贵州省遵义地区人体结膜吸吮线虫线粒体DNA分析

目的通过线粒体DNA测序及亲缘关系分析初步确定贵州省遵义地区结膜吸吮线虫的来源。方法采集2016年贵州省遵义地区7例人体结膜吸吮线虫病例患者中取出的虫体,提取DNA,PCR扩增结膜吸吮线虫线粒体DNA COX1序列,与已发表的结膜吸吮线虫线粒体DNA COX1序列进行比对和系统进化分析。结果自结膜吸吮线虫患者所得虫体扩增的COX1基因存在差异,人体感染的虫株之间存在较低的遗传变异。结论遵义地区是新的结膜吸吮线虫病流行区,其结膜吸吮线虫流行株包含了亚洲及欧洲两种来源,至少有4种单倍体型。     

结膜吸吮线虫中富亮氨酸结构域蛋白的筛选及生物信息学分析

目的对结膜吸吮线虫分泌蛋白基因组数据进行注释分析,筛选出富亮氨酸结构域蛋白,分析预测该基因序列及其编码蛋白质的结构和功能。方法对结膜吸吮线虫基因组进行结构分析和注释,在分泌蛋白组中筛选富亮氨酸结构域蛋白基因序列,利用ExPASY、DNAstar、MEGA 7.0等生物信息学软件预测分析其编码蛋白的理化性质、抗原表位等,并进行同源序列比对分析;建立系统发育树,进行系统进化分析。结果从结膜吸吮线虫分泌蛋白组中筛选出1条含有完整编码框的富亮氨酸结构域蛋白基因序列,其长度为2 439bp,编码812个氨基酸。编码蛋白相对分子质量(Mr)为204.001 24×103,为疏水性蛋白,含一个信号肽,无跨膜区,且含有较多抗原表位,与盘尾丝虫同源序列相似性为66%。结论生物信息学分析结膜吸吮线虫富亮氨酸结构域蛋白含有抗原表位,故该蛋白及其编码基因序列可作为诊断抗原和疫苗候选分子,也为该蛋白的功能研究了提供基础数据。     

结膜吸吮线虫海藻糖酶筛选及其生物信息学分析

目的　筛选结膜吸吮线虫基因组注释数据,鉴定海藻糖酶基因,并研究其编码蛋白的生物学特性。方法　 基于结膜吸吮线虫基因组筛选出海藻糖酶基因并进行PCR验证,通过生物信息学方法分析该基因编码蛋白的结构特征,包括疏水区、跨膜区、信号肽及结构域,以及编码蛋白质的二级、三级结构及其抗原表位。对其编码的氨基酸序列进行同源比对,利用MEGA X软件构建系统发育树,通过STRING数据库对其蛋白互作网络进行预测。 结果　从结膜吸吮线虫基因组中筛选鉴定出1条具有完整编码区的海藻糖酶基因序列,其长度为1 638 bp,编码545个氨基酸;预测其编码蛋白大小为63 478.48 ku,为分泌蛋白;其5′区域包含一个信号肽,无跨膜区,推测具有7个抗原表位。以STRING数据库中线虫蛋白互作网络信息为参考,对结膜吸吮线虫海藻糖酶基因的蛋白质互作网络进行预测,共鉴定出包括10个基因在内的27个互作关系。结论　从结膜吸吮线虫基因组中筛选出1条海藻糖酶基因并对其编码蛋白进行了生物信息学分析,从而为该蛋白的生物学功能研究及结膜吸吮线虫病疫苗候选分子筛选奠定了基础。     

结膜吸吮线虫基因组中分泌蛋白的规模预测及分析

目的 在对结膜吸吮线虫基因组数据进行注释的基础上对其中分泌蛋白进行规模预测及分析。方法 联合应用 SignalP、TMHMM、MEME、Protcomp、big-PI Predictor和 SecretomeP 等多种生物信息学软件进行分析,完成了结膜吸吮线虫分泌蛋白组的预测,对其进行 GO 功能富集、KEGG 通路分析、结构域统计以及具有抗原性分泌蛋白预测等分析。结果 结膜吸吮线虫含有约 259个分泌蛋白,其长度多集中在 100-700 aa ;GO 功能分析发现这些分泌蛋白多富集在分泌途径及宿主互作中;KEGG 分析显示分泌蛋白在药物及谷胱甘肽代谢中发挥着重要作用;候选分泌蛋白的结构域分析发现存在最多为糖水解酶结构域;大规模筛选预测到 126 个分泌蛋白具有B细胞表位抗原性的功能。结论 结膜吸吮线虫分泌蛋白多为小型蛋白,推测这些蛋白可能参与糖代谢、抗氧化活性,协助虫体的入侵及其在宿主体内的寄生。