急性咽结膜热的分子病原学诊断

2004年夏季，浙江省某地发生了一起急性咽结膜热疫情，有62例发病，其中男38例，女24例，53例在发病前均有明确的游泳史。为明确病原学诊断，我们对部分急性期患者的咽拭子和眼拭子标本开展了荧光定量聚合酶链反应（PCR）检测和病毒分离，同时利用基因测序、BLAST比对和构建腺病毒hexon基因进化树确定了病毒型别特征。     

2008-2015年宁波市流感样病例预测模型分析

目的：建立宁波市流感样病例（ILI）的预测模型,并对所建模型预测效果进行验证和评价。方法收集2008年1月至2015年6月宁波市流感监测哨点医院 ILI 监测资料,对数据进行统计分析,建立ARIMA模型及ARIMA-GARCH模型对流感发病情况进行预测和评价。结果2008—2014年宁波市ILI累计报告101056例,发病率大致呈逐年下降趋势。针对ILI发病率的ARIMA模型构建中ARIMA（2,1,1）（1,1,1）12为最佳模型（BIC=6.250）,白噪声残差分析得到Ljung-Box统计量Q值为6.027（P>0.05）。ARIMA-GARCH组合模型的预测效果较单一ARIMA模型理想,平均绝对误差分别为11.049和12.757。结论 ARIMA-GARCH模型可以模拟宁波地区流感的流行趋势,为流感防控策略的制定提供理论依据。     

浙江省1999--2010年乙型流感病毒血凝素 和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析1999-2010年浙江省乙型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征.方法 采集浙江省流感暴发疫情和哨点监测医院的流感样患者呼吸道标本,荧光定量RT-PCR快速检测和病毒分离,选取乙型流感病毒分离代表株进行HA和NA基因测序,采用生物信息学软件分析变异和进化.结果 共分析浙江省乙型流感病毒分离株34株,其中Victoria系20株,Yamagata系14株;1999-2010年间Victoria系毒株的HA1基因变异率4.5%,Yamagata系毒株为3.4%;2004年后分离的Victoria系毒株均为基因重配株,HA属于Victoria 系,而NA属于Yamagata系;2010年新型甲型HINI流感流行高峰过后,浙江省仍以乙型流感病毒流行为主,分离株与2009-2010年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008接近,与往年乙型流感毒株相比HA和NA发生多个氨基酸位点变异.结论 1999-2010年浙江省乙型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制.

Abstract：

Objective To Characterize the genetic diversity of hemagglutinin(HA)and neuraminidase(NA)of influenza B viruses isolated in Zhejiang province during 1999-2010.Methods Respiratory specimens were collected from patients with flu-like syndrome during the influenza outbreaks or from the hospitals which carrying out influenza surveillance project in Zhejiang province.Samples were detected by real-time RT-PCR and isolated for influenza virus.HA1 and NA genes of influenza B virus isolates were amplified and sequenced.Phylogenetic comparison and genetic diversity analysis were performed using the bioinformation software.Results A total of 34 influenza B viruses were evolved in this study including Victoria-like and Yamagata-like strains according to the results of the HI test.The mutation rate of Victoria-like HA1 gene was 4.5% and Yamagata-like HA1 gene was 3.4%,respectively.The Victoria-like influenza B isolates had appeared to be all re-assortants having a Victoria lincage HA and Yamagata lineage NA since 2004.The predominant type of influenza virus isolates in 2010 was also influenza B virus after the H1N1 flu pandemic in Zhejiang province.The isolated strains were antigenicaily and genetically similar to B/Brisbane/60/2008--the vaccine strain proposed for 2009-2010.Many difierences of HA1 and NA amino acids existed in the current isolates when compared to previous influenza B strains.Conclusion Significant diversity was generated among influcnza B virus isolated from 1999 to 2010 in Zhejiang province.Genetic re-assortment and antigenic drift seemed the main evolutionary mechanism on influenza B virus.     

TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测登革1、2型病毒

目的 建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT—PCR方法用于检测登革1、2型病毒核酸，并初步应用于登革热的临床标本检测。方法 根据GenBank登录的登革热毒株序列。应用生物学软件进行序列比对，分别在登革病毒1型的NS5基因和2型的C基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针。对荧光定量RT—PCR反应条件进行优化，验证该方法的特异性、灵敏度和稳定性。同时对疑似登革热病例血清标本进行检测。结果 该方法对登革1、2型病毒的检测有高度的特异性，与登革病毒的4个血清型之间以及流行性乙型脑炎病毒、肾综合征出血热病毒等均无交叉反应，检测的灵敏度均达0．1TCID50，可从疑似登革热病例血清标本中直接检测登革病毒核酸，从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右。结论 本研究建立的TaqMan荧光定量RT—PCR是一种快速检测登革1、2型病毒特异、敏感的方法，适用于临床早期诊断。     

防感煎剂抑制H1N1型流感病毒作用的体外实验研究

目的：研究防感煎剂对H1N1流感病毒的体外抑制作用。方法：MDCK细胞培养后接种H1N1流感病毒液100TCID50,再给予防感煎剂40mg/ml、20mg/ml、10mg/ml3个浓度观察细胞病变效应。防感煎剂不同浓度药物与病毒等量混合作用1~2h后,再加至MDCK细胞,加入MTT观察酶标仪490nm测吸光度值,计算病毒抑制率。结果：3种不同浓度的防感煎剂对H1N1侵染MDCK细胞都有一定的增殖抑制作用和直接灭杀作用。结论：防感煎剂对H1N1流感病毒侵染MDCK细胞具有一定的病毒抑制作用。     

浙江省2005-2010年风疹病毒分子流行病学研究

目的 分析2005-2010年浙江省风疹病毒流行株的病原学与分子流行病学特征。方法采集该期间风疹疫情中的疑似患者标本,于Vero细胞上分离病毒。采用巢式RT-PCR扩增流行株E1、E2和C三个结构基因片段,对扩增产物进行序列测定与分析。结果从52例临床标本中共分离到风疹病毒流行株7株,除Rvi/Zhejiang.CHN/23.08株为2B基因型外,其余6株均属于IE基因型。基因进化树上,IE基因型流行株分别与香港、海南地区流行株具有最近亲缘关系,而2B基因型流行株与BuenosAires.A RG/46.08位于同一分支。遗传距离分析表明,浙江2B型流行株与全球其他地区流行株间的遗传距离(0.011)小于与中国流行株(0.023)间的遗传距离。浙江风疹流行株与中国风疹疫苗株BRDⅡ在核苷酸水平上的同源性为C＞E2＞E1,而氨基酸水平上的同源性为E1 ＞C＞E2,对应存在3、11和23个氨基酸的变异。各位点氨基酸熵值表明,E1蛋白上仅存在一个易变位点（熵值＞0.600）,而E2蛋白上有7个易变异位点和1个高变异位点(熵值＞1.000)。结论2005-2010年浙江省存在两种基因型风疹病毒流行,IE为优势基因型,2B可能为境外输入株。流行株E1基因氨基酸序列相对保守,而E2基因氨基酸变异较大,在风疹病毒流行病学监测中除关注E1基因外,应开展对结构基因E2和C的研究。     

2005年浙江麻疹流行株与疫苗株基因组比较分析

目的 通过对麻疹暴发疫情中分离的麻疹流行株MVi/Zhejiang.CHN/7.05/4与麻疹疫苗株沪191全基因组比较,分析当代麻疹流行株与疫苗株的基因差异.方法 通过测定从2005年浙江省麻疹暴发疫情中分离到的麻疹流行株MW/Zbejiang.CHN/7.05/4的全基因组序列,采用MEGA 3.1软件对流行株与疫苗株的全基因组序列进行比对和分析,并结合流行病学资料对毒株的变异进行分析.结果 流行株与疫苗株相比全基因组共发生822个碱基突变(变异率为5.17%),含161个异义突变,其中有3个变异位点导致了病毒糖基化位点的变异;用毒株制备抗血清进行交叉中和试验,流行株与疫苗株抗原比相差5.66倍.结论 浙江省2005年麻疹暴发疫情分离的流行株MVi/Zhejiang.CHI/7.05/4和中国现行使用的麻疹疫苗株沪191在全基因组层面已存在一定的差异,疫苗对免疫人群的保护作用需做进一步追踪探讨.     

肠道病毒EV71荧光定量RT-PCR法快速检测

手足口病(HFMD)是由多种人肠道病毒感染引起,其中以EV71及Cox al6型最为常见[1-3].由于肠道病毒传统的检测方法是病毒分离中和法定型,繁琐费时,不适合早期诊断.     

型特异性荧光定量RT-PCR和基因进化分析在呼吸道合胞病毒感染诊断中的应用

呼吸道合胞病毒（RSV）是引起冬春季婴幼儿下呼吸道感染最重要、最常见的病原体之一,在婴幼儿中易引起大规模的暴发流行。2005年底浙江省某地妇儿医院报告婴幼儿肺炎病例骤增,2005年12月-2006年1月间我们对当地医院采集的24例急性期患者的鼻咽吸引物标本进行型特异性RSV荧光定量RT—PCR、免疫荧光法快速检测,并进行病毒分离和主要抗原基因的进化分析。     

浙江省2002-2006年禽流感H5N1病毒基因特性与进化重组分析

目的 对近年来浙江省禽流感病毒H5N1分离株的基因特性与进化重组特征进行分析.方法 通过对2002-2006年浙江省禽与人的H5N1病毒株进行全基因序列测定,采用Mega 3.0生物信息学软件分析病毒株基因特性并与相关基因型标准病毒株进行系统进化分析.结果 2002-2006年浙江省HSNl病毒株HA序列裂解位点序列含多个碱性氨基酸,符合高致病性禽流感病毒特征;与Gs/Guangdong/1/96相比,除Dk/Zhejiang/2/02和Ck/Zhejiang/8/03株外其他病毒株均在NA蛋白茎区缺失20个氨基酸.全基因系统进化分析表明,2002-2003年的分离株遗传基因基本属于当年流行的B、W、X、Y、z等基因型,但部分病毒株不同基因片段属于不同基因型.结论 浙江省禽类中也广泛存在H5N1的基因片段重组现象,2005年后的Ck/Zhejiang/24/05株及人H5N1 Zhejiang/16/06株各遗传基因基本上稳定于近年大陆流行的FJ-like基因型.