基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平，及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料，比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异，统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图；利用DAVID工具对差异基因进行GO分析，采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路；STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）；ASPM表达水平与生存期相关，高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05），是肺腺癌患者预后的独立危险因素，R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个，差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路；Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差，可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

缺氧模型和多因素模型构建结核休眠菌模型比较研究

目的 比较缺氧模型及多因素模型两种结核休眠菌建模方法的优劣。方法 利用缺氧因素构建缺氧模型;利用低氧(5% O₂)、高CO₂(10% CO₂)、弱酸(pH 5.0)及营养缺乏(10% 7H9液体培养基)多种因素构建多因素模型。分别在第20 d、30 d时取样,用金胺O-尼罗红染色法染色,在共聚焦显微镜下观察结核菌脂质聚集及失去抗酸性的情况;用电镜观察结核菌细胞壁增厚情况;并检测其对利福平的耐药率。在建模30 d时,将等量的两种模型分别转入新鲜7H9液体培养基中,观察并比较其复苏情况。结果 建模20 d时,两模型组细菌均出现脂质聚集及失去抗酸性,无明显差异。两模型组细菌均未出现明显细胞壁增厚。建模30 d时,多因素模型组细菌几乎都表现出脂质聚集及失去抗酸性,而缺氧模型组仍有部分细菌未表现出脂质聚集及失去抗酸性。同时,多因素模型组在建模30 d还出现了细胞壁增厚的细菌,缺氧模型组则无明显改变。多因素模型组细菌对利福平的耐药率明显高于缺氧模型组,且多因素模型组细菌复苏的菌量远小于缺氧模型组。结论 多因素模型较缺氧模型能更快诱导结核菌进入休眠状态,且诱导出的结核休眠菌状态更稳定。     

分支杆菌噬菌体Leo生物学特性及抗结核作用

目的 明确分支杆菌噬菌体Leo的生物学特性及其抗结核作用,为“鸡尾酒疗法”筛选候选噬菌体。方法 采用双层平板法制备噬菌体Leo,观察噬菌斑形态;电镜观察噬菌体颗粒形态;提取噬菌体DNA,限制性内切酶酶切分析确定其核酸类型;以不同MOI扩增噬菌体Leo,确定最佳MOI及最低MOI;通过一步生长曲线,确定潜伏期及裂解量;采用终点滴定反浊法测定耻垢分支杆菌对噬菌体Leo的耐受突变率;检测噬菌体Leo对酒精、温度的耐受性及在不同pH下的裂解能力;通过体外杀结核分枝杆菌实验,明确噬菌体Leo对结核分枝杆菌的杀灭作用。结果 Leo噬菌斑圆形透明,边缘清晰,含对称的多面体头部,直径(70±3.0)nm, 可弯曲的尾部,尾长(211±31.7)nm;其基因组能被限制性内切酶HindⅢ、BglⅠ切开;最佳MOI为0.0 0001,最低MOI为0.0 001,潜伏期为150 min,裂解量74,耐受突变率为10^-7。Leo对温度、酒精敏感,在pH 7.4和pH 5.0时均能裂解宿主菌。Leo作用于结核分支杆菌72 h后,Leo组菌量明显低于空白组(P <0.05)。结论 分支杆菌噬菌体Leo属长尾噬菌体科,双链DNA噬菌体,能够杀灭结核分支杆菌,可作为“鸡尾酒疗法”的候选噬菌体。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平,及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料,比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异,统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图;利用DAVID工具对差异基因进行GO分析,采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路;STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）;ASPM表达水平与生存期相关,高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05）,是肺腺癌患者预后的独立危险因素,R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个,差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路;Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差,可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

噬菌体TM4、Guo1和D29对静止期结核菌裂解作用初步研究

目的 研究噬菌体TM4、Guo1、D29能否裂解静止期结核菌。方法 采用密闭培养至对数生长期的结核分枝杆菌构建静止期结核菌模型;采用药敏检测、金胺o-尼罗红荧光染色和电镜观察作为检测模型方法;采用most probable number(MPN)法计数作为裂解作用的检测指标。结果 密闭培养11个月的静止期结核菌模型构建成功;经不同处理后,MPN计数结果为对照组1100,Guo1组23,TM4组23,D29组600,RFP组673,INH组887;与对照组相比,Guo1组和TM4组菌量明显减少(P<0.01,P<0.01),D29组菌量减少不明显(P=0.05);与RFP组相比,Guo1组和TM4组菌量亦明显减少(P<0.05,P<0.05),D29组菌量减少不明显(P>0.05);Guo1组和TM4组菌量无差异。结论 噬菌体TM4和Guo1能够裂解静止期结核菌,噬菌体D29不能裂解静止期结核菌,噬菌体TM4和Guo1裂解能力无差别。