肺鳞癌中miR-144靶基因预测及其生物信息学分析

目的:分析miR-144靶基因在肺鳞癌中参与的信号通路生物过程。方法:分析The Cancer Genome Atlas网站中肺鳞癌患者的miR-144的表达量及生存曲线;预测miR-144靶基因并通过表达数据筛选影响肺鳞癌进展基因;BinGo软件对候选靶基因进行GO注释分析,利用DAVID网站预测其信号通路。结果: miR-144表达量高有利于延长肺鳞癌患者生存时间。综合4个靶基因数据库发现miR-144有72个预测结果,其中45个在肺鳞癌患者癌与癌旁组织间表达存在差异。其中部分候选靶基因参与胞核及星形微管的组成,参与上皮细胞增生、RNA合成。通路分析显示部分候选靶基因参与Ras、Wnt、Hippo等信号通路。结论:45个miR-144候选靶基因通过多条信号通路及生物过程调节细胞生命活动,影响肿瘤患者生存预期。     

新一代测序技术在抗癌药物精准治疗中的研究现状

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如今,它已经成为了生物学家进行科学研究不可或缺的工具,并在抗癌药物精准治疗领域做出了重要贡献。该文将针对不同测序方法在抗癌药物精准治疗中的作用进行阐述,探讨新一代测序技术在其中的指导意义。     

生物信息学共表达外推法初构食管癌精准化疗生物标志物模型

目的：用生物信息学共表达外推（以下简称生信COXEN）法初步构建食管癌精准化疗药物（5-氟尿嘧啶、紫杉醇和顺铂）生物标志物模型。方法：本研究使用5种统计学方法（Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch's t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA）从NCI-60数据库筛选药物敏感性基因,通过COXEN筛选食管鳞状细胞癌患者化疗药物敏感性的生物标志物。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果：筛选出可应用于预测人类食管鳞状细胞癌化疗药物敏感性的生物标志物：5-氟尿嘧啶的生物标志物主要富集在细胞周期G1期和S期（RNA和核糖体的合成、DNA复制）中;顺铂的生物标志物主要与蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞和白细胞跨内皮迁移有关;紫杉醇的生物标志物主要与局部黏附、小细胞肺癌和HTLV-I感染通路有关。结论：生信COXEN法筛选出可应用于预测人类食管鳞状细胞癌单个化疗药物敏感性的基因,能为将来构建更有转化应用价值的多组合化疗方案预测模型提供研究基础。     

基于3D细胞培养系统的肺癌类干细胞的分离和鉴定*

目的: 本研究建立三维细胞培养方法（3D）以分离和鉴定肺癌类干细胞,并与二维细胞培养方法（2D）比较,初步探讨该方法在评价肺癌体外增殖、凋亡、侵袭和药物反应性方面的应用。 方法: 将人肺腺癌细胞系A549以1×104个/孔的细胞与RPMI1640和伊格尔基础培养基（basal medium of eagle,BME）制成细胞悬液,培养7 d,收集细胞采用流式细胞仪进行类干细胞表型检测,以及体外成球、耐药性、体内成瘤等干细胞功能鉴定,并将3D与2D细胞培养的A549细胞进行比较。 结果: 细胞表型检测证明3D系统培养的A549细胞中CD44和CD326阳性比例升高,CD24阳性比例下降,细胞体外成球率显著升高（28.50%±1.17% vs.8.67%±0.80%,P < 0.01）对顺铂耐药性显著提高。加药后48 h为58.17%±2.19% vs. 33.27%±5.76%（P < 0.01）,加药后72 h为41.70%±5.81% vs. 27.30%±4.25%（P < 0.01）,体内成瘤时间显著缩短[（20.75±0.85）d vs.（60.25±1.49）d,P < 0.01]。 结论: 3D培养的肺癌细胞中获得更高比例的类干细胞样细胞,具有体内成瘤快、体外成克隆团率高、耐药性提高的特征。      

EHD2负向调控前列腺癌细胞的增殖与转化能力

  目的  研究EHD2在前列腺癌中的表达以及EHD2表达水平对前列腺癌细胞系增殖与转化能力的影响。  方法  免疫组织化学方法检测EHD2在14例前列腺癌组织及7例前列腺增生组织中的表达。用EHD2干扰表达质粒、过表达质粒和对照载体分别转染293T细胞, 制备慢病毒, 感染DU145细胞, 建立稳定细胞系。用Western blot技术检测EHD2表达情况。采用细胞计数法、二维克隆形成实验、Soft Agar实验分别检测EHD2沉默或过表达对前列腺癌细胞增殖能力、克隆形成能力和转化特性的影响。  结果  免疫组织化学显示EHD2在前列腺癌组织中表达量明显低于前列腺增生组织。EHD2干扰表达后DU145细胞的增殖能力、二维克隆形成能力、三维克隆形成能力均明显增强(P < 0.01);EHD2过表达后DU145细胞的增殖能力和三维克隆形成能力均减弱(P < 0.01和P < 0.05)。  结论  EHD2的表达水平对DU145前列腺癌细胞的增殖与转化特性具有明显的调节作用, EHD2可能是前列腺癌的新抑癌基因。      

肝细胞肝癌NTS的表达与炎症微环境形成和肿瘤上皮间质转化及预后的相关性研究

  目的  利用免疫组织化学染色法(IHC)检测肝细胞肝癌(HCC)中神经降压素(NTS)的表达，并探讨HCC中NTS/IL-8通路的激活与炎性微环境形成和肿瘤上皮间质转化(EMT)及临床预后的关系。  方法  收集本院2007年11月至2009年7月期间进行部分肝切除术后确诊为肝细胞癌(HCC)、随访资料完整的肝癌患者64例。采用IHC法检测肝癌及相应癌旁正常组织中NTS，多种炎症因子和EMT相关蛋白的表达情况，包括IL-8、VEGF、MMP-9、CD68、E-cadherin，β-Catenin和Vimentin的表达水平，并比较不同NTS表达对HCC患者总生存时间(OS)的影响。  结果  NTS在HCC中表达率为17.19%(11/64)，NTS阳性HCC标本中IL-8阳性率较NTS阴性标本明显增加(90.91% vs. 41.17%)，二者表达呈正相关(R2=0.298，P=0.006)。NTS和IL-8双阳性(NTS+ IL-8+)HCC标本中，VEGF和MMP-9表达显著增加。同时，NTS+IL-8+HCC细胞EMT特征明显，表现为E-Cadherin表达降低和Vimentin表达升高。在肿瘤中NTS和IL-8共表达与患者的临床疗效呈正相关，术后NTS+IL-8+HCC患者的死亡率比非NTS和IL-8共表达的患者高2.5倍(P=0.022)。NTS+IL-8+HCC患者的OS显著缩短[(24.65±4.45)个月vs.(75.79±16.32)个月，P=0.013)]，而死亡风险明显升高，其预期危险比(HR)为3.457。  结论  在部分HCC中存在NTS/IL-8炎症通路的异常活化，NTS的高表达与炎症微环境形成和肿瘤EMT与肝癌患者预后较差密切相关。      

生物信息学一致性相关系数法预测非小细胞肺癌的NP化疗方案药物敏感性基因

目的用生物信息学一致性相关系数(CCC)法预测非小细胞肺癌一线化疗方案NP方案(长春瑞滨+顺铂)药物敏感性基因。方法使用5种统计学方法:Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch's t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA,从NCI 60数据库筛选药物敏感性基因,通过CCC筛选非小细胞肺癌患者化疗药物敏感性基因。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果筛选出可能应用于预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性基因:顺铂的药物敏感性基因主要富集在蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞通路中;长春瑞滨的药物敏感性基因主要与癌症信号通路、蛋白聚糖有关。结论生物信息学CCC法可应用于筛选出预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性的基因,可能为将来构建NP方案精准化疗模型提供研究基础。     

影像组学在免疫治疗方面的应用现状

影像组学在医学图像中挖掘信息,对癌症的诊断、预后和治疗疗效预测具有极为重要的地位。当前,免疫治疗成为癌症治疗的热点,极大地推动了肿瘤学领域的发展。影像组学特征具备无创、可重复、常规获取以及量化肿瘤异质性等优点,因此可作为免疫治疗疗效的生物标志物。本文将阐述影像组学的特征提取及其数据分析,将其作为生物标志物在免疫治疗中的研究进展,包括预测治疗反应和不良事件,为影像组学在个体化治疗中的应用提供了新的见解。