肺腺癌患者差异甲基化区域分析

目的探讨DNA甲基化在肺腺癌发生中的作用机制。方法收集2019年1月至12月新疆肿瘤医院确诊的肺腺癌和正常对照者外周血各4例,850K芯片甲基化检测平台检测肺腺癌组与正常对照组甲基化区域,Bump hunter寻找两组差异区域。Gene Ontology数据库和KOBAS软件对差异区域对应目的基因进行GO分析和KEEG分析。结果1.共筛选出DMR-1、DMR-2、DMR-3、DMR-4、DMR-6(以上位于chr6),DMR-5(位于chr11)和DMR-7(位于chr20)(P<0.05)七组差异甲基化区域。DMR-1目的基因为HLA-DPB1、HLA-DPA1,DMR-2的为POU5F1,DMR-3的为RP5-1186N24.3、SCAND3,DMR-4的为ZFP57,DMR-5的为LDHC,DMR-6的为LTA,DMR-7的为OXT。其中HLA-DPB1、HLA-DPA1等为高甲基化,SCANDS3和LTA为低甲基化。2.GO分析表明目的基因主要在干扰素-γ、MHC-Ⅱ类复合物等功能中发挥重要作用。KEGG分析显示目的基因甲基化主要在Ⅰ型糖尿病、NF-κB信号通路中高度富集。结论1.肺腺癌患者DNA甲基化的状态可能是引起肺腺癌发生的关键因素,尤其是HLA-DP,POU5F1及LDHC的甲基化状态,在肺腺癌的发生中起着重要的作用。2.在GO功能和KEGG通路中,阐明了DNA甲基化异常导致疾病发展的作用机制。     

LncRNA MALAT1与肺部疾病关系的研究进展

长链非编码 RNA(long non-coding RNA, ln-cRNA)是转录长度超过200 nt且缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,因其异常表达与疾病的发生发展密切相关而成为当前的研究热点[1].肺腺癌转移相关转录本1(metastasis-associated lung adenocarcinoma trans...     

差异甲基化区域与肺腺癌发生发展的关系

摘 要：［目的］ 探讨差异化甲基区域与肺腺癌发生发展的关系。［方法］ 收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1—12月肺腺癌患者及健康对照组外周血各4例,采用Illumina高通量测序平台和850K芯片甲基化检测平台分别检测8例外周血基因谱数据,并以P＜0.05为标准筛选差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）及差异甲基化区域,进一步行DNA甲基化-基因表达联合分析得到目的基因。［结果］ 筛选出1 111个有意义的DEGs;针对DEGs各个区段甲基化的情况,筛选出4 519个差异甲基化基因,对比各组DNA甲基化和组间差异表达的全部基因,筛选出显著性差异表达基因和差异甲基化的基因,筛选得到6个目的基因,即CCR7、CD27、DSC1、LEF1-AS1、SLC8A1和LRRN3。GO功能分析显示差异甲基化区域在生物学途径、细胞成分和分子功能等方面密切相关。在GO功能和KEGG通路中,肺癌发生可能涉及CCL19和CCL21信号通路、缝隙连接、桥粒等分子机制,以及参与cGMP·PKG信号通路及钙离子信号通路等相关通路。［结论］ CCR7、CD27、DSC1等甲基化的状态以及NFKB1-CCR7、STAT3-DSC1、SP1-CCR7等转录因子-基因表达调控网络可能参与肺癌的发生发展;差异甲基化区域在JNK通路及钙离子等信号通路中发挥着重要作用。     

非小细胞肺癌并发肺栓塞患者差异基因lncRNA MALAT1的筛选与验证

目的 通过高通量测序(RNA-Seq)技术筛选非小细胞肺癌(NSCLC)并发肺血栓栓塞症(PTE)患者中差异基因表达谱,探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)与NSCLC并发PTE疾病的关联性。方法 收集2020-01-01-2020-12-30就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院确诊的NSCLC并发PTE患者、单纯NSCLC患者及同期门诊健康体检者的临床资料及其外周血样本各4例。(1)差异基因lncRNA MALAT1的筛选：NSCLC并发PTE患者、单纯NSCLC患者和健康体检者的外周血各4例,应用RNA-Seq行差异基因lncRNA表达谱测序,行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库分析差异基因相关的富集及信号通路。(2)对筛选出的lncRNA MALAT1差异表达的验证：上述3组各30例,应用实时荧光定量聚合酶链反应法检测患者外周血MALAT1、缺氧反应诱导因子1α(HIF-1α)、尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(NOX4)及活性氧(ROS)的表达水平,通过单因素方差分析、LSD-t检验比较组间差异,采用简单线性回归分析...     

肺腺癌患者差异甲基化区域分析

目的探讨DNA甲基化在肺腺癌发生中的作用机制。方法收集2019年1月至12月新疆肿瘤医院确诊的肺腺癌和正常对照者外周血各4例,850K芯片甲基化检测平台检测肺腺癌组与正常对照组甲基化区域,Bump hunter寻找两组差异区域。Gene Ontology数据库和KOBAS软件对差异区域对应目的基因进行GO分析和KEEG分析。结果1.共筛选出DMR-1、DMR-2、DMR-3、DMR-4、DMR-6(以上位于chr6),DMR-5(位于chr11)和DMR-7(位于chr20)(P<0.05)七组差异甲基化区域。DMR-1目的基因为HLA-DPB1、HLA-DPA1,DMR-2的为POU5F1,DMR-3的为RP5-1186N24.3、SCAND3,DMR-4的为ZFP57,DMR-5的为LDHC,DMR-6的为LTA,DMR-7的为OXT。其中HLA-DPB1、HLA-DPA1等为高甲基化,SCANDS3和LTA为低甲基化。2.GO分析表明目的基因主要在干扰素-γ、MHC-Ⅱ类复合物等功能中发挥重要作用。KEGG分析显示目的基因甲基化主要在Ⅰ型糖尿病、NF-κB信号通路中高度富集。结论1.肺腺癌患者DNA甲基化的状态可能是引起肺腺癌发生的关键因素,尤其是HLA-DP,POU5F1及LDHC的甲基化状态,在肺腺癌的发生中起着重要的作用。2.在GO功能和KEGG通路中,阐明了DNA甲基化异常导致疾病发展的作用机制。     

肺栓塞患者DNA甲基化联合基因表达差异分析

目的通过整合生物信息学分析筛选与肺栓塞相关的遗传和表观遗传表达差异。方法以2019年就诊与新疆医科大学第三附属医院肺栓塞患者及健康体检者4例作为研究对象, 利用高通量测序技术及甲基化芯片技术检测、筛选并整合外周血差异基因组和表观基因组数据来识别致肺栓塞发病的甲基化驱动基因及差异表达基因, 行GO及KEGG富集分析。结果将肺栓塞组和健康对照组间DNA甲基化和基因表达数据进行共表达分析, 基因上游区域差异甲基化与基因表达呈负相关, 其中共筛选出基因上游区域显著甲基化基因有8个, 采用独立样本的T检验及Pearson相关性分析, 肺栓塞组中TSS1500显著甲基化基因有6个, 分别为TSPO2、C1QA、AQP1、TNFSF9、MIA、STAB1, 对应基因的差异表达倍数log2FC分别是1.298, 1.629, 1.024, 2.746, 2.539, 1.060, 基因表达与基因甲基化之间的相关度分别是-0.908, -0.900, -0.824, -0.784, -0.783, -0.779, 两组间甲基化差异分别是-0.049, -0.053, -0.048, -0.057, -0...     

lncRNA-miR210HG在非小细胞肺癌发生中的作用机制

目的:探讨lncRNA-miR210HG在非小细胞肺癌（NSCLC）发生中的作用机制。方法:收集2017年01月至2020年01月我院收治确诊的54例NSCLC患者的癌组织与癌旁组织,采用生物信息学在线程序预测lncRNA-miR210HG的潜在靶标miRNA,双荧光素酶实验检测NCI-H1650 NSCLC细胞中lncRNA-miR210HG和miRNA210的相互作用,qRT-PCR检测肺癌组织中lncRNA-miR210HG、miRNA210、HIF-1α、VEGF的mRNA表达水平,NCI-H1650 NSCLC细胞分别转染miRNA210类似物及抑制物后,采用qRT-PCR检测细胞水平lncRNA-miR210HG、HIF-1α与VEGF的mRNA表达。结果:lncRNA-miR210HG与miRNA210间存在互补结合序列,野生型lncRNA-miR210HG和miRNA210的荧光素酶活性低于对照组（P＜0.01）,且lncRNA-miR210HG与miRNA210的靶向结合是通过其3'-UTR区。NSCLC组织中lncRNA-miR210HG、miRNA210、HIF-1α（P＜0.001）及VEGF（P＜0.01）的mRNA表达水平均较癌旁组织中高,差异有统计学意义。NSCLC组织中lncRNA-miR210HG表达与miRNA210表达呈负相关。细胞实验发现,miRNA210过表达后,HIF-1α、VEGF、lncRNA-miR210HG的mRNA表达水平均下降,其中lncRNA-miR210HG、HIF-1α与对照组相比差异有统计学意义（lncRNA-miR210HG:P＜0.05;HIF-1α:P＜0.01）,miRNA210被抑制后,HIF-1α、VEGF、lncRNA-miR210HG的mRNA表达水平均较对照组升高,且差异均有统计学意义（lncRNA-miR210HG:P＜0.01;HIF-1α:P＜0.05;VEGF:P＜0.01）。结论:lncRNA-miR210HG 3'-UTR区通过与miRNA210的靶向结合,从而调控下游HIF-1α、VEGF的mRNA表达,可能参与了NSCLC的发生、发展。     

MALAT1调控 miR-19b-3p/HIF-1α分子轴参与非小细胞肺癌的发生发展

摘要:目的 探讨 MALAT1调控 miR-19b-3p/HIF-1α影响非小细胞肺癌(NSCLC)的发病机制。方法 采用实时 荧光定量 PCR(qRT-PCR)检测 MALAT1、miR-19b-3p在 NSCLC 肺癌组织和 NSCLC 细胞系中的表达水平。过表达 miR-19b-3p和敲除 MALAT1后,采用qRT-PCR和 Westernblot检测 A549细胞中 MALAT1、miR-19b-3p、缺氧诱导因 子-1α(HIF-1α)和血管内皮生长因子(VEGF)表达水平的变化。采用细胞增殖毒性检测试剂盒(CCK-8)和流式细胞术检 测细胞增殖、细 胞 周 期 和 凋 亡 情 况。采 用 Transwell实 验 检 测 细 胞 迁 移 及 侵 袭 能 力。结 果 在 NSCLC 癌 组 织 及 NSCLC细胞系中 MALAT1表达升高、miR-19b-3p表达降低,并且 MALAT1与 miR-19b-3p表达水平呈负相关(r= -0.8969,P<0.01);过表达 miR-19b-3p及敲除 MALAT1可使 A549细胞中 miR-19b-3p基因表达升高,MALAT1、 HIF-1α及 VEGF基因表达下降。过表达 miR-19b-3p使 A549细胞增殖能力、分裂能力、侵袭迁移能力下降,凋亡率增 加。结论 MALAT1可能靶向 miR-19b-3p调节 HIF-1α/VEGF参与非小细胞肺癌发生发展。     

肺腺癌患者血清中非编码RNA差异表达的分析研究

目的 研究肺腺癌患者外周血中非编码RNA的表达差异.方法 收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月—2019年12月呼吸神经内科收治的肺腺癌患者与健康对照组的外周血各4例,利用TRIZOL试剂盒提取两组患者外周血中RNA,采用RNA-Seq高通量测序检测lncRNA表达谱,利用lncTar软件对差异表达的lncRNA...     

肺癌合并肺栓塞患者DNA甲基化基因的表达差异的分析研究

目的 GO富集分析联合KEGG通路分析筛选肺癌合并肺栓塞患者中参与肺栓塞形成的甲基化驱动基因.方法 以2019年1月—2019年12月新疆医科大学附属肿瘤医院呼吸内科收治的肺腺癌合并肺栓塞患者、肺腺癌患者各4例为研究对象,提取外周血总RNA及DNA,利用Illumina RNA高通量测序技术及Illumina 850K...