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人乙型肝炎病毒包膜蛋白多态性的生物信息学分析及其意义 总被引:4,自引:0,他引:4
目的 构建乙肝病毒生物数据库(Bio-HBV Database),针对HBV包膜蛋白序列进行多态性分析。方法 构建Bio-HBV生物数据库获得国际基因序列库中所有完整的包膜蛋白并进行比对,采用信息熵评价序列位点的保守性,结合BLOSUM90评分系统和PAML(phylogenetic analyses by maximum likelihood)软件包寻找选择压力下的异常氨基酸替换模式。结果包膜蛋白中ps35,ps132,s49和s127等氨基酸替换具有高度的统计学意义。此外包膜蛋白内有多个重要区段,直接影响HBV生物学功能。我们对这些区段逐一分析了功能与结构的关系。结论 通过Bio-HBV生物数据库,用生物信息学方法不仅验证了已知生物学特性的功能域的保守性,更提出了潜在的可以作为研究切入点的新功能域。 相似文献
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日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的生物信息学鉴定与分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 鉴定日本血吸虫中存在的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,分析其蛋白结构特征.方法 采用双向同源比对、结构域搜索和系统发育分析等生物信息学手段,在已有转录组和蛋白质组数据基础上鉴定日本血吸虫的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,并采用同源建模方法获得日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的结构特征.结果 获得了2条腺嘌呤磷酸核糖转移酶的同源蛋白序列;分析了这2条序列的EST丰度、理化性质及蛋白三维结构等信息.结论 日本血吸虫至少存在2个腺嘌呤磷酸核糖转移酶的异构体. 相似文献
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目的 通过识别阴道镜图像中的上皮与血管特征,探讨深度学习的目标检测技术在宫颈癌前病变定位及分类中的可行性。方法 收集2018年3月至2019年7月复旦大学附属妇产科医院病理诊断为宫颈低级别(5 708例)、高级别(2 206例)癌前病变和宫颈癌(514例)患者的28 975张阴道镜图像。依照国际宫颈病理与阴道镜联盟及美国阴道镜与病理协会阴道镜标准化术语,基于16类宫颈上皮与血管征象,对图像进行像素级标注后得到有效标签39 858个。为降低细粒度标注可能存在的误差,进一步将标签归并为低级别、高级别和癌三大类。采用经过二次迁移学习的ResNet101预训练网络作为特征提取器,分别构建基于Faster-RCNN网络结构的高级别病变目标检测和低、高、癌三类目标检测模型。结果 基于ImageNet预训练的ResNet101模型,通过宫颈转化区分类的开源阴道镜数据进行第一次迁移学习,再以自有数据的病变分类为目标进行第二次迁移学习得到特征提取器。所构建的高级别和三类病变定位检测模型在测试集上的识别精度均值mAP@IOU=0.5分别为0.82和0.67。结论 利用国内最大阴道镜中心的大样本数据,基于上皮与血管特征的精细标注,深度学习模型在宫颈癌前病变检测中取得较好效果。深度学习的目标检测技术在宫颈癌前病变定位及分类中可行,尽管在识别精度上仍有提升空间,但已显示其辅助宫颈癌筛查尤其是指导定位的可行性。 相似文献
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目的 构建乙肝病毒生物数据库(Bio-HBV Database),针对HBV包膜蛋白序列进行多态性分析。方法 构建Bio-HBV生物数据库获得国际基因序列库中所有完整的包膜蛋白并进行比对,采用信息熵评价序列位点的保守性,结合BLOSUM90评分系统和PAML(phylogenetic analyses by maximum likelihood)软件包寻找选择压力下的异常氨基酸替换模式。结果 包膜蛋白中ps35,ps132,s49和s127等氨基酸替换具有高度的统计学意义。此外包膜蛋白内有多个重要区段,直接影响HBV生物学功能。我们对这些区段逐一分析了功能与结构的关系。结论 通过Bio-HBV生物数据库,用生物信息学方法不仅验证了已知生物学特性的功能域的保守性,更提出了潜在的可以作为研究切入点的新功能域。 相似文献
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跨膜蛋白拓扑结构预测是生物信息学的研究热点之一。本文简述了跨膜蛋白预测算法的研究进展 ,并给出了基于欧洲生物信息中心测试集的各种算法的预测结果。通过结果的比较 ,指出了各种算法的优缺点 ,并就可能提高算法预测准确度的方法时行了讨论。 相似文献
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