高通量测序在鸟类肠道微生物中的研究进展

鸟类作为分布广泛、种群数量庞大和高度多样化的物种之一,在病原体传播中发挥了重要作用。本文综述了基于高通量测序技术的3种测序策略(16S rDNA测序、宏基因组测序和宏转录组测序)的特点及其在鸟类肠道菌群多样性、抗生素抗性基因和病原微生物发现中的应用,并对未来发展趋势进行了展望。     

南昌市外环境新型冠状病毒监测与分析

目的 了解疫情期间南昌市新型冠状病毒外环境污染情况,为采取针对性的疫情防控措施提供科学依据。方法 选取22个重点场所为采样点,采集环境涂抹样,采用RT - PCR法对样本进行新型冠状病毒核酸检测。结果 22个采样点共采集样本647份,其中核酸阳性样本5份,均来源于确诊病例的居家和办公场所,分别为病例居家的卫生间洗漱台面、卫生间蹲坑冲水开关、冰箱把手、床头柜以及办公室的卫生间马桶冲水按钮。结论 疫情期间,病例居家与办公场所外环境检测到COVID - 19核酸阳性,其中卫生间污染严重,其他公共场所外环境未检测到核酸阳性。     

2013-2018年南昌市重症肺炎病例中甲型流感病毒感染状况分析

  目的  分析南昌市重症肺炎病例的甲型流感病毒分布特征和发病特点,为重症肺炎病例的临床防治提供依据。  方法  收集2013年4月~2018年3月南昌市重症肺炎病例的呼吸道样本和病例资料,进行病原学和流行病学分析。  结果  2013年4月~2018年3月共检测来自南昌市17家医疗机构的261例重症肺炎病例,检出甲型流感病毒核酸阳性77例,总阳性率为29.50%。其中包括39例新甲H1NI病例、13例季节性H3、16例人感染H7N9禽流感、3例人感染H10N8禽流感。甲型流感病毒重症肺炎病例主要发生在冬春季（12月至次年5月）,年龄中位数48岁,其中男性48例,女性31例。2013-2018年南昌市报告21例人感染H7N9/H10N8禽流感病例,90.48%（19/21）的病例通过不明原因肺炎监测发现,病死率33.33%。  结论  南昌市重症肺炎病例中近三成感染甲型流感病毒,其中新甲H1NI流感病毒为主要流行株,死亡病例均为禽流感病毒感染。     

2015—2017年南昌市手足口病疫情病原学分析

目的 分析2015年至2017年南昌市手足口病原学构成,为手足口病疫情的防控提供科学依据。方法 利用商品化试剂对肠道病毒的PE、EV71、CoxA16等基因片段进行检测,对检测结果进行分析。结果 临床诊断为手足口病的实验室确诊病例3年分别为52.2%、59.9%、55.7%;EV71、CoxA16是手足口病的主要病原体,但PE阳性比重较大,3年分别达到45.9%、35.9%、58.5%;发病以3岁以下为主,发病年龄最小的10 d、最大40岁。结论 手足口病发病年龄以3岁以下为主,EV71、CoxA16是主要病原体。     

南昌市市售水产品中副溶血性弧菌的污染状况及耐药性和分子分型

目的 了解南昌市市售水产品中副溶血性弧菌的污染状况和耐药性、毒力基因携带情况及分子分型特征。方法 2021年3—9月采集南昌市各农贸市场市售小龙虾、淡水鱼蛙及相关涂抹样本170份，分离副溶血性弧菌菌株，进行抗生素耐药检测、毒力基因检测以及采用脉冲场凝胶电泳（Pulsed-Field GelElectrophoresis,PFGE）进行分子分型分析。结果 在采集的样品中，仅在小龙虾和小龙虾涂抹样本中分离到副溶血性弧菌，总共分离副溶血性弧菌35株，其他淡水鱼、蛙及其涂抹样品均未分离到副溶血性弧菌。针对受试的17种常见抗生素，35株副溶血性弧菌中仅有2株显示对氨苄西林耐药、1株对链霉素耐药，而对其他抗生素均敏感；35株副溶血性弧菌都携带tlh基因，但只有1株携带耐热相关溶血毒素基因trh，未发现直接耐热溶血毒素基因tdh阳性菌株；PFGE图谱聚类显示没有PFGE图谱完全一致的菌株，且这些菌株中没有明显的优势簇，亲缘关系较为疏远。结论 南昌市售水产品中小龙虾中副溶血性弧菌污染比较严重。这些污染小龙虾的副溶血性弧菌菌株一般不携带tdh等关键毒力基因，对常见抗生素较为敏感，仅对氨苄西林和链霉素存在...     

一起星状病毒引起暴发流行的实验室检测

目的通过实验室技术手段,确认引起暴发流行的病原微生物,并确立病原微生物载体与病人之间的相关性。方法根据现场流行病学调查提示,对二次供水5份、桶装水2份、蓄水池水1份、病人肛拭子7份,粪便1份,呕吐物1份,运用RT-PCR技术筛查确立可疑病原微生物。结果 5份二次供水、1份蓄水池水均检出人星状病毒核酸,7份病人肛拭子中4份阳性,1份粪便和1份呕吐物也均检出人星状病毒核酸,同时排除人杯状病毒、轮状病毒和腺病毒核酸的存在。结论本次急性胃肠炎暴发流行是由星状病毒污染水源引起的。     

南昌市1例输入性登革热病例的型别鉴定及基因特征

目的通过实验室检测技术分析1名输入性发热病例的病毒性病原体,并判定其型别,为临床防治提供实验室依据。方法将采集到的血标本采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real time PCR)检测登革病毒核酸,使用通用引物和型特异性引物行逆转录-套式PCR扩增保守区域特异性核酸片段进行型别鉴定,通过登革病毒E基因扩增和序列测定对登革病毒进行亚型基因分型。结果病例血标本核酸经RT-PCR和逆转录-套式PCR方法鉴定为登革病毒2型(DENV-2),基因分类属于DENV-2全球型。结论该例输入性疑似登革热病例系DENV-2全球型引起。     

2013—2018年江西省南昌市重症肺炎病例流行病学特征分析

目的分析江西省南昌市重症肺炎病例的流行病学特征，为重症肺炎病例的临床防治提供依据。方法收集2013年4月至2018年3月南昌市重症肺炎病例的呼吸道样本和病例资料，进行病原学和流行病学分析。结果来自17家南昌市医疗机构的261例重症肺炎病例，检出流感病毒核酸阳性81例，阳性检出率为31.03%。 其中包括新甲H1（43例）、季H3（13例）、人感染H7N9禽流感（18例）、人感染H10N8禽流感（3例）和乙型流感（4例）。 重症肺炎病例主要集中在冬春季（12月至次年5月），男女性别比为1.69∶1。 病例年龄最小为1月龄，最大为95岁。 21例人感染H7N9/H10N8禽流感病例，病死率33.33%。 90.48%（19/21）的病例通过不明原因肺炎监测发现，年龄中位数为69岁，大部分病例有基础性疾病和明确禽类接触史。结论南昌地区重症肺炎病例流感病毒以新甲H1流感病毒流行为主，应及时发现新型流感病毒，坚持监测工作常态化，做好传染病防控工作。     

南昌市1 929名大学新生HBV感染状况调查

乙型肝炎(乙肝)是严重影响人类身体健康的传染病.我国人群的乙型肝炎病毒(HBV)感染率很高,在以集体生活为主的高校,加强对乙肝感染的监测及防治工作极为重要.为了解乙型肝炎在大学生中的流行情况,为卫生监督、疾病诊断、预防和治疗提供依据,笔者于2007年对南昌市3所大中专院校入学新生进行了HBV标志物(二对半)检测.     

一起人腺病毒14型所致成年人不明原因肺炎的病原学检测分析

摘要:目的　分析一起导致一名成年人不明原因肺炎的病毒性病原体,确立病原微生物载体与病人之间的相关性,为临床防治提供实验室依据。方法　将采集到的呼吸道标本采用实时荧光定量PCR（Real-time PCR）检测流感病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、人博卡病毒、人腺病毒和鼻病毒核酸,对检测结果为腺病毒阳性的核酸进一步采用腺病毒特异性引物通过PCR进行Hexon,Fiber和E1A区基因特异性扩增,产物进行核苷酸序列测定和比对分析并构建遗传进化树。结果　1份咽拭子和1份支气管灌洗液核酸经Real-time PCR检测均呈腺病毒阳性,扩增病毒基因序列经测序分析与人腺病毒14型同源性最高。结论　此起成年人不明原因肺炎是由人腺病毒14型感染所致。