10种食源性疾病病原体高通量LAMP分子鉴别检测体系的建立及应用

目的建立一种LAMP分子鉴别检测体系,应用于10种食源性疾病病原体的分子鉴别检测。方法针对8种细菌（沙门菌属、志贺菌属、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、EHEC O157：H7、奇异变形杆菌、霍乱弧菌和单增李斯特菌）和2种病毒（Norwalk病毒和轮状病毒）分别建立LAMP和RT-LAMP方法,分别对25种常见肠道细菌和病毒进行LAMP扩增,水浴箱内65℃扩增60 min（LAMP）或120 min（RT-LAMP）,扩增完成后利用电泳和肉眼进行结果判断。对365份食源性疾病患者呕吐物、肛拭子和食品等标本进行10种食源性疾病病原体LAMP分子检测。结果 10种食源性疾病病原体LAMP或RT-LAMP方法均只对靶病原体出现阳性结果,电泳显示为LAMP特异性梯状条带,加SYBRGreen I后肉眼观察反应液变为绿色;8种细菌性病原体LAMP检测方法的敏感度为3×100~1.2×102cfu/ml,其中6种LAMP方法敏感度高于PCR方法,其他病原体（霍乱弧菌、EHEC O157：H7、Norwalk病毒和轮状病毒）敏感度与PCR方法相同。从365份标本中检出沙门菌属11份、志贺菌属6份、金黄色葡萄球菌13份、EHEC O157：H7 2份、副溶血性弧菌2份、单增李斯特菌2份、Norwalk病毒12份和轮状病毒7份。结论建立了一个较为完整的LAMP分子鉴别检测体系,可以在一台水浴箱内同时对10种食源性疾病病原体进行高通量的分子鉴别检测,具有快速、不需要特殊仪器和肉眼判断结果的优势,适合基层单位的实验室开展食源性疾病的分子鉴别诊断。     

长沙市58家足浴场所卫生状况调查

目的了解长沙市足浴场所卫生状况，加强对该行业的卫生管理。方法随机抽取市内五区取得卫生许可证的58家足浴场所，对场所内供顾客使用的修脚工具、非一次性拖鞋、毛巾等公共用品、用具以及技师手样进行抽样检验，采用X^2检验对结果进行分析。结果公共用具样品合格率，毛巾95．37％，拖鞋93．14％。修脚工具总合格率84．40％，其中修脚前和修脚后以及消毒后合格率分别为93．61％、63．83％、95．75％。修脚前和消毒后工具样品合格率远高于修脚后未消毒前（修脚前与修脚后X^2=12．449，P〈0．01；修脚后与消毒后X^2=14．842，P〈0．01）。修脚工具主要污染物为霉菌。技师手样总合格率为58．19％，其中足浴技师足浴前合格率56．14％、足浴后58．77％、修脚技师修脚前为61．70％，合格率差异无统计学意义。足浴技师不同检项合格率由高到低为金黄色葡萄球菌98．68％、大肠菌群91．67％、霉菌82．89％、细菌总数66．67％，足浴前、后检项合格率除大肠菌群差异有统计学意义外，其他检项差异均无统计学意义。结论该市足浴场所卫生状况在逐步改善，公共用具卫生有所提高。但仍存在一些薄弱环节，特别是技师手样受微生物污染严重，从业人员的卫生意识差，公共用具样存在显著性品仍有近10％的受到细菌总数、霉菌的污染，其中细菌总数最高检测值达到1300cfu／25cm2、霉菌最高检测值达到600cfu／50cm2。从业人员卫生知识培训及消毒工作需进一步加强。     

长沙市家禽市场环境中H5N1亚型禽流感病毒传播风险研究

目的 对长沙市家禽市场职业暴露人群进行禽流感病毒（AIV）H5N1亚型抗体水平和环境AIV核酸检测,并对环境中AIV H5N1亚型的血凝素（HA）基因进行测序分析。方法 抽取长沙市1个区和1个县,各选择2个城区或乡镇家禽市场进行职业暴露人群H5N1抗体和环境AIV核酸检测。利用单放射免疫扩散溶血实验（SRH）对102份家禽市场职业暴露人员血清标本进行H5N1抗体检测,real-time PCR方法检测160份家禽市场环境标本（污水、禽类粪便、羽毛和禽类笼具表面涂抹标本）AIV核酸,对4份污水H5N1亚型AIV核酸阳性标本进行HA基因RT-PCR扩增和TA克隆测序,测序结果利用Lasergene和Mega 5.0软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果AIVH5N1抗体监测结果显示,家禽市场职业暴露人群血清H5N1抗体阳性率为25.5%（26/102）,其中乡镇和城区家禽市场职业暴露人群阳性率分别为50.0%（9/18）和25.4%（17/67）,乡镇家禽市场职业暴露人群阳性率高于城区。长沙市家禽市场环境中H5亚型AIV核酸阳性率为31.3%（50/160）,其中乡镇家禽市场阳性率为37.3%（31/83）,高于城区家禽市场24.7%（19/77）;不同标本H5亚型AIV核酸阳性率不同：污水（50.0%,24/48）、羽毛（44.5%,4/9）、禽类粪便（29.8%,14/47）和禽类笼具表面涂抹（14.3%,8/56）;差异均有统计学意义（P＜0.01）。TA克隆测序得到4个AIVH5N1亚型HA基因序列,进化树显示4个AIVH5N1亚型HA基因与中国内地和香港禽来源的AIV分离株为同一分组,属于欧亚分支;4个AIV H5N1亚型HA基因受体结合位点氨基酸序列仍然为禽源（QSG）、HA1和HA2蛋白之间连接肽为多个碱性氨基酸序列（RERRRKK或RERRGKK）,与入源AIV H5N1亚型具有相同的受体结合位点和高致病性的分子特征。结论 长沙市家禽市场环境中存在较多数量的AIVH5N1亚型,是导致职业暴露人群抗体阳性率达25.5%的原因之一;环境中存在的AIVH5N1亚型HA基因表现出来的高致病性分子特征,增加了家禽市场环境中发生AIV传播的风险。     

2016-2018年长沙市人群及活禽市场环境H5N6亚型禽流感病毒监测分析

目的开展2016-2018年长沙市人群感染和活禽市场(live poultry markets,LPMs)环境污染H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)监测,为防控人感染H5N6亚型AIV提供实验室数据。方法采集2016-2018年长沙市流感样病例和不明原因肺炎病例咽拭子6909份及LPMs环境样品1719份,利用实时RT-PCR进行A型、H5、H7、H9和N6亚型AIV核酸扩增,并对82份AIV核酸阳性样品进行高通量核苷酸测序,然后对测序结果进行BLAST比对和氨基酸(amino acids,aa)关键位点分析。结果从6909份病例的咽拭子样品中检出H5N6亚型AIV核酸阳性1份,从1719份LPMs环境样品中检出A型AIV核酸阳性927份(53.93%),H5N6亚型AIV核酸阳性193份(11.23%)。高通量核苷酸测序获得14株H5N6亚型AIV的基因组序列,aa关键位点分析显示病毒血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白连接肽第338~347位出现6个碱性aa,对禽表现为高致病性的分子特征,受体结合位点(receptor binding site,RBS)第238~240位aa(对应H3型流感病毒第226~228位编码aa)为QSG或QRG,受体特征为禽源。神经氨酸酶(neuraminidase,NA)蛋白第290位耐药基因位点aa未出现R290K突变现象,对NA抑制剂(达菲/磷酸奥司他韦)敏感;病毒PB2蛋白发生E627K和D701N(I)突变,表明病毒致病力强。结论长沙市人群感染H5N6亚型AIV为偶发,LPMs环境H5N6亚型AIV污染较重,需要进一步加强LPMs环境AIV监测。     

重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

目的 对2016年长沙地区一起由GII型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法 提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GII型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果 通过一代测序获得病毒基因组序列长7491bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5100bp,1647bp,765bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GII.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GII.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GII.P12-GII.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN长沙株重组位点在5080bp,为ORF1与 ORF2重叠区的起点。结论 除了GII.P16-GII.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GII.P12/GII.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。     

紫锥菊植物提取物中乙醇与乙酸乙酯溶剂残留量的测定

目的 建立顶空气相色谱法测定紫锥菊提取物中乙醇与乙酸乙酯残留量的测定方法. 方法 以SPB-5(30 m×0.32 mm×0.25 μm)为色谱柱,FID检测器结合顶空进样器进行气相色谱分析. 结果 在优化条件下,方法的线性较好,样品的加标回收率在98%～100%之间,相对标准偏差小于5%. 结论 本方法可以快速、准确的测定紫锥菊提取物中的乙醇与乙酸乙酯的残留量.     

超高效液相色谱-质谱检测尿液中马尿酸和甲基马尿酸

目的 建立超高效液相色谱-质谱(UPLC-MS/MS)检测尿液中马尿酸和甲基马尿酸的新方法。 方法 实验采用反相T3色谱柱,以乙腈-甲醇-0.1%甲酸水溶液为流动相,等度洗脱,通过电喷雾三重四级杆质谱检测。 结果 该方法实现了马尿酸和甲基马尿酸的三个同分异构体的基线分离和检测,方法检出限低(马尿酸0.07 μg/L,甲基马尿酸0.1 μg/L),线性范围广(1~10 000 μg/L均具有良好的线性关系)。 结论 超高效液相色谱-质谱检测尿液中马尿酸和甲基马尿酸具有较好的应用前景。     

2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析

目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12％,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33％),H7亚型核酸阳性11份(2.20％),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57％).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测.     

长沙人间布鲁菌分离株omp25基因扩增和系统进化分析

目的了解长沙地区人间布鲁菌omp25基因的序列特征并阐明其系统进化关系,为布鲁菌病防控以及omp25基因克隆与表达研究提供参考。方法根据Gen Bank公布的羊种布鲁菌16M的omp25基因序列设计1对PCR引物,采用PCR法从长沙地区布鲁菌分离株基因组中扩增omp25基因,产物用凝胶电泳进行分析后进行双向核苷酸序列测定,测序结果用DNAstar 7.1进行分析,将测序结果提交Gen Bank,并利用Mega 7软件构建布鲁菌长沙分离株系统进化树。结果 41株布鲁菌成功扩增出omp25基因片段,片段长度约640 bp,通过测序后Blast同源性分析,证实41株菌株均为羊种布鲁菌,长沙分离株与10株羊种布鲁菌序列100%相同,进化树显示长沙分离的布鲁菌和国内外羊种布鲁菌位于同一进化分支上,同广西的LA1105参考株亲缘关系最近。结论长沙地区人间布鲁菌分离株omp25基因序列与参考菌株序列同源性高,且与羊种布鲁菌在同一分支,表明omp25基因序列是一个保守序列。该研究结果可为布鲁菌的分子生物学鉴定和诊断试剂的研制提供参考。