、ASPM、CENPF、RRM2、CCNB1、TOP2A、PTTG1、ECT2、CDKN3）与HCC的预后相关（均P<0.05）。GEPIA网站进行表达量分析显示,9个基因在HCC组织中均高表达（均P<0.05）。Metascape网站分析显示,9个高表达基因要富集在细胞有丝分裂的负调控、细胞周期、核染色体隔离和雌配子的产生方面。选取CDK1在HCC组织和癌旁组织中进行验证,结果显示,CDK1在HCC组织中的表达量明显高于癌旁组织（P<0.05）。 结论：本研究得到的9个基因可能是HCC发生、发展的关键基因,可为HCC的发生机制的研究以及诊断、治疗提供参考。