7种立克次体甄别检测基因芯片方法的建立

目的：建立一种能同时检测7种立克次体的化学发光基因芯片法。方法根据NCBI公开发表的7种立克次体的序列设计引物和探针,制备立克次体甄别检测基因芯片。利用多重不对称PCR法扩增立克次体靶基因片段,标记的产物与基因芯片上的探针杂交,经清洗、化学发光显色后进行结果分析。在优化的多重PCR体系、杂交反应和化学发光检测条件下,评价芯片的特异性、灵敏度、重复性。用实时荧光PCR法与芯片法分别检测莫氏立克次体梯度稀释的核酸,比较两种方法的灵敏度。制备双盲模拟样本,进一步评价芯片方法的准确性。结果该研究共筛选出1对通用引物、4对特异性引物和1条立克次体属通用探针、9条特异性检测探针。该芯片检测质粒DNA的灵敏度为1．5×102～3×103拷贝／反应,检测模拟样本的灵敏度为103～104拷贝／μl。实时荧光PCR法与芯片法检测结果一致,实时荧光PCR法比芯片法灵敏度高10倍。双盲模拟样本检测符合率为100％。结论成功建立了可同时检测7种立克次体的化学发光基因芯片检测方法,为立克次体病的临床诊断和流行病学调查提供了一种新的高通量检测手段。     

腹泻病毒化学发光基因芯片检测方法的建立和验证

目的 建立一种化学发光基因芯片检测方法,实现7种腹泻病毒,A组轮状病毒、B组轮状病毒、Ⅰ型诺如病毒、Ⅱ型诺如病毒、札如病毒、星状病毒和肠道腺病毒的快速、准确检测.方法 选择7种病毒特异性基因的保守区,设计引物与探针,制备寡核苷酸基因芯片.将多重实时荧光PCR(RT-PCR)扩增产物与带有特异性探针的芯片杂交,经洗涤、化学发光检测后进行结果分析.在优化的RT-PCR体系、杂交条件和化学发光检测条件下,评价芯片的灵敏度、重复性和特异性.结果 研制的基因芯片具有良好的特异性和灵敏度,检测体外转录RNA参考品的最低检测限为3×103拷贝/反应,检测临床样本的灵敏度为95.2％、特异性为92.1％、符合率为95.1％.结论 建立了一种基于化学发光基因芯片的腹泻病毒检测方法,此法能快速、灵敏、特异地检测和鉴别7种腹泻病毒,具有较好的应用前景.     

幽门螺杆菌对两种抗生素的耐药性及相关基因突变分析

目的分析浙江地区26株幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,H.pylori）对克拉霉素和左氧氟沙星的耐药性,探讨H.pylori对克拉霉素、左氧氟沙星的耐药性,及其与23SrRNA基因、gyrA基因突变的关系。方法采用E-test法测定H.pylori对克拉霉素和左氧氟沙星的最低抑菌浓度（MIC）,提取H.pylori基因组DNA,采用PCR法扩增23SrRNA和gyrA基因片段,并对扩增产物进行测序、分析。结果药敏实验结果显示26例临床分离株中,6例对克拉霉素耐药,6例对左氧氟沙星耐药,8例对克拉霉素和左氧氟沙星双重耐药。所有克拉霉素耐药菌株23SrRNA基因都存在A2143G突变;左氧氟沙星耐药菌株gyrA基因中的喹诺酮类耐药决定区（quinolone-resistance-determining region,QRDR）存在突变,主要在第87和91位氨基酸。结论 23SrRNA基因的A2143G突变是导致H.pylori对克拉霉素耐药的主要原因;gyrA基因的87和91位氨基酸突变是导致H.pylori对左氧氟沙星耐药的主要原因。     

呼吸道病毒核酸检测技术研究进展

急性呼吸道感染是临床最常见的疾病之一。呼吸道病毒作为其最主要的致病病原体,种类繁多,不易区分。因此,建立一种快速、灵敏、特异的检测方法显得尤为重要。近年来,随着分子生物学的不断发展,呼吸道病毒检测方法日新月异,尤其是基于聚合酶链反应的分子诊断技术以其检测速度快、灵敏度高、特异性强等特点在呼吸道病毒检测过程中发挥了重要作用。     

可视化基因芯片技术检测肠道病毒方法的建立

目的建立一种能同时检测10种肠道病毒的可视化基因芯片法。方法根据公开发表的10种常见肠道病毒的序列,设计病毒引物和探针,制备肠道病毒检测基因芯片。利用多重不对称PCR法扩增样品中的病毒靶片段,标记产物与基因芯片上的探针杂交,经清洗、可视化显色后进行结果分析。在优化的RT-PCR体系、杂交反应和可视化检测条件下,评价芯片的特异性、灵敏度和重复性。结果本研究共筛选出2对通用引物、3对特异性引物和1条肠道病毒属通用探针、9条特异性检测探针。该芯片具有较好的特异性和重复性,可检测出不低于102拷贝/μl的体外转录RNA。30例临床标本的芯片检测结果与荧光PCR法一致。结论本研究所建立的方法具有高通量、高特异性、高灵敏度等特点,因此在临床上具有潜在的应用前景,可以为肠道病毒诊断提供实验室依据。     

一种细菌DNA提取方法的正交设计优化

目的通过正交实验优化异硫氰酸胍-硅胶提取细菌DNA的方法,以缩短其提取时间,进而缩短细菌特别是炭疽芽孢杆菌等恐怖细菌的核酸分子检测时间。方法以基因芯片的杂交信号值为指标,以异硫氰酸胍-硅胶提取DNA过程中的煮沸时间、室温放置时间、乙醇洗涤次数为考察因素通过正交实验法优化异硫氰酸胍-硅胶提取细菌DNA的条件。结果优化后的因素水平为煮沸10 min,室温放置15 min,乙醇洗涤2次。结论实验证明,优化后的提取时间比原来缩短了25 min,且信号值比原方法更高。     

基于蛋白芯片对不同方法预处理疫苗的抗原性评价

目的分别对4种疫苗（A群脑膜炎球菌多糖疫苗、吸附白喉破伤风联合疫苗、麻疹减毒活疫苗、炭疽芽孢杆菌疫苗株裂解液）进行不同的预处理,使其能作为抗原检测所诱导的抗体。方法分别用饱和碳酸钠溶液、重铬酸钾与稀盐酸混合液、80%乙醇处理A群脑膜炎球菌多糖疫苗,用饱和碳酸钠溶液、重铬酸钾与稀盐酸混合液处理吸附白破联合疫苗和麻疹减毒活疫苗,PAGE纯化炭疽杆菌疫苗株裂解液中的抗原,以蛋白芯片比较其抗原性。结果比较了不同方法预处理4种疫苗的效果,初步验证了所处理的疫苗具有良好的抗原性。结论运用恰当的处理方法对疫苗进行预处理,可使其在检测相应抗体时表现出良好的抗原性,为以疫苗作为抗原检测相应抗体打下了基础。     

耐万古霉素肠球菌检测基因芯片方法的建立和验证

目的：基于基因芯片技术建立一种能快速甄别粪肠球菌、屎肠球菌及万古霉素耐药基因的检测方法。方法根据GenBank中查找的2种常见肠球菌特异性基因序列（ ddl）及万古霉素耐药基因（ vanA,vanB）序列,设计与合成用于检测肠球菌的特异性基因及耐药基因的引物和探针,制备耐万古霉素肠球菌（VRE）检测基因芯片。利用多重不对称PCR法扩增样品中的特异性基因与耐药基因片段,标记产物与基因芯片上的探针杂交,经清洗、化学发光法显色后进行结果分析。在优化的多重PCR体系、杂交反应和化学发光法检测条件下,评价芯片的特异性、灵敏性和重复性。结果共筛选出1对通用引物、4对特异性引物和1条细菌通用探针、4条特异性检测探针。该芯片具有良好的特异性和重复性,灵敏性可达103 CFU／ml。10例临床分离株样本的芯片检测结果与药敏实验基本一致（8／10）。结论初步建立了检测VRE的基因芯片方法,利用此方法可以甄别2种VRE种类并检测其耐药基因。