女性宫颈人乳头状瘤病毒多重感染的基因型对比研究

目的研究南京及深圳两地女性宫颈细胞中23种人乳头状瘤病毒(HPV)多重感染的基因型分布及其差异性。方法收集2010年1月-2011年12月深圳市2 915例及2011年4-12月南京市3 678例女性宫颈细胞标本,采用基因扩增结合基因芯片技术对23种HPV基因型进行检测,并对多重感染结果进行分析,应用SPSS13.0统计软件对相关数据进行统计处理。结果 6 593例女性宫颈细胞标本中检出HPV感染阳性1 002例,阳性率为15.20%;HPV多重感染率南京组为1.69%、深圳组为5.66%,差异有统计学意义(P<0.01);深圳组高危型HPV16多重感染率最高为1.61%、其次为58、52型,感染率分别为1.34%、1.30%,而南京组高危型HPV16多重感染率为0.44%,18、33、58型感染率均为0.33%;深圳组低危型HPV43、6、42型多重感染率,分别为1.72%、0.62%、0.58%,而南京组43、11、42型,感染率分别为0.65%、0.14%、0.08%。结论女性宫颈细胞HPV多重感染的主要型别南京地区为43、16、18、33、58型,深圳地区为43、16、58、52型,HPV基因芯片技术可检测宫颈细胞标本中的多种HPV基因型,其特异性强、敏感性高,对我国女性宫颈细胞HPV感染基因型分布的研究具有重要的意义。     

大剂量甲泼尼龙对脊髓损伤早期基因表达谱的影响

目的甲泼尼龙(methylprednisolone,MP)是治疗急性脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)的惟一有效药物,但其作用机制尚未明确。通过观察MP对SCI早期基因表达谱的影响,从基因表达层面探讨其机制。方法采用重复样本和重复基因芯片检测的方法进行实验。取9只健康成年日本大耳白兔,体重(3 100±140)g,随机分为对照组(A组)、模型组(B组)和药物组(C组),每组3只。A组仅进行椎板切除术,B、C组行椎板切除后采用Allen法建立急性SCI模型。C组在造模后2 h按人-兔等效剂量给予大剂量MP冲击治疗,B组注射等量生理盐水,A组不作处理。造模后8 h处死实验动物,分别获取以损伤区为中心长约8 mm的脊髓组织,采用Trizol法提取总RNA,用9张Agilent兔脊髓组织全基因4×44 K芯片进行检测。采用GeneSpring11.0统计软件,以P<0.05且倍数变化(fold change,FC)≥2筛选出差异表达基因,并对部分差异表达基因行RT-PCR验证。结果成功建立SCI动物模型并获得相应的组织标本。各组总RNA质量均能满足基因芯片检测要求。基因芯片结果显示:在SCI早期大剂量MP治疗后许多基因发生表达变化,主要涉及炎症、先天性免疫、离子通道、物质转运和转录因子等,IL-1α、IL-1β和防御素(defensin 4,NP-4)的RT-PCR检测结果与基因芯片结果相符。其中,先天性免疫相关基因如NP-3、NP-4、皮质素6、内源性抗菌肽CAP-18、抗菌肽等呈现显著的差异性表达。结论大剂量MP可能主要通过免疫调节机制发挥神经功能保护作用,其主效应细胞可能是中性粒细胞。     

利用基因芯片检测结核分支杆菌及其利福平耐药性的研究

目的 探讨结核杆菌耐利福平(RFP)检测基因芯片在结核病诊断及其耐药性检测中的应用价值。方法 采用结核杆菌耐RFP芯片对35株RFP耐药的临床分离菌株，102例肺结核患者、27例非结核病的其他患者的痰标本中的结核杆菌及其RFP耐药性进行了检测，基因芯片检测结果与痰涂片、细菌培养及结核杆菌标准化药敏试验结果比较。结果结核杆菌耐RFP检测芯片检测35株耐药株，有33株判定为RFP耐药株，与传统药敏试验结果的符合率为94．29％。对27份其他患者的痰液标本进行结核杆菌检测，特异性为92．59％。对102份结核患者痰标本中结核杆菌进行检测，痰涂片法阳性率35．29％(36／102)，细菌培养法阳性率28．43％(29／102)，基因芯片法阳性率77．45％(79／102)。传统的药敏试验报告102份痰标本仅29份培养出结核分支杆菌，其中8份RFP耐药株，而基因芯片法检测102份痰标本中发现20份耐RFP结核杆菌。主要基因突变位点为531、526和516。结论 采用结核杆菌耐RFP检测芯片检测结核杆菌及RFP耐药性具有快速简便、特异性高的特点。     

肛管及肛门区尖锐湿疣组织中人乳头瘤病毒基因类型的研究

目的高危型人乳头瘤病毒(high-risk human papillomavirus,HPV)感染是宫颈癌的主要致病原因,现已发现HPV感染可诱发人类的许多肿瘤和疣。文中旨在探讨南京地区肛管及肛门区尖锐湿疣(condyloma acuminata,CA)患者中HPV基因类型的感染情况及其临床意义。方法从86份肛管及肛门区CA石蜡组织标本中提取23种HPVDNA,采用基因扩增芯片技术对其组织进行23种HPV基因类型的检测,并对其患者进行临床病理资料分析。结果 86份肛管及肛门区CA患者组织标本中检出HPV阳性66例,感染率为76.74%(66/86),其中单一型的阳性检出率为56.98%(49/86);单一型的感染中HPV11型为26例,其阳性检出率为30.23%(26/86),是最主要的感染类型;其次HPV6型为23例,阳性检出率为26.74%(23/86);混合型HPV感染17例,阳性检出率为19.77%(17/86);其中HPV6+11型8例,占混合型感染的47.06%(8/17),是混合型感染的主要类型;其次是5例4种类型的混合感染,占混合型感染的29.41%(5/17)。结论 HPV11型、6型、6+...     

浙江口岸出入境人员丙型肝炎病毒基因分型研究

目的 了解浙江口岸出入境人员丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布特征和病毒变异情况,为丙型肝炎的诊断和预防提供有力依据.方法 荧光定量RT-PCR检测120名出入境人员抗-HCV阳性血清标本,并对其中HCV-RNA阳性的81份血清标本应用基因芯片法进行HCV基因分型,对1b型、2a型、3a型、6型各1株的5 '非编码区(5'NCR)PCR产物测序验证.结果 81份HCv-RNA阳性血清,其中lb型62例,2a型5例,3a型3例,3b型3例,1b/3a型的混合感染2例,1b/3b型3例,6型3例,分别占76.54％、6.17％、2.7％、2.700、2.47％、2.7％、2.7％;1b型的序列与GenBank J-4株的同源性为99.2％,2a型与GenBank J-6株的同源性为99.2％,3a型与GenBank k3a/650株的同源性为97.6％,6型与GenBank Th580株的同源性为96.8％.结论 浙江口岸出入境人员中HCV以1b型为主,3型和2a型次之,少量6型,同时存在HCV1b/3混合型.     

基因芯片用于活化支气管上皮细胞基因表达的研究

目的探讨基因芯片筛选肿瘤坏死因子(TNF)-α活化后支气管上皮细胞基因表达的变化。方法提取支气管上皮细胞系(BEAS-2B细胞)总RNA,用基因芯片检测正常培养和经TNF-α活化的BEAS-2B细胞基因表达,对上调表达的基因用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)确证,用流式细胞微珠方法(CBA)检测TNF-α活化的BEAS-2B细胞培养液中相关细胞因子浓度。结果TNF-α活化后BEAS-2B细胞中细胞间黏附分子(ICAM)-1、白细胞介素(IL)-8、单核细胞趋化蛋白(MCP)-1、TNF-α、IL-6基因表达显著上调(分别上调6·5、8·2、3·1、4·9和3·5倍),表达上调的基因用RT-PCR确证结果基本一致。TNF-α活化后BEAS-2B细胞培养液中细胞因子的分泌(BEAS-2B细胞培养过程中有、无TNF-α存在,IL-6、IL-8和MCP-1的分泌分别为:(117·83±18·20)ng/L和(1771·33±312·67)ng/L,P<0·001;(277·97±50·76)ng/L和(7579·20±797·15)ng/L,P<0·001;(741·53±129·91)ng/L和(12228·57±1897·58)ng/L,P<0·001),与相应基因的表达一致。结论用基因芯片方法筛选活化后支气管上皮细胞基因表达对研究支气管上皮在气道性疾病中的作用具有重要意义。     

基因芯片技术检测肝细胞癌前C区/BCP区基因突变

目的应用基因芯片技术探讨HBV慢性感染并发肝细胞癌(HCC)前C区/BCP区基因突变的临床意义。方法应用基因芯片杂交技术检测46例HBV慢性感染并发肝细胞癌前C区A1896、A1899及BCP区nt1762、nt1764四位点突变,比较各位点突变的发生率;据乙肝血清学标志熏将研究对象分为HBeAg阳性组、HBeAg阴性组两组,比较前C区/BCP区变异与HBeAg分泌障碍的关系,分析前C区/BCP区基因突变与血清HBVDNA定量的关系。结果①用基因芯片法测定46例患者,阳性率91.3%(42/46),A1896突变率52.4%,A1899突变率19%熏nt1762/nt1764联合突变率66.7%。②HBeAg阴性组与HBeAg阳性组比较,A1896突变率、nt1762nt1764联合突变率及多位点突变率明显为高,P<0.05。前C区/BCP区变异组与非变异组比较,HBVDNA定量无显著性差异。结论应用基因芯片法可一次同时检测乙型肝炎病毒多个突变位点熏HBV持续慢性感染并发的HCC前C区/BCP区变异的发生率较高,该变异与HBeAg分泌障碍有关,但与HBVDNA复制水平并无明显相关性。     

表面等离子体共振型基因芯片系统对临床常见病原微生物的检测

目的 研究表面等离子体共振(SPR)系统在临床病原微生物的基因芯片检测中的应用.方法 对27份临床样本进行SPR的芯片检测.其中血液阳性标本8份,脓液阳性标本3份,白带阳性标本及生殖道脓液标本9份,活组织检查阳性标本1份,活组织检查阴性标本6份.采用生物信息学方法设计各靶病原体特异的引物和探针,并分别利用PCR技术以及酶标化学发光芯片技术对设计的引物和探针进行验证;制备的SPR响应型基因芯片,结合SPR芯片系统对临床标本进行检测.结果 设计的引物和探针经验证均具有良好的特异性和准确性,能够顺利实施对各靶病原体的有效扩增和对芯片的检测应用;新构建的基因芯片结合SPR芯片系统对临床26份标本的检测结果与临床常规检测结果一致.结论 SPR检测系统具有良好的检测性能,检测方法准确可靠,可应用于对临床病原微生物的芯片检测.     

宁波地区丙型肝炎病毒基因分型检测

目的:通过检测丙型肝炎病毒基因分型,探讨宁波地区HCV感染基因型流行株特征。方法:本文共收集231例HCV感染者的血清,采用基因芯片技术进行HCV基因分型。结果:231例丙型肝炎病毒基因分型1b型162例,占70.12%;2a型25例,占10.82%;1b+2a混合型15例,占6.49%;并有少数的3b3、a6、型和其它混合型,均占<5%。结论:宁波地区HCV感染基因型以lb型为主、其次为2a型。基因芯片法检测丙型肝炎病毒基因分型,具有微量、多位点、准确性好、灵敏度高、特异性强等特点。     

实时荧光定量PCR法与基因芯片法检测HPV的比较

目的 比较基于PCR的基因芯片方法和实时荧光定量PCR方法检测女性子宫颈脱落细胞HPV DNA的相关性. 方法 收集2050份样本采用基因芯片法和实时荧光定量PCR方法进行比对试验,两者结果不符的进行测序验证,并对检测结果进行一致率及阳性率统计分析. 结果 两种方法总一致率、阳性一致率及阴性一致率都在95.0%以上;荧光定量PCR法检测HPV16阳性率50.0%,HPV18阳性率13.9%. 结论 两种方法检测的一致性良好,本实验中所使用的新型12＋2高危型人乳头状瘤病毒核酸检测试剂盒适合应用于育龄期妇女的宫颈癌筛查及随访.